对于李立三的“左”倾错误，共产国际在7月时认为：“是在策略上组织上工作上都犯了部分的错误”，中共中央的“政治路线是正确的”，“是在国际路线之下工作的”。
共产国际不认为是路线错误。
周恩来、瞿秋白就是本着这一精神，回国来纠正错误的。
共产国际下属有一个东方部，部下分三个二级部，即远东部、中东部、近东部。东方部部长名义上是库西宁，副部长有马基业尔、米夫等，米夫兼远东部部长，实际上管中国党。周恩来回国，走的路线是先从莫斯科到柏林，然后乘坐从柏林去中国东北的国际列车回国，在列车到达莫斯科站后，细心谨慎的周恩来，利用火车停留的时间，同马基亚尔取得联系，再一次问他：国际的同志还有没有新的意见？
马基亚尔回答说，没有了，按照国际七月决定改正就行了。
“中共六届三中全会，可以说是完全按照共产国际七月决定办的，周恩来、瞿秋白等贯彻得很好。共产国际远东局的代表给六届三中全会写了信，说：读了瞿秋臼、周恩来、李立三的发言，李立三“完全正确地了解了白己的错误”，“党的路线常常是与国际路线相适合的，从来就没有两条路线，只是曾经在这条正确的路线上有过不正确的倾向”。
可是，正当局面已经扭转，工作走向顺利的时候，共产国际看了李立三8月1日、3日在政治局的讲话记录，十分恼怒，于是把李立三的错误性质升级，说它是“半托洛茨基主义盲动主义的路线”。共产国际在10月发出了给中共中央的指示信，说是“在中国革命最重要的时机，曾经有两个在原则上根本不同的政治路线彼此对立着”，“这就是立三同志的路线，这就是反国际的政治路线”。
这样，六届三中全会就被放到了调和主义的地位，周恩来、瞿秋臼遭到了责难，正确变成了错误。在中共中央受到巨大压力的时候，王明这个投机分子、野心家先于中共中央知道了共产国际的精神，写了《两条路线底斗争》的小册子，形成宗派来反对中央，使党内十分紊乱，在臼色恐怖环境中处于极危险的境地。毛泽东后来说：当时是共产国际东方部领导人同王明合作，批评中国较正确的两位领导同志，说他们是对立三冒险派的调和主义，硬把这两个人的威信压下去。
情况就是这样，他们要把王明等人扶上台，使中共中央置于共产国际的绝对控制之下。为了改组中国党的领导，共产国际主席团委员曼努意斯基提出召开中共六届四中全会，并派米夫来华直接插手中国党的内部事务。
周恩来、瞿秋白开始时曾进行申辩，说明三中全会是按共产国际的精神召开的。后来看到情况已发展到中央破产、党内分裂的痛心局面，他们从照顾大局，相忍为党出发，就不再辩解，接受国际决定，表示自己既已错误，应退出政治局，辞去中央职务，希望过去曾反对过立三错误的各方面的人团结一起，来执行国际路线。由于中共中央的工作离不开周恩来，他在党内的威信使他们不便抛开周恩来，他的辞职未获允准。周恩来服从组织决定，继续工作下去。处于万分痛苦中的周恩来，从大局出发，忍辱负重，维护了党的统一和生存。
1931年1月7日，米夫主持下在上海秘密召开了中共六届四中全会。会上，周恩来、瞿秋白被置于“被告”席上，事实上成为主要的批判对象。周恩来被继续留任，实际上是处于留职察看的境地，处境十分艰难。但为了党的统一，使大家认识在党内斗争中清除派别观念的重要性，他在发言中仍然坦率地指出，中国共产党正处在困难时期，现在要加紧将它恢复与健全，如果说“凡是过去坚决执行立三路线者，或是指导机关主要负责同志，便是立三派，拿他们当派别看待，说他们不堪造就，这依然是立三路线的继续，我们也是要反对的”。他尽量保护干部，维持党的元气。
四中全会后，中共中央为米夫、王明所控制，接着就向各根据地派出“钦差大臣”，中央向外派出一个人都要由米夫布置。在中共中央内部，王明压制周恩来。周恩来曾经向远东局诉说，但是王明有共产国际东方部作后台，他的诉说毫无效果。周恩来极力保持住他所领导的中央军委、特科和交通机关，不使王明派人打进来。例如王明曾经要派一个黄埔生黄第红到中央军委工作，而这个人实际上暗中已同蒋介石勾搭上。周恩来通过情报系统截到了黄第红给蒋介石的效忠信，拿给王明看，王明才没有话说。
