1940年9月6日，国民政府发布命令，定重庆为中华民国陪都。命令中说：“重庆绾毂西南，控扼江汉，尤为国家重镇”，“川省人民，同仇敌忾，竭诚纾难，矢志不渝。树抗战之基，赞建国之大业。今行都形势，益臻巩固，战时蔚成军事政治经济之枢纽，……恢闳建置，民意佥同。兹特明定重庆为陪都”。
如同一个人一样，一座城市总有自己的外貌和性格，在它所有的传奇中，总有一个故事贯穿始终；如同每个生命都有一颗专属于他的星辰在遥遥对应一样，总有一种命运在冥冥之中让一座城市神秘而荣耀。
60多年前，费正清从昆明飞临重庆上空，这座中国战时首都在瞬间给他的印象是：“一个极为不幸的人类居住地。这里连一块平地都没有，一切东西都似乎蒙上了1/4英寸厚的灰尘。”这名年轻的哈佛大学教授，却正是靠着在重庆度过的15个月，感受到中国的精神和力量，奠定了日后成为美国头号中国学权威的地位。类似的例子还有英国科学家李约瑟、美国水利专家萨凡奇、《时代》周刊发行人卢斯、新闻记者埃德加·斯诺、诺贝尔文学奖得主欧内斯特·海明威、以《亚洲内幕》名扬世界的美国作家约翰·根室、在专著《天下一家》中盛赞中国的美国总统特使、作家温台尔·威尔基……确实，重庆云横雾纵，山重水复，蕴藏了难以言表的历史玄机，诸多偶然的人物和偶然的事件在这里偶然际遇，从此星流云散。这座天涵地负的山城，却在风雨如晦、鸡鸣不已的沧桑嬗演中，秉承造化旨意，深谙世事奥妙，因缘巧遘，得天独厚。重庆的命运是独一无二的，它注定要在一个民族危急存亡之秋去担负天下兴亡。如果没有造化所钟、天意垂顾，重庆至今不过是一片封闭平庸的农产品集散码头、被历史沧浪遗弃的一潭死水。
1935年，随着四川统一和西南各省的统一问题渐趋解决，国民政府逐渐将国防中心由西北转向西南。特别是重庆，为西南最大的工商业城市和经济中心，与西南各省联系密切，以四川天险作为屏障，以西南、西北两大国际交通线为依托，一旦东部沿海遭到敌人封锁，仍能对外交通联络。同时四川人民众多，物产丰富，能从人力、物力、财力上长期坚持。1935年3月2日，蒋介石由汉口飞抵重庆；4月，他在总理纪念周讲演时第一次指出：“就四川地位而言，不仅是我们革命的一个重要地方，尤其是我们中华民族立国的根据地。”同年7月，蒋介石面对即将来临的中日战争，再次指出：“对倭寇应以长江以南与平汉线以西地区为主要线，而以川黔陕三省为核心，甘滇为后方。”同年10月6日，蒋介石在成都出席国民党四川省党部扩大纪念周讲演时又指出：“四川在天时地利人文各方面，实在不愧为中国的首省，天然是民族复兴最好的根据地。”种种迹象表明，在中央势力进入四川，川政统一之后，国民政府已经开始将建设重心由西北转向西南，开始考虑对日抗战时的后方根据地，即蒋介石所称的“民族复兴根据地”的建设问题。
随着日本扩大对中国的侵略和国内抗日民主势力的发展，国民政府开始进一步走向抗日的立场。1935年9月，蒋介石在《经济往来》上发表文章指出：“中国对日本的妥协让步，毕竟有一定限度。”这是蒋介石首次对日本侵略者所表示的强硬态度。接着，蒋又要驻日大使蒋作宾告诉日本政府：如果中国政府“被逼到无法忍耐的时候，我们将不惜一切代价与侵略者作战”。在随后召开的国民党五大和五届二中全会上，国民党对日政策发生了一些变化。
国民党五大后，国民政府进行了改组，蒋介石取代汪精卫为行政院长，大部分部长为亲英美派所担任。与对日政策变化相适应，国民党在行动上也开始着手准备抗战，制定了三年国防计划，其主要内容为：争取国际支援，特别是争取苏联的支援；实行币制改革，为战争准备财源；在京、沪、杭等战略要地修建国防工事；在交通方面，迅速修通粤汉、浙赣铁路，延伸陇海铁路，新建桂越、甘新、川康等战略公路；整编全国军队，实行兵役法征集新兵；准备撤退沿海地区的大学，保护和转移北平等地的重点文物等。
