1966年 61岁
1月22日 参加东北局书记处办公会议。曾思玉传达中央军委关于战备工作的指示。会议经过讨论指出，做好战备工作的根本问题，是要全面贯彻执行毛泽东关于人民战争的思想。这个思想认识提高了，其他问题就会迎刃而解。
1月30日 在东北局召开的增产节约大会上讲话说，增产必须节约，节约就可以增产。生产不停，节约也永远不会停。即使到了共产主义社会也要节约。
同日 向新中国培养的第一代优秀的机械工业总工程师高方启同志遗体告别。
2月2日 在讨论1966年东北财贸工作要点时说，财贸工作的重点应当放在农村，特别要狠抓基层。基层工作做好了，为生产服务和为人民服务的问题也就解决了。
2月4日 在东北局机关于部大会暨东北局财贸工作会议上，就农业、粮食、财贸、工业支援农业、增产节约和战备工作等，作了有情况有分析有结论的报告。东北局认为这个报告很重要，对各方面工作都有指导意义。于3月4日将这个报告转发各地贯彻执行。
2月5日 在讨论召开学习毛泽东著作会议时说，交流学习好的经验，要少而精，要有特点，不要一般化。
2月20日 在听取官屯工作队汇报工作时指出，现在已是青黄不接时期，对群众的生活安排，要一抓到底，不能有丝毫大意。
3月中旬参加东北局和辽宁省在鞍山市召开的政治工作会议，讨论用毛泽东思想武装干部和群众，在农村留下一个“永远不走的工作队”。
4月1日 在东北局书记处会议上介绍营口官屯大队抓党的组织建设的经验。
4月6日——12日 出席东北局全委会（扩大）第九次会议。会上学习了毛泽东同志关于学术批判问题、工业管理体制问题、农业机械化问题的指示，通过《东北局关于进一步开展学习毛主席著作运动的决定》。马明方在会上发言，强调在实践中学，在实践中用，在改造客观世界的同时，不断地改造自己的主观世界。
4月23日 在参加官屯社教工作队的辽宁师范学院师生座谈会上讲话。强调理论要与实际相结合，结合得好，书本上的知识就能学得懂，学得好；否则，就可能一知半解，知其然而不知其所以然。
4月26日 马明方手书“认真读毛主席的书，用毛主席的思想不断提高自己，做好政治、思想、经济、文化等各项工作。”
5月初在东北局财贸政治部召开的辽宁、吉林、黑龙江三省财贸领导干部会议上讲话指出，财贸领导干部能不能学好用好毛主席著作，这不只是个人的问题，而是关系到一个地区、一个部门能不能高举毛泽东思想红旗，办好人民财贸工作的大问题。每个领导干部都应当放下官架子，在实践中同群众一起学习，当好人民的公仆。
5月18日 参加东北局书记处办公会议，讨论结束农村社教问题。
6月7日 出席东北局书记处第30次会议上，讨论“文化大革命”问题。
6月14日 在听取东北局农委关于农田基本建设情况的汇报后指出，农田基本建设在贯彻执行“治山治水，植树造林，养猪积肥”方针的同时，要突出解决水肥问题。
6月24日 参加东北局书记处会议，听取东北局文化革命办公室关于全区“文革”运动进展情况汇报。会议要求各级领导干部“必须站在群众前面领导运动”。
6月27日 参加东北局书记处办公会议，讨论沈阳市二十三中党支部和黑龙江省领导“文化大革命”的几点作法。
6月29日 参加东北局“文化大革命”座谈会。
7月2日 在听取姬也力关于群众生活安排座谈会的汇报后说，做好粮食工作，安排好群众生活，这是关系发展农业生产和推动农村建设的大事，必须全面抓，全年抓，上下一起抓，抓实抓好，不能掉以轻心。
7月8日 在东北局召开的省地县委书记电话会议上讲话，强调要抓紧防汛治虫和田间管理等工作，夺取全年农业好收成。
