偏离航道
此时，鲍林的注意力频繁地在政治与科学间来回穿梭。政治活动将他置于受人攻击的地位，研究工作则成了他摆脱重压的手段。在出版社一再催促下，他于1949年完成了《普通化学》一书简易本的编写工作。此书更适宜于达不到加州理工学院水准的大学一年级新牛，因而读者面更广，他用录音机口述，让秘书整理成文，然后再由他作最终的润色。他的另一部书名为《大学化学》，1950年问世，也甚为畅销。1950年，鲍林购买了一辆崭新的英国造两座位绿色赛车，作为他给爱娃·海伦的生日礼物。
鲍林继续在思考蛋白质的结构。1950年春，怀恩巴姆案发生时，劳伦斯·布拉格、约翰·肯德鲁、马克思·佩鲁茨等人在《皇家科学院学报》上发表了一篇专文，题目为“晶体蛋白的多肽链结构”。鲍林见到这一标题时，心里一怔：难道布拉格的研究小组已取得突破，赶在他前面摘取了桂冠，将一种蛋白质结构中的原子一个一个都分得清清楚楚了？
他读了正文，心里才好受了一些。布拉格小组的这篇论文很奇怪，全文没有一个中心的议题，东拉西扯，犹如在洗衣房绳子上晾衣，七拼八凑地罗列了蛋白质种种基本的类型，缺乏令人信服的证据，更无明确的方法可用来鉴定具体的蛋白质到底属于哪一种类型。有些属于螺旋状结构，另一些则是旋转式链结构。鲍林很清楚，其中任何一种结构在化学上几乎都是无法轻易地予以否定的。布拉格及其研究组没有明确地指出到底是哪一种结构，更没有对蛋白质的最终结构作出清晰的定论。他们只是对阿斯特贝里提出的折叠缎带结构这一陈旧的观点有气无力地表示认同而已。
在布拉格小组的这篇文章中，鲍林从字里行间也读出了一些令人颇感兴趣的内容。这篇文章的作者根据自己对有关结构元素的理解——鲍林满意地注意到，作者还特别采用了加州理工学院发表的关于氨基酸形状和尺寸的详细资料——构造出蛋白质结构的种种模型，同时也考虑到使其具有最终形状的力，并且还特别强调了氢键的概念。鲍林本人原本也会这样做。
显而易见，布拉格在竞争中被鲍林规则击败的十五年时间里，已经学到了一些东西。鲍林在1948年卡文迪什实验室度过的那几天时间，对他也产生了一定的影响；就在鲍林回国后不久，布拉格对佩鲁茨和肯德鲁由粗到细的研究方法进行了补充，强调整体蛋白质的结构，并且像鲍林那样对各种氨基酸的结构逐一进行了考察。
不过，鲍林完全可以放心，他知道布拉格仍然不懂如何正确地玩这一场随机性游戏。布拉格在1950年的论文中，在对蛋白质结构进行猜测时，并没有从化学特性方面施加足够的限制来充分缩小思考的范围。举例来说，这位英国人显然不相信肽链一定要保持刚硬和平直，他们设想的模型几乎都可以发生扭转或弯曲，鲍林认为这是不可能的事——这也是为什么他们设想会有二十种而不是只有几种可能性的一个原因。另一方面，他们都附上了鲍林认为不必要的一个限制。在卡文迪什的这个研究小组认为，他们的螺旋模型中完整的每一圈所含的氨基酸数目必定是一个整数——很可能是3或4。哈金斯在他1943年的论文中也曾犯过这一个错误，认为这是一个整数。其思维方法是，既然蛋白质螺旋结构经历了结晶的过程，那么其基本的重复单元——也即所谓的空间组合——就一定会显示出一种可以用整数来描述的对称性。由于阿尔法角蛋白螺旋结构被认为是由完整的一圈组成的，那么，沿着链向上不断重复，借助于空间组合对称性这种思维方法，认为每一圈中氨基酸个数是整数，也就理所当然了；这样，每一圈都应当在氨基酸骨架的同一相位点上开始和结束。
