且说梅贻琦等人在李庄镇内镇外转了一圈，江也渡了，山也爬了，酒也喝了，汗也流了。接下来的7月3日，开始对几位研究生进行考评。
按北大文科研究所的制度，每一个研究生配一位正导师，一位副导师，语言组第一届研究生研究的范围和导师为：
马学良，云南非汉语研究，导师李方桂、罗常培。
周法高，汉语历史音韵，导师罗常培、丁声树。
刘念和，汉语历史音韵，导师罗常培、魏建功（未就聘）。
每当研究生答辩时，不论是正副导师，按理都要参加。此时，与其他组的研究生一样，以上这三位研究生都将出席在板栗坳戏楼院召开的论文答辩会。但身处战时，受各种条件限制，导师、学生皆被战争炮火分割为几地，且有的导师如魏建功等早已与北大文科研究所分道扬镳，哪里还有师生齐聚一堂的机会？因而，不但当年郑天挺在致傅斯年信中相商“北大可每年或每学期，请一位教授随同前往，俾稍减史语所之麻烦，并负其他事务责任”的事未能落实，即是在李庄板栗坳进行的这个答辩会，也因缺乏导师与学术委员会人员而变为一种外在形式，比不得在北平时北京大学校园内的氛围，更无法与该研究所的创办者胡适当年在美国哥伦比亚大学博士论文答辩时，面对的萧煞情景相提并论了。
可能由于胡适在美国哥伦比亚大学的那段被搞得灰头土脸、口吐白沫，差点倒地不起的特殊经历，使他铭记在心，并在自己入主中国学界执掌学位生杀大权的漫长岁月里，显得格外宽容和民主，从而令无数后生小子感念不已。据一位叫陶元珍的北大文科研究生回忆：抗战前的北大文科研究所，常举行研究报告会，由研究生提出研究报告，所主任及导师加以批评。有次一位姓韩的研究生，提出一篇有关隋唐之际佛学的研究报告，宣读完毕之后，胡适以研究所主任资格首做批评，言词谦和却滔滔不绝，刚说到中途，韩君突然打断他的话头说：“胡先生，你别再说下去了，你越说越外行了。”随即把胡批错了的地方一一指点出来。胡适立刻停止批评，毫不动气，请韩姓学生的导师、佛学权威汤用彤对报告继续加以检讨。当报告会结束时，胡适说：“以后举行报告，最好事先让我们知道题目，以便略作准备，免得像我这次对韩君的报告作错误批评啊！”此后胡适并未因此怀恨那位韩姓学生，反而特别重视，为其学习、谋生帮忙多多。几十年过后，陶元珍不无感慨地说：“他（胡适）的民主风度，应用到学术上，实足奖掖后进的学者，促成学术的进步，与借口维持师道尊严，压抑后进，僵化学术者，真不可同日而语。”
此时北大研究所研究生的论文答辩，尽管郑、罗二位导师早已知道弟子们各自研究的题目，但也不敢像胡适那样听完报告就开始滔滔不绝地大发议论，甚而提出批评，倒是把胡适大度、宽容的方式方法延续下来。其主要原因在于这批研究生来到李庄后，与昆明相隔千山万水，郑、罗二人已是鞭长莫及，只是名誉上的指导教授而已。实际的情况是，李庄的这批学生，除了相互切磋，靠史语所藏书自学，主要依靠史语所几位大师指导。如罗常培在他的《沧洱之间》中所言：此时的“马、刘两君（马学良、刘念和）受李方桂、丁梧梓（声树）两先生指导，李君（李孝定）受董彦堂（作宾）先生指导，李、董、丁三位先生对他们都很恳切热心。据马君告诉我说，李先生常常因为和他讨论撒尼语里面的问题，竟至忘了吃饭，这真当得起‘诲人不倦’四个字。任君（继愈）研究的题目是‘理学探源’，他在这里虽然没有指定的导师，可是治学风气的熏陶，参考图书的方便，都使他受了很大的益处。”
