1934年10月，红军主力开始撤离中央苏区，中共中央和中华苏维埃工农民主政府也随军撤走。干部、家属，还有舍不得丢弃的坛坛罐罐，在大军的保护之下，匆匆忙忙地向西而行。但是，身患重病的瞿秋白却不能随军长征，被留在了即将沦陷的瑞金。①
为了和战友们告别，瞿秋白邀请了李富春、傅连暲等聚餐。席间，他举杯祝愿革命胜利。徐特立临行时看望瞿秋白。瞿秋白嘱咐他的身强力壮的马夫跟随徐老走，并把自己的一匹好马换给了徐老。第二天，陈毅见到瞿秋白，问他为什么还不走。看到瞿秋白病弱的身体，陈毅要把自己的马送给他，劝他赶紧追上队伍。陈毅这时还不知道，中共中央已决定把瞿秋白留下了——
①关于瞿秋白留在苏区的决定，是由当时中共中央的最高决策机构“三人团”作出的。据张闻天1943年在延安整风时的笔记中载：“关于长征前一切准备工作，均由以李德、博古、周恩来三人所主持的最高‘三人团’决定，我只是依照最高‘三人团’的通知行事。我记得他们规定了中央政府可以携带的中级干部数目字，我就提出了名单交他们批准。至于高级干部，则一律由最高‘三人团’决定。瞿秋白同志曾向我要求同走，我表示同情，曾向博古提出，博古反对。”（《从福建事变到遵义会议》，1943年12月16日）吴黎平回忆说：“（决定宣布）两天之后，我曾经对把秋白同志留下的这一决定，问过毛泽东同志。说秋白同志这样的同志，怎么可以不带走，让他听候命运摆布？毛泽东同志回答道，他也提了，但是他的话不顶事嘛。我也问过张闻天同志，他回答，这是中央局大伙决定的，他一个人说没有用。”（《忆与秋白同志相处的日子及其他》，《学习与研究》1981年第5期）
留守苏区的党的最高领导机关是中共中央江西分局，政府机构叫做中央政府后方办事处，军事上则设立了留守部队的军事委员会，这三个机构的负责人是项英、陈毅等。瞿秋白任中央分局宣传部长，兼后方办事处人民教育委员。
中央主力红军撤走以后，蒋介石派出十万大军由顾祝同、蒋鼎文分任南、东西路总司令，向以赣南、闽西为中心的中央苏区进行所谓“全面清剿”。血腥的白色恐怖笼罩了中央苏区。
雩都、兴国、瑞金、长汀相继失陷以后，形势已是绝对的敌强我弱了。1934年11月底，蒋介石命顾祝同、蒋鼎文分任驻赣、驻闽绥靖主任，划定十二个绥靖区，到处修公路、筑碉堡，实行“划区清剿”。在敌人严密封锁下，机关和部队的衣食住行都成了严重的问题。人们几个月吃不到一点油盐；为了隐蔽目标，夜晚不能举火，白天不能冒烟；人走过的山路，要用树枝和树叶掩盖起来；当山上的树木被敌人烧尽伐光以后，人们就只能隐蔽在山洞里。在极端艰苦的环境中，瞿秋白的肺病更严重了。1935年初，中央分局决定撤消中央后方办事处，同时决定送他转道香港去上海就医。
2月11日，瞿秋白一行从瑞金九堡附近动身，同行的有何叔衡、邓子恢及项英的妻子张亮。约在六七天以后①到达中共福建省委所在地汤屋（当时属会昌县）。临时又加入了一个周月林，她是中华苏维埃工农民主政府司法人民委员、兼代内务人民委员梁柏台的妻子。周月林与梁柏台分手后，早于瞿秋白一行先期到达汤屋——
①瞿秋白一行到达汤屋的时间，一说在2月18日，一说在2月21日。本书取前说。
汤屋一带的形势也极险恶。因此，他们略事停留，经中共福建省委书记万永诚的安排，在2月20日前后就启程上路了。这一行人，化装成香菇商客和眷属。福建省委为了保障他们的安全，专门选调了二百余人组成护送队沿途保护。2月的闽西，春寒料峭，夜里行路还是相当艰苦的。瞿秋白身体很弱，艰难地行进在崎岖山路上，有时实在疲乏不堪了，就倚坐在路旁石头上休息一会儿。何叔衡年纪很大，行动比较缓慢。张亮怀有身孕，又是小脚，一路上琐事很多，本来夜间行军不许出现火光，她偏偏闹着要吃烟。
