段祺瑞内阁成立后，中央政府算是周齐妥当了，但地方上还是外甥打灯笼……照舅（照旧），只不过由段内阁列一名单另加任命，以表示事实承认而已。
当时的地方情况如下：奉天督军张作霖、吉林督军孟恩远、黑龙江督军毕桂芳、直隶督军朱家宝、山东督军张怀芝、河南督军赵倜、山西督军阎锡山、江苏督军冯国璋、安徽督军张勋、江西督军李纯、福建督军李厚基、浙江督军吕公望、湖北督军王占元、湖南督军陈宦、陕西督军陈树藩、四川督军蔡锷、广东督军陆荣廷、广西督军陈炳焜、云南督军唐继尧、贵州督军刘显世、甘肃督军张广建、新疆督军杨增新。
要说起这二十二省，其实大都是北洋系的势力，黎总统虽说有南方数省遥尊为领袖，但他困守北京，终究是远水解不了近渴，难以仰仗实效。不过，黎元洪也有办法，那就是重开国会，这倒是一个不错的抓手，可以用来牵制老段的势力。
1916年8月1日，阔别多年的第一届国会议员们齐聚京城，其中参议院138人，众议院318人，人数刚刚过半（第一届国会俗称“八百罗汉”，总人数应当在820人）。在被袁世凯解散后，这些国会议员们散落各地，这次得以重逢并再次召开国会，真是悲喜交集，心情十分复杂。国会开幕那天，黎元洪、段祺瑞等文武官员也都纷纷到场祝贺，当天会议的一个重要内容，便是黎元洪按照《大总统选举法》进行宣誓。在黎总统誓毕后，议员们忍不住一齐欢呼“民国万岁”、“总统万岁”，时光仿佛又回到了当年国会初开的盛况。
国会重开后，他们要做的第一件事情便是选举副总统。副总统这个位置看似不尴不尬、可有可无，但其中却另有涵义。譬如南方的议员们，他们想把老段选为副总统，然后乘机将他从国务总理的位置上挤下，让南方的唐绍仪上位。
但是，这个提议很快便宣告失败，一则段祺瑞公开表态不会就任副总统，二来唐绍仪也不想出任国务总理。由此，该提议也就不了了之，国会议员们最后选了冯国璋做副总统。副总统本是虚衔，当年黎元洪不愿北上就任而改在湖北遥为受领，这次冯国璋当然也不例外，直接就在江苏就职了。
应该说，在袁世凯死后的这几个月里，在黎元洪、段祺瑞、冯国璋等人的配合之下，总统确立了，内阁成立了，国会重开了，每天总有各种贺电从各地发来，纷纷扰扰，热热闹闹，民国气象看似不是小好，而是一片大好。
当然，也不全是喜事。就在冯国璋就任副总统的次日（10月31日），一封唁电从上海传来，革命元勋、陆军上将黄兴因多年奔走国事，以至于积劳成疾，竟在上海去世了。黄兴在“二次革命”后因不肯加入中华革命党而远赴美洲，直到护国战争爆发后才返回上海，可惜这位革命伟人的时日已经不多，逝世时不过43岁，可谓壮年早逝。
更令人惊愕的是，在黄兴死后不到十天，又一位伟人在日本福冈去世，这就是揭起“护国战争”大旗的蔡锷将军。在袁世凯死后不久，蔡锷因为患喉疾而电辞四川督军之职，随即经上海转赴日本福冈就医。不料此时竟为时已晚，蔡锷最终在日本不治身亡，年仅35岁，更是英年早逝！
民国政府好生安葬两位革命伟人姑且不提，下面却要说说新总统和新总理是如何同事的。按理，黎、段两人都是军人家庭背景，又都读过军校、留过洋、带过兵、打过仗，两人的经历类似，彼此间的沟通应该问题不大。再说了，黎元洪在袁世凯时期已经学会韬光养晦，凡事包容；而老段的脾气虽然大，仕途上也更顺利，但人家好歹也是个大领导，还不至于当面给黎总统难堪。
段总理至少能在表面上优礼黎总统，但他手下的那些人就难说了。在这些人中，最难说话的人便是人称“小扇子军机”的徐树铮，而这小徐偏偏又是老段最为信任的干才。这下好，问题复杂了，矛盾激化了，好戏马上开演了。
徐树铮是个什么样的人？听听段祺瑞府上的人是怎么说的就知道了。徐树铮是江苏萧县人，秀才出身，他和老段是一不沾亲、二不带故，原本只是老段手下的一名司书，不知怎么就给老段赏识上了，送他到日本士官学校留学。小徐回国以后立刻扶摇直上，成为老段跟前的头一名红人。段府的人都说，老段起来得快是老袁一手提拔，而老段提拔小徐也像袁世凯当年提拔他自己一样，甚至有过之而无不及。
