疏上，命大学士军机大臣议奏，不可。又命韵珂渡台履勘，筹及久远。而史密以时机既至，未可停止，奉商道府，官先试垦，以定番心。于是各官皆捐工本召佃，一本亦捐垦千甲，会营派兵二百，随往弹压，以十二月入山。既接部中复奏，密恐事势又变，翌年二月，复上总督书曰：
“台湾之番与别省异，献图开辟，不自今始。全台无地非番，一府数县皆自生番献纳而来。由诸罗而彰化，由彰化而淡防，纳土开疆，百余年来，安于无事。则远在后山噶玛兰，开垦以来四十余年，亦未闻番害。盖台番之所以迥异者有故。凡番情滋事，志在金帛牲畜，始有抢掳拒捕各情。而台番最愚，一无所图，既无大志，安有大事。此台番之情也。番夷生事，必仗其器械精工，炮火便利，方能得力。而台番猎食为生，所用者竹箭铁镖，火药绝少，一闻铳声，远窜无踪。番酋每以声势相通，易于结党，而台番散处四山，各自为谋，绝不相属。社虽多名，多至数百人而已，彼此不敢往来，呼应不通，从无纠结。此台番之势也。夫番情番势既如此，其所以不同于别省之番，而绝无大患。然犹概指生番之大略，至若归化埔水六社之番，其情尤为可靠。地近外山，常与汉人交接，和顺晓事。附近六社番情同于埔水，而势皆衰弱。此十二社仅有一千六七百人，除妇女老幼，只有壮番七八百人，散于各社，穷苦可悯，见官经理，如婴儿得母，投怀望哺之不暇，尚何敢生事，亦何能生事。安抚经年，调遣奔走，已成熟番，番性最直，又重剃发。全台十数万熟番，其初何一非生，又何一难测。此生番改熟番万无可虑之实在情形也。
然而开辟之初，动计万全，在无可虑之中，必存一可虑之心，而通盘筹划，防患未然。查六社外远近生番，业经陆续献地归化者八十余社，例应增设大小各屯，挑取壮丁，大屯四百名，小屯三百名，增设屯弁管束。所有千总、把总、外委、屯目、土目、通事，则择其本社强力头人，充当委任，使之自相管辖，责成钤制，数百里同于臂指。此控制之法也。每丁例给闲田二甲，生番既改熟番，仍不能谙耕作，佃给租谷筹饷八圆。番不需钱，准折盐布，再开垦之四，定给谷石。番愚无知，但谓归化献图，便可有租，延颈经年，今岁万不可无谷。未召业主，不得不官垦先给，以慰番情。此抚绥之法也。分别调遣，驱使当差，杂于熟番，俾其渐习渐驯，渐知礼法。更调强壮，以牵制全番，使不敢动。此驭治之法也。尽去东南北三面近山大树丛林，深菁密草，一望平坦，无可伏匿。分守各隘炮台，募番设隘。隘勇多用熟番，以番防番。此备御之法也。投诚归命，尽属欢忭待哺之番，但须安置得宜。衣食有赖，便作良民。第一要筹，在于设屯挑丁，自相维制。一番以至万番，若网在纲，虽多奚虑。
然此事试办已一年有余，经道府再四筹商，事关重大，慎之又慎，非全局在胸，何敢孟浪。自去年正月至今，大局已成，部署悉定。入山试办，又经数月。汉番安堵，并无事端。然而准办则然，否则其情顿别。不知者谓办则可虑在后日，有识者谓不办则可虑在目前。穷番无以自谋，苦无生路，一旦输诚剃发，求改熟番，天下无不准归化不准为百姓之理。峻拒骤绝，众望俱空，是激之使怒，其变有不待智者而决。自古倾心内附，无不抚收安置。况归化例题之件，雍正、乾隆历办有案。熟番皆生改，设屯筹饷，不有闲田，则遵例安置之处，从何措手。故归化与开垦原系两事，而别无旷土，不得不并案以办者也。”
