在整风运动一开始，毛泽东就明确提出：“打倒两个主义，把人留下来。”“我们揭发错误，批判缺点的目的，好像医生治病一样，完全是为了救人，而不是为了把人整死。一个人发了阑尾炎，医生把阑尾割了，这个人就救出来了。”
这是有感而发的。在党的历史上，党内斗争存在的一个突出问题就是过分追究个人责任，着重组织处理，实行惩办主义，没有解决思想问题。刘少奇做过总结：
“过去党内斗争传统有许多不好的，如‘八七会议’反陈独秀闹成宗派斗争，不让陈独秀参加，只许反陈的人说话，不许陈独秀方面的人发言；‘六大’以后的顺直省委变成清谈俱乐部，不做任何工作；四中全会上王明领导的党内斗争搞了许多非法活动，学了莫斯科米夫与支部局斗争的最坏的东西；四中全会后中央苏区反罗明路线的斗争也是不好的。只有遵义会议的斗争和延安反张国焘的斗争是很好的，缺点是未从思想上解决问题。”
毛泽东吸取以往的教训，完全抛弃了惩办主义的错误做法，着重从思想认识上解决问题。
1941年5月整风开始，在延安的120多名高级干部，用4个月时间专门学习马列主义著作和党的文献，学习和研究马克思主义的思想方法、党的历史和中国革命的基本问题。
第二阶段全党普遍整风，特色是普遍地全面地进行学习和检查。
学习，是学22个整风文件。除了毛泽东在整风中所做的报告是必学的文件，还有《六大以来》、《两条路线》，毛泽东的《关于纠正党内错误思想》、《反对自由主义》，刘少奇的《论共产党员的修养》、《论党内斗争》，陈云的《怎样做一个共产党员》，以及列宁、斯大林《论党的纪律与民主》、《论自我批评》，斯大林的《论布尔什维克化十二条》，季米特洛夫的《论干部政策》等文件。
学文件时，是“逐字逐句的读，两遍三遍地读，联系自己的工作和思想实际去读，联系党的历史、革命历史去读，一边阅读一边思考，一边讨论，并认真写笔记”。
同时个人学习和集体讨论紧密结合进行，经常提出问题，组织漫谈会、讨论会。漫谈会不拘形式、不限人数、不定内容、不拟题目，少者三五人，多者10余人，在河边、在树下、在山坡下，随处可以进行，参加者可以随来随去。遇到带有普遍性问题，就在更大范围内讨论；对讨论中的重要问题，则请中央负责同志作报告。
学习之后是检查。首先是根据文件精神，检查自己的思想、工作和历史。用当时形象的说法就是：“自己钻文件，又用文件钻自己。”“把文件中的道理当做尺码来量一量自己，当做天平来称一称自己，当做镜子来照一照自己。”在检查中开展批评和自我批评，肯定正确的方面，批评不正确的方面，分析错误的根源，提出改正的办法。然后，每个同志写出思想总结，经小组讨论通过。
其次是对自己所在地区和部门的工作检查。为检查一个地区工作，还召开“山头会议”，由所在地区的领导同志亲自召集，大家自由发表意见，包括给领导同志提意见。通过检查，实事求是地总结了各个地区、各个部门的经验教训。
从1943年10月开始，延安整风进入总结党的历史经验阶段。在学习理论、提高认识的基础上，对党的历史上的重大错误进行系统的、彻底的清算，并作出正式结论。
党中央组织中央领导机关和高级干部，对1931年至1934年这一时期中央的政治路线问题，进行多次讨论。还组织过去曾在各革命根据地和工农红军工作的同志，举行各地区、各部队的党史座谈会，如：红七军历史座谈会，湘鄂赣边区、湘赣边区、鄂豫皖边区、闽西地区、赣东北边区党史座谈会，红五军团历史座谈会等。党中央集中全党讨论的意见，并于1944年5月成立了党内历史问题决议准备委员会，起草决议。任弼时主持召集，委员会的成员有刘少奇、康生、周恩来、张闻天、彭真、高岗和博古。胡乔木是毛泽东的秘书，参加了《决议》起草的全部工作。