但是，对鲍林来说，这并非是显而易见的事。他在牛津大学折叠他的纸质螺旋模型时，注意力集中在化学原理上，并没有留意结晶的图式。他草草拟想出来的模型并没有涉及到每一圈中氨基酸个数是不是整数的问题。然而，一旦想到这一点，他却怎么也看不出为什么非此就不可。在读了布拉格的1950年论文后，他开始想起，有关这个整数的结论，与30年代蛋白质研究人员对“魔幻数”的癖好有着千丝万缕的联系。正是相信这种美妙整数的错误导致林奇陷入了怪圈而不能自拔。鲍林认为，自然界不是以那样的方式运作的，未必按数学方程的要求创造出各种生命体；自然界比这要懒散得多，更具有机会主义的意味——自然界喜欢用最简便的方式行进，这种方式需要的能量最少——这也是建立最稳定的化学结构所采用的方式！
布拉格研究组并没有搞到这一顶桂冠，但是他们的论文却使鲍林重新聚精会神地回到了竞赛的跑道上。两年以前从英国回来时，蛋白质曾经是他最为优先考虑的课题，他曾吩咐几位研究人员加紧这一方面的研究：科里及其同事在氨基酸和小型缩氨酸的结构研究方面仍然处于世界领先的地位，他们的研究结果证实了鲍林关于肽键是平直的思想；科里还和一个研究小组对一种完整的球状蛋白——溶菌酶作了研究，他们将其切割成细小的片段，在色谱图上予以分隔，一一进行研究；鲍林指示研究人员将汞那样的常见重元素的原子掺入蛋白质链，以便于进行Ｘ光分析；另有一名新同事杰克·科克沃德使用了泰氏电泳仪，搜集球状蛋白的电荷分布和一般特性的有关信息。1948年与1949年之交的冬天，物理学客座教授赫尔曼·布兰逊来访，鲍林安排他详尽地考察一下蛋白质螺旋结构到底有哪些可能的模型，“看一看我是否遗漏了什么。”这种模型必须满足鲍林提出的两个条件：肽键是平直的，氢键数取最大值。重要的是，鲍林撤去了布拉格研究组附加的一个条件。他对布兰逊说，我们没有足够的理由可以相信，螺旋结构的每一图中氨基酸个数一定是一个整数。布兰逊在怀恩巴姆（此时他尚未受到作伪证的指控）的帮助下，利用自己掌握的数学知识，使用极为精确的建模设备，开始工作起来，就螺旋结构的课题，构造了几十种不同的模型。
此时，鲍林将注意力转到了其他事情上。他于1949年1月开始担任美国化学学会主席，政治活动占用他的工作时间更多了。关于镰状细胞贫血症的研究已经开花结果。在1949年末和195M初的几个月里，鲍林花费了大量功夫，并利用上述成果作为起跳点，企图在分子学层面上一举攻克诸如癌症和心脏病那样的医学问题。“我感到很有把握，将医学研究更加紧密地与基础科学最先进的前沿成果联系起来，就一定能在战胜疾病方面取得长足的进步，”他这样写道，“而要做到这一点，唯一的途径是将医学研究看作为推进基础科学实验活动的一个必不可少的组成部分。”他希望创造一种场所，让依泰诺那样的年轻医学博士能基于对分子作用的认识采取一种新的医学研究方法。为此，他开始规划建造一幢新的大楼，这幢大楼中将设置一个医疗化学实验室。这个实验室将是介于他的克莱林化学实验室和比德尔的科克霍夫生物学实验室之间的前沿阵地，工作人员也将来自这两个方面。他打算用新的视角开展医学研究。
