领导指挥体制包括国家领导国防的体制、政府实行国防行政管理的体制和军队总部指挥体制等。第二次世界大战以后，世界各国普遍健全了最高国防决策机构，建立了政府国防行政主管机构，武装力量行政管理和作战指挥系统更趋集中、统一、健全。
(1)最高决策机构
国家对国防的领导是国家的重要职能之一。各国有关国防的最高决策都由国家权力机关作出。许多国家的宪法规定，有关战争与和平的重大事宜由国会决定，武装力量由国家元首或政府首脑统率。如：美国总统是法定的武装力量总司令；英国国王是名义上的最高统帅，但由于政府掌握国家最高行政权力，统帅权实际上由首相行使；在联邦德国和日本，政府首脑是法定最高统帅。
在第二次世界大战以前，除上述国家权力机关以外，绝大多数国家都没有常设的、专门的最高国防决策机构。英国在1904-1939 年期间设立首相领导的帝国防务委员会，是少有的例外。苏联在20年代一度设有劳动国防委员会。二次大战期间，苏联设立国防委员会，作为战时最高国家权力机构和最高军事领导机构，国防委员会下设最高统帅部大本营。战争结束后，国防委员会随即撤销，最高统帅部恢复平时状态。英国在二次大战期间设立战时内阁，战时内阁下设国防委员会。重大决策主要由战时内阁作出。
第二次世界大战以后，各国普遍设立国家权力机关领导下的、常设的最高国防决策机构，以完善国防领导体制。
美国在1947年根据国会通过的《国家安全法》设立国家安全委员会。总统为委员会主席，成员包括副总统、国务卿、国防部长、财政部长等，总统国家安全事务助理为执行秘书长，参谋长联席会议主席和中央情报局长为顾问。该委员会的职责是协助总统制定与国家安全有关的内政、外交与军事政策，实际上是最高国防决策机构。
其他西方国家也先后建立了与美国国家安全委员会类似的国防决策机构。如：英国在战后设有经改组的国防与海外政策委员会，首相任主席；法国在1959年设立总统任主席的内阁会议、国防委员会、限制性国防委员会和高级国防会议，分别解决不同层次的国防问题；联邦德国在1955年设立总理任主席的联邦安全委员会；日本设有首相任主席的国防会议，后改称安全保障会议。
苏联在战后长期未设立专门的常设最高国防决策机构。1974年设立国防会议，由苏共中央总书记任主席，部长会议主席任副主席，成员包括国防部长、外交部长、苏共中央主管国防工业的书记、国家安全委员会(情报机构）
主席、军队总参谋长等。国防会议平时是最高国防决策机构，战时是国家和武装力量的最高领导机构。由于苏共在苏联所处的领导地位，国防决策事实上一直由苏共中央及其政治局作出。东欧各国的情况与苏联类似。
中国在1949年10月设立中央人民政府主席领导的政府人民革命军事委员会。1954年改设国家主席领导的国防委员会，同时设立中共中央军事委员会。中共中央军委全面领导军事工作，国防委员会是具有统一战线性质的组织。此后，中共中央军委一直是最高国防决策机构。70年代不再设立国防委员会。1982年设立在组成和职能上与中共中央军委完全相同的国家中央军事委员会。几十年来，中共中央政治局一直与有关国家机构共同作出关于国防的重大决策。
发展中国家的情况差别较大。印度等一些国家设立了与西方国家类似的最高决策机构。越南等一些国家实行与苏联、中国类似的决策体制。还有一些国家，军队的独立性较大，军队总司令部或陆军司令部在决策过程中的地位较突出。这些国家的军队往往发挥一定程度的政治作用。
(2)国防部
国防部是各国在第二次世界大战后普遍设立的政府国防行政主管机构。
多数国家的国防部具有行政管理和作战指挥双重职能。
在二次大战以前，多数国家设有平行的陆军部和海军部，个别国家在二战前不久还设立空军部，分别统辖陆、海、空军。如：在美国，总统通过陆、海军部长分别对陆、海军实行行政领导，经陆、海军部长并通过陆、海军参谋长分别对陆、海军实行作战指挥；苏联在国防人民委员部以外设有海军人民委员部，专门负责海军事务；英国在二次大战初期设立与陆、海、空军大臣平行的国防大臣，但未设立国防部，国防大臣仅具有协调各军种部的职能。
这种体制是在各军种之间的协同极少的情况下形成的，年代久远，主要特点是没有统一的军队行政管理和作战指挥系统，在二战期间暴露出各军种各自为政的严重缺陷。