四月十五日，韵珂舟至鹿港，命淡水同知曹士桂、北路协副将叶长春、参将吕大升及史密随行。五月十三日，自南投入山，历田头、水里、猫兰，沈鹿、埔里、眉里等社。群番闻总督至，扶老携幼，伏道欢呼，有献鹿皮者，番布者，鸡子者，番饽者，犒以盐布使去。而北投之平来万社，南港之丹社、吻吻社，野番也，亦前后献物输诚。先是，熟番徐戆棋倡占番地，掘番目改努侄坟，恃强焚劫，群番侧目。韵珂闻其恶，檄密捕斩以徇。二十日，出内木棚而归彰化。八月十六日，复上疏曰：“我国家开疆拓土，二百余年，声教所敷，东渐西被，远边僻壤，无不尽入版图，幅员之广，为汉唐以来所未有。兹水沙连六社番地，不过蕞尔一隅，或禁或开，本属无关得失。特以生番率众来归，由于不知耕耘，生计日蹙，而招佃之熟番，又皆减租欺矇，其所以欲得官为抚治者，实藉此为保护身家之计。若不俯顺番情，则生番日益穷困，熟番日益肆横，势不至尽戕其生而尽并其地不止。久之呼朋引类，日聚日多，无赖之徒，负罪之犯，亦得以无官查察，潜迹遁藏，从此俦类互分，必致倚强凌弱。党羽既众，更恐拒捕抗官。得逋逃之所，为负嵎之谋，其贻患殊难逆料。纵熟番不难驱逐，而利之所在，人所必趋，能禁今日之不来，不能保异日之不往。从前树碑立界，设隘分防，立法何尝不密，乃私垦者仍有二千人之多，禁令虽严，难期历久无弊。则驱逐之后，厉禁迭增，无敢或有逾越。而被逐之熟番数至二千，既无本社可归，又无田庐可家，饥寒交迫，势必流而为匪。台湾地狭人稠，本多不靖，又何堪再益此二千流匪耶！若一经开垦，则分疆划界，计亩授耕，生番收其租息，熟番得以力田，而抚驭兼有文武，巡查又有兵役，则一切无赖之徒，负罪之犯，更属无从托足。顾议者谓台地民情浮动，械斗竖旂，层见叠出，若再开垦番地，将来内地匪徒，竟与番类勾连，剿办必更费手。不知匪徒与番声气本不相通，溯查历年档案，只有官兵不敷派拨，酌调屯兵协剿之案，未有匪番勾结，随同附和之事也。或又谓生番世隶化外，罔知法度，现虽困苦来归，迨衣食充裕，无所顾虑，安见不始顺终悖。不知汉奸诈伪百出，每多首鼠两端，而生番则不识不知，绝无机巧。纵使谲变无常，而所需之械，与所习之技，又无一足恃，剿捕亦甚易易。且台自郑氏灭后，则为中国所有，陆续开垦，无处非生番之地。百余年来，涵濡帝泽，共安耕凿之天，从未闻生番为害，调兵征剿之举也。或又谓台地本属外洋，现在闽省两口通商，洋情或不无叵测，若六社番地一开，土地广而财赋多，外洋之垂涎更甚。不知洋情只在通商，并不贪图土地，而六社僻处山隅，距海口甚远，外人断无垂涎之理。必谓外人之垂涎，专以六社之垦否为行止，臣固未敢深信也。臣才识梼昧，非不知省事为为政之要，诿事为便己之方。特以六社番地，开之则易于成功，禁之竟难于弭患。以臣愚见，似不若查照前奏，仍援淡水、噶玛兰改土为流之例，一体开垦，设官抚治，俾六社生番均得优游圣世，附隶编氓，以昭盛治。”疏上，大学士穆彰阿等仍执不可，奏请遵例封禁，而埔里社开设之议复止。
二十八年，徐宗幹任巡道，韵珂命筹善后之策。六社番目群至道署，环恳改熟，拳拳而不忍去。宗幹上书，请设屯丁。略谓台地情形与他省异，一经归化，番即我民，地即我地，而番地能为后患者，在汉而不在番。汉民日聚日多，稽查不及，小则争斗，大则攘据，数十年来，由彰化而辟淡水，由淡水而辟噶玛兰，迹似开疆，意实除害。今日之六社，即昔日之淡兰也，禁则必有争端，不禁则转可绥靖。故设屯之议。亦出于不得已，非以调停于目前也。而其议则以番养番，以番防番，无创建糜费之烦，无戍兵流弊之虑。韵珂从之，而埔里社开垦之事始不废。
