吴宓作别陈寅恪夫妇离开中山大学康乐园，陈氏在感情震荡平息后，又于孤寂中把全部心思放在《柳如是别传》的研究写作中。1962年6月10日，已是73岁高龄，双目失明的陈寅恪入浴时不慎滑倒于浴盆中，右腿股骨颈跌断，次日进中山医学院第二附院救治，因疼痛过度，三天昏迷不醒。医生考虑其年纪偏大，若开刀手术其体质难以承受，经家属同意和醒来的陈寅恪本人认可，乃采取保守之物理疗法，但效果不佳，从此断肢再也没有复原。半年后的1963年1月21日，为了过个团圆的春节，陈寅恪出院，在凛冽寒风中被人抬回家中。
目盲膑足的陈寅恪失去了活动能力，整日躺在床上，或被抬放到一张木椅上静坐，外界的光明与他已彻底绝缘，只有无尽的黑暗与他为伴。凄风苦雨中，陈寅恪于元宵节作《癸卯元夕作，用东坡韵》诗一首：
灯节寒风欲雨天，凌波憔悴尚馀妍。病室中有水仙一株。
山河来去移春槛，身世存亡下濑船。
自信此生无几日，未知今夕是何年。
罗浮梦破东坡老，那有梅花作上元。
这年的元宵节在2月，苏东坡有《二月三日点灯会客》诗，内有“蚕市光阴非故国，马行灯火记当年”等句。诗即步东坡韵而作。尚以温暖著称的南国，在这年2月仍然透着寒风苦雨的冷意，这种苦境既是现实的，更是陈氏的心理感受。第二句中的“凌波”，是水仙花的别名。颔联中的“春槛”，典出五代王仁裕《开元天宝遗事》“移春槛”条：“杨国忠子弟每春至之时，求名花异木，植于槛中，以板为底，以木为轮，使人牵之自转。所至之处，槛在目前，而便即欢赏，目之为移春槛。”后一句“下濑船”之濑，即湍流。“下濑船”，指平底的快船行于浅水急流之中。整个颔联指世事兴废，时转势移，人生变化之快。颈联中的“今夕是何年”，袭用苏轼《水调歌头》词“不知天上宫阙，今夕是何年”句。尾联中的“罗浮”指罗浮山，即广东道教名山。“东坡老”乃陈寅恪自况，意为自己已经衰朽，与上联的“自信此生无几日”对应。尾联的后句与前句实出自同典，据柳宗元《龙城录》载：“隋开元中，赵师雄迁罗浮。一日，天寒日暮，在醉醒间，因憩仆车于松林间酒肆旁舍，见一女人，淡妆素服。与语，但觉芳香袭人。至酒家共饮，有绿衣童子，笑歌戏舞。师雄醉寐，久之东方已白，起视，乃在大梅花树下。”遂感而赋入律古风一篇以志焉。内有“醉眸不见陇头梅，垆边长卧不肯醒。恍兮惚兮安在哉？人生仿佛罗浮梦！”后人称做“罗浮梦”。
此诗乃陈寅恪预见了自己行将就命，不久于人世的情形，同时道出了对时局的忧伤与内心的悲凉。在这一艰难时局与破碎心境中，陈寅恪立下了在告别人世之前，完成最后一件因缘大事的雄心大愿，遂加快了《柳如是别传》的创作。在助手黄萱协助下，陈寅恪不惮辛苦，经之营之，钩稽沉隐，终于于1965年完成了这部长达八十余万言的皇皇巨著，为中国历史传记文学开一崭新篇章。“其坚毅之精神，真有惊天地泣鬼神之气概。”
此后，陈寅恪再度用尽残力，以蜡烛成灰，泪尽泣血之意志，着手书写《寒柳堂记梦》，以记叙其三世及本身旧事，作为对这个世界最后的告别。令陈氏始料不及的是，随着“文化大革命”的到来，最后的愿望竟成为一曲魂断西天的残梦。