早在昆明时期，马学良就曾跟随李方桂赴云南路南县的尾则村做过倮倮语调查研究。师徒二人在路南县境奔波了一个多月，各掉了十多斤肉，白皙的皮肤也早已变成灰黑色，总算把撒尼语的词汇记录下来，并整理出了一个语音系统。遗憾的是，由于经费短缺，时间不足，未能进一步记录其语法系统。1940年秋冬，马学良与张琨等研究生，随李方桂与史语所大队人马迁往李庄板栗坳，并继续在李氏的指导下，整理研究撒尼语资料，同时着手撰写毕业论文。
此时，郑天挺和罗常培看到马学良的论文，就是有关撒尼语的整理研究成果。对于马生本人及论文的评价，罗常培在他的《蜀道难》一书中作了如下叙述：“三日上午，约马学良君来，评定他所作的《撒尼倮倮语语法》。……李先生对我说，他这篇论文在已经出版的关于倮倮语的著作里算是顶好的。这虽然含着奖掖后学的意思，但是我看过论文初稿后，也觉得李先生的话不算是十分阿好或过誉。我一方面佩服马君钻研的辛勤，一方面更感谢李先生指导的得法。”罗氏的记述，字里行间透着温暖和感念的真情，令人读后久不能忘。经过一天的忙碌，答辩会结束，对各位研究生提交的论文，郑、罗二人均感到满意，除个别地方需要“小修”外，全部通过。整个过程没有出现当年胡适在哥伦比亚大学论文答辩时叫天天不应，呼地地不灵，“面如死灰”的悲壮场面，师徒双方皆感欣慰。
7月5日凌晨，李方桂夫妇忽闻外面传来枪声，立即惊起，出门察看。只见板栗坳远山近林笼罩在墨一样的黑暗中，并无异常动静。刚要返回室内，枪声再度传来，且越来越密集，越来越清晰，似是沿长江边向板栗坳推移。
“土匪，是土匪，不是抢劫就是火并。”暗夜里，李方桂轻声对夫人说。
“要不要唤起梅校长？”李夫人徐樱悄声问着，此时梅贻琦就住在李方桂家中的楼上。
“他可能刚睡着，不要唤他，估计没啥大事。”李方桂回答着，夫人徐樱不再作声。枪声响了一阵，渐渐稀疏起来，见板栗坳周边仍没异常动静，李氏夫妇方回归室内。早上六点钟，梅贻琦等即起床准备下山，下午在李庄码头登船赴宜宾。早餐时，李方桂夫妇问道：“校长，昨夜听到什么异常动静没有？”
梅贻琦摇摇头道：“开始热得睡不着，等睡着的时候就什么也不知道了。”
当李方桂讲述了昨晚外面枪声大作，并断定是土匪骚扰作乱时，梅贻琦略作惊奇状，叮嘱道：“看来你们以后要多加小心，我在泸州和叙永分校时，就听说川南一带土匪自抗战以来，像蝗虫一样在川江两岸窜起了。乱世出盗贼，自古亦然，只是你们别发生意外就好。”梅贻琦断断续续地说着，吃罢早餐，离开李家，同郑、罗二人一道告别了史语所与北大文科研究所诸君，在李方桂夫妇陪同下，往山下走去。
至一山坡，李庄镇内风物已看得分明，梅贻琦等在一棵大树下站住向对方辞谢。李氏夫妇恋恋不舍地望着三位师友，各自眼里含着泪水。握别时，李方桂道：“今日一别，何时再得一见，天南地北，恐遥遥无期矣！”一句话引得夫人徐樱的泪水刷地落下，众人顿感怆然。梅贻琦在当天的日记中写道：“乱离之世会聚为难，惜别之意，彼此共之也。”
八点半左右，梅氏一行来到了李庄郊外上坝月亮田中国营造学社租住的院子，看望梁思成夫妇与刘敦桢等研究人员，并借此告别。