《决议》起草后，又经过了多次反复修改，光是毛泽东就前后作了七次修改，委员会天天开会讨论。毛泽东后来曾特别提到这点：“我们现在学会了谨慎这一条。搞了一个历史决议案，三番五次，多少对眼睛看，单是中央委员会几十对眼睛看还不行，七看八看看不出许多问题来，而经过大家一看，一研究，就搞出许多问题来了。这说明党对待历史问题的谨慎态度。”
毛泽东决定起草委员会的灵魂。为制定《决议》，他提出了如下指导思想：
“应使干部对于党内历史问题在思想上完全弄清楚，同时对于历史上犯过错误的同志作结论时应取宽大的方针，以便于一方面，彻底了解我党的历史经验，避免重犯错误；又一方面，能够团结一切同志，共同工作。”
“这次处理历史问题，不应着重于一些个别同志的责任方面，应着重于当时环境的分析，当时错误的内容，当时错误的社会要源、历史根源和思想根源，实行惩前毖后、治病救人的方针，借以达到既要弄清思想又要团结同志这两样目的。对于人的处理问题取慎重态度，既不含糊敷衍，又不损害同志，这是我们的党兴旺发达的标志之一。”
事实上，着重解决思想认识问题的思想不仅贯彻在《决议》中，而且贯穿于延安整风运动的始终，并创造了一套行之有效的政策和方法。如：
要“与人为善”，从团结的愿望出发；“对待思想上的毛病和政治上的毛病，决不可采取鲁莽的态度”，“不是痛快一时，乱打一顿，所能奏效的”，必须要讲究方法，“好好说理”，摆事实，讲道理，以理服人；不同的意见可以展开讨论，允许批评，也允许反批评，压服只能是压而不服；“吓人战术，对敌人是毫无用处，对同志只有损害”；坚持真理，修正错误，“实行‘知无不言，言无不尽’，‘言者无罪，闻者足戒’，‘有则改之，无则加勉’”。
这样，在延安当时形成了一种空前未有的民主团结气氛，碰到问题能够畅所欲言地展开争论，而又不影响团结。
总之，着重从思想上解决问题是延安整风最有价值的历史内容，是正确开展党内斗争的范例。
1945年4月20日，任弼时主持召开扩大的七中全会，这是历时11个月的七中全会的最后一次会议，讨论通过了《关于若干历史问题的决议》。
在这一天，任弼时收到了王明表示承认错误、拥护这个决议的声明书。
接着，张闻天、博古等发言，拥护这个决议，诚恳地向错误路线下受打击的同志致歉，对决议所体现的弄清思想，团结同志，不着重追究个人责任的政策，感到温暖。博古说：
这也就是纠正了党内斗争的恶劣作风。我知道这个目的是给我们留下余地，但治病救人要有效，必须病人自己有觉悟，有信心，有决心。
任弼时也联系实际作了自我批评。他坦率地说：
对毛主席的认识是在抗战以后，尤其是从莫斯科回来，由于看到《新民主义论》、《论持久战》和关于战略问题的小册子，由于季米特洛夫的嘱咐，由于“皖南事变后毛对政策的掌握，直至整风中的思想领导，使我产生了佩服和信赖”。
在会上，毛泽东作了总结。他说：党是政治团体，不是家庭或职业团体，都是五湖四海因政见相同结合起来的，政见不同就要争论；争论时要分清界限。从前许多同志苦于没有马恩列斯，我也是如此，凡是政治上犯过错误现在改正了的，都要如决议所说像和睦的家庭一样，这个票子是要兑现的。
对王明的声明书，毛泽东说：这封信，内容有无缺点错误还可以研究，但是态度是好的，应该欢迎的。
这就为延安整风运动画上了一个完整的句号。
