一、内禅继位惩处和珅
颙琰是清高宗乾隆的第15个儿子。乾隆二十五年（公元1760年）十月初六日，颙琰诞生在圆明园的“天地一家春”。他长得高鼻梁，宽面颊，貌相俊秀。由于生活在富贵的帝王之家，他具有优裕的物质生活条件，自幼便受到了严格的贵族教育，举止端庄凝重，为人内向多思，因此很得乾隆器重。
颙琰是在乾隆三十八年（公元1733年）立为皇储的。乾隆按照雍正时定下的规矩，将颙琰的名字写在诏书上，然后把诏书密封起来，放在乾清宫“正大光明”匾额的后面。乾隆皇帝是个权力欲很强的人，身体又非常健康。一晃20年过去了，颙琰仍呆在皇储的位置上。在这期间，他被封为嘉亲王，逐步由弱冠少年越过了青年时代而步入了中年。乾隆六十年，垂垂老矣的乾隆皇帝决定举行内禅让出帝位，自己退为太上皇，这种帝位传接方式在清朝历史上是惟一的一次，在整个中国古代社会也不多见。
1796年正月，紫禁城里举行了庄严的内禅仪式，颙琰陪同乾隆到奉先殿等处行了礼，又在太和殿接过了乾隆亲授的宝玺。这样，他正式进入了皇帝的角色，年号嘉庆。然而，在登基后的最初几年，嘉庆根本谈不到有何作为。因为太上皇乾隆仍贪恋君临天下的权势，宣称自己健康状况依然很好，每天都是勤勉不倦地处理政事。所以继续把握着朝廷中的一切军政大权，各项用人理政的措施都要由他决断。直到嘉庆四年（公元1799年）正月，89岁高龄的乾隆一命归天，嘉庆至此才开始亲政，成为真正的天下之主。
嘉庆从乾隆手中继承的，不但有君临天下的权势，还有夕阳西下、悲风不息的动荡时局。乾隆朝是清王朝盛衰的转折点。在康熙、雍正两朝文治武功的基础上，乾隆在他统治的前期励精图治，使清朝的统治达到了强盛的顶点，社会经济出现了繁荣景象，耕地、人口有了显著增长。乾隆中期，全国的耕地面积已经达到7.8亿多亩，超过了明末耕地的最高数字，比顺治时期增加了三分之一左右。到乾隆末期，全国人口也急剧增加到3亿左右。在政治上，乾隆前期多次蠲免赋税，革除苛政，打击朝廷朋党，惩治不法官吏，一度出现了奋发有为的局面。但是，从乾隆中期开始，大清的国势走上了下坡路。
首先，吏治陷入了腐败的泥淖。乾隆陶醉于所谓的盛世景象之中，志满意骄，自以为是，对一些切责时弊、指陈自己过失的意见总是十分反感。一班朝廷大员为了迎合乾隆的虚骄之心，刻意粉饰太平，报喜不报忧，极尽阿谀逢迎之能事。乾隆的心腹重臣和珅，任军机大臣24年，深得乾隆的倚重。他凭借手中的权柄，在朝野上下结党营私，横行不法，顺我者昌，逆我者亡。当时的官吏若想得到肥缺、尽快升迁，都要巴结和珅，向他送纳重贿。和珅贪财嗜货，多方搜刮，聚敛了惊人的财富。由此上至朝廷，下到地方，贪赃枉法的风气十分盛行。乾隆为此曾诛戮了一批贪官污吏，其中包括不少督抚大员，但他并没有采取多少彻底的措施，因而逃避了法网的贪官污吏大有人在。官场上依然充斥着一片乌烟瘴气。
其次，土地兼并严重。土地兼并始于康熙中叶，到了乾隆后期，土地集中的现象已经极为严重。有人指出当时的状况是：占有土地的人还不到十分之一二，其余十分之八九的人，不是沦为佃户，就是变成乞丐或流民。官僚地主占有着大量土地。如直隶怀柔的大地主郝氏，家有上等良田1万多顷，军机大臣和珅占田8000顷，甚至连他的奴仆也有人占田达600多顷。广大的贫苦百姓则多是没有立锥之地。失去土地的贫苦百姓在水深火热中挣扎，朝不保夕。嘉庆元年（公元1796年）二月的一个夜晚，北京城就有8000多乞丐冻死在街头，其惨象令人触目惊心。