7月16日 在沈阳部队领导机关举行的学习某炮连战士刘英俊的大会上讲话说，中国人民解放军是一所共产主义的大学校，培养出刘英俊这样伟大的战士，我们感到无限自豪和骄傲。
7月20日 《辽宁日报》发表马明方《向毛主席的好战士刘英俊同志学习》的文章，号召广大干部和群众学习刘英俊无私无畏的高尚品质和全心全意为人民服务的彻底革命精神。
7月23日 参加沈阳市50万人集会游行，坚决支持越南人民抗美救国的正义斗争。
7月 当报纸上发表社论，大批“政治落实到业务上”的观点时，马明方仍然坚持说：“不要不敢说政治落实到生产上。还是要说的”。
8月1日——12日 出席中共八届十一中全会，并在东北小组会上发了言。刘少奇向全会报告八届十中全会以来的工作，并对“文化大革命”开始后派工作组的作法承担了责任。毛泽东在插话中指责派工作组犯了方向路线错误。会上印发了毛泽东8月5日写的《炮打司令部——我的一张大字报》。通过《中共中央关于无产阶级文化大革命的决定》。全会还根据毛泽东的提议，改组了中央领导机构。中央政治局常委由原来的7人扩大到11人。名次排列为毛泽东、林彪、周恩来、陶铸、陈伯达、邓小平、康生、刘少奇、朱德、李富春、陈云。这次全会标志着“文化大革命”的全面发动。
8月19日 出席沈阳市30万群众庆祝“无产阶级文化大革命”的集会和游行。
8月下旬当吉林省副省长兼延边朝鲜族自治州州长朱德海被“造反派”揪斗，局势难以控制时，周恩来总理明确表态：“培养一个少数民族干部不容易，朱德海是好同志”。并指示宋任穷、马明方到延边做说服工作。宋任穷、马明方和吉林省委书记赵林在延边召开州委会议，传达总理指示后，马明方留在延边继续工作。经过同“造反派”反复多次的座谈协商，排除种种阻力和干扰，终于保护了朱德海等一批干部。
9月24日 宋任穷、马明方出席中国人民解放军沈阳部队学习毛泽东著作积极分子代表大会闭幕式，并接见了全体代表。
10月6日 主持东北局书记处办公会议。在讨论三线建设规划问题时说，三线建设要按照靠山隐蔽、自力更生、勤俭建国、亦工亦农的方针，把三线企业建设成为大庆式的新型企业。
10月7日 主持东北局书记处办公会议，提出从上到下。各级都要组织抓革命和生产的两套班子。农村要大力提倡计划用粮，节约用粮，藏粮于民，藏富于民。
10月9日 在北京参加毛泽东主持的中央工作会议，讨论“文化大革命”问题。林彪在会上讲话指名攻击刘少奇、邓小平执行的是“一条压制群众、反对革命的路线”，并说“这次文化大革命运动的错误路线主要是刘、邓发起的”。从而在全国掀起批判刘邓的所谓“资产阶级反动路线”的高潮。
10月中旬主持东北局书记处办公会议。在听取粮食部副部长赵发生介绍吉林、黑龙江农村形势和粮食工作情况后，要求东北各地继续抓好“三秋”工作，力争多增产一些，多收购一些。
冬在“文化大革命”发展到冲击党政领导机关、揪斗领导干部时，马明方从东北给远在西安的儿子马广和儿媳史宝琴写信，说他没有问题，让儿子儿媳放心，好好听党的话，好好学习，好好工作。
1967年 62岁
3月16日 中共中央印发所谓《薄一波、刘澜涛、安子文、杨献珍等自首叛变材料的批示和附件》。从此在全国刮起了“抓叛徒”的妖风，制造了所谓“新疆叛徒集团”、“东北叛徒集团”等重大冤案。
4月3日 宋任穷、马明方、曾思玉等参加沈阳20万“无产阶级文化革命大军”举行的“坚决打倒党内最大的走资本主义道路当权派，彻底粉碎资本主义复辟的反革命逆流誓师大会”。