琅■在台之极南，或作郎娇，番语也，归化之番凡十八社。雍正初，曾禁越垦，林爽文之役，庄大田起兵应，大将军福康安驻军柴城，以剿余党，而地仍荒芜。闽粤之人相率开辟，凤山熟番亦每迁其族，民番相讧，以是日多，而有司仍以化外视之。海通以后，洋舶往来，南峤之外，又为东西交通之途，遇风遭难，时起交涉。同治五年，英舰笃甫号至鹅鸾鼻，为番所攻。翌年，美船那威号漂至其地，亦为科亚尔社番所杀。事在《外交志》。于是巡抚李鹤年奏请开拓，设官驻兵，通饬省会司道及台湾镇道通盘筹划。台湾镇总兵刘明镫主议开设，署镇曾元福请照例封禁。而巡道吴大廷则两存其说而节取之，以为枋藔设官驻兵，琅■、柴城各驻屯丁，选举闽粤庄人为总理，与以防御生番保护遭难洋船之责，至于履田问税，应从缓议。于是台湾镇道及护道梁元桂等叠次会议，陈其大略，省中司道亦有所议，而尚未合宜，乃饬本任平潭同知郑元杰等往勘，绘图立说，博采众论。以为琅■之柴城风港，民番杂处，未便设官，请照旧例，沿山各隘，设立隘藔，分段防守。而枋藔僻近番界，拟将凤山县之兴隆里巡检移驻其地，又于道标拨派千总一员，兵五十名，南路营兵五十名，同往驻扎，以卫地方。闽人多居近海，粤人多处沿山，山内则多番人，拟于三者之中，各选正副总理两人，督同隘首并隘丁各五十名，分守要害。而风港别选正副隘首两名，隘丁五十名，均隶千总统辖。至千总、巡检岁各津贴公费二百两，兵丁加饷外，月给薪蔬银四钱，三年调换，正隘首年给八十圆，副六十圆，隘丁八圆，计加兵饷八百八十两，隘费七百二十圆，均于台府叛产之息按季支给。从之。
十年，琉球人遭风至台东，为牡丹社番所杀。翌年，日本小田县人亦漂至卑南被劫。十三年夏四月，日军来伐，清廷以福建船政大臣沈葆桢视师台湾。及平，诏命葆桢筹划善后机宜。十一月，葆桢奏请开禁，略曰：“全台后山除番社外，无非旷土。迩者南北各路虽渐开通，而深谷荒埔，人迹罕至，有可耕之地，而无可耕之民。草木丛杂，瘴雾下垂，凶番得以潜伏狙击，纵辟蹊径，终为畏途。久而不开，茅将塞之。日来招集垦户，应者寥寥。盖以台湾地广人稀，山前一带，虽经蕃息百有余年，户口尚未充裕；内地人民向来不准偷越，近虽文法稍弛，而开禁未有明文。地方官思设法招徕，每恐与例不合。今欲开山，不先招垦，则路虽通而仍塞；欲招垦，不先开禁，则民裹足而不前。臣等查旧例，台湾不准内地人民偷渡，如拿获偷渡船只，将船户等分别治罪，文武官议处，兵役治罪。又如有充为客头，在沿海地方引诱偷渡之人，为首者充军，从者杖一百徒三年，互保船户及歇寓知情容隐者杖一百枷一个月，偷渡之人杖八十，递回原籍，文武官失察者分别议处。又内地商人置货过台，由原籍给照，如不及回籍，则由厦防厅查明，取保给照。该厅滥发，降三级调用。又沿海村镇有引诱客民过台，数至三十人以上者，壮者新疆为奴，老者烟瘴充军。又内地人民往台者，地方官给照盘验出口，滥给者分别数次，罚俸降调。又无照人民过台，口岸失察之官，照人数分别降调，隐匿者革职。以上六条，皆严禁内地人民渡台之旧例也。又称人民私入番境者杖一百，如在近番处所，抽藤、钓鹿、伐木、采棕者杖一百，徒三年。又台湾南势一带山口，勒石分为番界，如有偷越运货者，专管之官失察降调，该管上司罚俸一年。