在抗日战争时期，广东省惠州城先后四次沦陷，侵华日军占领惠州期间，大肆烧杀、奸淫、抢劫，无恶不作，总计屠杀居民5000余人，市区几乎全部被毁，仅1942年2月4日第三次沦陷的头三天，日寇就屠杀居民3000人以上。这是日本帝国主义欠下的又一笔血债！
1938年8月间，日寇以两个师团4万余人的兵力，由海空军掩护下大举向华南进犯。1938年10月11日下午5时左右，在虎头门洋面上，发现日寇军舰多艘，天黑前日舰增至六、七十艘，并有敌航空母舰。12日凌晨4时左右，日寇在强烈炮火掩护下，分两路在惠属大亚湾强行登陆。一路在霞涌登陆，霞涌原驻有国民党海军陆战队一个营，仅略作抵抗即向捻山方面溃退。日寇迅速占领白芒花、平山等地，第二天，日寇侵占良井、平潭，直向马安、惠州进迫；另一路日寇于12日上午在盐步头登陆，防守澳头的151师罗懋勋团的一个营因众寡悬殊，在日寇海陆空军强大火力压制下，伤亡重大，不支溃退。敌快速部队即向淡水进发，守军另两个营，稍经抵抗后溃退，约下午6时，日寇侵占淡水。13日敌由淡水侵占永湖、三栋进抵冷水坑附近，直向惠州迫进。另一股由永湖侵占镇隆、陈江再即北窥惠州。这样，日寇就从三面形成对惠州的包围。
10月14日清晨，由冷水坑及陈江向惠州进攻的两路日寇，已直扑城郊。是时惠城内外，尚有各处迟来的151师师直部队和451旅何联芳部队等。因撤退不及，均凭借飞鹅岭附近的大小挂榜山堡垒抵抗，激战数小时，因受日寇炮火及飞机猛烈轰击，伤亡惨重，纷纷向博罗溃退，所有重兵器、大炮、车辆等，尽落敌手，情势狼狈。由平潭进攻惠州的日寇，仅在进军途中偶遇少数散兵而发生战斗，亦抵达惠州。此后各路日寇在惠阳境内，再未遇到任何抵抗，惠州第一次沦陷了。
日寇入城后，大肆烧杀，焚惠州最繁盛之水东路店铺，大火10余天不熄，其余街道店铺、民房，亦一律焚毁。日寇见人即杀，见物即抢，奸淫妇女，虽六、七十岁之老妇，十二三岁之幼女亦未幸免。日寇侵占惠州城50多天，惠州居民死伤惨重。至12月7日，日军退出惠州，临走时炸毁东新桥。国民党军队师长温叔海于日寇退去两日后，始敢来惠州，将至惠城，放空枪千余发以示威，旋即电报其上级，谓力战几昼夜，将日寇逐去，克复惠城云1941年5月3日，惠州第二次沦陷。5月1日，日寇分兵三路包围惠州，一路经石尤沿东而上；一路由樟木头绕道斜出，经平潭、永湖、马安、三栋；另一路从博罗至岭头渡江，进占横沥，形成对惠州的重重包围。
驻惠州的国民党第12集团军的独9旅与日寇接战。黄昏，日寇退回铁路线。5月2日拂晓，日寇调动陆空军进行反击，轰炸陈江一带防线，并用剪形战术，一路由惠樟公路前进，与独9旅626团展开拉锯战，另一路日寇由东美观澜圩迂回新圩、镇隆，向防军保10团所守之烂草鞋山及佛祖坳一带阵地攻击，但该团早已放弃阵地撤退，于是626团侧翼就暴露在日寇火力之下，形势非常不利，遂撤至惠州城外佛子坳高地。5月3日，日寇再次组织进攻，独9旅不敢再战，撤离惠州。日寇遂第二次侵占惠州城。
