按照南京当地报纸《和平日报》的记载，从1948年12月20日开始进行的夜间户口检查活动在新年的2月5日还没有结束，并且正成为常态，两万多人的行政人员组成5千多个“夜间入户”检查小组，敲开房门检查户口，要是有不符合户口记录的人口，必须马上去警察局登记，不进行登记的人家连每月15斤的户口米也领不到。
报纸报道，“多数民众能理智对待夜间登记”——事实上，“不理智对待”不可行，要是没办法领取政府供给的户口米，多数平常人家只能饿死。
根据当时在南京政府公务人员周家让回忆，尽管管制物价，规定所有商品不能超过1948年8月19日的价格，并且所有的商店不允许关门，可是，到了这个阶段，金圆券发行没有限制，米价与8月19日相比，已经上涨142万倍，“人们用麻袋装钞票购买商品，已经不算是什么新闻”。
按农历算，这是正月初七，可是南京丝毫没有过年气氛，《和平日报》的记者实地考察，即使是山西路的富人区也悄然无声，以往家家户户悬挂的精致的荷花灯也不见了踪迹，只有“一个孩子拿着劣纸糊的兔子灯”在街道上玩耍。
“首都卫戍总司令”张耀明还在竭力维护首都南京的正常运转，一方面是严格控制和供应食品，另一方面也是为了对付骚动不安的民众，“自从户口登记以来，已发生多起冒充公务人员入室抢劫案”。当然，更是为了防止共产党人混进南京城。
可是，这种维持在2月初即成为泡影——就在5日上午，行政院长孙科正式宣布，行政院开始正式在广州办公。孙科自从1月20日离开南京后，一直在忙于行政院南迁，早在1月29日的农历大年初一，由于行政院所属的中央银行南京分行的现金都已经搬家，代理总统李宗仁甚至拿不出银元来慰劳“首都卫戍部队”。行政院的很多部会，甚至只留下一两个小职员看门。按照《李宗仁回忆录》的记载，当时，“南京城空了一半”。
孙科将行政院迁往广州后，“府院矛盾”展现在所有人面前——李宗仁陷入更大困境：政府的存在受到了置疑，南京只有一个空洞的代总统，没有行政机构；而广州只有行政机构，没有政府首脑。《李宗仁回忆录》中，李宗仁坦诚了和孙科的矛盾起源：多年来，他和孙科一直关系尚好，可在1948年的副总统竞选中，孙科作为蒋介石支持的“黑马”，与李宗仁展开了激烈竞争，“桂系”的黄绍竑为了让李宗仁当选，“竟至揭露孙博士作为一个政治家的阴私。黄氏用假名发表了几篇文章，重提旧日的桃色事件——‘鄙眷蓝妮’”。
“蓝妮是一个颇有姿色的交际花，曾有个时期是孙博士的情妇，后来，她还叫两个女儿称孙氏为父亲。抗战时期，蓝妮一直留在上海，并且得到一笔相当可观的来历不明的财产。日本投降后，所有伪官员的财产都由政府没收，其中也包括蓝妮小姐的。”孙科当了立法院长后，给上海官员去了信，称“蓝妮”为“鄙眷”——此信成为轰动一时的笑谈。而黄氏用文学家的笔法将此事重提，李宗仁回忆说：“孙博士尴尬万分，并认为我手段恶劣。”
孙科不仅是为报复李宗仁，也是对守卫南京已经毫无信心，他对李宗仁说，共产党的军队已经到了临浦镇，南京已经处于远程大炮的射程之内，为使政治中心不受军事威胁，他一定要将行政院迁往广州。他把自己花了10万美元在中山陵附近造的一幢精美别墅卖给了行政院下属的中央银行，这也是当时报纸轰动一时的新闻。
行政院迁往广州后，李宗仁不得不反击，他在南京召集立法委员复会，而孙科和蒋介石也指示20多个立法委员主张在广州复会。当时报纸声称，愿意在广州复会的立法委员可以领到很高的报酬，远比在南京复会的每日发2000金圆券的立法委员报酬高。可是李宗仁还是得到了大多数人的拥护，有300多立法委员在南京复会，立法院复会后通过两项决议，一是赞成李代总统和中共和平协商的主张，二是要求行政院长孙科回南京报告施政过程。
监察院长于右任也站在李宗仁一边，并没有随大批官员出逃。
按照《李宗仁回忆录》记载，李宗仁在2月份先后派遣于右任等人去广州劝返孙科，可是都无功而返。2月22日，李宗仁自己飞往华南，表面上是去视察。当晚他和孙科进行了长谈，孙科说，在敌人的炮火下，不可能处理政务。李宗仁拿出抗日战争进行反驳，说当时的情况更危急。最终，孙科同意将立法院迁回南京。
可是，即使迁回南京，此时的立法院也不能有所作为了。根据当时在立法院工作的储子润回忆，早在1月末立法院南迁前夕，就进行了大量裁员，当时思想进步的青壮年、在立法院系统工作的中共地下党员或者同情中共的人，包括厌倦了国民党统治的中年人基本上辞职，60%的人已经离开了立法院。
而在立法院迁回后，李宗仁只获得了表面胜利，所谓复院，只是装门面而已。储子润回忆，去了广州的人根本不愿意回来，孙科只带了少数人回南京，“寡人一个，一筹莫展，终于辞职。”
此时的立法院已经成为烂摊子，没有人愿意接任。李宗仁多次劝说何应钦接任，并且用两人多年前共事之情打动他，何几次请示在溪口的蒋介石后，终于勉强接任。可是，因为当时南京城已经半空，“我和何应钦要克服无数困难才能组成新政府”。当时南京没人办事，行政院不得不动起了留在广州的那批不回来的职员的脑筋，添设了六只巨大的铝皮箱，每日由飞机将大量文件送往广州进行处理，储子润回忆，民航总局接到通知，广州和南京之间的班机运送公文成为重要事情。