1950年1月，在比德尔的帮助下，鲍林向洛克菲勒基金会正式提议建造这样一个场所。但是，韦弗给他当头泼了一盆冷水，声言生物学和化学首先应当加强自身的研究，用不到去开辟新的战场。再说，资助建造大楼，这也不属于基金会的业务范围。那年春天，鲍林和比德尔花了好几个星期写信，奔波于纽约的街头巷尾，寻求其他基金会和医药公司的赞助——例如，他们要求克莱斯吉基金会资助150万美元——但是，他们的要求全都落空了。这两位加州理工学院的学者发现，慈善家们和医生们一样，谁都顾不上花一点时间去了解一下分子型疾病的概念，这些人甚至认为“医疗化学”是一个“混淆视听”的术语——不但有含混不清之弊，而且有危言耸听之嫌。他们只肯给加州理工学院研究组一些小额短期资助。
无望取得资助，鲍林只能回过头来继续研究蛋白质螺旋结构。在此之前的秋天，布兰逊和怀恩巴姆经过一年时间的研究，得到这样一点结论：蛋白质只有两种螺旋结构——鲍林在牛津时曾经考虑过其中的一种——不但能满足氢键最大化和肽键平直性这两个条件，而且能使各个原子相互靠近而不重叠。在螺旋的每一圈中，两种结构中比较紧密的一种大约有3.7个氨基酸，比较松散的一种有5.1个氨基酸。鲍林已经清楚，蛋白质只可能有两种螺旋结构，但他仍然不想将其公之于众。还是他早在英国时就看到的老问题：大多数学者认为，螺距是螺旋结构的一个重要参数，阿尔法角蛋白经Ｘ光反射所得数据是5.1埃。但是，这两种螺旋结构都与这一数据不符。布兰逊和怀恩巴姆的研究工作证实，鲍林此时正在思考的那种比较紧密的螺旋结构，很可能就是角蛋白的结构，螺距却是5.4埃。“我非常坚定地认为，这种结构应当符合Ｘ光的有关数据，”鲍林回忆说，“因此，我决定再等一等。”
但是，布拉格的研究小组设想的螺旋结构之一，也即每圈有4个氨基酸的那种结构，已经非常接近于鲍林知道的那种含有3.7个氨基酸螺旋结构。鲍林感到，他们迟早会修正自己的研究方法。1950年春，鲍林再次将全部身心投入蛋白质研究。他全面考察了科里新近关于蛋白质可能结构所作的系统分析，并用线、球、杆等实物制作有关结构的模型。他在加州理工学院的一个车间里用木头雕刻出一种崭新鲜艳的模型，代表原子的是一些球体，每个球上都标明了范德瓦尔斯半径，在其侧面则按有许多小孔，以便于各个球体之间的连接。整个模型看上去就像一团团肥皂泡一样——因而有填补空间的模型之称。这是鲍林的又一创新，后来成了成千上万个化学实验室和课堂的标准教具。在制作模型的过程中，鲍林严格地遵循了自己为蛋白质结构所作的规定，确保所有可能的氢键无一遗漏，每一肽键都保持平直的状态，各个构件之间都不存在人为张紧的应力，原子之间也没有彼此挤压太紧的情况。这样，鲍林和科里运用模型证实了蛋白质两种螺旋结构在化学上是完全可行的。这一次，他们还得到了一些新的启示——可以用某种方式拉伸其中的一种结构，借此即可说明这种结构具有缎带的特性。不过，尽管他们作了如此精细的修饰，仍然存在着一个令人困惑的难题：蛋白质的两种基本结构中较为紧密的那一种，也就是鲍林相信就是角蛋白结构的那一种，仍然不能解释用Ｘ光反射得到的5.1埃这一个数据。根据鲍林的理论结构，可以预测是5.4埃的反射。这两个数据之差——等于一个氢原子宽度的六分之——也就成了鲍林摘取揭示蛋白质结构桂冠第一人这一殊荣的唯一障碍。这一障碍也许比美国科罗拉多大峡谷还要难以逾越。