譬如民国初年，老段做陆军总长，徐树铮就当次长，另外还有一个次长蒋作宾，可陆军部里的事大小都是徐树铮说了算。不但蒋作宾当不了家，就连段祺瑞本人说的都不一定算数，因为小徐在老段面前是说一不二，从不被驳回；而老段吩咐下来的事，小徐却不一定照办。当时就有这么件事，段祺瑞有个老部下被军队撤职了，穷得没办法来找老段，请求给个差使。老段看他可怜，就答应下来，并批交徐树铮办理。不料徐树铮后来却签呈上去，说：“查该员无大用处，批驳，验过”……于是这事就算拉倒。
徐树铮受到重用，和老段的生活和工作方式也有关系。总的来说，老段的生活很有规律，一年三百六十五天基本没有什么变化（这点和袁世凯很像）。他一般在家吃过早饭后，便上书房看公事；看完公事后去衙门，中午通常都是回来吃饭。除了大年三十和正月初一，老段一般都是一人单吃，不和家里人同桌吃饭……不过这样也好，因为老段一向严肃古板，很少与人说笑，所以老段的家人倒也乐得躲开他，免得受他拘束。
老段吃过中饭后，一般会在内客厅睡个中觉，然后有客的时候会客，无客的时候就与棋手们下下围棋（后来加入日本籍的国手吴清源，他小的时候便经常陪老段下棋，老段会给棋手们每月开工资），或者找一些诗人搞搞诗会，当时王揖唐、梁鸿志等人便是段府的常客。晚饭之后，老段照例都要打牌（麻将），一天基本是就这样过了。如此看来，老段办公的时间短而享受生活的时间多，在勤政方面，老袁比老段可要强多了，而这也是徐树铮受到重用的原因之一。
小徐去段府，从来就是随来随见，用不着要号房的人通禀，他就扬长直入了。段府的那些人，见了小徐都躲得远远的，因为大家都知道他脾气大，又好挑毛病，恶狼恶虎似的，当面就给你一个下不来，小者挨一顿申斥，搞得不好，他跟老段一说，饭碗就被他砸了。旁人还有个灵活，但他是言不二价，所以大家都不愿意沾他。
老段会客一般是在外客厅，但小徐一般是径直走进内客厅，而且只谈公事，三言两语，交代完了就走。他很少参加公馆的宴会，也不大陪着老段打牌，照例是公事公办，态度很严肃。正因为如此，不但段府的人对徐树铮报着敬而远之的态度，就是老段身边的亲信，那些军政界的要人们也对小徐十分烦恶。有些事，大伙都避讳他，不愿意让他参加。为啥呢？因为只要一沾上徐树铮，就得实行独裁，听他一个人的了。
也许大家会觉得奇怪，为什么老段会对小徐这么信任呢？原来，小徐不但对老段忠心耿耿，一心护着老段，而且他这个人也真是有学问，有能力，才气过人。有人亲眼所见，徐树铮在会客的时候，一手批公事，一手还拿着耳机子和人家通电话，真是做到五官并用。再者，小徐的记性也不是常人可比的，可以说是过目不忘，什么公文啊条例啊，他看得既快，记得又熟，只要老段一问他，他总是能对答如流，谁要是不信，找出公事来一对，还真是一字不差。所以段府的人都说：“这是人家有才，你想，老头子能不喜欢么？”
有才归有才，但天底下有才的人大都有个恃才傲物的臭毛病。老段这次出任国务总理，小徐也就理所当然的做了国务院秘书长，而这年小段不过37岁。对于徐树铮的专横跋扈，黎元洪也是早有耳闻，最开始他是反对由徐树铮出任国务院秘书长的，因为他知道徐树铮这个人太难共事。后来老段托总统府秘书长张国淦和北洋元老徐世昌代为转圜，黎元洪这才勉强答应。不过，黎总统提出一个条件，那就是徐树铮到总统府见他的时候，必须有张国淦陪同，他不单独见徐树铮。
由于当时约法对总统府与国务院之间的权限不甚了了，而老段和老黎在平日里也不太互通声气，因此在一些事务上难免出现误会与冲突。按照约法规定，国务院所决定的重大事件，应当呈递给总统府，由大总统盖印发布。徐树铮是国务院秘书长，因此经常要往返于国务院和总统府办事，但这个小徐经常不给黎总统说明事件来由，只管催促总统赶快盖印。要是黎元洪多问上几句，小徐脾气上来就敢当面顶撞。徐树铮这种盛气凌人的态度，若不是总统府秘书长张国淦从中斡旋调解的话，黎总统还真是有点吃不消。
