2009年8月，行将80岁的吴敬琏在口述史中回顾1993年的那个整体配套改革方案，他评价说，外汇改革最成功，财税改革其次，国有企业改革再次，社会保障改革最无成效。
关于国有企业改革在早期，居于主导地位的是放权让利的思路。
早在1991年4月和5月，吴敬琏就连续撰写《改革传统经济体系是搞活大中型企业的根本出路》和《国营大中型企业的困境与出路》两篇论文，对现行的企业改革放权让利思路提出了异议。
对于放权让利，他认为，“从1956年以来一直就存在一种把旧体制的弊病归为‘权力过分集中’，对企业‘管得过多，统得过死’，从而把改革简单等同于‘放权让利’的思路，根据这种思路，通过改革所要建立的经济体系，就是所谓‘用国家计划来配置资源，引进某些市场因素以调动地方、部门、企业和职工的积极性’的体制”。而多年的实践证明，根据这一基本思路所进行的企业改革“收效甚微”。
对于放权让利改革中的最高形式——承包制，他认为存在着“一些根本性的缺陷”，包括“阻碍资源流动、阻碍结构调整”，“承包制下产权结构的安排不利于正确处理国家与企业之间的利益关系”。“因此在我看来，承包制只是在全面改革尚未进行的条件下，为了在指令性计划的‘笼子’里给企业以一点活动余地的权益之计，‘改进’承包，只能使它的弊害得到某种程度的缓解，而不可能使它得到‘完善’。”
此外，对于政府向国有企业进行财税、信贷上的政策倾斜，他认为这会造成市场竞争的不公平，从而直接伤害到体制外的民营企业，“这种政策实施不久，就因为非国营部门这个我国经济中最有生气的部分活力遭到抑制，而使整个国民经济的衰退迁延而不得不放弃”。
当时，还有人提出用“组建企业集团”的办法“造出大船好出洋”，让国有企业靠规模来取胜，吴敬琏断定这种用行政方式组织起来的大集团肯定将走回到行政性集权的老路上去，“一开始时一哄而上，尔后就会一哄而散”。
当论证了这些办法都行不通之后，吴敬琏提出了自己的思路：“我们主张在我国搞一种以法人代表公众持股为主、个人持股为辅的股份公司，以之作为社会主义商品经济的微观基础。”
吴敬琏和大多数中国经济学家一样，是赞成用公司制度（在中国又常常称为“股份制”）改造国有企业的。但是，他对于从1986年开始在全国推行的以国有股为主，包含部分“企业股”和少量个人股，按持股比例分配董事会席位，董事会与经营班子高度重合的“股份制企业”又是不满意的，认为这种“股份制企业”不符合现代公司的规范，也不可能有效运行。
在这种思想的指导下，1993年，他与钱颖一合作完成《关于公司化》一文，它先是上报了中央全会写作组，然后又发表于1993年8月24日的《经济日报》。
在文章中，他们建议国有大中型企业应该加快进行公司化改造，就是“将现有的非公司类型的企业改组成为公司法人组织”，其基本内容包括三个方面：明确公司的法人性质，界定产权关系和建立“公司治理结构”。他在与外国同行的交往中，对各国大企业的企业制度知之甚详。
吴敬琏回忆说：“当时在全会文件起草组里领导企业改革调研组的陈清泰认同我们这篇文章的观点，便写进了全会以前江泽民在大连国企座谈会的讲话中去。在全会《决定》（《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》）中，便成了企业改革的新主题。”陈清泰是少有的、由企业一线晋升上来的高级官员，他曾长期担任第二汽车制造厂厂长，1988年被评为“首届全国优秀企业家”。1992年7月，陈清泰抽调到国务院经济贸易办公室当副主任，旋即出任国家经济贸易委员会主管国企改革的副主任。他与吴敬琏一样，认为承包制弊病很多。
在十四届三中全会上通过的《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》中，“现代企业制度”这个新名词非常醒目地出现了，《决定》提出“进一步转换国有企业经营机制，建立适应市场经济要求，产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学的现代企业制度”。全会结束后的一个月，1993年12月，吴敬琏出版了国内第一部关于公司制度的专著《大中型企业改革：建立现代企业制度》，此书一再重印，并获得国家图书奖。
