此时的慈禧太后，正在反复思考李鸿章所上的《筹议海防折》，无法顾及左宗棠。
李鸿章是大学士、直隶总督、北洋通商大臣，涉及海防，朝廷自然对南、北二洋的态度格外重视，李鸿章也自然最有发言权。
李鸿章此次上《筹议海防折》竟达一万余字，可见是经过深思熟虑的。李鸿章在折子中一共向朝廷提了六点建议：
一、门户洞开，江海已成我与各国公共之地，必须加强海防；二、向西欧强国购买铁甲战船成立大清自己的舰队；三、把用于西征的款项移给买船加强海防上；四、新疆不复，于肢体之元气无伤，海疆不防，则腹心大患愈棘。腹心大患主要针对的是日本；五、抓重点建设。就眼下国家的财力，既要加强东南万里之海防，又要收复新疆，恐怕做不到；六、暂时放弃塞防，重点加强海防。
李鸿章上折不久，两江总督、南洋通商大臣李宗义，也就加强东南海防一事拜上一折，所论与李鸿章基本相同。随后，福建船政大臣沈葆桢、署福建巡抚丁日昌、福建浙总督李鹤年、署河道总督乔松年以及江苏巡抚吴元炳等人，也纷纷上折，主张专注东南海防及目前急务。日本突然侵略台湾一事，给东南沿海督抚的印象太深刻了。
针对专注海防之论，慈禧太后会同恭亲王与一班在京的大学士、军机大臣，反复议论了两个月有余，终觉专注海防，就此放弃新疆，似有欠妥之处。
慈禧太后为稳妥起见，令军机处给各省督抚遍发询旨，同时亦将李鸿章等人的折子悉数抄阅，让大家共同讨论，“妥筹密奏”。
询旨递进兰州，左宗棠把李鸿章、李宗义等人的奏折全部阅看一遍，很快便形成自己的观点。他赞成李鸿章提出的加强东南海防之议，但对移塞防之饷作海防之饷一说，却持有不同的看法。
他把刘锦棠传至兰州，并会同一班幕僚，决定好好筹议此事。两宫太后的懿旨却在这时快速递进来：年仅十九岁的同治皇帝驾崩了！
左宗棠一面布置灵堂，一面传命全城文武官员成服到总督衙门拜祭，又札饬各州县衙门，国丧期间严禁饮酒作乐等事，以维国体。
国丧期间，地方公事虽照办不误，但一些督抚上奏的折子，凡与国丧无关的，自然就要拖后了，这也是成例。
很快又有懿旨下来，宣布新皇帝登基，仍由两宫太后垂帘听政，国号为光绪，定明年为光绪元年。
这新皇帝年仅四岁，也不是同治帝的儿子，是咸丰帝之弟醇亲王奕譞的儿子，因同治帝无后，由慈禧太后做主，将其过继给咸丰帝为子，继入大统。
光绪帝名载湉，从太祖努尔哈赤算起，是大清国第十一位皇帝。
照常理推算，同治帝驾崩无后，应该从皇室的近支中同治的晚辈里找出一个人过继过来才对，但那样一来，慈禧太后就成了太皇太后。按着大清的祖宗家法，皇帝冲龄践祚，皇太后可以听政，但太皇太后却不能听政。慈禧太后为了控制朝政，达到继续垂帘的目的，只能这么做。
光绪元年（公元1875年）三月初七，经过反复论证，左宗棠所奏之《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形》一折拜往京师。
在这之前，左宗棠已陆续收到军机处转抄过来的一些大员，就海防塞防一事，上给朝廷的奏折，自然是谈海防重于塞防的多，赞成移西征之饷加强给海防的亦不在少数。只有湖南巡抚王文韶等少数人，以“俄人不能逞于西北，则各国必不致构衅于东南”，主张宜以全力注重西北，认为塞防大于海防，强调海防为轻、塞防为重。