又台地人民不得与番民结亲，违者离异治罪，地方官参处。从前已娶者，毋许往来番社，违者治罪。以上三条，皆严禁台民私入番界之旧例也。际此开山伊始，招垦方兴，臣等揆度时势，仰恳天恩，请将一切旧禁，尽与开豁，以广招徕，俾无顾虑。”许之。于是葆桢奏明开山，并请移驻福建巡抚于台湾。以海防同知袁闻柝率兵三营，分二路，一自凤山之赤山而至卑南，闻柝当之，计程一百七十五里，一自射藔亦至卑南，总兵张其光当之，凡二百十四里，是为南路。以总兵吴光亮率兵三营，自彰化之林圯埔而至璞石阁，凡二百六十五里，是为中路。以提督罗大春率兵十三营，自噶玛兰之苏澳而至奇莱，凡二百零五里，是为北路。军过之时，沿途野番虽有狙击，以阻前进，而或剿或抚，建垒驻兵，以警卫之。一年之间，遂告成功，而东西之途辟矣。台东沃野数百里，可建一府三县。葆桢以为建城之地，应在奇莱，若新城、三层、马邻、鲤浪不过营汛之区，尤必截大清水以南隶奇莱，以北隶大南澳，方足以资控制。十二月十三日，葆桢率知府周懋琦、前署台湾镇曾元福至琅■，驻柴城，查勘地势。以柴城以南十五里之猴洞，可建县治，拟名恒春，以其常懊也。巡道夏献纶禀请南北两路理番同知，均应移驻番地。各奏请，部议核准。
光绪元年，诏设台北府，置卑南、埔里社两厅，以南路同知驻卑南，北路同知为中路，驻埔里社。各加抚民，以办民番交涉之事。设恒春、淡水两县，改淡水厅为新竹县，噶玛兰厅为宜兰县。令福建巡抚春冬驻台，析疆增吏，抚垦并行，而番政一新。当开山之际，募民随往，与地使耕，至是乃设抚里委员，分台东为三路，以总兵吴光亮办之。南为卑南，中为璞石阁，北为花莲港。而恒春别设一局，以知县兼之。厦门、汕头、香港各设招垦局，立章程，任保护，凡应募者与以便宜，日给口粮，人授地一甲，助以牛种农器，三年之后，始征其租。当是时，闽粤之人多赴南洋，远至澳洲，谓万金可立致，故来者较少。恒春知县黄延昭禀言：“台湾开拓后山，于兹三年，生番渐次受抚，而招垦尚无成效。今大军分驻后山，需粮较多，米粮价贵，输运甚难，宜广募农民，以开荒土。”从之。于是招集台人，假以农器，人月给口粮六两，垦成之地，三年免租，以为鼓励。然台东土地虽肥，瘴疠尚盛，居者多病没，故农功犹未大启也。先是，日军撤退之时，狮头社番乘虚出，戕杀兵民。元年二月，葆桢奏请进讨，以提督唐定奎统淮军，三路而入，别募乡勇千余为道，随山刊木。二十日，中军提督周志本、副营提督章高元深入其地，番伏险拒，未能进。二十二日，志本督所部，自南势湖而前，左岩右溪，径窄不易行，番五百余突起迎击。官军攀缘上，激战两时，乃败之，直捣草山，毁其社，阵斩十数级。副营左哨官游击束维清死焉。三月十七日，定奎进攻竹坑社，为狮头出入之道。以提督张光亮率武毅左军为中锋，左军游击陈有元、何迪华为左，右军副将宋先聘为右，又以武毅营总兵章高元、候补知府田勤生绕竹坑山后，以拊其背，殪番数十，遂破之。进攻龟纹，先聘军其巅，以绝接济。兼旬不雨，酷暑如蒸，光亮遂没，德成、高元亦病莫能兴。四月十五日，定奎自督各军，攻内狮头，连破其卡。龟纹以三百余人来援，遇伏而溃，斩其番酋之弟。而提督周志本率副将刘朝林以中军前营进攻外狮头，提督梁善明为左，总兵余光德为右，并进破之，各有斩获。番穷乞降，定奎许之，示以七约：曰遵剃发，编户口，交凶犯，禁仇杀，立总目，垦番地，设社学。