与此同时，统治阶级的生活与贫苦百姓形成了鲜明的对比。乾隆皇帝喜欢炫耀，他先后6次南巡，又曾5次巡幸五台山，5次告祭曲阜，7次东谒祖陵，两次巡游天津……再加上连年用兵，耗资无数，劳民伤财。在皇家婚丧寿庆的仪式和众多的园林工程中，乾隆更是大肆铺陈，尽情挥霍。清初的社会风俗崇尚俭朴，官僚地主们的穿着多用土布、黄麻制成，冬天穿皮衣的人也不多见。到了乾隆末期，社会风气由俭入奢，变化极大。官僚、地主、商人各阶层无不沉浸在奢华的氛围中。在繁华的扬州城里，富商大贾们竞相挥霍，耗费巨资营建私宅，添置歌童舞女，平时总是华衣美食，炫耀浮嚣。统治阶级的纸醉金迷和贫苦百姓的备受煎熬，预示着社会的衰败和动荡。
第三，社会矛盾尖锐，农民起义不断发生。在官僚、地主的残酷压迫和剥削下，社会矛盾激化了，下层人民的反抗斗争接连不断。乾隆中叶之后，先后爆发了山东王伦起义、甘肃少数民族起义、台湾林爽文起义、湘黔苗民起义等规模较大的武装斗争。下层人民各种方式的反抗斗争如澎湃汹涌的波涛，强烈冲击着清王朝的统治，使它日益走向衰亡。
上述情况表明，摆在嘉庆面前的形势是严峻的，要扭转衰败的政局、中兴国家大业的担子相当沉重。为了扭转衰败的政局，嘉庆皇帝以铲除和珅打响了亲政的第一炮。早在亲政以前，嘉庆已经洞悉和珅的奸佞贪婪，只是自己手中无权，无法对他采取行动。
乾隆的去世给当时的政局带来了转机。在乾隆去世后的第二天，和珅就被嘉庆撤除了军机大臣、九门提督的职务，遭到了软禁。御史王念孙等人此时纷纷出来揭发和珅的罪行，要求皇上将其严加惩办。他们的想法正对了嘉庆的胃口，在半月之内，嘉庆宣布了和珅的20条罪状，将他逮进了大狱，随后又下令将他赐死。和珅的一班亲信，如福长安、苏凌阿、吴省兰等人，也分别被定罪降黜。
和珅被逮捕下狱后，他的家产被嘉庆下令抄没入官。和砷在他当权的20多年里，巧取豪夺，广蓄家私。他被抄没的家产共有109处，约有83处没有估价，仅算其中已估价的26处，价值就达2.2亿两白银。后来有人估计，和珅的整个家产可折合白银8亿两之多。当时清政府每年的财政收入约7000万两白银，和珅一人的家产就相当于朝廷10余年的总收入，真是十分惊人。嘉庆以迅雷不及掩耳之势铲除了和珅，受到了许多人的赞许。人们在灰暗已久的现实中见到了一线曙光。
二、整顿吏治倡导节俭
嘉庆皇帝看到他父亲乾隆皇帝只倚重和珅一人，偏听偏信，犯下许多错误，注意从中吸取教训，意识到要扭转衰败的政局，单靠自己个人的智慧是不够的。为君者应该做到耳聪目明，集思广益，广泛听取臣子们的意见。于是他颁布谕旨，要求九卿科道官员中担负着进言职责的，对于用人行政方面有什么看法、建议，都要奏闻上来。为了鼓励臣子们敢于直言，嘉庆做了保证，表示自己不会轻易对进言者加罪。他说：“我既然提倡直言，若再对直言者加罪论处，那岂不是有意陷害臣子吗？”前内阁学士尹壮图、前御史曹锡宝当年分别因上疏指责和珅及其亲信的丑行而遭到贬斥。嘉庆在亲政后马上出面为尹、曹平冤昭雪，对他们的举动褒扬了一番。不久，陕西贡生何泰上书向嘉庆指出，应该黜奢崇俭，扭转日益趋于奢靡的社会风气。嘉庆表示赞同，特地赏赐了何泰2匹缎子。
