民主改造和整编起义部队的过程，并不是一帆风顺的，也曾发生过一场意外风波，那就是十五军几十名连以上军官大闹军团部的事件。事件发生时，肖劲光和季振同等人都不在军团部，等他们快马加鞭地赶回来，只见军团部门前的大树下坐满了十五军连以上军官。十五军主要由原七十四旅改编而成，看着这群不争气的属下，季振同怒目圆睁地吼道：“怎么回事？”下面顿时嚷嚷开了：
“总指挥，你可回来啦。我们在这就等你一句话，我们都要走，这儿实在呆不下去啦！”
“我们来这儿吃苦受累，可人家还是把咱们当外人，老子受不了这窝囊气，不干啦！”
“他娘的！眼下这当兵的倒吃香了，还有权管起我们了，真是翻了天了！”
“这样的改造我们受不了，连放个屁都成了思想问题！”
人群中咒骂声不绝，肖劲光沉住气走上前去，和颜悦色地说道：“同志们！你们都是红军干部了，应该有个组织纪律，有什么问题提出来解决，围在这儿也不是解决的办法，还是先回去吧！”
没有人回应，也没有人动弹，一副不达目的誓不罢休的架势。
季振同气得对身边的警卫员吼到：“给我把黄中岳叫过来！”
于是，就在五军团军团部内，肖劲光、季振同、黄中岳、左权、高自立、苏进等开着会，屋外那些吵闹的军官则坐到地上等结果。
会议在紧张的气氛中进行着。
十五军四十三师政治委员高自立首先站起来，怒气冲冲地说到：“发展到打我们的政工干部，真是太不像话了，门外那些军官要走就走吧，想走你也留不住！”
“话不能那么说，你们一些政工干部做得也太过分了，搞什么士兵控诉军官。常言说，树要皮，人要脸，你们这么一搞，让人家还怎么干得下去？”一位起义将领马上站起来表示了不同意见。
肖劲光没吱声，但他心里清楚，十五军里一位工农出身的指导员做得比较过火，在连队里进行“红军和白军有什么不同”的对比活动，发动士兵控诉军官对他们的压迫，引起了起义军官的不满。但这只是事件爆发的导火索，问题的实质还不在这里。
“肖政委！有人说红军要兵不要官，我们这些人迟早要被彻底清理的，有没有这回事？如果真是这样，晚走还不如早走哩！”又一名起义将领向肖劲光问道。
“总指挥！我们听说红四军要来缴我们的械，与其这样，还不如我们自动离开呢……。”
“混帐！”季振同的牛脾气上来了，站起来把马鞭往桌上使劲一拍吼道：“什么乱七八糟的！两天不在，部队就乌烟瘴气。你们都是吃干饭的！——说，谁把我季振同扣了，呵？哪儿有部队埋伏准备缴械？说呀？？”季振同一顿吼叫，见下面都不敢吱声，便转而面对肖劲光质问道：“政治委员，咱们可是拎着脑袋带部队起义的，现在谣言四起，闹成这个样，你给大伙儿说说清楚，不然，这事没法处理！”
肖劲光知道在这种情况下，一般性地说说是解决不了问题的，必须把党的政策交给大家。但他知道在对待这些问题上，中央领导层中有不同意见，究竟怎么处理为妥，他拿不准。因此，他站起来，十分冷静地说道：“大家都不要冲动，这里面肯定有误会，也有人在故意捣乱制造谣言，我们不能凭一时之气，做出让亲者痛、仇者快的事情来。这样吧，大家在这等一等，我马上去请示中央！”随后，肖劲光宣布暂时休会，立即备鞍上马，先到总政治部，又到中央局和中革军委，把五军团发生的问题原原本本作了汇报。他没想到，有的领导见风就是雨，认定这是红五军团一些上层将领要带兵反水，主张立即调集部队武力解决。肖劲光情急之下提出自己的看法，即武力解决是迫不得已的下策，还是等做些工作看看再说。可用什么办法才能解决当务之急呢？肖劲光想到了毛主席，于是就拍马赶到了毛主席那里。毛主席听完肖劲光的叙述后，便反问肖：“你觉得如何处理呢？”
肖劲光说：“我不同意用武力解决，那样恐怕会越弄越糟的！”
毛主席和蔼地说道：“对！不能使用武力，只能通过教育改造的方式争取他们革命，只能用‘剥笋’的办法，而不能简单地采取‘割韭菜’的办法。”毛主席生动而形象地继续说道：“要准确地清除部队中残留的反动分子，而不能不分青红皂白的搞一刀切。你马上回去，对他们说是我讲的：第一，宁都起义参加革命是你们自觉自愿来的，我们表示欢迎。红军里缺人缺枪，尤其缺军事干部，希望他们能留下来，与我们共同战斗。第二，如果你们认为这儿不好，愿意回去，我们也表示欢送。捆绑成不了夫妻嘛，来去都自由！即使是以后想通了，要回到这里来，我们还欢迎。第三，是我毛泽东送他们的两句话：跟着国民党是没有前途的，中国的前途在共产党这边。信不信，历史会作出答复！”
“好，我明白了！”肖劲光心里豁然开朗。带着主席的指示，他立马赶回九堡，重新召集会议。
在肖劲光把毛主席的意见在会上传达后，季振同情不自禁地一拍手，说道：“好！主席的话我拥护，赞成！大家按毛主席说的分头去做部队工作。一句话，走上了这条路，就要坚决革命到底！”
在场的高级军官们也深受鼓舞，季振同走到门口，面对那些还坐在门外的军官们说到：“想回去做国民党大官的，请起立自便，咱们战场上见，我派人护送出境；想回家过日子的，来这儿领钱，回去好好过日子；愿意跟我季振同干革命的，坐在这，咱们谈谈心里话！”说完回里屋拿出自己的钱袋，“铛”的一声扔在桌上，铿锵有力地说道：“没路费的，到我这儿来领！”
一场眼看就要发生的内杠就这样平息了，季振同、董振堂、赵博生等军团领导人为成功改造这支部队付出了极大的努力。以他们为核心，团结了一大批进步军官，成为这次整训的中坚力量。经过一段艰苦的思想工作，部队稳定下来，各项工作进展顺利。部队除政治课外，还有军事课，结合红军的战略战术，着重训练部队的山地运动战、游击战等。此外，还组织了军人俱乐部，教唱红军歌曲，开展文体活动。按照红军的生活制度要求部队，使各项工作逐渐走上了正轨。一九三二年二月，红五军团按照中革军委的训令，打破建制在全军团进行混编。由于思想工作做得细，部队官兵情绪很好，只用了不到一周的时间就顺利完成了混编任务。
时红五军团的编制序列和任职人员如下：
总指挥季振同，政治委员肖劲光，副总指挥董振堂，参谋长赵博生，政治部主任刘伯坚。
第十三军军长董振堂兼，政治委员邝朱权，参谋长刘辉曾，政治部主任何长工，下辖第三十七师，师长邓友毅，政治委员李涛。第三十八师，师长李教泽，政治委员刘型；
第十四军军长赵博生兼，政治委员黄火青，参谋长牛冠甫，政治部主任黄火青兼。下辖第四十师，师长边章伍，政治委员程子华。第四十一师，师长李锦亭，政治委员李翔梧；
第十五军军长黄中岳，政治委员左权，副军长张少宜，参谋长萧世俊，政治部主任左权兼。辖第四十三师，师长卢寿椿，政治委员高自立。第四十四师，师长苏进，政治委员唐天际。