4月24日，中央特科负责人顾顺章在汉口被捕叛变。在南京打入国民党中央组织部调查科的共产党员钱壮飞得知后立即派人报告中央。周恩来在陈云等协助下果断地采取紧急措施，安全转移了中共中央、江苏省委和共产国际远东局的全部机构，国民党企图一举破坏中共中央领导机关的计划落了空。接着，躲住在周恩来寓所的向忠发，不听周恩来的劝告，擅自外出，被国民党逮捕。周恩来正在设法营救，却得到消息说向忠发已经叛变。周恩来冒险到自己的寓所去观察联络信号，断定向忠发已经带人来搜查过，赶紧离开。从此，周恩来再难在上海秘密工作下去了。
1931年12月上旬，周恩来离开上海，坐船经广东省的汕头、大埔，转到福建永定继续航行，于下旬到达江西中央革命根据地。
这时，王明已经先周恩来于10月间离开上海去了莫斯科。行前，王明曾经对周恩来说，到中央苏区后，毛泽东只管政府的工作。周恩来离上海前，中共临时中央负责人博古又对周恩来说，到中央苏区后，周恩来是苏区中央局书记，毛泽东管政府，朱德管军事。这都是说，不要毛泽东管军事。周恩来到达中央苏区后，纠正了当时苏区存在的肃反扩大化的错误。在军事方面，1932年1月9日，中共临时中央发出了《中央关于争取革命在一省与数省首先胜利的决议》，提出中央苏区要“占取南昌、抚州、吉安等中心城市”。毛泽东找周恩来谈了在苏区打寨子的必要，而不应打大城市，周恩来听取了毛泽东的意见。他致电中共临时中央，说明红军目前攻打中心城市有困难。
临时中央回电说，至少要在抚州、吉安、赣州中途择一个城市攻打。
接到回电，周恩来只好召开中共苏区中央局会议讨论。会议决定打赣州。毛泽东表示反对，但多数通过。2月4日至3月7日，红军打赣州，久攻不克，在国民党军大量增援的情况下，只好撤回。
自此以后，周恩来不顾临时中央的交代，一直主张毛泽东不应离开军事的领导，而且对他言听计从。3月30日，率红军东路军行动的毛泽东电告周恩来，提议南下攻打福建的漳州、泉州，打开局面。4月初，周恩来从瑞金赶到长汀，召开作战会议。会议批准了毛泽东提出的龙岩、漳州战役计划。会后，周恩来留驻长汀，负责调动兵力，筹集给养，保障前线需要。4月10日，红军攻占龙岩。20日，攻占漳州，歼灭国民党守军张贞部约四个团，俘1600人，缴获大量物资。
周恩来到中央苏区后没有按照中共临时中央的意图办事，使临时中央感到十分不满。4月14日，中共临时中央发出《为反对帝国主义进攻苏联瓜分中国给各苏区党部的信》，信中提出“右倾机会主义的危险是各个苏区党面前的主要危险”，目前苏区极端重要的任务是“进行坚决的革命的进攻”和对右倾“作最坚决无情的争斗”。5月20日．临时中央点名批评周恩来，说伍豪同志到苏区后，虽然“在某些工作上有相当的转变”，但是“未巩固无产阶级的领导”，“一切工作深入下层的彻底的转变，或者还未开始，或者没有达到必要的成绩”。临时中央在信中要他们夺取一二中心城市，来发展革命的一省数省的胜利。
对此，周恩来不得不作出检讨，而在军事行动上仍听取毛泽东的意见。7月21日起，他到前方与毛泽东、朱德、王稼祥一起随红军行动。他和朱德、王稼祥不赞成中央局要周恩来兼任红一方面军总政委的提议，建议以毛泽东为总政委。他和毛泽东、朱德、王稼祥一起反对在后方的中央局要红军攻永丰城的意见，主张部队在宜黄、乐安、南丰一带争取群众，发展苏区、布置战场。造成更有利于与敌人决战的条件。这一争论，发展到历史上有名的宁都会议。