5月 在中南海召开的一次会议上，当有人提出“新疆叛徒集团”的问题时，周恩来总理明确表态：“这件事我最清楚，是党中央委托我通过张治中把他们释放回延安的。”
8月16日 鉴于抓“新疆叛徒集团”之风甚嚣尘上，张治中挺身而出，给毛泽东主席写信，说明新疆出狱的马明方等同志，是他受中共中央和周恩来委托“无条件释放”并派专人送回延安的，中共人员在监狱里经受了严酷考验，“始终坚贞不屈”，实属人才难得。
10月6日 《辽宁日报》《沈阳日报》发表《打倒马明方》的错误社论，并以两个整版公布了诬蔑马明方的所谓“罪行”的材料，欲加之罪，何患无词。
10月7日 从即日起，《辽宁日报》以“批倒批臭马明方”的专栏，连篇累牍地发表诬蔑马明方的所谓批判文章。
10月13日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方讲的“革命的目的就是为了发展生产，政治要落实到生产上”的观点，诬蔑为“是复辟资本主义的经济第一的反动观点”。
10月16日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方“开放农村集市贸易，活跃农村经济”的观点，诬蔑为“是破坏社会主义计划经济，开通农村资本主义渠道”。
10月22日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方提倡“在农村积极推广使用拖拉机等科学农具，促进生产力发展”的观点，诬蔑为“是反对农业合作化的唯生产力论”。
10月26日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方主张“包产到户”的生产责任制，诬蔑为“是攻击人民公社，大刮单干风”。
10月底前后 在东北地区的《吉林日报》《黑龙江日报》《锦州日报》《朝阳日报》《阜新日报》《本溪日报》《旅大日报》《抚顺日报》《丹东日报》《鞍山日报》《辽阳日报》等，先后转载《辽宁日报》《沈阳日报》的错误社论《打倒马明方》和诬蔑马明方的所谓“罪行”材料。
11月 “新疆马明方叛徒集团”正式“立案”，称“四三”专案。对外代号“五二六”，隶属中央三办。南开卫东“四三专案组”被称为中央特许“四三专案组”。马明方、张子意、杨之华、吉合、高登榜、秦化龙、刘护平、李云扬等20多人被中央专案组列为直接审查对象，由北京卫戍区关押。
11月21日 把马明方从沈阳押送到北京卫戍区“特监”关押，被改名“马五”，没有任何自由。
11月29日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方看过的《中国共产党在陕西地区斗争简史》《西北红军战史》和小说《刘志丹》的征求意见稿，诬蔑为“支持编写反党黑书，为反党夺权制造舆论”。
11月底马明方到“特监”后给“专案组”写了在新疆狱中同敌人坚决斗争的材料。
12月5日 《辽宁日报》发表署名的所谓大批判文章，把马明方讲的“发展生产在任何时候，都是进行群众工作的基本内容，都是获得富裕生活的惟一途径——生产致富”的观点，诬蔑为“是老修正主义者唯生产力论的翻版”。
1968年 63岁
1月 “四三”专案人员，连续十多天对马明方进行了“一日三审”的日夜车轮战，使其身心受到严重摧残。
1月20日 马明方从“特监”中给在北京的女儿马锐和女婿战式印捎信，说他离开沈阳到北京“快两个月了”，要求给他送些钱和日常生活用品。
1月24日 “特监”单位的两个军人，从马锐工作单位给马明方带去50元钱。
