同治六年（公元1867年）正月初一，左宗棠接到六百里快马递到的圣谕：“陕甘总督、一等恪靖伯左宗棠，着授为钦差大臣，督办陕甘军务。钦此。”

    显然，为事权归一，朝廷经过反复考虑之后，不得不把“钦差大臣”职衔授给左宗棠，以便左宗棠能在粮饷募勇之事料理完备后，尽早入陕，扭转陕甘的被动局面。

    接旨不久，左宗棠又收到杨岳斌及刘蓉快马送到的信函各一件。

    杨岳斌在函中向左宗棠通报，老湘军统领刘松山所统带部队十七营，马队三起，已飞速抵陕并解除西安之围，并通报鲍超各营，因粮饷尚未备齐加之鲍超本人旧病复发，全队尚未开拔的实情。

    刘蓉则向左宗棠讲述了因乔松年掣肘，致使“月饷欠悬，饥寒交迫，死者无葬埋之费，伤者无医药之资，各军将领日来弟寓泣诉”的窘境。读过刘蓉的信，左宗棠气得一夜未眠，他暗道：“陕省局面坏得如此之快，全系乔松年滞怠饷糈所至！”

    所幸刘松山已抵西安，这总算能让左宗棠松上一口气。

    左宗棠就陕甘目前的形势以及如何办理等事，给朝廷拜发了《敬陈筹办情形》及《筹拟购练马队》，又附《恳恩敕下杨岳斌、刘蓉悉力支持》一片，恳请朝廷自己未到任前，仍由二人主持大局，自己可以从容展布；抵任后，与二人共同维持局面，把陕甘两省的局势稳定下来。

    左宗棠以为，放刘蓉做陕西巡抚，一定比乔松年任巡抚更合适。刘蓉久经战场，颇知兵事玄妙，而且筹饷有方。左宗棠担心刘蓉革职回籍后，再难有出头之日。于公于私，都该上折奏留刘蓉、杨岳斌。

    但朝廷并不这么想，一个月后，圣旨下到大营，驳复了左宗棠奏留刘蓉的请求。圣旨以不容回旋的口气写道：“杨岳斌迭经有旨，责成将甘肃军务妥筹整理，准归该督调遣。刘蓉于捻踪入陕后，屡次催令出省，终以抗违，去冬灞桥之挫，已降旨将其革职，毋庸留陕，以为疲玩者戒。钦此。”左宗棠长叹一口气，只得作罢。

    转日，左宗棠着刘典统勇先期入陕，自己拟待马匹、枪械以及粮饷办理妥帖后，再拔营跟进。

    刘典离开汉口第五天，左宗棠又收到朝廷十万火急递来的圣旨，告以据陕西巡抚乔松年奏报，陕西形势危急，军心、民心日渐涣散，着其迅速入陕，勿在鄂停留。

    圣旨最后命令左宗棠：“该大臣务当先其所急，迅往镇压，并以屏蔽晋、豫，断不令遽行入甘，致碍该大臣种种布置。”

    左宗棠接旨色变，等传旨差官离去，便大骂道：“这个乔鹤侪，他这是发得哪门子神经？陕甘粮饷无出，不把粮饷料理妥当，你让几万大军怎么剿贼！陕省的事，是生生坏在他这个王八巡抚手里！本部堂到陕后，看怎么同他算账！”

    骂归骂，气归气，左宗棠又不敢不奉谕拔营。他只能一面西行，一面料理未尽事宜。途中，左宗棠陆续接到圣旨。

    一旨曰：“杨岳斌奏八旬老母病重，自身病亦增剧，恳请开缺回籍。着宁夏将军穆图善暂署陕甘总督，准杨岳斌交篆回籍。”

    左宗棠收到此旨苦笑不止，杨岳斌、刘蓉这两位同乡，他一位也没有留住。

    一旨曰：“裕瑞奉旨赴蒙古等地为入陕官军采办马匹已成，现已分起解赴陕甘总督衙门，交穆图善；富明阿奉旨已率麾下吉林马队五营，并新募年力精壮炮手千余名，拔营向陕西进发。”

    一旨曰：“两江协饷已由曾国藩、李鸿章派人送抵西安，四川、福建浙协饷已启运。”

    同治六年（公元1867年）四月初八，左宗棠率军抵达樊城。

    在樊城，左宗棠收到穆图善军情快报，称：“入侵新疆的中亚浩罕汗国帕夏阿古柏，已统率麾下安集延人，突然占领库尔勒以西地区，并赶走新疆伪回王布素鲁克，公然建立‘哲德沙尔’汗国，自封‘毕条勒特汗’”。

    左宗棠读了穆图善的兹文后，又是几夜不得安枕。他私下对香姑娘说道：“这个阿古柏洋犊子，他是欺我大清无人吗？待陕甘平靖，看本部堂怎么收拾他！”

    宁夏将军穆图善，字春岩，满洲镶黄旗人，那拉塔氏，是有名的揽权不干事的主儿，与军机大臣宝鋆的关系最好。初以骁骑迁参领，同治二年（公元1863年），随多隆阿阻击太平军陈得才部西进陕甘，战败之后，却把责任推到多隆阿头上。

    多隆阿还没来得及辩解，穆图善已通过宝鋆的举荐，升任西安左翼副都统，两年后继多隆阿署钦差大臣。同年夏，又是宝鋆说了话，赏一品顶戴补荆州将军，与刘蓉会办陕甘军事。次年调任宁夏将军，会同总督杨岳斌继续办理陕甘军事。他自恃边务老臣，圣恩又好，自然不肯屈尊于人下，刘蓉与杨岳斌竟全不放在他的眼里。他要办的事情，全陕甘没有人敢道半个不字。按大清官制，总督与将军虽是平行的，但地位，总督却是高于将军的。但在陕甘，无论总督杨岳斌办理何事，若不征得穆图善同意，他就办不成。明眼人一眼就能看出，陕甘的局面如此糟糕，全是总督、将军、巡抚互相掣肘出现的结果。

    六月十八日，左宗棠抵达陕西潼关。

    在潼关，左宗棠接到穆图善、乔松年十万火急发来的咨文称：“原定济饷除两江按额如期到陕，其他济饷均未解到；如今粮饷不继，入陕各路官军人心浮动，均有哗变之象。”

    左宗棠接文大惊，不得不飞檄福州船政局胡雪岩，命其速赴上海向洋行借款二百万两以救急。左宗棠在信里交代胡雪岩，此次借款，长短局均可，仍用各省济饷做抵押，拿陕甘的国课做担保。给胡雪岩的信让快马送走后，左宗棠又飞檄乔松年，着乔松年加紧筹饷以稳军心，并让乔松年转饬陕西藩台林寿图，倾陕省现有银额解营，不得有误，如其不然，定当严参！

    左宗棠当晚又紧急给朝廷拜发了《奏请商借洋款以急需》的折子。在潼关耽搁了五日，左宗棠正要起程前行，不期赏二品顶戴候补巡守道刘锦棠，统率七营老湘军人马赶到这里。

    刘锦棠是奉刘松山与乔松年之命，特赶来潼关接应左宗棠的。一见刘锦棠，左宗棠分外高兴，当即命令各营驻扎原地不动，决定和刘锦棠会商后再决定进止。