“文革”爆发后，在大鸣、大放、大字报、大辩论的“四大”声浪中，中山大学的“革命者”闻风而动，开始造起反来。霎时，整个校园内鸡飞狗跳，人喊马嘶，大字报铺天盖地。陈寅恪由原来的大字号“资产阶级反动学术权威”，也水涨船高地被加封为“牛鬼蛇神”、“封建余孽”、“死不改悔的走资派”，同时被指斥为大肆挥霍国家财产，享受高级护理待遇，非美帝国主义的药物不吃，有意污辱为其理疗的年轻女护士等的“罪魁祸首”。而随着原中共广东省委第一书记、中共中央中南局第一书记陶铸被打倒在地，一直颇受陶氏关怀的陈寅恪更是雪上加霜。在一份红卫兵撰写的“战报”中宣称：“像中大历史系教授陈寅恪，简直是革命阵营中一枝大毒草，陶铸却偏偏要格外照顾他，优待他……这样浪费人民的血汗，去照顾一个‘反动文人’，他究竟安的什么心？”
在神州鼎沸，子夜唯闻唱鬼歌的阵阵呼啸声中，跟随陈寅恪多年的助手黄萱被造反派赶走，不许她再与这个“反动文人”见面。当年受陶铸直接关怀而委派到陈家的三名护士被撤除，陈寅恪工资停发，个人一点存款被冻结，并以中山大学“特号反动权威”之罪被批斗，三个女儿中的老大、原在医院工作的陈流求，被从四川发配到西昌一个干校劳动改造；老二小彭、老三美延均被发配到广东英德茶场干校劳改，家中只有陈寅恪夫妇相依为命。一个目盲膑足，一个体弱多病，两位老人相濡以沫，艰难图存。因工资停发、存款被封，陈氏夫妇生活无着，只得写“申请书”上呈学校党委，请求恩赐。这份被保留下来的“申请书”大意有二：一是陈寅恪心脏病加重，为维持残弱的病体，在粗食已经难进，只能进流食的情况下，请求用自己被冻结的一点积蓄，每日购买四支牛奶喝，“以维持生命，不胜感激之至”。
1969年，陈寅恪一家被造反派扫地出门，由原校园内所居二层小楼迁至中大校园西南区五十号一所四面透风，摇摇欲坠的平房居住。此时目盲膑足的陈寅恪病体衰弱得已不能吃饭，只能进一点汤水之类的“流食”，偶有亲友偷偷登门拜望，躺在病榻上已说不出话，只是眼角不断有泪流出，望者无不凄然。身处困厄绝望的陈寅恪自知将不久于人世，面对几次被“革命者”乱拳打倒，心脏病日趋严重，几乎瘫痪的唐筼，认为爱妻可能将先于自己命赴黄泉，悲凉无助中，夫妻相对而泣。奄奄一息的陈寅恪，怜夫人之悲苦，叹命运之不公，心怀无尽的怨愤与痛楚，留下了生命中最后一曲挽歌《挽晓莹》：
涕泣对牛衣，卌载都成肠断史。
废残难豹隐，九泉稍待眼枯人。
1969年5月5日下午，躺在床上气脉已竭的陈寅恪，再次被迫向当权者作口头交代。陈寅恪有“我现在譬如在死囚牢中”之语，终至泪尽而泣血，口不能言方休。延至10月7日晨5时30分，心力衰竭的陈寅恪于凄风苦雨中溘然长逝。11月21日，唐筼撒手人寰，追随陈寅恪而去。
关于陈寅恪生命旅程中最后一段时光的生活以及因何致命创伤而死去，当时住在中山大学的梁宗岱夫人甘少苏在回忆录《宗岱和我》中说：“那时候，挨整的人及其家属都特别害怕高音喇叭，一听到高音喇叭声，就颤颤兢兢，因为红卫兵经常用高音喇叭通知开会，点人出来批斗游行；而出去一次也就是小死一场。历史系一级教师陈寅恪双目失明，他胆子小，一听见喇叭里喊他的名字，就浑身发抖，尿湿裤子。就这样，终于给吓死了。”
泰山其颓，梁木其坏，哲人其萎。三百年乃得一见的史学大师就此远去。