1月29日 “特监”单位一个军人，从马锐工作单位给马明方带去40元钱，一斤白糖、半斤奶糖、塑料床单一条、书包一个、尼龙袜一双、喝水杯一个。
2月 “四三”专案人员，用打耳光、卡脖子、拳打脚踢、燕儿飞天、坐喷气式飞机等十多种刑罚，对马明方进行了20多天的刑讯逼供，惨不堪言。
3月18日 在“特监”中写《我的自传》材料。简要回忆了从投身革命到东北局工作的50多年的历史概况。
4月 “四三”专案外调人员，经过大量的调查表明，马明方等在新疆狱中斗争顽强，没有找出任何“叛变自首”材料，于是在填写《审查对象表》时，将马明方的“叛徒”改为“叛徒嫌疑”，遭到康生一伙的训斥：“中央定叛徒，你们定嫌疑，政治立场动摇，站到敌人一边去了。”
春 “四三”专案人员，奉命“加大深挖力度”，捏造罪名，硬把马明方在新疆狱中填写的“八路军工作人员”篡改为“中共党员”；把“信仰共产主义，也愿为实现三民主义而奋斗”篡改为“信仰三民主义”，以此伪证诬陷马明方为“叛徒”。
5月11日 《人民日报》《解放日报》发表《东北大地红烂熳》的社论中，错误地点名批判马明方、顾卓新、喻屏，周桓等是“代表国民党反动派的利益，代表帝国主义、资产阶级和地、富、反、坏、右的利益，疯狂反对毛主席的无产阶级路线，推行反革命修正主义路线，妄图在辽宁复辟资本主义。”
6月1日 康生在“四三”专案组的一次会议上，诬蔑新疆出狱人员“不仅是集体欺骗，而且和张治中一道合伙欺骗我们党，投敌叛变”。并诬陷马明方是叛徒集团的“首恶分子”，迫害变本加厉。
10月13日——31日 中共八届十二中全会（扩大）在北京举行。原八届中央委员、候补中央委员中，包括马明方等被诬陷为“叛徒”、“特务”、“里通外国”、“反党分子”的占总数的52.7％。97名中央委员中除去世的十人外，能参加这次会议的只有40人，开会时从候补委员中补了十人为中委，才勉强过半数。候补委员能去出席会议的只有九人，而被扩大参加这次会议的人员达74人，占会议成员总数133人的57％。全会在极不正常的情况下，批准了用伪证写成的《关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪矸的审查报告》，作出了把刘少奇“永远开除出党、撤销其党内外一切职务”的错误决定，造成我党历史上最大的一桩冤案。与会的中共中央委员、中华全国总工会副主席陈少敏不畏高压，对这个决定拒不同意，可贵可敬。
1969年 64岁
12月 马明方到“四三”专按审讯室收到两位审讯员的训斥：“我们有证据，你不承认由不得你！”马明方说：“请你们把证据拿出来，摆在桌面上，难道证据还不敢见人吗？”
1970年 65岁
年初 “四三”专案审讯人员威逼马明方：“你的问题很严重，承认了就可以活，不承认就是死路一条！”
4月 “四三”专案人员硬逼马明方承认“叛徒”，马明方回答：“我已经说过几百次了，我没有做任何叛党的事，你们硬说我做了，还是凭证据定论吧！”
1971年 66岁
年初马明方同“四三”专案人员就“承认不承认叛徒”问题据理抗争，专案人员无言以对。
6月1日 “四三”专案人员威胁马明方：“在你面前摆着两条路，承认了就是活路，不承认就是死路！”马明方说：“我没有做任何损害党的事，一厘一毫也没有！我在狱中同敌人作了可能的坚决斗争，这就是我的回答。”
9月 毛泽东、周恩来指示，迅速给马明方等同志平反。但康生、江青一伙横加阻挠，拒不执行。
11月 得悉林彪叛逃，葬身温都尔汗。明方痛斥“罪不容诛”。
1972年 67岁
