这样的状况会导致（通常是在几周的延迟之后）传病媒介群（例如蚊虫等）的增多，并导致疾疫传播。当然，这也取决于当地的媒介种类和它们所偏爱的栖息地环境。感染者或者易感人群的聚集、受到削弱的公共健康基础设施、以及现有疾病控制系统的中断，都是导致媒介传染病传播的因素。
对水灾后疫病爆发的记载，比地震、火山爆发、海啸后状况的记录更完备。然而总的来说，那些不会导致人口迁移的自然灾害（无论哪种类型）之后，几乎没有疫病爆发在历史上，由于自然灾害导致的大规模人口迁移并不常见，这很可能是人类历史上大规模疫病爆发并不频繁的原因之一，这也解释了为什么不同类型灾害后的疫病爆发风险各有差异。
? 洁净水的补给状况，卫生保健设备是否足够；
灾后传染病的传播风险主要与人口迁移的数量和特征有关，具体包括：邻近是否有饮用水及可用的厕所，迁移人群的营养状况，人群接受过如麻疹之类的传染病免疫接种的比例，以及是否有卫生保健服务等等。疫病在遭受自然灾害的人群中爆发的风险要低于遭受战争冲突的人群，后者中三分之二的死亡可能是由疫病引起。营养不良会增加因疫病死亡的风险，而这一情形在战争冲突中更为普遍，对于长期战乱导致的人口迁移来说尤为如此。
? 与水相关的传染病
灾难导致的大量死亡往往会加重人们对于疾病暴发的忧虑，然而事实上，目前并没有证据说明大量尸体会导致灾后传染病爆发。当死亡由自然灾害本身造成时，对于幸存者，并不存在引起传染病爆发的风险。对于某些需要特别预防的情况，如霍乱或出血热，才会存在尸体引起传染病爆发的风险。
急性呼吸道感染（ARI）是导致灾民生病或死亡的重要原因，特别是对于5岁以下的儿童。缺乏医疗手段和抗菌药物提高了由于急性呼吸道感染（ARI）造成的死亡率。灾民面临的危险因素包括：人群拥挤、在室内使用明火煮食、和营养不良。在1998年飓风 Mitch 吹袭尼加拉瓜30天后，急性呼吸道感染（ARI）患者增加了4倍；而2004年印尼亚齐省海啸和2005年巴基斯坦地震灾害中，流离失所的灾民中患上急性呼吸道感染（ARI）和由此死亡的病例也是最多的。
系统全面的评估疫情风险需要确认以下几点：
? 灾区人群的生活状况。包括人口数量，规模，居住地点，和聚居密度；
1994年1月南加州地震后，爆发了罕见的球霉菌症（俗称河谷热）。这种病的感染不通过人际传播，而是由粗球霉菌造成，这种真菌存在于美国北部和南部一些半干旱区域的土壤中。地震之后发生山体滑坡，导致空气中漂浮的尘埃量增加，从而引起疾病爆发。
与自然灾害相关的其他疾病
安全洁净的水源，可能会因为一场自然灾害而被破坏。饮用水被污染后，腹泻类疾病可能爆发，洪水以及相关的流离失所之后也有此类的疫情报告。在2004年孟加拉国洪水后的一次爆发中，超过17000个病例出现腹泻症状，霍乱弧菌（小川血清型和稻叶血清型）、产毒大肠杆菌都曾被检出。
? 受灾地区常见的地方病和流行病；
因灾害所造成的电力中断，会造成饮用水和补给供应的中断，从而增加了由饮水途径传播疾病的机会。电力中断也会影响一些医疗设备的正常工作，包括疫苗的贮藏和低温运输。2003年纽约市大规模供电中断，造成了当地腹泻病症的大量增加。事故造成当地大约九百万居民失去电力供应，时间在数小时到两天不等。当时通过非传统的监测手段发现腹泻疾病的大规模传播。一项有关疾病控制的研究发现，停电使冰箱停止运转，腹泻是由于人们继续食用冰箱中未被保鲜的肉类和水产品而造成的。
自然灾害，尤其是类似于龙卷风、飓风和洪水这样的气象灾害，会影响传病媒介孳生地以及传病媒介疾疫的传播。一方面，起初的洪水会冲刷掉现有的蚊虫孳生地，但另外一方面，暴雨或河水满溢造成的死水，也会制造出新的孳生地。
译者注：传病媒介，医学用语，指在疾病传播过程中，使病原体（细菌、病毒、原虫、蠕虫）与感染对象（多为脊椎动物）发生联系的中介因素。传病媒介多为昆虫（双翅目昆虫、跳蚤等）但也有可能是水生软体动物。
? 媒介传染病
为了有效地援助受灾人群，我们需要准确地评估疫情风险。基于疫情风险评估，我们可以有侧重有先后地分配赈灾款项。
在美国，艾里森和卡特里娜飓风之后也有腹泻疾病的记录。在卡特里娜飓风中被撤离的人群中，曾检查出诺罗病毒、沙门氏菌，以及会产生毒素的霍乱胡菌等。
? 灾区人群的基本营养状况和疫苗接种率；
在1992-1993年印度尼西亚进行的一次大规模研究中，洪水被确定为由甲型副伤寒沙门氏菌导致的腹泻时疫的重要风险因素。 2001-2003年印度尼西亚另一个有关小隐孢子虫感染的风险因素的评估研究中，与对照组相比，案例中的病人接触洪水后得病的几率是4倍以上。
在巴基斯坦的穆扎法拉巴德，2005年一次地震后，居住在一个事先没有规划、装备很差的营地中的1800人中爆发了严重的水性腹泻。这次爆发共有超过750个病例，其中大部分是成人。而在提供了充足的饮用水和卫生方便设施之后，疫情得到了控制。