对于1993年中共十四届三中全会《决定》中论述的国有企业改革那一部分，吴敬琏并不完全满意，他对此是这样评价的：“这个综合方案中也有很大的缺陷，集中表现在国有企业改革上，在1993年的那个文件中，是相当混乱的，你说好的地方，就是提出了现代企业制度的创新；混乱的地方，就是放任，把现代企业制度和扩大企业自主权搅在一起，并不清晰。”
“搅在一起”的原因，还是因为理念不清及争论不休。
1993年12月，全国人大常委会通过了《公司法》。从1994年起，中央政府开始按照《公司法》在全国推行现代企业制度的试点改革，到年底，国家体改委在全国选择了31家大型企业进行试点。
就如同分税制替代了财税包干制一样，《公司法》的实施，意味着承包制即将在中国企业改革中走向终结。事实上，早从80年代中期以来，吴敬琏便断定国有企业必须走产权清晰化的股份制道路，不过，他有一个与厉以宁的股份化理论不完全相同的观点，就是公司只有确定“能够在所有者和经营者之间建立起制衡关系的公司治理结构”才能有效运行。吴敬琏和钱颖一在《关于公司化》一文中，用了将近一半的篇幅详细介绍和论述了一个当时国人还十分生疏的重要概念——公司治理（CorporateGovernance，又称法人治理结构）。他们指出：“建立公司治理结构的要旨在于明确划分股东、董事会和经理人员各自的权力、责任和利益，从而形成三者之间的制衡关系。”这就是说，公司必须建立有效的公司治理。
可惜的是，在20世纪后期已成为现代公司制度核心架构的公司治理，在当时的中国还鲜为人知，可否在《决定》中写进这样一个并非一句话就能讲清楚的外国名词，就成了问题。几经折中，写进文件中作为代替的是四句浅显明白的话：“产权清晰、权责明确、政企分开、管理科学”。“法人治理结构”这个公司制度的核心概念，直到1999年的中共十五届四中全会才被采纳，第一次出现在《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》这一文件之中。
由于当时决策层中仍有不少人坚持认为国有企业改革的主要目标就是扩大企业自主权，对股份制或产权变革不以为然，他们的思想及声音渗透在很多文件、报告和讲话中，因此常常出现讲现代企业制度，讲着讲着就成了“放权让利”。于是，出现了“只讲权责明确、政企分开、管理科学这三句话”，还是“四句话一起讲”的争议，吴敬琏当然支持后者。
在企业一线则出现了操作中的难题。不少企业便把很多相干、不相干的东西都往“现代企业制度”这个箩筐里乱装。而能够在所有者和经营者之间建立起制衡关系的公司治理却付诸阙如。这样，新建立的“公司”往往有其名而无其实，更谈不上绩效的改善。
进入1995年之后，国有企业的经营状况持续恶化，几乎到了难以为继的地步，国务院发展研究中心的一份报告显示，国有企业的亏损面超过40%。另据国家统计局对天津、哈尔滨、沈阳、成都等15个大中城市的2600家国有工业企业的调查显示，这些企业的资产总额为2544亿元，负债却达2007亿元，企业负债率平均高达78.9%，与10年前相比，资产增长了4.1倍，债务则增长了8.6倍。
国家显然已经无力照顾数以百万计的“亲生儿子”们。正是在山穷水尽之处，改革再次“被动”地得到拓进。在总结了前几年建立“现代企业制度”试点未能取得成功的教训以后，1999年9月19日至22日召开的中共十五届四中全会通过了《中共中央关于国有企业改革和发展若干重大问题的决定》，要求改制公司普遍实现股权多元化和建立有效的“法人治理结构”，国有企业（但一般只是集团公司控股的二级企业，而非母公司本身）的公司化改制才算“动真格”的了。