1月11日 给“四三”专案审讯负责人写信质问：“你们说我做了自首叛变的事，根据是什么？”“我在新疆狱中同敌人作斗争的情况，早给你们写了书面材料，没有必要再重复了。”
5月15日 给女儿马锐和女婿写信，嘱咐“要下决心独立生活，自己管理自己”。
6月1日 质问“四三”专案审讯负责人：“我的问题能不能结束？”回答：“你不承认就不能结束。”
6月中旬给“四三”专案组写了申诉材料。
7月10日 再次给“四三”专案组写申诉材料。
11月9日 马明方同“四三”专案人员对话：“专案组应集中时间把我的问题搞清楚！”
“不行，没有时间。”
“请中央派人参加对我的审讯！”
“我们就是中央派来的。”
“请允许我给中央写信。”
“可以，信要交给我们。”
“我的信是写给中央的，不是写给你们的！”
11月12日 给“四三”专案审讯负责人写信，要求尽快结束审讯。
12月3日 给周恩来总理写信，报告几年来的审讯经过，并盼早日得到正确处理。
12月4日 给周恩来总理写1967年到1972年“特监”审讯的全过程。
12月5日 给周恩来总理写信反映专案审讯负责人两次强行拿走他的写信底稿。
12月17日 给“四三”专案审讯负责人写信，要求下次审讯时把证据拿出来，再不要说“证据是有的”之类的话了。
1973年 68岁
1月4日 给“四三”专案审讯负责人写信说，我已被关了七个年头，望早日弄清问题。
1月11日 给“四三”专案组写信质问：你们对我提出的问题，始终避而不答，这怎能不叫人怀疑？
2月2日 农历腊月三十，经再三请求批准，女儿马锐和女婿战式印携子女晓明、晓苓，冒着大雪，探望七年未见的父亲。明方喜出望外。但专案人员面告：只许谈家事，不许谈案情。明方当即怒斥：“你们凭什么说我是叛徒？我在新疆狱中没做过对不起党的事，叛变党的人是不敢回延安的。这话我说了五六年了，你们为什么听不进去。你们请中央派人来，我有话要说。”
3月2日 马锐全家第二次探视，明方见到外孙和外孙女特别高兴。并问马锐：“淑良、马广都好吗？我最不放心的是小芳。”
3月6日 儿子马广和儿媳史宝琴携女儿马琨、马冀从西安来到首都工农兵医院（同仁医院）看望久别的父亲。明方见到儿子、儿媳和小孙女，高兴地说：“见到你们多不容易啊！你二大全家还好吗？”两个孙女偎依在爷爷身旁，手拿苹果，边削边喂边逗趣。明方感喟“七年监禁，难得有此含饴弄孙之乐”。
3月9日 马广和史宝琴一家第二次看望父亲，明方反复嘱咐：“你们要把孩子好好教养成人，做一个真正的有益于人民的人。”
3月15日 马锐、马广全家看望父亲时，明方斩钉截铁地说：“我在新疆没有做任何对不起党的事，你们绝对放心。”并将他利用纸烟盒和报纸写给毛主席和周总理的信，秘密交子女带出，托孙维世转给周总理。
3月29日 马锐看望父亲时，明方第一句话就问：“信转给孙维世没有？”女儿有口难言。岂知孙维世因受江青一伙迫害，早在1968年10月14日就惨死狱中。
4月13日 夫人马淑良从下放监督劳动的辽宁农村（盘确胡家农场红旗大队）第一次来到首都工农兵医院，看望七年未见的明方。明方惊喜而又关切地问：“你怎么来了，小芳好吗？”淑良强忍痛苦，佯告“小芳还好。”后倾诉久别思念之情。
4月21日 明方病情加重，腿肿，四肢麻木，不想吃饭。
4月28日 明方对女儿说：“马锐呀，我的身体全垮了，有点支持不住了，又无家可归，就把我接到你家住吧？”女儿哭着说：“爸！我的家就是你的家，只要人家让接，我马上接你回家。”
5月5日 明方对女儿马锐说，要请求中央让我回家治病。
5月25日 明方反复叮咛淑良：“对小芳的病，不能掉以轻心，要耐心关怀她，体贴她，让她好好静养。”这次探视后淑良仍回辽宁农村劳动。