此次沦陷，惠州市民多事先逃避乡间，日寇入城一无所获，遂到各乡搜劫，在蓬瀛村屠杀居民及城中逃难者400多人。日寇在5月10日撤退，当天拂晓，日寇出动数百人，各携燃火工具分别在水东路、塘下、打石街（中山西）、万石路（中山南）的商店民房，以鸣炮为号，一齐放火焚烧商店民房。第一炮响后，顿时，各处火烟冲天。呜第二炮，日寇开始撤退，此时县、府两城已成火海，市区已成废墟，焚毁房屋达百分之八十。此外，西湖周围的名胜古迹，如栖禅寺、永福寺、元妙观等，亦遭焚烧。
1942年2月4日，惠州第三次沦陷。2月初，日军酒井部中川联队向惠州进犯。适逢国民党广东省政府主席李汉魂来惠阳前线视察，准备在惠州逗留一、二天就到海、陆、丰去。3日晚上，李汉魂在惠州县城县立第一小学礼堂召集惠州地区党政军学各界人士开会。在李讲话时，一位上校团长匆忙向李汉魂报告，“顷接前方电话，敌军已抵达东岸，桥头发现敌踪”。接着该团长拿出地图指出敌军与惠州的距离，李汉魂听后继续讲了20分钟的话即宣布散会，当时己是深夜11点。离场前，四专署保安司令部主任参谋提高嗓子对大家说，各单位立即离开惠州，必须在明晨8点钟前越过平山镇。
2月4日，日军大队由东岸桥头转入惠州城西郊半径乡附近。布防在飞鹅岭及挂榜山的独9旅一个团，待日寇进至半径乡牛峡坳的小路时，即开炮轰击，开枪扫射，日寇联队长被击毙。日寇老羞成怒，派飞机掩护大队日军进犯，日寇登挂榜山，独9旅即退兵，日军遂进占惠州。
日寇入城后，进行报复，逢人便杀，只埔头一处即惨杀100余人；礼门义路及叶屋巷口杀100余人；南津牛颈岭杀死300多人；在五眼桥河边被活埋的有几十人；而用汽车运出郊外惨杀的不计其数，估算这次遭杀害的人数达3000人，残酷的大屠杀达3天之久，始退出惠州。
1945年1月14日，惠州第四次沦陷。1945年1月，日寇进攻粤北，同时重占沿海地区，以配合粤北战争，并拟巩固沿海基地，应付美军登陆，东江日军即分两路夺取惠（阳）博（罗）；另一路在飞机掩护下，从大亚湾、澳头再次登陆，配合深圳出犯之敌侵占淡水、惠州。
1月14日，日寇发动进攻，第四次侵占惠州，由于惠州市民经过前三次沦陷的惨害，大多数居民都预先逃居乡间或山区，所以损失不大。日寇入城后，采用“以华治华”的政策，事先组织好伪军汉奸，一齐进城，随即组织以汉奸何彬如为首的维持会，派出伪县长，设立机构，除发动各商店复业外，并同奸商往内地经营黄金、粮食生意，从中谋利。同时开设防务公司（即赌博公司）、禁烟局（即鸦片烟馆）、彩票公司、出入口货物附加征收处以及妓院等增加税收，企图用这些手段挽救其经济的严重危机。日寇非常害怕抗日游击队，经常利用汉好力耳目，到处抓人，每获青年，刑讯惨酷，指为游击队，肆意屠杀，企图以此扑灭人民抗日烈火。
1945年8月15日，日本政府发出乞降照会。9月2日，日本正式签字投降。签字后，各地日军及其眷属均由集中营看管。惠州则以现在的中山公园为集中营地点，日军入集中营后被解除武装，不得外出。惠州接收投降负责人为原东江行署主任缪培南。一个月后，战俘遣送返国。日军四次侵陷惠州，据不完全统计，屠杀群众5000人以上，财产损失不计其数，日本帝国主义侵华暴行更加激起了中国人民的反抗。