左宗棠却认为，大清国的海防与塞防，应该并重，并为此谈了三点自己的看法：一、西洋各国由海上进入中国，寻求的是商业上的利益，而不是国土；二、加强海防，用不着投入太多的资金，只要购些轮船、购些枪炮、再购些防守器具、修建炮台就可以了；三、现在新疆还未收复，断无撤兵之理，就算新疆已复，不征兵也不能坚守。兵既增而饷怎么能缺呢？如果不加强边塞防守，国家不可能平安无事；四、停兵节饷，于海防未必有多大帮助，于边塞则大有伤害。
慈禧太后把一应有关海防、塞防的折子，统统交给恭亲王，由恭亲王召集在京的一班王公大臣讨论，最后决定按着左宗棠所陈的办理。
当恭亲王把讨论的结果上报给慈禧太后以后，慈禧太后独自思考了两天，终于允准。
一道密旨于是悄悄递往兰州。朝廷是向左宗棠询问一下，就目前关外的统帅及兵力，是否当真便能收复新疆？到底应该怎样做才能更有把握？这实际上是向左宗棠问计。
左宗棠接旨的同时，大学士直隶总督李鸿章亦收到圣谕，派李鸿章督办北洋海防事宜，所有分洋分任练军设局，及招致海岛华人诸议，统归其择要筹办。
朝廷是决定对东则海防，对西则塞防，来个两者兼顾了。
左宗棠性情原本耿介，不会拐弯抹角，加之收复新疆事关国家安危，自不敢稍存私念，只能对现居新疆之帅、将能力，据实陈奏，以供朝廷采择、参考。
他首先对景廉投了反对票，认为景廉做关外统帅不胜任。
左宗棠是这样评价景廉的：“景廉为人正派，也有学问，就是太固执，不变通，应变能力差。而他身边的人，如裕厚等人，阿谀奉承、仗势欺人，在所难免。额尔庆额刚来新疆时，得罪了裕厚，所以和景廉也少有往来。额尔庆额虽然性情粗莽，有时做事不理性，然而胆力过人，如果能稳住他内心的暴躁，应该是得力的将帅之才。”
谈完景廉，又谈景廉与金顺之间的统属问题，认为就所拥有的兵力而言，金顺为多，景廉为少，让金顺做统帅相对会好一些。
左宗棠接着又谈了对西征粮台督办袁保恒的看法，对其几乎是大加鞭挞。左宗棠给袁保恒的评价是：“豪侈骄矜，习惯成性”“空言无实”“立意牴牾，意图牵帅，仍以臣所言为错误，而不顾此心所安。又借购备军械，觅买物件，任性妄为，并无顾忌，视粮台协款为私计，恣其挥霍。各局糜所适从，臣亦无凭稽核，同役而不同心，事多牵掣”。左宗棠几乎没说袁保恒一句好话。
折子随后又对广东陆路提督嵩武军统领张曜等人，作了比较客观的评价。折后，左宗棠再附《筹借洋款》片。
依折子来看，除了大借洋款，左宗棠实在想不出其他办法。
折子拜发后，左宗棠对帮同料理文案事宜的幕僚、候补知府、参军饶应祺道：“老夫也知道，我大清因连年用兵，又多次向洋人赔款，已经是债台高筑了。可要收回国土，饷从何出？粮从何来？大量的弹药怎么办？”
饶应祺小声说道：“老爵相啊，因为向外洋借款，您老挨的骂已经不少啦。下官以为呀，这次商借洋款的折子啊，不该您老上，应该景廉上，他是督办新疆军务的钦差呀。挨骂的事，您老还是分给别人一些吧。您老这个年龄，该歇就歇吧。”
左宗棠皱起眉头望了一眼窗外，忽然冷笑道：“饶太守，你糊涂啊！你以为景廉靠得住吗？新疆指望他收复？哼！事关国家安危大计、领土存亡与否，老夫为此招多大的骂声，都值啊！老夫是陕甘总督，我大清开国以来，新疆就是陕甘的辖区。陕甘缺了新疆，那还叫陕甘吗？”饶应祺知左宗棠决心已定，遂不再言语，双眼却渐渐地模糊了。
饶应祺字子维，湖北恩施人，一榜出身。同治六年（公元1867年）起便充左宗棠幕僚，很得左宗棠赏识，因功被左宗棠保举至四品候补知府。左宗棠已密保饶应祺出任同州知府，只等圣旨颁到，饶应祺就将离开幕府到任所视事。