1950年夏秋两季，鲍林一直受到布登兹的控告和来自加州理工学院内部的调查，但是，他仍然继续着这一问题的研究，试图弄清楚其他一些蛋白质的结构。1950年9月，鲍林得知，他从前的学生（也是林奇的信徒）戴维·哈克在欧文·朗缪尔的支持下，正在建造一家“东海岸实验室”，专门进行蛋白质结构的研究，并且获得了大笔资助。这事大大增强了鲍林的紧迫感，竞争变得更加激烈了。他需要更加努力地工作。为此，他开始使用一种驾驭梦中活动而设计出来的方法。从上床熄灯到实际成眠这段时间里，在头脑里不断翻腾那些使他最为困惑的问题。他发现，运用这一方法，他的潜意识可以通宵达旦地继续研究有关的问题。在他的梦境里，蛋白质螺旋结构不断地翻滚和旋转，时隐时现，飘忽不定。这种方法也使他有可能不做那些受到政治迫害的恶梦。
但是，这一切并没有给5.1埃这一难题带来任何解答的希望。于是，鲍林作出了一个关系重大的决定。感到自己“身不由己地受制于布拉格、肯德鲁和佩鲁茨三人的论文”，鲍林决定不理会那个与实验结果矛盾的重要信息，至少先发表一篇初步的注记性文章，谈谈自己为蛋白质设想的模型。如果他是正确的——也即如果能找到某种有待于发现的解释，可以说明为什么自己的模型与Ｘ光数据之间存在着差异——那么他就应当首先将其结果见诸于公开发表的文字，否则就有在历史上丧失应有地位的危险；如果他是错误的，那么到底是何时发表的就无关紧要了。
1950年10月16日，鲍林和科里给《美国化学学会学报》寄去了一篇简短的注记，表明他们最先得到了有关的结果。文中提到，他们设想有两种螺旋模型：在一种螺旋结构中，每圈含有的氨基酸残基数为3.7；在另一种结构中，此数为5.1。他们还提到了氢键的排列方式，声称已经找到非常有力的证据，表明他们提出的这两种结构在各种各样的蛋白质中都存在。文中还暗示他们已为蚕丝制作了具体的模型。这些就是这篇注记的大意。结尾处，作者许诺“不久将详细公布他们的研究结果”。
喜讯终于不期而至。鲍林从英国的一家名为“科托尔兹”的人造纤维制造公司获得了新的资料。该公司的研究人员成功地生成了完全是人造的多肽链，构成这种多肽链的只有一种类型的氨基酸。与自然角蛋白相比，这种人造多肽链的特性，在某些方面完全一样，而在另外一些方面又有显著的不同。科托尔兹公司的科研人员发现，他们生成的人造链就像装在一个盒子中捆在一起的许多铅笔——在鲍林看来，这就是一种螺旋结构的证据，其总体形状就像一根细长的柱体——他们还发现，在这种链的长度方向上似乎存在着氢链。当然，最好的消息来自这组研究人员提供的极为洋细的Ｘ射线图：这种新型纤维并没有显示出5.1埃的反射。
鲍林非常兴奋。看来，这就是一种螺旋结构——更精确地说就是一个“螺旋”，此时，鲍林已经开始使用这一名称。这个用语是鲍林读博士后时的一位同学杰克·杜涅兹首先提出并建议他采用的——尽管仍无证据可以用来说明那个使人伤透脑筋的距离到底是多大。也许在自然角蛋白中那5.1埃反射并不如大家所想象的那么重要，也许那只是一种人为的现象，或者是自然角蛋白中某一更高层次结构造成的结果。总之，他不予理会是很有道理的。鲍林和科里又重新振作起精神，继续进行模型的制作，构造出两种螺旋的最终形式。鲍林将其紧密的一种称为阿尔法螺旋，松散的一种称为你玛螺旋。鲍林和科里还将两种丝状的扩展结构定名为片层。
一条新闻在加州理工学院传了开来：鲍林的研究组正在精细地建造蛋白质的模型。这引起了理工学院那些生物学家的注意。那年冬天，。鲍林在一次研讨会上向他们阐述了自己的思想。科克霍夫实验室的大型报告厅内座无虚席，在场听众议论纷纷。“每个人都清楚这将成为一个非常令人注目的热点问题，”生物学教授雷·欧文回忆道。