延安整风运动是一个“普遍的马克思主义的教育运动”。通过整风，用马克思主义的立场、观点、方法解决中国革命的实际问题的思想深入人心；通过整风，广大党员和干部认识到马克思主义化，先要化“己”，才能“化”人，自觉改造世界观。一些同志在反省笔记中写道：
“如果参加党是我生命中的第一次震动，那么这次整风运动是我生命中的第二次震动，使我政治生命中共产主义的因素提高到自觉的程度。通过它我第一次认识了自己，找到了病根及改造之途径，同时还略微获得些改造自己的武器。”
更重要的是，通过总结历史的经验教训，批判教条主义和经验主义，全党上下不仅认识到了主观主义的危害性，而且破除了对领导干部的神秘感和盲从心理，极大地提高了独立思考的能力。毛泽东在《整顿党的作风》中一再强调：
“共产党员对任何事情都要问一下为什么，都要经过自己的头脑的周密思考，想一想它是否合乎实际是否有道理，绝对不应盲从，绝对不应该提倡奴隶主义。”
这在人类思想史上是振聋发聩的，对广大党员干部破除迷信、解放思想起了巨大的作用。从1945年3月，青年干部蒋南翔向党中央提出《关于抢救运动的意见书》一事，可以看到这种破除迷信、独立思考的思想成果。
这个长达万余言的《意见书》，不仅对身居高位的康生提出了尖锐的批评，表示“对于抢救运动的总方针发生更深刻的怀疑”，而且对《中央关于审干的九条方针的决定》提出了意见，他在肯定九条方针的“伟大历史意义”的同时，指出：“严格检讨起来，这个决定就依然有其缺点，缺点就是它基本上批准了当时对于特务的夸大估计”，“批准了运动中的那种斗争方式”。
《意见书》还对抢救运动中的群众路线问题、知识分子问题等提出了自己的看法。他指出：
“轻率地否定殖民地半殖民地国家广大知识分子和马列主义结合的可能性，轻率地剥夺对于知识分子党员的信任，这是教条主义的思想方法在分析和处理现实问题上的具体反映”，“那种叫嚣鼓噪的空气，那种如醉如狂的情绪，那种毛手毛脚头发胡子一把抓的斗争方式，实在无法使我们能够清醒和客观地进行考察和识别内奸的工作。所谓依靠群众的力量，事实上成了依靠群众的喉咙，依靠群众的拳头，依靠声势汹汹的态度，依靠群众来做打气加油的拉拉队！”
蒋南翔敢于向中央提出如此尖锐的意见，一方面说明他勇于思考，另一方面也说明了延安有民主宽松气氛。这件事就是一个窗口，让我们窥见了经过思想洗礼后的延安的思想风貌。
当然，整风运动也有它的不足之处。如蒋南翔指出的上述抢救运动的问题；几十年后，延安整风运动的参加者回眸历史，对运动的方式也提出批评。当时目睹“王实味事件”始未的中央研究院的研究员温济泽说：
“1942年对王实味问题，恰恰是用群众运动的方式来搞的……既然采取了群众运动的方式，就不可避免地造成一种威逼的力量。”
在抗日战争时期担任毛泽东秘书的胡乔木如此说：
“整风运动，一方面很民主，一方面又很紧张。让我给整风打分，我不会打100分。因为整风很紧张，所以一下子转到审干。”
随着历史的发展，也许人们还会发现它的其他缺点。但是，那些缺点和不足都不会湮没其作为一次伟大的思想解放运动在思想史上的光辉。
整风运动在当时的实践意见也是重大的。毛泽东自己对它的估价很高，在《学习与时局》一文中，他指出整风运动和大生产运动这两项工作，使中国共产党在思想基础和物质基础两个方面，立于不败之地。
的确，由于开展了这两项工作，加上其他巩固和发展抗日根据地的措施，各抗日根据地渡过了难关，根据地面积扩大了，人民革命力量上升了。这为夺取民族解放战争的胜利，奠定了的坚实的基础。