有一次，徐树铮拿着福建省三个厅长的任命书来请总统盖印，黎元洪刚刚问了几句这三人的从前来历，小徐就不耐烦的说：“大总统问这些干什么？请赶快盖印，我事情忙得很！”这下可真是把黎元洪气得半死。等徐树铮走了，黎元洪恨恨的跟手下人说：“我本不想要做什么总统的，可你们看看，这些人目无总统到了什么地步！”
为了顾全大局，黎总统固然可以忍气吞声，但他的那些幕僚们不干了，他们得为总统争权，也为自己争权。由此，府院之间的矛盾开始暴露，特别在原总统府秘书长张国淦辞职之后，总统府与国务院之间的矛盾更是迅速激化。
在张国淦走了之后，代替他的是人称“报界三杰”之一的参议员丁世铎。丁秘书长可没有张国淦那么好说话，他的性格和小徐倒是有点像，一向是言辞犀利，做事干练，岂能容忍小徐那样骄横跋扈的作风？这不，他一就职，马上就搞了一个“府院办事手续”草案，名义上是为了划分府院权限、规范办事手续，但说白了，其实就是要为总统府争得权力与地位……你国务院不能把总统府看成是一个盖印的机器啊！
丁秘书长的提议得到了黎总统的支持，但引起了国务院那边激烈的反对，他们认为这个草案就是“总统争权”，是用总统制来替代内阁制，这如何使得？段祺瑞身为内阁总理，当然不能对这事坐视不理，他随后便请假不出，以此来向黎元洪施加压力。
黎总统其实也心虚得很，他也不想把事情搞大，因为老段不出来理事的话，他还真维持不了局面。于是黎元洪又找人出来斡旋调解，说他本人是尊重《临时约法》和责任内阁制的，绝没有要恢复总统制的想法；之所以搞出“府院办事手续”的草案，主要是想协调府院之间的关系，避免误解，减少矛盾。趁此机会，黎总统又向老段投诉徐树铮等人在总统府嚣张跋扈的种种做法，并希望老段能对这些人稍加约束。既然黎元洪服了软，老段也就坡下驴，销假回来办事。双方经过一番调解和讨论之后，都做了让步和折中，老段还特别指示小徐，以后交给黎总统核阅的文件，一定要亲自递送，并且一定要注意收敛。于是，“府院办事手续”的风波就暂时平息了下来。
一波刚平，一波又起，这次却是来自国务院内部，内务总长孙洪伊与秘书长小徐发生冲突。孙洪伊是清末著名的立宪党人，在民国初年的组党热潮中大出风头，他此时与黎总统及冯副总统的关系打得火热，自然免不了与老段、小徐发生矛盾。
小徐仗着老段的信任，在国务院一手遮天是人所皆知，偏偏遇到孙洪伊也是眼高手低的朋友，他的为人争强好胜，而且政治能量也不小，用当时人的话来说，这两位在一起，几乎就是“日日在火并之中”。
老孙是直隶人，年纪比小徐大十岁，哪里看得惯小徐这个嚣张劲。两人的日常口角就不消说了，这里说几次大的冲突。第一次冲突是徐树铮擅自以国务院的名义发布调令，命广东、福建、江西、湖南四省军队会剿护国军李烈钧部的事情引起。本来这事已经在国务会议上讨论过，决议是去电调解，而小徐却私自拟了一个讨伐的命令拿给黎总统盖印，结果被拒绝了。小徐一怒之下竟然擅自以国务院的名义将讨伐之令发出，结果引起其他内阁成员的一片哗然，孙洪伊当面指责小徐违法越权，而小徐也不甘示弱，两人就此结下梁子。
紧接着，在8月下旬的时候，众议院将湖南议员提出的一个议案转给了国务院，其中对现任福建省长的胡瑞霖提出查办要求，理由是其在任湖南财政厅长时有贪污等劣迹。胡瑞霖是皖系的人，徐树铮接到议案后擅自以国务院的名义为胡瑞霖辩护，并将议案驳回。
孙洪伊得知后十分恼怒，他怒气冲冲的找到老段说：“对民政长官的处分问题属于内务部的职权，我自己分管的事情，我竟然一点都不知道，这算哪门子王法？如果秘书长可以包办一切，那我这个内务总长还做它作甚？”黎总统得知此事后，也召见并慰留孙洪伊说：“就是啊，现在哪里是责任内阁制，简直就是责任秘书长制嘛！”
