跟在先头部队后边的是４个党卫军特别行动队，每队由３０００人组成。他们的任务是确保战区的安全，就是说，阻止平民反抗。这些人是很特别的警察，承担着他们的首领莱因哈德·海德里希布置的额外任务。即兜捕和消灭布尔什维克领导人，所有犹太人、吉卜赛人、“亚洲劣种人”，以及像神经错乱和患有不治之症的“饭桶”。
为了监督这种集体屠杀，海德里希和希姆莱特地挑选了具有专门知识的人去当军官，内中包括一名新教牧师，一名内科医生，一名职业歌唱演员和许多律师。他们中大部分是年纪在２０开外的知识分子。人们或许会认为这些人不能胜任这项工作。恰恰相反，他们将他们的技巧和训练用于这项残酷的任务，并成了效率很高的刽子手——虽然不心甘情愿。
受害者大部分是犹太人。由于苏联报刊报道德国的反犹暴行不多，许多人并不知道希特勒有“种族清洗”的计划。这样一来，许多人便把德国人当作解放欢迎，轻易地上了特别行动队的当。“国社党人认为，犹太人的组织很严密。情况恰恰相反，”党卫军高级军官、俄罗斯中部警察指挥官冯·德姆·巴希·泽莱斯基证实。“令人吃惊的事实是，他们毫无准备，完全被打了个措手不及。先前制造的说法是，犹太人正阴谋独霸世界，有高度的组织。此事证明这全是谎言。“没有一个民族对自己的灾难竟如此不加防范。什么准备也没有，绝对没有。”
灭绝的行动是按计划从容地进行的，是个干脆利落、例行公事式的行动。报告所用的是枯燥无味的官方语言，似乎这些刽子手所斩的是白菜，而不是人。杀人队的工作，由于经过周密的安排，很少因遭反抗而受阻。“奇怪的是，犯人被枪决时非常镇静”，有个指挥官报告说，“犹太人是这样，非犹太人也是这样。他们对死亡的恐惧好像已被在苏维埃统治的２０年间产生的某种冷漠所冲淡。”
海德里希最棘手的问题是如何对付在行刑队员身上产生的心理效应。有些士兵的精神崩溃了，有的学会了酗酒。不少军官患有严重的肠胃病。有些人在执行任务时过于热情，违反希姆莱尽量用人道的方法处决的命令，毒打犯人取乐。
他自己也目击了天天杀人所造成的道德败坏的后果。那年夏天，在明斯克巡视时，由于想亲眼看看是怎样进行消灭的，便叫特别行动队部队的指挥官枪杀１００名犯人给他看。行刑队举枪后，他发现犯人中有个青年，金发碧眼，有着真正条顿人的特征，在犯人群里显得很不调和。希姆莱问他是不是犹太人。是的。双亲呢？也是的。祖宗里有没有不是犹太人的？没有。希姆莱一跺脚。“那我就无力帮你了。”
行刑队开枪了。一心前来观看的希姆莱却双眼瞪着地面，紧张得不住地挪动双脚。第二阵枪声响了。他再次立刻将视线挪开。他抬头一看，见有两名妇女在蠕动挣扎。“别折磨这些妇女！”他喊道。“快开枪！”这正是巴希·泽莱斯基所要等待的时机。他要希姆莱记住行刑队所受到的震动有多大，“他们此后的余生完了！”这个党卫军军官说。“我们用这些方法造就的是些什么追随者啊？不是神经病患者就是暴徒！”
希姆莱心血来潮，命令大家集合，听他演讲。他说，他们的工作是件令人讨厌的工作，作为德国良民，他们也不要以此取乐。然而，他们的良心不应受到任何影响，因为他们是军人，而军人是要不折不扣地执行每一道命令的。在上帝和元首面前起誓，他一人将承担由此产生的一切可怕的责任。
他们一定注意到了这项工作也令他憎恶，也触动了他的灵魂深处。但是，他也是在服从最高法律，履行职责。
有关这些暴行的传闻令罗森堡发愁。希特勒令他为被征服的东方土地制订占领蓝图。他的计划有很大的不同，允许一定程度的自治。因为元首早些时候曾同意在已征服的俄罗斯土地上建立“微弱的社会主义邦”，罗森堡便乐观地认为，希特勒已在原则上批准了他的计划，并将在７月１６日在“狼穴”为这项计划举行的特别会议上获得通过。“重要的是”，希特勒说（据鲍曼参加此次会议所作的记录），“我们不要在世界面前公布我们的观点。没有必要这样做。主要的是，要什么我们自己要心中有数。”如果说希特勒的这番话还不足以让罗森堡醒悟到，希特勒已改变了关于建立“微弱的社会主义邦”主意的话，那末，他接着讲的却足够了。“这并不防碍我们采取一切必要的措施——枪杀，重新安顿，等等——我们将会采取这些措施……原则上，我们面临着这样一个任务：根据我们的需要分割这块大饼，目的是为了，第一，统治它；第二，治理它；第三，利用它。俄国人已下令在我们的后方开展游击战。这个游击行动对我们也有一个好处，使我们能消灭每一个反对我们的人。”
罗森堡离开会场时，虽然戴上了帝国东方部长的头衔。但这是个空衔，而他也明白，自己关于东方的梦想，已无多少实现的希望了。多大的一个悲剧呀，他暗想，希特勒依然对斯拉夫人抱着错误的观念，这种观念产生在他年青时在维也纳的那些日子里。那时，他读了许多煽动性的小册子，它们把斯拉夫人描述成懒惰成性的原始人，是不可救药的二等民族。希特勒对苏联的体制的完全误解，也同样招来灾祸。在大俄罗斯人桎梏下的乌克兰人和其他民族，原是第三帝国的潜在的盟友，如果待他们得当，给他们一点自治权，本可以成为反对布尔什维主义的堡垒的。但元首听了鲍曼和戈林的话，说这些人应该用鞭子才控制得住。要把希特勒从这条道路上劝说回来，看来已属无望，但罗森堡仍决心试一试。这个决心也是虚弱的，因为谁也没有他自己清楚，只要元首双眼向他一瞪，与通常一样，他也会吓得不敢作声的。