10月上句，召开宁都会议。会上，中共苏区中央局在后方的领导成员打着临时中央指示的招牌，批评“前方同志表现在革命胜利与红军力量估计不足，提出以准备为中心的主张”。强调“要及时和无情的打击”这种“专去等待敌人进攻的右倾主要危险”。周恩来等都受到了批评。集中受到批评的是毛泽东。他们还提出要把毛泽东召回后方，专负中央政府工作的责任，由周恩来负战争领导的总责。周恩来在发言中检查了在前方的同志“确有以准备为中心的观念”，肯定“后方中央局同志集中火力反对等待倾向是对的”；同时他维护了毛泽东。他提出：“泽东积年的经验多偏于作战，他的兴趣亦在主持战争”，他“如在前方则可吸引他贡献不少意见，对战争有帮助”。周恩来坚持毛泽东应当留在红军中工作，为此提出了两种解决办法，“一种是由我负主持战争全责，泽东仍留前方助理，另一种是泽东负指挥战争全责，我负监督行动方针的执行”。这两种办法，都与原来情况相似，因为周恩来原来是以中共苏区中央局书记随军行动，对军事行动方针是具有决定权的。参加会议的大多数人认为毛泽东“承认与了解错误不够，如他主持战争，在政治与行动方针上容易发生错误”。毛泽东自己则认为既然不能取得中央局的信任，就不赞成后一种办法。结果是会议通过了第一种办法，并批准毛泽东暂时请病假。这样，中共临时中央不要毛泽东管军事的意图，这时候终于实现了。
周恩来和朱德继续领导红一方面军在前方作战。1932年底，国民党军组织对中央苏区和红一方面军的第四次大规模“围剿”。“围剿”军分左、中、右三路，其中由蒋介石嫡系十二个师组成的中路军担任主攻任务，约16万人，陈诚为总指挥。红一方面军辖第一、第三、第五军团和第十一、第十二、第二十一、第二十二军，总兵力约7万人。红军采取集中兵方，击敌中路的方针，经过黄陂、草台冈两仗，歼灭蒋介石嫡系部队近三个师，俘敌1万亲人，胜利地打破了“围剿”。并且创造了红军战争史上前所未有的以大兵团伏击歼敌的光辉范例。
1933年1月，中共临时中央迁人中央苏区。从此，临时中央直接领导中央苏区的工作。9月，共产国际派驻中国共产党的军事顾问李德（原名奥托·布劳恩，德国人）从上海到达中央苏区。第五次反“国剿”初期，周恩来曾经就作战方针和战役部署问题与博古、李德等人进行过多次争论，触怒了博古、李德。11月20日，陈铭枢、蒋光诵、蔡廷锴、李济深等发动福建事变，反对蒋介石，蒋介石调“围剿”军入闽对付他们。12月13日，周恩来和朱德致电中革军委建议调红军主力入闽与国民党主力决战。李德等不同意红军配合十九路军作战。却将红军主力进攻国民党军构筑的堡垒线。20日，李德以统一前后方指挥为名，将周恩来、朱德调回后方，取消“前方总部”，并入中革军委机关。周恩来、朱德失去了军事指挥权。红军实际上由博古、李德指挥。周恩来曾经说自己到后方后，“李德成了总司令，我连参谋长都不如，只是一个参谋处长”。广昌战役后成立博古、李德、周恩来组成的三人团，主要是管军事，而且是徒有形式，实际是政治上由博古作主，军事上由李德作主，周恩来只是负责督促军事计划的实行。第五次反“围剿”中“左”倾错误造成的结果，是丧失革命根据地，红军不得不进行长征。
中央红军长征出发时，共有8万余人，到突破国民党军四道封锁线，渡过湘江后，只剩下约3万多人。李德的错误军事路线，有利于蒋介石的堵截，红军损失不小。蒋介石要在湘江东岸消灭红军的企图未能实现，就在红军原定计划北去湘西的路上，集中十几万兵力，布下了一个口袋，而这时博古、李德却仍命令红军按原计划去湘西与红二、六军团会合。在这个危急关头，毛泽东力主放弃原定计划，改为向敌人兵力比较薄弱的贵州前进，于是就有通道会议。