像往常一样，鲍林绘声绘色地作了演讲。助手们肩背手扛着各种各样的支架，簇拥着他走进了报告大厅。有一件高高的物品用布遮盖着，上面还系着一根绳子，好像是即将揭幕的一座塑像。大家都知道那就是“模型”。鲍林开始讲演，首先一一介绍了蛋白质结构的基本情况，同时还画出一些图形，说明氢链和平面肽链的重要作用。他手持一堆孩子们玩耍用的软塑料珠子，劈里啪啦地将它们一一装配起来，从中可以看到各个氨基酸是怎样连接起来的。作了必要的介绍以后，他起身走向这一模型，从衣袋里取出一把折刀并将其打开，像是要割断那根系着的绳子。听众中不少人从座位上欠起身来，瞪着眼睛注视着即将发生的一幕。此时，鲍林这位表演大师，似乎想起了什么事情，动身退回原处。大家又坐回自己的位置。鲍林注意到这一做法所产生的某种效果，数次重复了这套把戏。“他的确铺设了大量悬念，”欧文说道。
随后，鲍林已经感到心满意足，双手一挥，幕纱揭开：一具色彩缤纷、美丽动人的模型显露在人们的面前。这就是他为蛋白质设想的那种紧密的螺旋结构，也就是所谓的阿尔法螺旋。在场听众中许多人是第一次亲眼目睹一种立体式的分子模型，而且是如此气派。模型看上去“栩栩如生”，一个个原子被漆成鲜红色、白色和黑色，井井有序地装配在一起，相互盘绕和弯曲，形成了一根粗壮的滚花状柱子。螺旋中，一条条微微伸展的曲线清晰可见，一个个原子历历在目；各个部件深浅不一，轻重有度，错落有致，显示出来的视觉效果使任何别的模型都相形见细。鲍林主观想象的化学结构得到了逼真的体现，引来了在场听众阵阵惊叹之声。鲍林在结束讲演时，列举种种证据，表明这种结构在许多天然材料中都是存在的。此后，加州理工学院的教授和学生纷纷上前与鲍林握手，问这问那，仔细察看和抚摸这个螺旋模型。
科克霍夫研讨会上那样的讲演就像去外地巡回展示的预演，使鲍林在撰写详细论文之前有机会回答各种各样的质疑。不过，他并未听到实质性的批评意见，看来，大家的印象都非常深刻。鲍林对自己设想的结构，特别是对阿尔法螺旋，心里更加有底了。
随着自信心日渐增强，鲍林和科里在1950年和1951年之交的整个冬天，一直在忙于扩大战果，为其他蛋白质，如胶原蛋白、羽铀。胶含蛋白、肌肉蛋白等，寻找结构，其中不少蛋白质在其更加复杂的结构中包含阿尔法螺旋的成分。两人的合作形成了一套固定的程式：鲍林提出结构的基本设想，科里就将这种设想细致而又精心地制成精确完美的模型。有时，两人在一起谈论那些粗糙的地方，科里的工作可能会显示出鲍林设想中还有薄弱的地方，随后两人再在一起对这些地方作进一步的润滑和修饰。就这样，一种又一种结构找到了自己的位置，成功的消息也在世界上不胫而走。在卡文迪什，布拉格小组的研究人员原先并没有重视鲍林和科里先前在《美国化学学会学报》上刊载的那篇晦涩难懂的注记，他们一直在等待鲍林发表更加详细的论文。而在纽约，1951年2月，韦弗却急于了解这一联串突破的详细情况，他向鲍林的实验室派去了一位熟悉蛋白质研究的洛克菲勒基金会官员，他的名字叫鲁密斯。鲁密斯发现，这个实验室是一个大胆想法层出不穷的地方。“无疑，鲍林这个人想象力丰富，雄心勃勃，智慧过人，”鲁密斯与鲍林相伴只有一天，就在自己的日记中写下了这样的话。“但是，他在有些情况下（比方说，‘人造抗体’），已经偏离航道，他的许多激励人心的图片、模型等等，在很大程度上也许只是凭空的主观想象，尚难算作牢靠合理的科学创造。”