经过大约四天的昼伏夜行，他们安全通过了敌人的层层封锁，渡过汀江于2月24日拂晓，到达长汀县濯田区水口镇小迳村附近。大家走累了，饥肠辘辘，就在这里休息吃饭，准备下午再走。但是，这个麻痹大意的行动，酿成了严重的后果。
水口镇一带属于福建省地方反动武装保安十四团的游击区。该团防区包括武平全县及上杭西区一带。团长锺绍葵，是福建省臭名昭著的地头蛇，他在几天前因事由武平经由水口镇前往长汀。水口镇暂由该团第二营驻扎，营长名叫李玉。这天早晨，李玉得到地主武装“义勇队”队长范连升的报告：小迳村附近发现小股红军。李玉查明情况后，立即率队对小迳村实行围攻。红军护送队长丁头牌，是个漫天扯谎，好吹牛皮的家伙。邓子恢在行军过程中同他接触，发现这个人华而不实，大话连篇，一旦有事是靠不住的。果然，枪声一响，丁头牌转眼就不见了，逃跑了。护送队无人指挥，也痪散了。邓子恢组织大家突围，激战一个时辰也没有突出去，敌人越来越近。何叔衡见无法突围，对邓子恢说：“子恢同志，我革命到底了！”说罢，举起手枪对准了自己的头部。邓子恢急忙说：“你千万不能这样！”边说边跑，正要上去夺他的手枪。可是，何叔衡手里的枪已经击发，人从悬崖上滚落下去。这时敌人又用机枪扫射，何叔衡身中数弹。战斗结束打扫战场时，敌特务连代理连长曾起和传令兵熊辉，在稻田中发现了身受重伤的何叔衡，并从他身上搜出了港币五百元。这笔款是瞿秋白一行从瑞金出发前领到的交通费，每人一百元，集中由何叔衡保管。曾起、熊辉抢到了这笔港钞，走了几步，又转了回去，举枪把何叔衡杀害，为的是杀人灭口。
瞿秋白经过连续不断地奔跑，这时已经精疲力竭。据邓子恢生前回忆：
我又去叫瞿秋白赶快向外突围。这时瞿秋白身患重病，躺在担架上。瞿秋白说：“我病到这个样，实在走不动了，你快点走吧！”我三番五次地叫他走，他就是不走。
我拉他走，他还是不走。他说：“你快点走吧，我在这里敌人是不会发现的”（这个地方是很茂密的树丛）。无奈，我冲出重围到山下河边；见到有几位战士也冲出来，其中持机枪的战士也冲出来，我就把仅剩下的几个战士集中起来，用机枪阻击追敌，边打边走，离开了长汀，向闽西走去。
瞿秋白同志在邓子恢同志突出重围后，被地主武装“义勇队”队员范金柱、赖忠顺在半山灌木丛中发现俘获，同时被俘的还有张亮、周月林。这时约在中午过后。匪兵们押解着瞿秋白回到水口镇已是下午四点钟。据李玉交待：瞿秋白病体支离，走一会儿就得歇一会儿，匪兵便用枪毙来威吓他，厉声说“不走就地枪毙！”但瞿秋白“都不置理”。
李玉等对瞿秋白严刑逼供，企图强迫他说出我党我军机密。对于瞿秋白来说，苦刑是意料中事，算得了什么呢？他虽然身受残酷的折磨，但咬定牙关，坚不吐实。他只说自己名叫林琪祥，现年三十六岁，是江苏人，肄业于北京大学中国文学系，后在上海经营旧书店及古董生意。又入医学校学医半年。1932年因病游历福建漳州，适因红军打进漳州，将其俘虏送往瑞金，先后在红军总卫生部当过医生、医助、文书及文化教员。红军主力长征后，他被留在福建省苏维埃政府、省军区医务所做医助。1935年1月携款逃离瑞金，但走到上杭露潭地区又被苏区地方武装发现，当夜由保卫局人员看押，准备天明再走，不意被国民党军队发现俘虏。
张亮供名周莲玉，系香菇客商的老婆，说是被红军“绑票勒赎者”。周月林初供名陈秀英，继供名黄秀英，系红军护士。瞿秋白在敌人逼供时，巧妙地掩护了张亮和周月林。
保安十四团团长钟绍葵当日由长汀赶回水口镇。李玉向他报告了战斗的经过情形，得知被俘的林琪祥等人携有港钞、黄金，护送人员多数携带驳壳枪，他据此判断：林琪祥可能是共产党的“要人”。当晚，钟绍葵亲自刑讯瞿秋白，得到的回答依然如前所供。