美国在1947年根据《国家安全法》设立政府成员级的国防部长，作为总统处理国防事务的主要助手，并领导国家军事机构。国家军事机构极为简单，国防部长和三军部长同为政府成员，前者实际上仍无力协调三军间的关系。
1949年修改《国防安全法》，决定将国家军事机构改称国防部，三个军种部由内阁部降为国防部下属的部。1958年改组国防部，取消军种部长通过军种参谋长实行作战指挥的权力。改组后的国防部由三个系统组成：国防部长办公厅，负责计划、协调、行政管理；三个军种部，负责本军种的行政管理；参谋长联席会议，负责作战指挥。至此，形成了总统经国防部长并通过军种部长实行行政领导、经国防部长并通过参谋长联席会议实行作战指挥的体制，集中、统一的领导指挥得到加强。根据《国家安全法》，军官退出现役10年后方可担任国防部长。此后，仅在朝鲜战争期间破例任命退役不久的马歇尔将军为国防部长。国防部和军种部局长以上职务也由文职人员担任。这是为了保证民选的政治机构对军队有绝对的控制权，也造成多数国防部长在上任时缺乏履行职责所必需的军事知识等问题。
其他西方国家和部分发展中国家在战后也仿照美国的模式设立国防部，在国防部内设立职责划分较明确的行政管理和作战指挥两个系统，普遍实行文职人员担任国防部主要职务的制度。绝大多数西方国家设立国防部后取消了原有的军种部。
苏联在1946年初将国防人民委员部和海军人民委员部合并为武装力量部。1950年又分为军事部和海军部。1953年3 月两部再次合并为国防部。此后，国防部一直统一负责武装力量的行政管理和作战指挥。苏联国防部内设有八个总部和五个军种总司令部，但未明确区分行政管理和作战指挥系统。
在八个总部中，总参谋部主要负责作战指挥，兼管部分行政事务，并协调其他各总部和军种的活动；总政治部代表苏共中央主管军队中苏共党组织的工作；其他总部分管行政和后勤事务。军种总司令部的作用各不相同，除负责本军种行政管理外，海军总司令部有作战指挥权，空军和防空军总司令部有部分作战指挥权，战略火箭军总司令部有具体指挥权，陆军总司令部无作战指挥权。包括国防部长在内的主要职务都由军职人员担任，个别非职业军人任国防部长后也授予军衔。因而包括军队行政管理在内的各项工作都由熟悉军事工作的专业人员负责。东欧各国国防部的设置与苏联类似。
中国在1954年设立国防部，以国防部的名义公布中共中央军委的有关命令和指示，并从事对外交往工作。
(3)总参谋部
第二次世界大战以前，部分国家设有统一负责备军种作战指挥的总参谋部，部分国家没有统一的作战指挥机构。如：美国在陆、海军部长下分设陆、海军参谋长(海军称作战部长）；二战期间，为协调作战行动，设立起协调作用的参谋长联席会议，由总统的参谋长主持；但军种参谋长仍主要代表本军种的利益并受军种部长领导，参联会作用有限。英国的情况与美国类似。
1947年美国《国家安全法》确认参联会的合法地位，规定它是总统和国防部长的主要军事顾问，但军种参谋长仍听命于军种部长，参联会仍不具有实行统一作战指挥所需要的权威。1949年正式设立参谋长联席会议主席。
1958年取消军种部长的作战指挥权后，形成以参联会为核心的统一的作战指挥系统，参联会因而具有总参谋部的性质。美国的参联会专司作战指挥，不负责行政管理，职责单一，机构简单。
其他西方国家也实行了与美国类似的变革，但一些国家的总参谋部在作战指挥方面的作用更突出，并兼管部分行政工作和后勤保障工作。
苏联在第二次世界大战以前就设有总参谋部。苏军总参谋部具有较广泛的职责，除负责作战指挥外，还负责与作战有关的行政管理，协调各总部和各军种的活动，因而机构比美国的参联会更复杂。苏联解体后，俄罗斯的国防部和总参谋部保持了原来的特点。
中国的军队指挥体制独具特点。50年代初曾基本仿照苏联在中央军委下设立八个总部，1958年合并为总参谋部、总政治部、总后勤部。总参谋部是中央军委领导下的最高军事领导机关，统一负责作战指挥和行政管理，并直接负责陆军的行政管理。海军和空军领导指挥机构负责本军种的行政管理和部分作战指挥。第二炮兵具体组织战略导弹部队的作战行动。这种体制适合中国的军队结构和装备状况，有利于中央军委的集中统一领导。