广阔前景
偏离了航道！鲍林也许可以接受这种说法。他在某些层次上的确在碰运气。科托尔兹公司的数据所显示的很可能只是人造多肽的一种奇异特性；试验中找不到5.1埃这一反射数据的踪影，这一现象也许与真实的蛋白质毫不相干，对鲍林的模型进行Ｘ光反射试验似乎永远也不会得到这样的结果。对此，鲍林仍然无法作出令人信服的解释。尽管存在这一差异，他还是决心向前迈进，他要碰一碰自己的运气。而在这个问题上，布拉格的研究小组是决不会贸然行动的。在卡文迪什，他们循规蹈矩地运用所得数据，根据照相底板上的斑斑点点构筑有关模型。但是，在帕萨迪纳，Ｘ射线设施较差，研究晶体学的人员也较少，因此只能够靠碰运气致胜。他们大胆地在鲍林挑选的层次上玩这场游戏。对蛋白质的分子结构进行分析，运用的模型要比别人用过的模型复杂成千上万倍，精确度却要达到一埃的十分之一或百分之一。在没有可靠数据作为后盾的情况下，换了别人，都一定会像布拉格那样退避三舍而不敢轻举妄动。
但是，鲍林是独一无二的。人居中年，在人生的这段时间里，许多科学家已经满足于躺在年轻时取得的成就上，开始涉足行政管理。然而，鲍林却更加雄心勃勃，精力旺盛，他比以前更加自信了。
事实证明，自信心是决定性因素。鲍林对自己掌握的化学知识深信不疑；他对这门学科的来龙去脉比世界上任何人都理解得更为透彻。在化学的各个分支中，他最清楚原子是怎样构成分子的。他的全部化学知识告诉他，阿尔法螺旋以及他设想的其他蛋白质结构都是正确的。这些结构是他们根据可靠的原理构筑出来的；成年累月精心制作模型的工作已经证实了他们的能力。到底相信自己——相信自己解决大分子问题时所采用的策略，相信自己摸索规律和建造模型时所采用的随机性方法——还是相信Ｘ光照片上的斑斑点点？他有选择的自由。他最终还是选择了相信自己。
信息对于鲍林来说是不可缺少的。由于政治上感受到愈来愈多的麻烦，他不得不反省一下自己在那个领域里的一些信念；他已经面临着这样的抉择：要么坚持自己的信念，要么在一个调查委员会面前低头。他还是选择了坚定——与此同时，他仍在想方设法避免受到蔑视调查的指控。道高一尺，魔高一丈。他毫不动摇，对自己充满信心。他问心无愧。他在这场游戏中处于上风，根本就没有退却之意。在他就要揭开生命奥秘的关头，他是决不会退却的。
1951年2月28日，正值鲍林50岁生日。鲍林吹灭了下属为他烤制的生日蛋糕上插着的蜡烛，接受了同事们的良好祝愿，然后向《国家科学院学报》寄去了一篇论文的手稿。此文题为“蛋白质结构：多肽链的双氢链螺旋结构”，作者署名为鲍林、科里、布兰逊。这篇论文完整而又非常详尽地描述了阿尔法螺旋和伽玛螺旋的结构。
在等待这篇论文正式发表的时间里，鲍林的情绪兴奋异常，喜悦之情溢于言表，逢人总免不了要吹上一番，叙说这一研究工作是多么重要，他们的成果具有怎样的独创意义。“我们预测的结构与文献中介绍的他人成果不同，差别就在于我们的结果非常精确，而他人的成果则多少有些模糊不清之处，”鲍林在寄出论文后的几天里写信给韦弗时这样说道。‘哦认为，在一定意义上，这一结果标志着蛋白质结构问题已得到最终解决。”