长期以来，腐败堕落的吏治犹如附在病体上的毒疽，蠹国害民，为患匪浅。能否使吏治改观，也将是嘉庆能否扭转政局的一个关键。在整顿吏治方面，嘉庆下了不少功夫。他曾专门撰写了《义利辨》、《勤政爱民论》等文章，颁示给群臣。他认为，百姓之所以敢于揭竿起事，大多是由于贪官污吏对百姓敲骨吸髓，为非作歹，官逼民反，民不得不反。有鉴于此，嘉庆在亲政之后对贪官采取了接连不断的惩治措施。湖北襄阳道员胡齐仑，在任期间经管湖北的军需供应，肆意侵蚀挥霍，亏空银两20多万，嘉庆断然将胡判处了极刑。嘉庆四年（公元1809年），在一年的时间里，嘉庆就亲自过问处理了四五起大的贪污案件。江苏淮安府的知县王伸汉，谎报县里户口，侵吞大量赈灾银两，并毒死了要揭发其罪行的查赈官员李毓昌，然后又勾结知府王毂，狼狈为奸，掩饰劣迹。此案暴露后，王伸汉、王毂都被处死，两江总督铁保被革职流戍。这一年，总管内务大臣广兴、巡漕御史英纶因涉不法先后被嘉庆处以绞刑。工部书吏王书常，造假印、写假条，从户部冒领了数十万两白银，案发后被处死，有关大员禄康、费淳等人也遭到降黜。嘉庆坚持这样的原则：害民之官必宜去，爱民之言必宜用。一批为官清廉、勤勉称职的官员得到破格提拔重用，其中四川南充知县刘清就是受到嘉庆青睐的一位。嘉庆在审讯被俘的白莲教起义军首领王三槐时，得知刘清居官很得人心，百姓称之为“刘青天”。在对刘清考察了一番之后，嘉庆决定将他提拔任用。刘清后来历任四川建昌道员，山西布政使等要职，并在镇压四川白莲教起义的过程中发挥了不小的作用。
怠惰偷安、萎靡不振是乾隆末期官场上普遍存在的现象。嘉庆把这点视为国家的隐忧，认为必须要加以整顿。他多次告诫臣子们应该勤于职守，克己奉公。有一次，内务府官员在处理膳房的一件小事时，敷衍塞责，拖了40天才解决了问题。嘉庆得知此事后厉声斥责这帮官员：“几句话就可以了断的事情，奏折上也超不过百字，为何处理得如此拖沓？！”从嘉庆元年到嘉庆十一年，直隶24个州县里被侵吞白银30多万两，经过查核，发现司书王丽南等人在此期间串通舞弊，伪造印章、串票，盗取银两，活动得相当猖獗。嘉庆痛斥直隶历任督抚大员：发生了这样严重的事情，你们竟然懵然不知，形同木偶，在任期间你们都管了些什么事！最后，按照其在任期间虚收银两数目的多少，将直隶历任督抚颜检、瞻柱、胡季堂等人分别治罪。
但是，嘉定惩治腐败与整顿吏治是不彻底的。他处理贪官污吏的措施中严惩不贷者有之，姑息宽容者更不鲜见。比如嘉庆在处理胡齐仑贪污军需一案时，发现永保、庆成、毕源等大员与此案都有牵连。这些人都有收取贿赂、侵蚀滥用国家公帑的劣迹，但在结案时嘉庆只严惩了胡齐仑一人，其余的大员或是因为祖上立有勋功，或是因为已经故去，都免于深究。他们被抄没的家产，也大多被嘉庆加恩赏还。因此，吏治腐败堕落的局面并没有多少改观。
不过，嘉庆在当政的20多年里，对自己的要求却的确是非常严格的。他每天都要处理繁多的政务，孜孜不倦，从不懈怠。嘉庆十三年（公元1808年）四月，嘉庆喜得皇孙，内阁因此有两天没有向他递送奏章，嘉庆马上对阁臣提出了批评。过了几天，端阳节到了，朝廷大臣们又没有向嘉庆奏事，嘉庆大发脾气，亲自对各部院衙门进行查核，结果查明吏、刑、工等部都是有事不奏，嘉庆随即把有关官员交到都察院论罪议处。
嘉庆亲政伊始，他的老师朱珪曾向他提议要身先节俭，崇尚清廉，嘉庆后来对这一点始终比较注意。以往各省官员进京觐见皇帝时，按照俗例都要进呈贡物。官员们为了给自己邀宠求荣，竞相奉珍宝古玩，花样不断翻新。嘉庆四年，嘉庆在惩办和珅的同时，通谕内阁说：地方官员们操办的各种贡物，难道是自己掏腰包？想必都是从州县以下层层敲榨而来。官员们不断剥取于民间，百姓们怎能承受得了！况且呈献上来的古玩珍宝，饥不可食，寒不可衣，真是不如粪土。从此以后，凡是进呈违禁宝物的官员，都要予以惩处，决不能轻恕。他得知上年底由叶尔羌解运进京的大块玉石正在运送途中，随即传下谕旨，不论这些玉石运到了何处，都要放弃在当地，无须继续前行。同年，嘉庆还废除了年节时分大臣们进呈如意的规矩。他讲道：“年节时节大臣们进呈如意，是为了取意吉祥，我觉得这没有多大意义。大臣们觉得那些东西是如意，而我看上去反倒不如意。”