乃以龟纹社酋野艾为总土目，俾率其众。改竹坑社为永平，本武社为永福，草山社为永安，内狮外头社为内外永化。六月，班师归，敕建昭忠祠于凤山，祀将士，是年北路统领罗大春通道奇莱，频与番战。至大南澳，番拒阻，辄杀行人。乃别辟一路，旁通新城，以避海滨悬崖，而阻凶番歧出之途。十一月，命千总冯安国率兵涉溪，番突出击，众可千人，官兵力战，殪其数人，乃退，官兵亦略有死伤。十五日，行至谷中，高山壁立，忽闻铳声，番大呼而至，鏖战两时，番至愈多，守备黄明厚语安国曰，彼倾众而来，其中必虚，可取之。遂分一队捣其社，■然无人，唯见髑髅满架，毁之。番见火起，如鸟兽散。千总吴金标亦沿途招抚木瓜、大巴垄等二十有九社，番丁一万七千七百十九人。木瓜最悍，以穷来归。乃以宣武左右两军，分戍东澳、大南澳、大浊水、得其黎、新城、加礼宛、花莲港、吴全城等，以备不虞，唯中路一队少遭番害而已。
二年，太鲁阁番乱，讨之。太鲁阁为台东野番，负其险阻，辄出杀人。大春进兵破其社。番伏山上。下巨石，幸少死伤。乃戍兵于三栈溪畔，曰顺安城，为久住计。番无可归，介通事乞降，许之。获凶首三人，戮于台北。
三年，奇密社番杀总通事林东涯以叛。八月，统领吴光亮檄林福喜往讨，不克。乃自将，合孙开华、罗魁、林新吉之兵伐之，番降，约以明春各献米一担。至期果至，光亮命闭门，屠之，溅血声喧，死者百六十有五人，仅余五人幸免，自是遂弱。红头屿在恒春海中，距县东八十里。土番居之，性驯良，牧羊山中，剪耳为志，无相争诈。地沃，多椰树，莳杂谷，渔畜为生。周可六十余里，山高至五六十丈。有社七，错居四隅，男女不及千人，语言略似西洋，实莫测其所由。前时汉人曾与互市，然未隶版图。是年知县周有基率船政学生游学诗、汪乔年始至其地，抚之。又有火烧屿者，横直二十余里，与红头屿并峙，距卑南六十里，居民五百余人。商船避风，间有至者。四年春正月，商人陈文礼至加福宛垦田，为番所杀。营官命赎罪，不从，且杀兵丁，与竹篙宛番谋叛，报至。六月，陈得胜率新城之兵讨，不利。光亮自将，以张兆连自花莲港，列风顺自吴全城，吴乾初自六合庄，吴孝禄自农兵庄，刘国志自浊水营进兵合剿。七月二十六日，攻竹篙宛，破之。乘势捣加礼宛，番不能支，窜于东角山。会大风雨，多饿死，老番乞降，许之。以酒布贾其地。东至加礼宛溪，西至山，南至豆兰，北至加礼宛山，凡豆兰溪以北为官地，南为番地，各事开垦，毋相侵凌。改加礼宛为佳落，竹篙宛为归化。番乃服命。十年，率芒社番乱，讨之。
法人之役，刘铭传视师台湾，及平，经划善后，奏言办防、练兵、清赋、抚番四事，语在其传。铭传以经划台湾，必须开疆拓土，广徕人民，庶足自为一省。诏设台湾府于台中，改台湾县为安平，置云林、苗栗两县，升台东厅为直隶州，基隆通判为北路抚民理番同知。十二年四月，铭传任巡抚，奏设台湾抚垦大臣，巡抚兼任，以在籍太仆寺正卿林维源为帮办，驻大嵙崁。分全台番地为三路，自埔里社以北至宜兰为北路，以南至恒春为南路，台东一带为东路。置抚垦局及其分局，设番市司事，以理贸易，振兴茶脑，充其经费。以是拓地日多，租税骤增，台湾局面为之一新。初开山之后，台东埔里社、恒春、凤山各开义塾，教番童，颁训番俚言，俾之诵读，将以陶熔其蛮性。而吴光亮亦撰化番俚言三十二条，缕缕数千言，饬通事时为讲解。俾之同化。至是又颁教条，五教：一曰正朔，二曰恒亲，三曰体制，四曰法度，五曰善行。五禁：一做飨，二仇杀，三争占，四佩带，五迁避。设番学堂于台北府治，择土目之子弟而教之。一道同风，渐革顽陋。其不服者则移师讨之。剿抚并用，可谓能得其宜矣。