四川气候潮湿，秋冬时节阴雨连绵，这对在昆明时就一直身体欠佳、曾患有肺病未得到根除的林徽因来说无疑雪上加霜。1940年冬，梁家从昆明赶来时，天气的阴寒加上路途颠簸劳累，不到一个月，致使林徽因肺病复发，连续几个星期高烧40度。此时李庄随着民国战乱，百事凋敝，医疗卫生条件极差。恰逢梁思成为了营造学社的生计问题，已赴重庆向国民政府教育部“乞讨”活命与学术研究的经费。当他从信中得知爱妻发病的消息后，向重庆的朋友们借钱，买了些药品匆忙回赶。尽管心急如焚，从重庆到李庄，也要在水上漂流三天三夜才能抵达。据梁从诫回忆说，当时没有肺病特效药物，也不可能进行肺部透视检查，病人只能吃点于事无补的药物，凭体力慢慢煎熬。因了这一场病，林徽因卧床不起。尽管在稍好时还奋力持家和协助梁思成做些研究工作，但身体日益衰弱，梁思成的生活担子因而越发加重。
按照辈分，梅贻琦与梁启超算是同代人，梁思成夫妇自属晚辈，但平日相处做事却没有隔代之感，故双方交情颇好。此次梅贻琦等人来李庄，没有忘记这对可爱的夫妇，此前的6月30日，几人曾专程登门看望过梁氏一家，林徽因卧病不能起床，几人在病室谈约半小时便匆匆告辞，为的是“恐其太伤神也”。
此次梅贻琦等三人下山登门“再看梁夫人病”，令梁、林夫妇甚为感动，为表示礼节和礼貌，林徽因强撑着发烧的病体，令人将行军床抬到室外与来客交谈。对于当时的情形，梅贻琦在日记中记载道：“大家坐廊下，颇风凉。徽因卧一行床，云前日因起床过劳，又有微烧，诸人劝勿多说话，乃稍久坐。”
当梅贻琦问梁思成近来生活、工作等情况时，梁氏有些伤感地说：“除徽因有病外，由于营造学社经济窘迫，到重庆政府‘化缘’又没得到几个钱，大半年来未开展什么具有开拓意义的工作，也不能组织野外考察，只是猫在这房子里，整理前两年在昆明野外考察的资料，同时把抗战前在山西五台山佛光寺考察的报告也找了出来，继续整理。佛光寺的研究报告在长沙和昆明时整理了一大部分，迁李庄时草稿一并带来，现在正好借这个缺少经费外出考察的机会加一整理。如这部报告能顺利完成，接下去准备写一部英文的中国建筑史方面的著作”云云。梅贻琦等人听了，一股忧伤之情弥漫心头，不知话题如何说下去。最后，主客双方又谈了一些生活方面的事务，斜躺在帆布床上的林徽因认为李庄缺医少药，不利于养病，提出希望自己与中国营造学社同仁重返昆明，与西南联大的朋友住在一起工作、生活。梅贻琦听罢，以自己所知的医学知识，深感对方的病情很难在短时间内好转，恐怕还要在眼前这张帆布床上度过一段漫长的岁月。而且由李庄迁昆明，千山万水又谈何容易，故未作响应。
谈话在郁闷与压抑的气氛中结束，梅、郑、罗三人离开营造学社，在李庄羊街六号李济家中吃过湖北做法的凉面后至江边一茶楼饮茶，藉等船来。此时，董作宾、芮逸夫、杨时逢、陶孟和、李济、梁思成、梁思永等皆来送行。李济的父亲、词人——李老太爷（郢客）也从家中颤巍巍地走来参加到送行之列，此举令梅氏甚觉不安。临别时，李老太爷与梅贻琦握手曰：“江干一别。”梅氏听罢，一阵酸楚袭上心头，“言外之意，不禁凄然”。
下午三点钟，长丰轮自下流开到李庄码头，仍以地漂（趸船）登轮，梁思成坚持独自踏“地漂”将梅贻琦一行送到轮上。望着思成瘦弱的身体和因过度劳累而灰黄的脸庞，想起林徽因躺在病床上送自己出门时，那双透着泪光、令人爱怜的眼睛，梅贻琦不禁生出了“余对此小夫妇更为系念也”的感慨。在无尽的祝福和感念中，长丰轮载着三位学界巨子，迎着滚滚的江水向宜宾方向驶去。