同治六年（公元1867年）十月十六日，左宗棠收到福建浙旧时官员的来信，讲述吴棠受小人怂恿，极力排挤各员，各员不得不辞缺另投之事。左宗棠虽反复函致吴棠，吴棠仍我行我素。
在各路清军的层层压迫下，陕西一带的回民义军陆续撤往甘肃、宁夏等地；西捻军张宗禹、张禹爵及邱远才各部约六万余众，转向陕北，几日光景便攻占绥德、安寨、延川等县。刘松山提军追击，刘锦棠、刘典、高连升等各路将官，率部陆续跟进。
这时，左宗棠收到圣谕，却原来是各国即将与总理衙门换约，旨令沿江通商口岸的将军、督、抚陈述意见。左宗棠虽然是陕甘总督，但因船政局的关系，自然也在被询行列。
显然，朝廷想知道的是各将军、督抚对换约的看法，而左宗棠却想借机，把憋在心里许久的话说出来，通过此折告吴棠一状。
在折中，左宗棠所陈吴棠的罪状是：更改我定的章程，专听劣员怂恿，导致船局上下人心不稳。
此折拜发的当日，刘松山亲率中军十二营抵达洛河岸边。当时，中路郭宝昌十营，尚距刘松山有三十里的路程；郭宝昌之后三十里，则是安徽寿春镇总兵李祥和率所部三营。刘松山见天色尚早，决定先期过河，到洛州县城等待郭宝昌、李祥和的两路人马。
傍晚时分，刘松山率部到达洛州。刘松山一面令军兵安营扎寨，一面派出报马去打探郭宝昌、李祥和两路的进止情况。
当时正值深冬，陕北又极其寒冷，洛河结冰甚厚，光滑如镜，大军一轰即过，形如平地。但刘松山在洛州等来的并不是大队人马，而是郭宝昌派快马送到的一封救援文书。
刘松山展信一读，得知郭宝昌即将过洛河时，忽听后队传来枪炮声，他便知道一定是李祥和遇到了敌情，便马上命令后队变前锋，开回原路去接应李祥和，哪知就中了捻军预先设好的埋伏。他一面紧急给前路送信，一面和大队捻军交战。
刘松山不敢耽搁，随即传令拔营回援，但还是晚了一步。刘松山赶到时，大队捻军经郭宝昌等力战已经撤走，只留了一地的湘军伤亡将士。这一战，记名提督、安徽寿春镇总兵李祥和战死，记名总兵刘芸桂身受数枪，命亦难保。
刘松山详加统计伤亡兵勇，计伤三十八人，亡八十八人，大量粮食辎重被席掠殆尽。
刘松山气得哇哇一顿乱骂，他却是如何也想不明白，明明是他刘松山在追击捻军，捻军如何又从后面杀出来了呢？
左宗棠收到刘松山的通报，当即便断定是刘松山孤军冒进，让捻军钻了空子，于是就飞檄刘松山、刘锦棠、刘典等各路人马，只准互相策应齐头推进，严防单军冒进。
左宗棠当晚拜折向朝廷通报追剿失利的情况，并为阵亡将弁请恤、为出力将弁请奖。
刘松山等各路人马，接到左宗棠紧急发来的军命，不敢稍存大意，开始步步为营，互相策应着向前推进，终于在一个月后，将六万余捻军包围在绥德、安寨、延州等地。
陕西官军在完成对西捻军包围的同时，东捻军赖文光、任化邦约十万余众，也被李鸿章以长墙之工事，围困于黄河南岸、六塘河北岸、胶莱河西岸、运河东岸地区内。赖文光率部左冲右突，却连遭败绩，兵马损失惨重，形势极其危急。
为解救被围的东捻军，在陕西绥德一带受困的张宗禹，经与张禹爵、邱远才等将领商议后，决定出奇兵救之，来个围京救赖。
经过周密思考，张宗禹决定把突围地点，选在清军兵力最薄弱的宜州一带，拟从壶口踏冰桥渡过黄河，进入山西，再由山西飞马直奔京城，将统治大清国的两个女人和一个娃娃生擒活拿，趁势把满人逼出关外，重振天国大业，打李鸿章个措手不及，圆自己的一个皇帝梦。
张宗禹此计一出，各将领无不叫绝，当即分头准备。
同治六年（公元1867年）十二月十七，当晚子夜时分，全部捻军分由绥德、安寨、延州三地飞出，呼啸着扑向宜州方向，马踏尘土扬起的飞沙，赛似陡起的狂风，笼罩得天地朦胧。捻军此次突围速度之快，大出各路官军所料。各路人马提军追赶，却哪里赶得上？只好架炮猛轰。
捻军却全不顾忌炮火，只管一路猛杀猛冲，其势若排山倒海，其快如闪电雷鸣，转瞬即逝；眼见着踏冰桥飞过黄河，进入山西境内，把各路清军，生生甩在后面。