1937年7月7日，卢沟桥事变爆发，日本大举进攻中国，8月13日，上海战事发生，14日国民政府发表自卫抗战声明书：“中国绝不放弃领土之任何部分，遇有侵略，惟有实行天赋之自卫权以应付之”，抗日战争全面爆发，中国军队在淞沪战场展开了顽强的抵抗。随后，蒋介石在国防最高会议上发表《国民迁渝与抗战前途》的讲话，确定以四川为抗日战争的大后方，以重庆为国民政府的驻地。1937年11月20日，国民政府发表宣言，宣布：国民政府“为适应战况，统筹全局，长期抗战起见，本日移驻重庆。此后将以最广大之规模，从事更持久之战斗”，“继续抗战，必能达到维护国家民族的生存之目的”。12月1日，国民政府开始在重庆办公。这时，国民政府的军事指挥中心仍在武汉，行政院主要部、会也留在武汉。1938年10月武汉失守，蒋介石和国民政府留在武汉的机构也迁到重庆。重庆成为战时中国的政治、军事、经济与文化教育中心。
国民政府迁都重庆是中国近代史和重庆近代史上的重大事件，对中国抗日战争和重庆城市的发展产生了深远的影响。随着国家机关、工矿企业、各类学校、文化机构、金融机构的内迁，重庆从一个地区性的政治、经济、文化中心一跃而成为战时中国的政治、军事、经济、文化中心；从一个古老的商业城市发展成为一个具有近代工业基础的中心城市；从僻处四川东部的一座普通中等城市上升为一座国际名城。
国民政府宣布迁都重庆后，国民政府及各院、部、会陆续迁至重庆，重庆成为中国的战时首都，全国政治、军事、经济、文化的中心。但是，重庆原是四川省政府管辖之普通市（省辖市），市政府经1932年紧缩改组后，仅设警察局和总务、财政、工务、教育四处，财政收入完全上交，然后由四川省政府拨款，这种状况同重庆当时所处的战略地位与正常职能的发挥，已经严重的不相适应。
1938年10月下旬，参政员胡景伊等21人建议国民政府改重庆为特别市，直隶中央政府，并提交行政院第384次会议讨论研究。1938年初，刘湘在武汉病逝后，蒋介石任命其心腹张群继任四川省主席，遭到刘湘在川部属王陵基等人的激烈反对，因此改由刘湘系军长王瓒绪代理省主席一职。在此情况下，如果重庆再直隶中央，将会过多触犯四川实力派的利益，所以行政院最后决定采取过渡措施，重庆市在隶属关系上仍然照旧，属四川省政府管辖，但其市政府组织暂准沿照中央直辖市的规模，提高市长和所属各局行政首长待遇；在财政上，除营业税外，其他收入均归市财政，另由中央政府政府酌予补助，会计独立；重庆市政府在必要时可以直接函通行政院，同时呈报四川省政府，为将来时机成熟，直隶国民政府行政院作了准备。
1939年5月3、4两日，日本空军连续轰炸重庆，造成市民伤亡数千人，中外震惊。5月5日，国民政府为加强领导，明令重庆市升格为行政院直辖市，任命贺国光为重庆市长。同时拨款100万元救济灾民，集中车辆船舶，积极疏散离开灾区等措施，迅速稳定了重庆局势。
随着国民政府迁驻重庆，大量的军政、文化、教育单位和工矿企业迁渝，各迁渝单位或租赁房屋或新建房棚，城市迅速膨胀。政府对工厂、单位迁渝采取了鼓励和支持的政策。当时的四川省政府下令对迁渝工厂的征地实行优待办法，对工厂企事业的迁渝重建，起了积极的促进作用。重庆的有关单位和人士也积极配合，主动租、售房屋或地产给内迁单位、企业。旧城区、新市区的旧有空地和化龙桥、土弯、小龙坎、沙坪坝、海棠溪、龙门浩、玄坛庙、弹子石以及江北老城、溉澜溪、陈家馆、香国寺、猫儿石一带，各种简易房屋和厂房、工棚很快地就如雨后春笋拔地而起。市区也因此扩展至上清寺、两路口，郊区扩展至磁器口、歌乐山一带。到1938年底，城市建成区面积已经扩大到近30平方公里，全市人口统计已达50万人，加上流动人口共60余万。
国民政府迁都重庆后，升重庆为行政院直辖市，定重庆为中华民国陪都，提高了重庆的地位，稳定了大后方的民心，有利于抗日战争的大局。国民政府也在暗示日本人，我们已经决心长久相持。