A型（甲型）和E型肝炎（戊型肝炎）主要通过粪-口途径传播，也与缺乏安全的水源和卫生设施有关。A型肝炎是大多数发展中国家的一种地方病，而大多数孩子因为在很小的时候曾患病而具有免疫性。因此，A型肝炎大规模爆发的几率通常就低一些。而在有E型肝炎病例的地区，该疾病通常会随暴雨和洪水的发生而爆发；这种疾病通常比较温和，而且有较强局限性，但是孕妇的死亡率可能高达百分之二十五。在2005年巴基斯坦地震后，零星的E型肝炎在那些缺乏安全水源的地区时有发生。在流离失所的难民中，发现了超过1200例急性黄疸，其中很多被确认为E型肝炎。印尼的Aceh在2004年12月海啸之后，也有集中的A型和E型肝炎病例。
细螺旋体病是一种有流行危险、通过动物传染的细菌性疾病，并可通过直接接触受污染的水进行传播。啮齿动物（鼠类）的尿液中含有大量的细螺旋体病菌，传播途径包括皮肤和粘膜与水接触、与潮湿的土壤及蔬果接触、或接触被这种尿液污染的泥巴。洪水后啮齿动物的扩散，以及人类与啮齿动物共占高地后带来的近距离接触，加剧了这种病菌的传播。2001 年中国台湾的 Nali 台风、2000 年印度孟买的洪水、1998 年阿根廷的洪水以及 1997 年苏联克拉斯诺达尔灾难过后都伴随着细螺旋体病的爆发。1996 年巴西发生了与洪水关联的细螺旋体病传染，之后的地域分析显示，在里约热内卢遭受洪水的区域，细螺旋体病的发病率增加了两倍之多。
登革热的传播也受气候条件影响，包括降雨量和湿度，而且经常展现强烈的季候性。不过，其传播却并不与洪水直接相关。之前洪灾中爆发的案例，或许正好与疾病传播的高危期重合。另外自然灾害中基本供水系统和垃圾处理设施遭到破坏，也带来了更多的传病媒介孳生地（大多数是盛水容器），从而加重疫情。
原核生物性脑膜炎通过人与人传播，尤其在拥挤的环境中。亚齐省和巴基斯坦流离失所的人口中都有脑膜炎病例和死亡的病例。在上述两地发生疫情时，如及时采取抗菌防疫工作应当可以阻止脑膜炎的传播。最近没有在受灾人口中大规模爆发该疫病的报告，但对由于地区冲突而迁移的人群中该疫病的爆发则有明确的记录。
自然灾害后腹泻时疫爆发的风险在发展中国家比在发达国家更高。在印度尼西亚的亚齐省，2004年12月的海啸两周后在扎朗镇的一次快速健康评测中发现，幸存者中100%曾从未得到保护的水井中饮水，而此前的两周中85%的居民报告腹泻。
? 与人群密集相关的疫病
以下几类传染性疾病皆与自然灾害所致流离失所的受灾人群有关。对进行灾后风险评估时，应慎重对待以下疾病。
洪水过后的疟疾传播是广为人知的现象。1991年，哥斯达黎加大西洋地区的地震，导致了蚊虫孳生地的环境变化，随后就是疟疾病例的急剧上升。此外，在秘鲁北部干燥的沿海地区，疟疾流行也和由“厄尔尼诺－南方振荡（译者注：指热带太平洋、印度洋之间大气质量的一种大尺度起伏振荡，是赤道附近东太平洋的一种气压异常现象。）”引起的周期性洪水有关。
1998年，西孟加拉的一次霍乱大爆发（小川血清型，超过1.6万个病例）也被认为与之前的洪水有关。2000年1月到3月在莫桑比克的洪水也导致了腹泻病例的增多。
灾后疏散人口时常会出现人群密集，并助长传播性疫病的扩散。灾后是否出现麻疹等疫病、以及疫病传播的风险，取决于受感染人群中防疫接种率的基本状况，尤其是在15岁以下儿童中的接种率。拥挤的生存环境会助长麻疹等疫病的传染，因而需要更高的接种比例才能避免疫病爆发。1991年菲律宾 Pinatubo火山爆发后，疏散的人群中爆发麻疹，18000人感染。Aceara地区出现35例小规模麻疹群发，尽管后来持续进行了防疫接种的宣传和推动，还是有个别病例或群发病例出现。在巴基斯坦，2005年南亚地震后也出现了零星和群发的麻疹病例（在地震后6个月内病人超过400名）。
破伤风的传播途径不是从人到人，而是由厌氧性破伤风杆菌释放的有毒物质造成。在破伤风疫苗接种率低的人群中，伤口感染容易造成破伤风引起的疾病和死亡。印度洋海啸发生两周半以后，印尼亚齐（Aceh）发生了106例破伤风，其中20例死亡。2005年巴基斯坦地震后同样报告了破伤风病例。
疾疫的爆发风险也可能受到其它复杂因素的影响，比如人类行为的变化（当在外面过夜时会更多地暴露在蚊虫叮咬之下；人口从非登革热病区转移到登革热区；疾病控制活动的暂停；人口过度密集），再比如影响到蚊虫增殖的环境变动（如山崩滑坡、森林砍伐、建造河坝或水源改道等）。
不管事实如何，灾后疫情爆发的可能性经常被卫生部门和媒体夸大。尽管科学家试图澄清这些缺乏根据的误区，但‘即将来临的疫情威胁’总是媒体灾区报道中反复出现的主题。
尸体的处理原则请参阅附一。