为了遏制奢侈之风，嘉庆身体力行，带头倡导节俭。在乾隆多次巡游地方时，各地官员为他修建了许多奢丽的行宫，嘉庆觉得这实在是过于铺张浪费。他认为，各地的行宫只是为了休息一宿而已，用不着刻意修饰。从经济上看，一处行宫若能省下三四万两银子，10处可就是三四十万两了。嘉庆十四年，嘉庆在巡幸五台山之前特地打了招呼。要求地方官员在途中不得大肆铺陈，务必追求俭朴。同年，在庆祝他的50大寿时，嘉庆下令不准在民间广陈戏乐，巷舞衢歌。御史景德为了讨好皇帝，奏请祝寿期间京城演戏10日，以后作为定例，立即被嘉庆革掉了职务。嘉庆就此向大臣们指出：“我发现前代在这种场合的表现比较奢侈，总是要欢宴聚会，上演好多天的戏曲。我心里鄙薄这些做法，并将此作为自己的鉴戒。倘若我忘记了民间疾苦，奢侈地操办庆典，做臣子的应该上书劝谏，这是爱君之道。现在景德竟然向我提出这种建议，他把我当成了什么样的君主？”
对于众百姓的苦难处境，嘉庆是有所了解的，官逼民反的现实更使他心有余悸。对于他来说，缓和尖锐的社会矛盾，安定百姓的生计，刻不容缓。乾隆中叶以后，随着国家的由盛转衰，政治腐败，经济拮据，广大的农村中，连年水旱，灾害频仍，严重地威胁着农业生产和人民生活。对此，嘉庆告诫地方官员，灾情发生后要予以高度重视，认真抚恤灾民，即使花钱再多，也不要吝惜。事实证明，嘉庆在灾区赐赈蠲租时，的确没有吝惜金钱。在治理黄河的工程上，嘉庆更是耗资钜万，前后动用了4000多万两白银，自雍正朝以来，每年治河的工料费一般是60万两白银，从嘉庆十二年（公元1807年）起，嘉庆将工料费骤增到每年160万两。他还屡次对吝惜费用而延误治河工程的事情提出批评。非但如此，嘉庆对治河工程也提出过一些合理的见解。他认为，治河的关键是要保证入海口地段畅流无阻。黄河以前出事，大多是由于入海口地段淤塞，下壅上塞，酿成灾患。因此，他多次提醒治河官员要注意这几点，认真组织民工挑挖疏导。
本来，由于国家积衰日久，国家积蓄并不富足，加上在镇压农民起义、治河、赈灾等方面又有很大开销，使财政更加吃紧，这便迫使嘉庆想方设法，开源节流。他下令裁减了一部分常备兵，节省军事开支。同时，继续实行捐纳制度。不过，嘉庆始终认为开捐决非良策，不过是损下益上之举，准备在川楚白莲教起义平定之后就予以停止（事实上，他并没有做到这一点）。对于增加盐价、赋税折银浮收之类的做法，嘉庆的态度基本上是否定的，他表示，食盐是人民生活日用品，一旦增加盐价，则人人都会受到扰累，因此对之要慎重考虑。赋税折银浮收会对国家财政收入有好处，但百姓要深受其害，贪官污吏又可以从中大做手脚。嘉庆十四年，闽浙总督阿林保奏请漕粮加折收纳，结果遭到嘉庆的一顿痛斥。清朝入关以来，八旗兵都驻扎在北京和其他大城市，依靠粮饷过活。八旗人口不断增加，而兵有定数，饷有定额，结果逐渐产生了一大批闲散旗人。清政府又不允许他们从事各种生产活动，这批闲散旗人整日无所事事，游手好闲，吃喝玩乐，成为毫无自立能力的蠹虫。为了维护他们的生计，清政府不得不多次赏赐银两，增加兵额，背上了一个沉重的经济包袱。嘉庆经过筹划，决定将一批闲散旗人送到地旷人稀的关外，由官府拨给他们土地，他们可以把土地出租给佃户开垦，也可以自己耕种。但这些八旗子弟早已习惯于恣情享乐的城市寄生生活，如今连受领土地、坐收租息也不愿意，嘉庆的移垦措施最后只能以失败而告终。
