从乡村走进城市，企业里的复杂门道让人犯难，陈云说是还没有学会做“老板”，主张把财经工作放在不次于军事或仅次于军事的重要位置上，稳定物价为经济恢复创造了条件。但现代工业是一个复杂的综合系统，工业生产能否早日恢复正常生产，不光要看机器，更重要的是人的因素，要看经营者的管理和生产者的劳动技能和工作态度。
陈云觉得这个问题不乐观。7月5日，陈云在东北局常委会议讨论企业组织与工人运动方针问题时，针对这些企业经营管理的乱象提出：对旧的生产制度应当批判地接受。对于工厂来说，最重要的问题是要寻找原材料的来路与产成品的销路。现在，我们还没有学会做“老板”
怎么样做好现代工业的“老板”？陈云上任后，着手解决最急迫的三大难题：一是工人工资太低，生产情绪不安；二是工人与职员的矛盾，职员受压制甚至打击，影响到必要的生产管理制度的确立；三是经济没有全局计划，盲目生产造成损失。
首先急需解决的，是工人工资问题。这个问题，在粮价暴涨的情况下显得极为突出。粮价涨了，等于拿货币工资的工人减薪，影响他们养家糊口。结果有的工人辞职干起了小贩，技术工人从公营企业向私营企业流失。
陈云深知这一问题的紧迫性，主张解决工人待遇过低问题，并立即着手调整。6月16日，陈云在东北局例会上提出：现在铁路和工厂的工人工资太低，不足以维持最低生活，还不如农村中的雇农。照目前办法长期搞下去是不行的，剥削了工人，有利于消费者，结果是工业的总崩溃。搞经济总要合乎经济原则，用强迫的办法既违反经济原则，又违反政治原则。
根据陈云的意见，东北财经部门以实物为计量单位，重新制订新的工资标准。新的工薪标准，工人最高工资以实物计提高到375斤粮，整整提高了100斤粮，这样虽说比旧民国和伪满时期还低一些，但最高工薪的工人凭工资可以养活连本人在内的四口半成人，中等工薪的也可养活三口半成人。
新的工薪标准中，工程技术人员和管理人员工资比工人工资要高得多，普通职员收入也和工人持平。这样做，从政治上说，在当时是很不容易的。这就不能不谈到企业中工人与职员矛盾。
中国共产党进入东北后，接收和很多规模很大、技术先进的企业，如铁路、矿山、发电站、邮电、轻重工业工厂、市政企业。这些企业里，既有大量体力劳动的工人，也有很多脑力劳动的职员。
本来，工人和职员同是日寇、国民党政府企业的雇佣劳动者。但工人和各级职员，在企业内的地位和社会上的地位是不同的。工人在日寇、国民党政府企业内劳动条件最苦，待遇最低。下级职员的劳动条件和生活情况接近于工人，但他们之中，许多人带有旧知识分子轻视工人的意识。中、高级职员是企业的生产及业务管理人，对工人及下级职员都居于管理者的地位。有一部分管理人员，在日寇、国民党反动统治的指挥和压迫制度下，习惯于用官僚主义的方法去管理工人。
在旧的生产秩序下，工人与职员长期积累起很深的矛盾。日本投降以前，东北企业内的全部高级职员和一部中级职员，都是日本人。抗战胜利后，中国职员代替了日本人。工人对于一般管理人员都有或多或少的不满；对于少数为非作恶分子，则是痛恨的。要翻了身的工人，与职员团结起来搞好生产，这个问题政治上的敏感性，是任何人不能不考虑的，工作难度并不比提高工人待遇为小。
1948年初，鹤岗煤矿在发动工人中，产生了不适当的打击职员的“左”的错误，影响很大。鹤岗发生的事并非个别现象，鸡西和西安煤矿以及铁路的个别区段也发生过。由于缺乏现代企业管理经验，干部中对工人阶级观点和群众路线存在误解，普遍存在的轻视技术人员和管理人员的倾向。
现代企业的运转，并不像一些干部想像的那样，有人把机器开动起来就行了。它需要管理人员、工程技术人员以及其他职员，与工人有机组织起来，相互协同，才能顺利生产。把职员当作斗争对象，必然会破坏正常的生产组织和必要的生产秩序，影响生产。