当开垦罩兰之时，移民日至，伐木治田，每遭番害。十一年四月，统领林朝栋率栋军三营，以郑以金为副。统领柳泰和亦率所部二营，进驻罩兰，遣人说苏鲁、马腊邦两社归顺。不从，且结东势角大湖各番以抗。五月，分兵三路而入，相持数月，地险不可攻。翌年七月，朝栋进兵陷围。报至，铭传自将麾下百名及兵勇屯丁九千五百人，大举以剿，番惧而窜。驻大营于埋伏坪，大隙、什只屋两山各建炮台，为合围计。然番每匿林中，以时狙击，死伤颇多。九月，进兵，捣其社，不见一人，归途遇伏，又损数百。于是戍兵三百五十名，以绝其道。番困无所得食，介老屋峨社土目请款。十月，始撤兵归。铭传以土目有功，授六品衔，改名白麻凤。先是，屈尺番污来社亦每出杀人。十一年九月，统领刘朝佑率铭军三营讨之，番降。
十二年春正月，大嵙崁番乱。铭传自将三营，至甘指坪，讨之。番惧乞降，颁以衣食而镇抚之。已而盍文坪之番叛。八月，甘指坪亦动，颇不受约束。乃议剿之。分兵两路，一自水流东以攻盍文坪，一自甘指坪而进竹头角。
宜兴社土目纠合各社，竭力以抗。山路危峻，瘴毒盛，未易进兵，官军战病而没者数百人。相持四月，乃谕番约和，撤兵归。十月，巡道陈鸣志、统带镇海后军副将张兆连先后禀请，后山番社尚多未抚，南至卑南、恒春，北抵苏澳、奇莱，若由水尾适中之地，与前山彰化开通道路，联络声气，先抚后山中路，则南北望风向化。否则一抚之后，仍然隔绝，徒糜经费，难求实效。铭传从之，檄署台湾镇总兵章高元率炮队，并镇海中军前营定字左营及练兵七百，附以人工，由集集开山而东。兆连由水尾而西，克期会办。高元乃自拔埔社而至丹社岭，计程一百二十有二里，兆连亦至，计程六十里。自冬徂春，一律开辟。当是时，兆连以管带黄定国、毕宝印招抚水尾、南北川、丁仔老二十有四社，次由花莲港至苏奇沿山一带，又抚他良等十有二社。兆连以太鲁阁、木瓜等势最强，若得内附，余番可服，乃率兵三营，进社山口，劝其纳款，否则开炮以攻。土目惧，乞抚，而大马鞍、大巴垄等五十有三社亦就抚。移军卑南，以次而进。平埔之南，以吕家旺为最强，恃其丁众，抗不奉命，附近各社多观望。兆连进兵山麓，命通事米清吉让之。土目知不敌，乃就抚，并约附近巴六凡等二十有六社归化，而八栲等十有三社亦来。卑南与凤恒地相毗连，危峰叠嶂，人迹不通，野番盘踞其间，其在凤山者以三条仑为大，在恒春者以牡丹湾为雄。兆连督凤山营都司蓝凤春、管带林维桢分道而进，招抚六仪等十有五社，阿眉等二十有二社，中心仑等四十有二社。管带黄定国、毕宝印亦抚大兰、大打腊等十有二社，地极深密，皆处山上，素不与人往来，至是乃出。先是，铭传檄统带镇海前军副将陶茂森招抚凤山、前山各番，于是沙摩溪等六社、柏叶等十八社、粪箕等四社均内附。当高元开山之时，自水底藔至埔里社，沿途招抚北港、万雾等五大社，眉加腊、吻吻等四十有四小社。又自拔埔至丹社之时，亦抚卓大、意东等六十有一社。嘉彰之交有番据焉，斗六门县丞陈世烈设抚垦局于云林坪，郡番、峦番、丹番等五十有三社，均内附，剃发输诚。此为最悍之族，而跳梁于中路山谷者也。巡道陈鸣志檄镇标中军易豫俊以抚大喃等二十有四社，又以游击刘智坤续抚大武垄、内攸等四社。唯新竹、五指山番凭其险阻，颇不受约束，叠戕垦户，众请讨。十二月，铭传檄统领林朝栋自十八孩儿社以攻石加碌之南，营官郑有勤率副营攻其北，各以化番为道，深入七十余里，开路筑卡，以压迫之。石加碌五社及哇西熬等十有七社皆乞降，并抚密拿楮等二十有四社而归。