三、镇压起义闭关锁国
前面说过，嘉庆即位时，社会矛盾尖锐，农民起义不断发生，就在嘉庆元年（公元1796年）他刚附登上皇帝宝座，就爆发了震撼全国的川、楚、陕白莲教大起义。白莲教是唐末以来流传于民间的一种秘密宗教，当时在川、楚、陕等地相当盛行。白莲教的教义宣传世界上存在着明、暗两种对立的因素，它们分别代表善良、合理和罪恶、不合理，两种因素一直进行斗争，但最终光明一定会战胜黑暗。白莲教的教徒都自认是“无生老母”的儿女，应当同生死，共患难。灾难深重的贫苦百姓为了寻找精神上的寄托，纷纷加入了白莲教。与现实相联系，白莲教徒们提出了“清朝已尽”、“日月复来属大明”等口号。清政府发现白莲教的发展对自己的统治构成了威胁，下令严拿白莲教徒，地方上的贪官污吏趁机掀起了一股敲榨勒索百姓的歪风。比如四川达州知州戴如煌，派出5000多名衙役，以搜捕白莲教为名，肆意搜刮民财，弄得当地民不聊生。湖广武昌府同知常丹葵，在缉拿自莲教徒的过程中，暴虐贪横，残害百姓。对人稍有怀疑，就动用酷刑，将人钉在墙壁上，或者用铁锤猛敲身体，令人肝胆欲裂，痛不欲生。在其他地区，这些现象也不少见。于是，小规模的白莲教起义不断发生。这次川、楚、陕白莲教起义首先在湖北宜都、枝江两县爆发，接着迅速扩大到襄阳，长乐、长阳等地，四川、陕西的白莲教组织也纷纷起义响应，自莲教起义的烈火汇聚成一片，声势浩大。起义军依靠广泛深厚的群众基础和川、楚、陕险恶复杂的地理形势，与清军周旋作战，摆疑阵、设埋伏、攻城池，机动灵活，行动飘忽，多次挫败了清军的围剿。
川、楚、陕白莲教大起义使太上皇乾隆极为震惊，他命令川、楚、陕各省的督抚将军率军全力镇压境内的起义军，并陆续抽调八旗兵和各省的绿营兵参战。然而几年下来，虽然投入了大量兵力，耗费了7000多万两饷银，白莲教起义的烈火却仍持续燃烧。这除去起义军方面的骁勇善战之外，在很大程度上与清军的腐败堕落有关。清朝军事力量的两大支柱八旗和绿营到此时已经严重丧失了战斗力，军纪腐败不堪。士兵们平素敲榨百姓、抢掠财物时无所不能，与起义军交锋时却毫无斗志，畏缩不前。军中将领侵吞军饷、贪赏冒功、懦怯避战的现象更是屡见不鲜。白莲教起义爆发后，在京的八旗将领曾一度踊跃请缨参战，但他们率军到了前线却只顾四处搜刮财物，根本不听军令约束，以致前线的清军将帅叫苦不迭，请求嘉庆赶快将这批京兵撤回去，以免影响作战。无奈之中，清政府只得组织地方武装乡勇团练来加强镇压白莲教起义的力量。乡勇不是国家正规军，受到八旗和绿营的歧视。作战时乡勇被推到前面作替死鬼，战事结束后各种功劳却又没有他们的份，乡勇对此心怀不满。这样反复围剿的结果，只能是徒自劳师靡饷。