5月31日 明方对女儿马锐说：“如果我的身体好了还可以为党做很多事，”并关切地问：“贺老总、习仲勋、刘澜涛、马文瑞他们还好吗？”
7月2日 明方给女儿马锐讲了很多家庭往事，特别告诉她：“你奶奶虽是农村妇女，但淳朴善良，精明能干，同邻里关系特别好。30年代初，敌人两次抓我，都是你奶奶设法让乡亲们保护我脱险的，她是有功劳的，我永远怀念她。”
7月10日 明方对看望他的孩子们说：一个人能力有大小，职务有高低，但一定要全心全意为党工作，不能三心二意。我的问题党会正确处理的，你们不能有任何埋怨。
7月13日 明方对女儿、女婿说，1946年7月我从新疆回到延安后，毛主席接见我们时说：“你们都是好同志。”
7月22日 马明方给毛泽东主席写信，要求为“新疆马明方案”平反。
8月21日 马明方给周恩来总理写信，说专案人员从一开始就搞刑讯逼供，动不动就拳打脚踢，搞车轮战，白天晚上，一日三审，罚站、卡脖子、打耳光、坐喷气式飞机等等，残酷折磨，难以忍受，也难以容忍。
8月25日 马锐全家看望父亲，明方抚摸着外孙和外孙女非常高兴，并关切地问：“小芳还好吗？马广的孩子好吗？”
9月26日 弟弟正方从陕北榆林到首都工农兵医院看望哥哥，这是兄弟俩“文革”八年后的第一次见面。明方惊喜地问：“正方，你来了，人家批准了吗？”兄弟俩紧紧握手，潸然泪下，辛酸苦楚，尽在不言中。明方指着自己掉了的门牙，在手上写了个“打”字，示意牙是被专案人员打掉的。
9月29日 正方第三次去医院看望哥哥，准备辞行。明方给弟弟说：“你回吧，好好工作，我的问题相信党中央和毛主席会正确处理的。”
10月11日 明方给女儿说，你们要耐心等我的正确结论，不要给组织增加一些不必要的麻烦。
10月16日 马淑良从辽宁农村来到北京，住在女儿马锐家，连续四个月，几乎天天去医院照顾明方。
1974年 69岁
2月24日 明方的病情虽未好转，但夫人马淑良身不由己，忍痛离京，返回辽宁农村劳动。
4月 明方对女儿说：整我的人，来头不小，也来者不善，看来短时间也不易解决。我等不上了，你们等，死了能弄清也好。
8月6日 病情恶化。医生诊断为：脑血管硬化、心肌梗塞、高血压（230）、肺部感染（高烧40°）。
8月7日 病情继续恶化，时有昏迷现象。
8月9日 明方嘱咐亲属：我没有做任何有损于党和人民的事，你们能把我的问题报告给毛主席、周总理，我也就瞑目了。
8月10日 明方反复告诫儿女们：你们都是党员，党员心中要有党，要相信党，要堂堂正正做人，老老实实做事，实事求是，不说假话。
8月11日 弥留之际，断断续续不时地念叨着他心爱的小女儿，“小芳，小芳……你在哪里？……你怎么不来看爸爸呀？”
8月12日 马淑良从辽宁农村赶到首都工农兵医院。这时明方已不能说话，只微微地睁开眼看了一下就昏迷过去了。
8月13日2时45分 心脏停止跳动，含恨而逝，终年69岁。当时中共中央决定为马明方开追悼会，并发了通知，后因“四人帮”阻挠未开成。1975年7月31日，中共中央办公厅10号文件宣布“毛主席、党中央已经批准对新疆马明方案，予以平反”，“马明方等绝大多数同志，在敌人监狱里表现很好，没有自首叛变”。又因“四人帮”干扰，政策并未完全落实。1979年12月29日，中共中央为马明方举行了追悼会，徐向前主持，姚依林致悼词。1980年6月14日中共中央批转中央组织部、总政治部《关于为“新疆马明方案”平反报告》，推倒一切诬蔑不实之词，彻底平反，还了历史的本来面目。