十三年，铭传奏言：“臣自上年十月，亲督大队，剿抚中北两路生番。归化后，现在数月之间，所有后山各路生番二百十八社，番丁五万余人，一律归化。前山各路续抚生番至二百六十余社，番丁剃发者三万八千余人。水尾、花莲港、云林、东势角等处，可垦水旱田数十万亩。不独开疆辟地，且可免民番仇杀之祸。此皆朝廷威灵，远播遐荒，遂使深山幽谷茹毛饮血之类，咸知向化归仁，化狉榛而登衽席，实非臣所敢逆料。唯抚招愈多，经费愈巨，现已捐输截止，支绌异常。经饬各军仍回防所。筹划设官分治。俟有经费，再行续抚，以期全台生番一律归化。”初，北港溪番就抚后，人民多往开垦，而林朝栋亦给垦内国姓乾溪湾、抽藤坑等处，锄耰并进，可辟田园数百甲。然阿冷、白毛两社番辄出杀人，朝栋止之，不听，请讨。八月，以兵二千五百，分四道而入，扼要之地，各建炮台。番不敢出，伏丛莽以狙，颇多死伤。稍来社土目乃为斡旋，愿受约。十月，撤兵归，设隘于险，驻勇守之。是年埔里社熟番水社田头、猫兰、沈鹿与卓大社合以叛。戍兵不支，退焉。中路之山，往来暂绝。十四年六月，台东平埔番大社以有司暴敛，愤而谋叛，水尾溪南北各社俱起，大巴垄、马太鞍各番应之，势颇猖獗，遂迫花莲港营。李得胜邀击之，番败走，依其族七脚川、薄薄二社。二社已归顺，佯许之，醉以酒而戮之，以其头来献。越二日，平埔番合亚米士之族，可数千人，大举至卑南，环攻州署。统领张兆连督兵战，防守半月，不退。适兵舰自台北来，开炮击，以兵上陆助战。番不敌，始解围去。八月，统领刘朝祐率兵四百，自宜兰小坡塘坑入山，至冻死人坑，为南澳番老狗社所袭，力战免。十五年，铭传议讨，调福建兵舰来援，以同安水师副将傅德高为先锋，舣舟苏澳，大军继之。游击王冠英率镇海前营自小南澳上陆，以拊老狗社之背。总兵窦如田以铭字各营扼其前，定海、永保两舰为运船，靖远护之，游弋海上，备策应。铭传自督全军，驻苏澳，德高以数人侦察，为番所杀。如田率兵二千，深入其地，番惧而窜，匿荒谷，不敢出。相持两月，颇为瘴毒所苦，乃班师，以镇海前营驻苏澳。是时吕家望社亦乱，张兆连讨之。九月，大嵙崁马速社杀隘勇二十余人，铭传派讨兵，乃降。
十六年三月，牡丹社上目率番丁数人至田中央庄，狙杀庄民三人，庄民亦杀其番，烹之。牡丹番怒，合高士、滑加、芝来等社可五六百人，以攻柴城、田中央二庄。庄民御之，激战数日。恒春知县吕兆璜接报，命柴城把总以兵弹压，番不从，且杀兵，乃请讨。十二月，总兵万国本率两营至，声言大举，而按兵不动。嗣派通事，与番和，各毋相仇杀。十七年春正月，兵退。番复跋扈，再请讨。国本以兵千余，驻牡丹山下，不敢进。数月再派通事，申前约，撤兵而去。