被这么一闹，老段也觉得这事做得荒唐，随即命小徐将咨文追回，徐树铮表面上答应，实际上却不了了之。由此，孙洪伊又和老段卯上了。
中国的事情，就是千万不要轻视了小人物的作用，千里之堤溃于蚁穴，从古至今，有多少大人物是被小人物给拖下水并一蹶不振的！徐树铮和孙洪伊两人在前台斗法，两位后台老板免不了在私下里抱怨，段祺瑞说：“这孙总长也太不象话了！”黎元洪则说：“徐秘书长未免欺人太甚！”
一个月后，孙洪伊为整顿内务部，裁减了部里的三十多名职员。由于这些被裁者大都和北洋系的头头脑脑有着这样或那样的关系，他们岂能善罢甘休，而徐树铮也想利用他们来把孙洪伊给搞下去，于是便怂恿他们向平政院上诉。结果，平政院裁定撤销内务部原令，被解职的那些人仍旧回去上班。
平政院是袁世凯时期设立的一个政治仲裁结构，孙洪伊不但不接受这样的裁定，反认为平政院是一个非法机构，随后他拟将此案提交国会审议。徐树铮害怕国会接受孙洪伊的意见，于是决定先下手为强，他在经过老段的同意后拟定了一道执行平政院裁决的命令，准备交总统府批准。
徐树铮的这道命令，不但内务总长孙洪伊拒绝副署，黎总统也拒绝盖印，府、院之间反复争执，酿成政治风波。老段自上次就对孙洪伊十分不满，于是暗地里给孙传话，让他辞职算了。但是，孙洪伊非但认为自己没有错，而且口气十分强硬，拒不辞职。
老段这回真动怒了，他在十月中旬下了一道将孙洪伊免职的命令，让小徐拿给黎总统盖印。黎总统见后十分震惊，坚决不肯用印。徐树铮为这事来回跑了四趟，黎总统连拒四次，丝毫不肯让步。最后一次，徐树铮威胁黎元洪说：“总统不肯盖印也无妨，以后我们不准孙洪伊参加国务会议！”黎总统大怒：“你说的这是什么话？！”徐树铮冷笑道：“什么话？这是段总理的原话！”
过了几天，很少到总统府的段总理突然气呼呼的出现在黎总统的面前，他拿着将孙洪伊免职的命令交给黎元洪，说：“总统要是不肯免孙洪伊的职，那就把我免职了吧！”
老段下了最后通牒，黎总统也只好退让，不过他还想给双方留点余地，也给自己争回点面子，于是他建议：“免职令还是不下的好，让他自动辞职吧！我来给他做做工作！”
偏偏孙洪伊这位朋友是个死硬派，他死活不肯主动辞职，还大声嚷嚷道：“什么官我都可以不做，只要维持我的人格！我不辞职，不出洋，不外调！”
黎总统也说服不了他，这下事情闹僵了。一方面，要是不把孙洪伊赶出内阁的话，段总理的面子没地方放，以后也就没了威信；另一方面，孙总长坚持自己没有错，主动辞职就是失却人格。双方都不肯妥协，把黎总统夹在中间，左右为难，束手无策。
最后，黎元洪只好把北洋系的大佬徐世昌给请出来，希望他来调解这个纠纷。徐世昌是个老官僚，见多识广，他一眼就看出了其中的问题所在。于是，徐世昌提出一个方案，那就是将孙洪伊和徐树铮同时免职，原总统府的秘书长张国淦出任国务院的秘书长。张国淦与府院之间的关系都不错，由他出任国务院秘书长的话，双方的沟通就相对好很多了。
老段用人，从来就是“用人不疑、疑人不用”，他对部下的袒护是出了名的。对于徐世昌的提议，老段开始不同意，因为他并不希望徐树铮被免职。直到后来国会要弹劾徐树铮，老段才不情愿的同意了这个方案，但又加了一条，那就是将总统府秘书长、号称黎元洪“四大金刚”之一的丁世铎也一并免职（另三人为金永言、哈汉章和黎澍）。
11月下旬，孙洪伊、徐树铮、丁世铎三人先后被免职。老段这次以一换二，而且徐树铮仍旧是陆军次长，勉强占了上风。至于被免职的孙洪伊，他转身又回到了国会，仍旧对老段不停的发难。
孔夫子曾经说过，“君子有三戒，少之时，血气未定，戒之在色；及其壮也，血气方刚，戒之在斗；及其老也，血气既衰，戒之在得。”可惜的是，对于老夫子的这句话，大部分中国人都不曾认真对待，所以但凡有中国人，便有内斗；内斗不休，方是真正的中国特色。
由此，这些气血方刚、一个个牛皮哄哄的强人们，想不继续斗下去都难呢。