近卫、东条等人执政后，做的第一件事就是确定南进为日本的基本国策和新内阁的施政纲领。
由于准备南进和将侵华战争转入所谓“长期作战体制”的战略需要，当时在华日军的整个部署和作战重心，已开始向华北、华中地区的“治安战”转移。自八路军百团大战震撼了日军大本营之后，日军的“治安战”就集中针对中共，其目的就是要消灭中共领导的抗日武装力量并摧毁其抗日根据地。
第二届近卫内阁1940年7月26日决定的《基本国策纲要》认为：“当兹世界历史性的大转变之际，创建以数个国家群的生成和发展为基调之新的政治、经济、文化，实为皇国有史以来面临的重大考验。”立足于德国在欧洲扩张的“良机”，日本的基本国策由原来的“建立东亚新秩序”，更进一步提出以“建设大东亚新秩序”为其根本方针。为了贯彻这一方针，日本统治集团的考虑是：要尽量以最小的负担在中国进行“持久战”，并逐渐缩减在华兵力。
这个基本国策以积极准备南进为基调，已改变了将解决中国问题作为南进前提条件的立场，提出即使中日战争不能结束，只要形势有利，也要南进。松冈和东条认为“解决南方，实际上就是促进中国事变的解决”。新内阁还确定：外交方面要加强日、德、意三国轴心，排除英、美对日本建设“大东亚共荣圈”的阻挠，调整日苏关系；内政方面，要完成“国防国家”的体制，“建立坚强的新政治体制，以谋求一切国政的集中统一”，即加强法西斯专政。
在这种思想指导下，1940年11月13日，日本御前会议通过了《中国事变处理纲要》。其方针为三条：一是继续对中国行使武力打击；二是封锁海、陆、空路线，严加杜绝美、英援助中国抗战的行为；三是调整日苏邦交，使用一切政治与军事手段，削弱重庆政权之抗战意志，使之迅速屈服。纲要把对华政策与对美英政策统一考虑，争取于1940年底以前，以政战两略“削弱重庆政权抗战意志，使之迅速屈服”，若不能实现，则不论形势如何，“断然向长期战方略转移，务期重庆政权之屈服”。
日本中国派遣军对《中国事变处理纲要》表示强烈不满，认为应继续以必要的兵力投入中国方面，“力图压缩、削弱敌后方之敌对政权及其领域，情况允许时，相机予以摧毁”。
1940年11月28日，中国派遣军高级参谋真田穰一郎大佐奉派返回东京向参谋本部报告了对《中国事变处理纲要》不满的意见。真田大佐在报告中提出：“整理收缩兵力为作战带来严重障碍。”“当前我在华兵力：华北25万，华中29万6千，华南16万6千。此外，定员外有1万6千，总共72万8千，航空部队共20个中队（其中，华北8个中队，华中6个中队，华南6个中队。而中国派遣军主张：包括华南方面军在内，1941年维持72万8千人的现状，1942年为68万，1943年仍为68万，1944年为60万。”他还提出：“主要占领区的治安现状，其安定程度的顺序为蒙疆、三角地带、武汉地区，以华北为最差。”中国派遣军打算，“1941年度为巩固华北，由华中向华北抽调约两个师团，以便进行彻底‘扫荡’；对武汉方面要整理收缩江南地区”。“如情况允许，则打通京汉线，使华中与华北联接起来，估计可能于1944年度以后进行”。
1940年11月30日，日本参谋本部第二课高级部员服部卓四郎中佐将中央主管人员的意见告知真田，大意是：认为需要考虑在华兵力将陆续递减。如果决心于1941年指向南方，势必推迟对华问题的解决。如果形势好转，则须加强对中国的压力，以结束战争。在1941年不进行南方作战的情况下，仍尽力对中国施加压力。关于此事，服部卓四郎中佐曾有如下回忆：“总之，对华作战已处于进退维谷的境地，不过由于在华兵力必须于1941年内缩减到平均65万，因此，考虑世界局势，乘目前仍有72万的兵力，先施加一次压力，打好基础。待1941年夏秋之后，仍不见转机时，便只好收缩兵力转入持久态势。”
由此可以看出，日本参谋本部已显露出一种倾向，即认为，趁削减兵力计划实施之前，应全力以赴地在中国战场奋力一战，把所谓的“持久战”战略推迟到1941年夏秋之后，而在中国战场上的军事压力重点在于华北。
在逐渐形成这种对华作战指导思想的过程中，1940年12月26日，陆军大臣东条英机与参谋总长杉山元举行会谈，确定了以下的基本方针：“（一）必须使中国事变尽快获得解决，为此，不仅要考虑南方，尚须确立以中国和北方问题为主的方针。”“（二）近来对解决事变问题，有偏重政治谋略的倾向，但无甚效果，今后极需集中精力于直接有助于解决事变的政治谋略及作战谋略。”东条和杉山还共同决定：“当前对华作战纲要的内容是，彻底肃正华北治安、空军进攻作战、对华集中作战谋略，加强封锁以及扶植中国武装的治安警察力量。”
东条英机和杉山元还商议了如何困死蒋介石政权的问题。两人取得一致意见，认为：日军陆海军必须加强对中国的全面封锁。从地面、海面及空中断绝中国与美、英西方世界的联系，切断法属印支路线，破坏滇缅公路，兼以海军封锁海面，陆军封锁海港，加强对华经济压迫。
在此之前的10月3日，日本新组建的印度支那派遣军司令部和海军航空部队进驻法国的殖民地越南河内，切断了经河内进入中国云南和广西的国际路线，并作为日本海军轰炸中国内地的航空基地。日军“和平”进驻河内四天之后，海军航空部队就起飞轰炸了重庆政府的“后院”昆明市。