十八年六月，射不力社番杀枫港庄民，民亦杀之。番遂夜袭，有众千余。庄民闻警，并力拒战，赴县请救。知县高晋翰与恒春营游击张世香率兵至，命和，不从。晋翰病归，未几而没。世香请讨，总兵万国本以兵千余至，分戍各地，命通事入山说降。又不从，乃先攻老佛、巴士墨二社，破之，毁其屋。又募枫港庄民六十为道，进攻他社。汛官汪斌素有力，率壮士数人入其内，猝禽土目出，斩之以徇。八月，大风雨，山水暴发，不可驻。新任知县陈文炜谓国本曰：“悬军深入，空老我师，不如且约之和，以待后举。”派通事，集土目，与庄民约。国本归，而民番仍相仇杀。当是时，铭传已去，邵友濂任巡抚，百事俱废。然人民之垦番地者，前茅后劲，再接再厉，合力一心，以自成其都聚。二十年，遂设南雅厅于大嵙崁。二十一年春正月，台东观音山庄平埔番乱，杀大庄总理宋梅芳。十五日，花莲港营官丘光斗平之。
郑氏各镇屯田表
参军庄 今凤山长治二图里，为参军陈永华所垦。
前镇庄 今凤山大竹里，为中提督前镇所垦。
前锋庄 今凤山仁寿上里，为前锋镇所垦。
后劲庄 今凤山半屏里，为后劲镇所垦。
后协庄 今凤山仁寿上里，为先锋镇后协所垦。
右冲庄 今凤山半屏里，为右冲锋镇所垦。
中冲庄 今凤山仁寿上里，为中冲锋镇所垦。
援剿中庄 今凤山观音上里，为援剿中镇所垦。
援剿右庄 今凤山观音里，为援剿右镇所垦。
中权庄 令凤山小竹下里，为中权镇所垦。
角宿庄 今凤山观音上里，为角宿镇所垦。
仁武庄 今凤山观音下里，为仁武镇所垦，而嘉义铁线桥堡亦有仁武埔，与查亩营庄相近。
北领旗庄 今凤山维新里，为侍卫领旗协所垦，并有水圳。
三镇庄 今凤山维新里，为戎旗三镇所垦。
左镇庄 今凤山兴隆外里，为宣毅左镇所垦。
营前庄 今凤山长治一图里，必为某镇前营，故名。营后亦同。
营后庄 今凤山长治一图里。
五军营庄 今嘉义赤山堡，为五军戎政所垦。
查亩营庄 今嘉义铁线桥堡，为清查田亩之地。
果毅后庄 今嘉义果毅后堡，为果毅后镇所垦。
新营庄 今嘉义铁线桥堡，镇名未详。
旧营庄 今嘉义铁线桥堡，镇名未详。
中营庄 今嘉义茅港尾西堡，镇名未详。
后营庄 今嘉义麻豆堡，镇名未详。
下营庄 今嘉义萧垄堡，镇名未详。
大营庄 今嘉义新化北里，镇名未详。
二镇庄 今嘉义赤山堡，为戎旗二镇所垦。
左镇庄 今嘉义外新化南里，为折冲左镇所垦。
中协庄 今嘉义赤山堡，为左先锋镇中协所垦。
林凤营庄 今嘉义赤山堡，为参军林凤所垦。
林圯埔庄 今云林沙连堡，为参军林圯所垦，林内亦同。
统领埔庄 今恒春兴文里，为统领某所垦，在柴城附近。
台湾抚垦局管辖表
抚垦总局 光绪十二年设，驻大嵙崁，隶巡抚，总理全台抚垦事务。
大嵙崁抚垦局 隶总局，掌理该管抚垦事务，下设分局。
双溪分局 三角涌分局 咸菜瓮分局
五指山分局 南庄分局
东势角抚垦局
大湖分局 马鞍gt; 分局 光绪十四年裁。
大茅埔分局 光绪十四年设 水长流分局 同上。
北港分局 同上。
埔里社抚垦局
蜈蚣仑分局 木屐兰分局
叭哩沙抚垦局
阿里央分局 苏澳分局
林圯埔抚垦局
蕃薯藔抚垦局
隘藔分局 枋藔分局
恒春抚垦局
台东抚垦局
璞石阁分局 花莲港分局
台湾抚垦局局制表
总办一员 以三品文员任之，总理局中一切事务。
委员一员 以七品文员任之，或以营官兼任，掌理抚垦事务。
幕宾 总局四员，局二员，随时聘用，处理文案等事。
司事 二名或四名，分办庶务会计。
通事 人数不等，分任通译。
局勇 人数不等，保护垦务，并监督隘勇。
医生 各局直一二名，以任医务。
教读 各社置一名，以教番人读书。
教耕 各社置一名，以教番人耕田。