嘉庆面对征剿不力、烽烟不息的形势，忧愤交加，寝食不安。亲政之后，他在总结以往经验教训的基础上，立即着手调整对付起义军的对策，嘉庆四年（公元1799年），他惩治了和珅、戴如煌、常丹葵、胡齐仑等人，把“官逼民反”的罪责都推到了这些贪官污吏身上，借以平息民愤。他通谕清军将领，指出以往有的将领不以军务为重，投机钻营，冒功吞饷，今后对这些弊端要坚决杜绝。为了改变各路清军不相统属、作战行动难以协调的局面，嘉庆任命勒保为经略大臣，统一指挥川、楚、陕、豫、甘五省的军队。勒保在职的半年里，局势未见好转，嘉庆遂将勒保逮捕治罪，以明亮接管经略事务。明亮也是乏力回天，嘉庆又将明亮撤职代之以勒登勒保。在半年之内，嘉庆三次更换经略大臣，可见他镇压起义军心情的迫切。此外，嘉庆还严惩了一批作战不力的统兵大员。永保、景安、秦承恩、惠龄等人因为“纵贼”的罪名，或者被定为死罪，或者被遣戍边疆，或者被降级调用。以往运转不灵的清朝军事机器，在嘉庆的操纵下开始加速运转起来。
太上皇乾隆镇压白莲教起义一味实行军事围剿。嘉庆从几年的实践上看出这种做法并不能完全解决问题，于是采用了剿抚兼施的两手策略。嘉庆宣布“但治从逆，不治从教”，即对白莲教的活动不予禁止，但对白莲教起义军要坚决镇压，嘉庆几次下诏，允许一般起义军将士投奔朝廷，凡能擒获起义军首领归顺的，都可受到赏赐，临阵投降，或者是自行逃散的，也可以放归乡里，安排生计。可是嘉庆的招抚政策并没有收到预期的效果，白莲教起义军将士同仇敌忾，即使在作战不利的形势下也是咬紧牙关，浴血奋战，决不轻易向朝廷投降。这使得嘉庆感到非常恼火，他于是采用了坚壁清野政策。这项政策早在白莲教起义初期曾由明亮等人提出过，当时未被乾隆重视。嘉庆在亲政之后对这项政策加以充分肯定，下令在川、楚、陕、甘等地广为推行。坚壁清野的主要内容就是在起义军出没地区四处合并村落，修建堡垒，在山区扼险结寨，在平原地区掘壕筑堡，将百姓都驱赶到堡垒之中，清查户口，限制人员出入，强行隔断起义军与贫苦百姓的联系。寨堡四起之后，嘉庆又积极组织团练乡勇，扩大地主武装。他下令军中努力纠正以前的做法，不得歧视团练乡勇。凡乡勇立功、阵亡者都要同正规军一样对待。嘉庆推行的这些措施给白莲教起义军造成了严重威胁，起义军在人员的补充、给养的供给等方面都面临许多困难，游击作战四处受阻，清军在战场上逐渐占据了优势。
嘉庆九年（公元1804年），白连教大起义被镇压下去了。这次起义历时近10年之久，起义军纵横川、陕、楚、豫、甘5省，抗击了清政府从16个省调集的军队，使清政府耗费饷银2亿两，严重地动摇了清朝的统治基础。从此，清王朝陷入了武力削弱、财政窘迫的困境，嘉庆的日子愈发难熬。
就在川、楚、陕白莲教起义方兴未艾之际，湘、黔一带的苗民起义又掀起了澎湃的波澜。虽然起义规模较小，但此起彼伏，相互呼应，一直坚持到了嘉庆十二年。
嘉庆十八年，北方大地又涌起了农民起义的风云，李文成、林清等人领导的天理教起义爆发了。天理教是白莲教的一个支派，它的教徒按八卦名称分股活动，所以也称为八卦教。川、楚、陕，白莲教起义失败后，天理教首领李文成、林清等人积极活动，秘密组织反清起义。嘉庆十八年九月，河南方面不慎泄露了起义的机密，李文成身陷囹圄，河南滑县的天理教徒遂提前举行起义，救出了李文成。直隶的长垣、东昌，山东的曹县、定陶随之也接连起事。嘉庆闻讯后急忙饬令直隶总督、河南巡抚率军前去镇压，可他万万没有想到，起义军战士竟然打进了北京皇宫！九月十五日，林清组织的一部分起义军化装潜入了北京城，然后按照原定计划，在内线太监的引导下分别由东华门和西华门闯进了宫中。他们白布裹头，高举“大明天顺”、“顺天保民”的大旗，奋勇冲杀。至今，隆宗门的匾额上还留有当年起义军射上去的一个箭镞。在起义军战士的喊杀声中，正在宫中南书房的皇次子昱宁和几个亲王慌忙组织侍卫抵抗，接着又有大批官军从神武门入宫，势单力薄的起义军战士经过一番苦战，抵挡不住优势敌人的攻击，进攻皇宫的战斗失败了。
