明太祖朱元璋为了加强国家的武装力量，创立了都司卫所制度。洪武八年（1375年）在各省改设都指挥使司，简称都司。又设行都指挥使司，简称行都司。共计有16个都司，5个行都司。其长官为都指挥使，乃地方最高军事长官，与布政使司、按察使司，并称三司。

    都司分隶于京师的五军都督府。在京师和各省皆设卫所，京卫有上直卫，南、北京卫。上直卫北京26个，南京17个。京卫北京48个，南京49个。各省在军事上重要的地方设卫，次要的地方设所，大抵5600人为1卫，1120人为1千户所，112人为1百户所，卫所设有指挥使，千户、百户、总旗、小旗等官。洪武二十六年定天下卫所，“内外卫三百二十九，守御千户所二十五”。全国军兵约计180万，在当时的世界上可以说是无与伦比的。永乐中为了巩固东北边疆曾设奴儿干都司及132个卫。卫所分属于各省都指挥使司。

    明朝军士皆另外建立户籍，叫做军户，军户是世袭的，一旦入籍为兵就不能随意脱籍。军户皆由国家分给土地，令其屯田自养，平时军士由卫所军官负责操练、屯田，一遇国家有事，则拨归兵部派遣的总兵官统领作战。战事结束，总兵交还将印，军士归还卫所。五军都督府无调兵之权，兵部无统兵之权，兵权操于皇帝一人之手。明代中叶以后，屯田破坏，军士缺乏训练，仅供役使，完全失去了战斗力，也失去了其存在的价值。