刘典飞报左宗棠。左宗棠大惊失色，连连跺足道：“捻贼此行意欲何为？莫非想与东捻会合吗？”
左宗棠一面派快马给山西巡抚赵长龄通报消息，一面把西捻的去向通报给朝廷。
西捻军突围成功的时候，东捻军大部已被李鸿章所统湘淮各军所斩杀，仅赖文光一人率领千余骑，突破六塘河防线，正在沿运河东岸南下寻找突破口。
西捻军得知东捻军大部被杀的消息后，几乎疯狂了，他们以夜行百里的速度从山西呼啸而过，直入豫北、冀中北上，兵锋直达北京卢沟桥。
时任直隶总督的文华殿大学士官文，此时正在保定张罗着过年的事，忽然得到捻军从天而降的消息后，他竟吓得一句话都没说出口，便一跤跌倒在地，直跌得口歪眼斜，更是一句话也说不出了。
驻在天津的三口通商大臣崇厚，连夜把西捻军突然到来的消息，紧急上报给朝廷。大清国朝野震动，慈禧太后一面令恭亲王紧急调派直隶各军防堵，一面着令军机处连夜给官文、崇厚、李鸿章、左宗棠等督抚拟旨。圣旨快速飞往各地。
圣旨对所有在事督兵大员都给了程度不同的惩处：“朝廷特命官文署理直隶总督，剿匪是其专责，乃毫无布置，任令捻逆北趋，日肆蔓延，实属有负委任。左宗棠于张总愚捻股未能在陕省就地歼除，致令纷窜山西、河南，扰及畿辅，调度无方。官文、左宗棠着交部严加议处。李鸿章身任钦差大臣，为朝廷素所倚畀，当此匪踪北扰，宜如何速派援军同心剿贼？乃迭奉谕旨，既未催令刘铭传曁善庆、温德勒克西等军趱程前进，又日久无一字复奏，是何居心？着拔去双眼花翎，并褫去黄马褂，革去骑都尉世职。李鹤年未能迅速出省督剿，会殄逆氛，以致捻逆窜入直境，扰及近畿，所调宋庆等援军又不遵旨饬令分途前进，失误戎机，着革去头品顶戴，并摘去翎顶。”
从圣旨中可以看出，官文、左宗棠是交部严加议处，李鹤年革除头品顶戴、摘去花翎，对围剿东捻的李鸿章惩罚最重：不仅被拔去双眼花翎，褫去黄马褂，还革去骑都尉世职！显然，慈禧太后是被西捻突然扑犯畿辅吓坏了。
左宗棠接旨完毕，先派快马檄催宜州各军，作速入晋追剿，一面把香姑娘安置到潼关城内居住，便连夜拔营赶往夏县，拟由闻喜、曲沃、介休直入直隶防堵。左宗棠的这个新年，眼看着只能在途中度过了。
同治七年（公元1868年）正月初九，左宗棠率亲兵十营五千人抵达介休，正是连日大雪，草木皆白，积雪厚达尺余，前路雪阻不能行。
左宗棠冒雪踏察地形，决定改由寿阳走井陉入直隶。大军顶风冒雪前行，极其缓慢，整整走了八天，才抵达寿阳。左宗棠在此感染风寒，咳嗽不止，但因军情急迫，不敢休息，仍带病前行，终于十八天后，由获鹿到达正定。在正定，左宗棠扎下大营，向朝廷拜折请示进止。
圣旨很快飞递过来，命其总统现在直隶之各省官军，并对各路人马作出详细部署，同时委左宗棠总统在直隶的各省官军。
左宗棠接旨，连夜拜发《总统现到各军筹剿捻逆》折，随后提军赶往定州，由定州赴保定督战。左宗棠行军途中又得到消息：东捻军最后一部在扬州被淮军吴毓兰部歼灭，首领赖文光被生擒，旨令就地处斩。至此，东捻军不复存在，李鸿章已亲率亲兵十余营到直隶景州督战。
二月初四，左宗棠行抵定州。当晚，左宗棠接到圣旨。原来是朝廷怕各督抚互相扯皮，为事权归一，决定派恭亲王奕䜣统率神机营出京。各督抚进止，悉归恭亲王一人调派。
旨曰：“现在各路统兵大臣并各省督抚带兵入直剿办捻匪，虽经派令左宗棠总统前敌各军，仍恐各大臣等意见分歧，事权未能归一，以致呼应不灵。本日已明降谕旨，令各路统兵大臣并各该督抚等，均归恭亲王等节制矣。各该大臣、督抚等，于贼势军情俱当随时具报神机营核办。唯军情变幻靡常，一切进止机宜，仍应责成各该大臣等随时相度办理，不得专候神机营指示，俾免稽延贻误。左宗棠、李鸿章均系钦差大臣，现既归恭亲王等节制，自可一事权而免分歧。”
接旨在手，左宗棠长出一口大气，病情也陡然间好了许多。很快，恭亲王的王驾驶出京师，前中左右均有神机营兵勇护卫，地动山摇，很是威风。