宫中发生激战时，嘉庆正在承德避暑山庄。得到消息后，他震惊不已，马上急匆匆地赶回了北京。他颁布了“罪已诏”，惊呼这次事件“变生肘腋，祸起萧墙”，实在是旷古奇闻。紧接着，他下令严密搜捕林清等人，将林清诱捕处死。同时，又调集各路清军，对河南李文成领导的起义军进行血腥镇压。十一月，李文成在林县司寨被围，壮烈战死。天理教起义的火焰被扑灭了。
此时的清王朝不仅内乱不休，而且外患迭至。嘉庆当政时期、英、法等资本主义国家已先后完成了工业革命，正积极向东方拓展势力，古老的中华帝国成了西方殖民者觊觎的重要目标，商人、传教士、炮舰、鸦片纷纷涌来。对于西方殖民者对华的军事挑衅，嘉庆始终保持了高度的警惕。嘉庆十年，英国四艘军舰以为货船护航为名，闯到澳门和广东口岸，嘉庆立即令两广总督要密切注意英国人的动向，不准其自由行动。嘉庆十三年，英国又借口帮助澳门的葡萄牙人抵御法国人，派军队在澳门登陆，随后有3艘军舰闯到黄埔，200多名英国士兵和水手进驻了广州13个行商馆。面对英国人如此嚣张的行动，嘉庆以日传500里的特急军令，指示广东地方官员迅速整饬军备，在英国人面前要态度强硬。若英国人敢于违反约束，对他们将不惜动用武力剿办。广东的督抚大员吴熊光、孙玉庭措施不力，表现软弱，嘉庆毫不犹豫地革掉了他们的职务，并一再嘱咐继任官员到任后对涉外问题要悉心筹划，不能大意。嘉庆二十一年，发生了颇有点滑稽色彩的阿美士德使团事件。这一年，英国派遣阿美士德率领一批人，带着一些外交、商务上的要求来到北京，要求觐见嘉庆，嘉庆允诺予以接见，但就在接见之前，清朝官员与阿美士德等人在觐见礼节上发生了争执。清朝官员把阿美士德使团当作贡使对待，而英国人坚持不行三跪九叩大礼，双方形成了僵局。嘉庆十分生气，下令把英国使节立即遣送回国，负责接待的一班大臣也被严加议处。
另外，鸦片这时已开始危害中国。鸦片本来是作为药品输入中国的，开始输入量也不多，直到雍正中期每年也就200来箱。但自清中期以来，西方殖民者为了扭转在对华贸易中的不利地位，赢得巨额利润，开始不择手段地将大批鸦片运进了中国，乾隆时已达到每年4000箱左右。鸦片的大量输入使中国国内财政、军事、人民生活等方面都受到严重损害，嘉庆对此认识得相当清醒，采取了多种戒烟措施。嘉庆规定，外国货船来华贸易时，在澳门要受到检查，并要由行商出具保证书，保证船上没有夹带鸦片。在内地，嘉庆多次下令严厉打击鸦片贩子，禁烟不力的官员必须受到惩处，那些吸食鸦片的人也要被治罪。
对于西方传教士在华的活动，嘉庆也予以多方限制。嘉庆十年（公元1805年），一个名叫德天赐的西方传教士不听清政府的禁令，在内地刊书传教，结果被嘉庆下令押到热河加以囚禁。同年，嘉庆还下令销毁了一批西方传教士的经卷，惩处了对西方传教士约束不严的内务府大臣。嘉庆十六年，嘉庆又下令，在华的西方传教士，除了在钦天监负责天文观测的以外，其余的都送到广州打发回国。
嘉庆在位的20多年，清王朝中兴的局面并没有出现，而嘉庆却在不知不觉中走到了生命的尽头，嘉庆37岁时才登上皇帝宝座，称帝之后，他很早就开始考虑嗣位者的问题。在他的5个儿子中（长子夭折），他最中意的是皇次子旻宁。嘉庆四年，旻宁被定为皇储。嘉庆二十五年七月，嘉庆前往热河行猎，中途中暑，身体状况突然恶化。二十五日，他在承德避暑山庄与世长辞。谥“睿皇帝”，庙号“仁宗”。后来，他被安葬在清西陵中的昌陵。