1934年12月12日，中共中央在通道临时开了一次紧急会议，有毛泽东、张闻天、王稼祥、周恩来、李德等参加。毛泽东的主张得到张闻天、王稼祥、周恩来的支持。但会后博古、李德仍坚持原计划进军。18日，红军到达黎平后，中共中央政治局召开了著名的黎平会议。会议经过激烈争论，否定了博古、李德的主张，通过了毛泽东的意见，决定中央红军不去湘西。这次会议的决议，是红军战略转变的开始，是长征路上中共中央政治局对博古、李德所犯错误的否定，是使中国共产党和红军转危为安迈出的第一步。周恩来是会议的主持者，做出了重要贡献。会后，剥夺了李德对红军的指挥权。
1935年1月，中共中央政治局在遵义召开扩大会议。会议清算了王明“左”倾路线在第五次反“围剿”和突围西征中军事指挥上的错误。会上，周恩来和与会的绝大多数人都同意毛泽东的正确主张，会议明确了红军战略战术上的是非．指出博古、李德在军事指挥上的错误，决定增选毛泽东为中共中央政治局常委，军事上由朱德、周恩来指挥，“而恩来同志是党内委托的对于指挥军事上下最后决心的负责者”。会后。中央常委分工，决定毛泽东为周恩来的军事指挥上的帮助者。
遵义会议实际上确立了毛泽东在红军和中共中央的领导地位。遵义会议后，红军四渡赤水。在渡乌江前，中共中央决定以周恩来、毛泽东、王稼祥成立三人团，指挥军事。接着，红军南渡乌江，又巧渡金沙江，终于摆脱了几十万敌军的围追堵截。取得了战略转移的决定胜利，并为长征的胜利奠定了基础。
中央红军在长证过程中，发生两件大事，一件是召开了遵义会议，另一件显中共中央和张国焘的北上和南下之争。
1935年6月12日，红一方面军先头部队一军团第二师第四团，在夹金山、达维之间与红四方面军第九军第二十五师第七十四团胜利会师。这时，南面是蒋系薛岳部队紧追；东面是众多的四川地方部队，派系庞杂，但与红军为敌是一致的；北面是胡宗南部队驻守松潘等地阻拦，但兵力尚未集结，西面是人迹罕至的高山地区。红军会合后，兵力10多万，下一步向何处，是关键问题。6月26日，中共中央政治局在两河口召开会议，周恩来在会上作“目前战略方针”的报告。他阐述了在松潘、理县、茂州一带不利于红军久驻，必须北上到川陕甘建立根据地的理由，并指出向南不可能，敌人已占夹金山以南地区，向东也不可能，敌人已在东面集结130个团兵力；向西条件更难，只有北上才是出路。中共中央所有领导人，包括张国焘在内，都同意这个意见。但是会后，张国焘以种种借口，拖延北上。8月上旬开始，周恩来积劳成疾。20日，中共中央在毛儿盖召开会议，由毛泽东作报告，报告仍坚持北上方针，红军主力要北出洮河流域，取得甘陕广大地区。这以后，张国焘发展到企图危害中央的地步，中共中央决定率红一、红三军立即北上。到哈达铺后，中共中央得知陕北有刘志丹、徐海东领导的红军，有革命根据地存在，决定率红军落脚陕北。
实践证明，北上是正确的。红一、三军到达陕北，和当地红军会合后，进行了东征和西征。从1935年10月到1936年7月这10个月中，红军扩大了130％，缴获枪支7000多枝，筹得抗日经费40多万元，攻下县城7座，扩大苏区90余万公里。革命根据地的面积扩大到东西长1200余里，南北600余里，南抵陕西耀县，西南至泾川、长武，西抵甘肃庆阳，西北达靖边，东达黄河，北过长城与蒙古族取得联系，陕南游击队也十分活跃。
1935年11月3日，中共中央常委会在陕西甘泉县下寺湾召开，研究常委分工问题。张闻天主张军事方面由毛泽东负责，周恩来只负责组织局不管军事。这次，是毛泽东挽留周恩来仍作军事工作。毛泽东提出，军委主席由周恩来担任，自己可以当副的。周恩来说，自己是愿意从事军事工作的，但军事领导应以毛泽东为主。毛泽东又说，关于军事领导，指挥军事，恩来都是较通的。会议决定：成立西北革命军事委员会，毛泽东为主席，周恩来、彭德怀为副主席，周恩来还负责组织局的工作。
从此，周恩来长期担任军委副主席，和军委主席毛泽东，数十年间在军事上始终亲密合作。