陈云主持财经工作后，以鹤岗煤矿这一错误为契机，着手检查了正确对待职员的工作。
通过检查分析，陈云认为，对待职员问题上，右的错误和“左”的错误都有。右的错误表现在过分信赖旧职员，而重视工人不够。因此，既不能启发工人的积极性，也难教育改造旧职员，使生产力的提高和企业的改造受到了阻碍。“左”的错误表现在只重视工人，轻视职员，对职员缺乏分析，不加区别地乱打击，形成工人与职员对立，这样就破坏了员工团结，其最后结果也必然是妨碍生产，危害企业。但他更清醒地认识到：“在对职员政策上的右或‘左’的错误，其中尤以‘左’的错误为重。主要原因是对职员特别是对行政管理人员的作用估计不足。这是一切新接收企业中带普遍性的问题。”
为从政策上解决好职员问题，陈云为东北局起草了决定。7月9日东北局将决定草案发往中央，中央第二天就复电东北局，称“此决定甚好”。8月1日，东北局发出《关于公营企业中职员问题的决定》。
显然，陈云致力于解决工薪标准、处理工人与职员的矛盾，最终都落实到立足于生产，建立起正常的企业管理和经营秩序上来。
8月3日和4日，陈云在全国第六次劳动大会上作《当前中国职工运动的总任务》的报告，提出：要改善国营、公营企业的经营和管理工作，主要是贯彻企业化原则和实行管理民主化。只有切实改善经营和管理工作，才能达到原料足、成本低、质量好、产量多、销路广的目的。
怎样才能做到这一点呢？陈云提出，管理工厂，经营工厂，第一要企业化。工厂不是机关，也不是部队，开工厂就要像开工厂的样子，一定要有经济核算，考核成本，计算原料和机器消耗。成本需要多少？原料需要多少？机器消耗需要多少？卖什么价钱？要会算帐。用人也要有制度，按能力按技术，按称职不称职，既要精干，又要合理。为了把工厂办好，需要大家按章程办事，工厂中要有厂规，要有各种个人负责制度。还要有检查，成品好坏，做工好坏，管理好坏，都要有检查，该赏就赏，该罚就罚。不这样，就是鼓励坏作风，纵容落后，对于我们的事业是不利的。
陈云提醒大家，我们解放区的同志只会当政治家、军事家，还不是企业家。我们干革命是内行，但办工厂是外行，这就需要向一切内行的人学习。
过去关内的各个根据地都处于落后乡村，财经经济在相当大的程度上，是一种自给自足的自然经济。而东北现代工业经济是一种社会化大生产。为了东北经济的早日恢复，争取企业正常运转固然重要，但宏观管理上的计划性更为重要。
随着东北工业恢复的范围日益扩大，工业在经济中所占的比重日益提高，又因为各个国营企业（这里是指解放区省以上政府经营的企业）之间，国营与各省、市、县公营企业之间，公营企业与私营企业之间，虽有各厂的生产计划及部分的加工和订货关系，但就全体说来，在工业中还缺乏计划性，这就使原料、机器、人员、产销等等，缺乏调剂和衔接，产生浪费和损失。
陈云在从微观上考虑恢复企业正常生产经营的同时，也在积极考虑宏观上加强计划性的问题。
8月，陈云向中共中央书面报告：东北局决定，今年必须制订1949年工业生产计划，如果可能则进一步拟定1949年及1950年两年的生产计划，以便我们学习并走向计划生产。为此，首先必须规定国营企业的生产计划，其次必须规定各省、市、县公营企业的生产方向和计划。在这些国营、公营企业之外，又必须调查合营和私营工厂的情况，以便给以生产方向上的指导，在可能的条件下实行订货加工。
在报告中，陈云还向中央表示，东北财经工作到今天仍存在浓厚的盲目状态。其原因，一是财经工作的范围日益扩大，而且复杂，我们无经验；二是两年来我们集中力量于战争和土改，未深摸细摸财经问题。我们已觉悟到，在目前情况下，“需要把财经工作放在不次于军事或仅次于军事的重要位置上”。