韦弗也感到非常高兴，自己在这二十年里对鲍林的资助总算没有白费，因此，他立即派遣洛克菲勒基金常驻记者和出版人乔治·格雷到加州理工学院采访，为基金受托人准备一份全面的报告。格雷发现，鲍林是一位非常理想的作者，一位懂得怎样使用平易生动而又丰富多彩的语言来介绍自己研究工作的科学家。（“我可以设身处地地将自己看作为原子，”鲍林对他说道。“我问自己，要是我是一个碳原子或钠原子，我将会做些什么。”）韦弗开始重新考虑，要不要为加州理工学院的化学和生物学追加几百万美元的资助。鲍林在论文尚未刊出以前，还曾写信给《科学美国人》杂志编辑丹尼斯·弗拉纳根，称他和科里已经攻克蛋白质结构的难题，同时还加上了一句：“在我看来，这是最近25年、或许是最近50年里这一领域中迈出的最为重要的一步。”弗拉纳根迅速回信，索取有关这颗“重磅炸弹”的更加详细的资料，同时还请求鲍林为这家杂志写一篇关于蛋白质结构的文章。
第一篇论文只不过是引子而已。看来，关于阿尔法螺旋和伽玛螺旋的结果一旦发表，问题得到解决，一直萦绕在他头脑中的其他蛋白质结构问题解决的思想也就非常清楚了一切事物都开始各就各位。他和科里一起，整个3月份都花在撰写有关蛋白质结构的其他几篇论文上。“目前我已忙得不可开交，几乎双脚着地的时间也没有了，”鲍林在3月中旬给一位他从前的学生的信中这样写道。“连续不断日以继夜地工作，几乎到了废寝忘食的地步。”从二十年前寻找化学键的早年岁月算起，这是他从事的最为舒心的科学研究。对于这一成果，连他本人都感到惊奇不已。
4月初，鲍林和科里又向《国家科学院学报》寄去了一组论文。这是20世纪科学史上最不寻常的几组论文之一。这组论文共有七篇，几乎戏剧性地占去了该刊5月号的全部版面。这几篇文章对蛋白质的片层结构作了详尽的论述，为羽轴找到了一种新的模型，提出了关于人造多肽、球状蛋白和肌蛋白的新的思想。对于鲍林来说，最为令人激动的是，为肌腱中的一种重要蛋白——胶原蛋白，找到了他所说的“一种使人目瞪口呆的结构”。他相信，在胶原蛋白中，有三个螺旋相互盘绕，形成了一根单一的腱索。
世界上任何一位研究蛋白质的学者，马上都会体会到鲍林这一研究所具的深远意义。鲍林设想的这些结构非常完整，而且又极为详尽。这是一个研究领域，诸多现象以前从来没有见过，而现在，一下子什么事情都冒了出来：就像一位学者，毕生都在从事某一项可敬的研究工作，有朝一日，突然柳暗花明，奇思犹如泉涌，结出硕果累累；又像一位作曲的音乐家，在同一天时间里一口气创作出七部交响曲来。
在英国，布拉格刚刚读到这些论文，就像中了邪一样，一头冲进了亚历山大·托德在剑桥的化学系办公室。托德是一位著名的有机化学家，也是鲍林的老朋友。托德在此之前从来就没有在剑桥大学这个地方见到过这位名叫劳伦斯·布拉格的人。他马上就注意到这位物理学家涨得通红的面孔，同时也看到了他抓在手里的东西——鲍林的论文。“我对他说，我能在化学系办公室见到他非常高兴，问他是什么东风将他吹来的，”托德回忆道。布拉格“头脑处于某种发热的状态”，想要知道在鲍林的螺旋结构和他本人早先提出的模型之间人们该如何作出抉择。托德在此之前已经读过鲍林的手稿，因此直言他肯定要选鲍林的结果，因为其中的肽链具有平直的特性。而布拉格声称，肽链不可能是平面链，此时，托德向他介绍了有关共振结构和多链特点的知识。“要是你以前向我核对，我肯定会把这些情况给你说清楚，”他说道。布拉格感到十分尴尬，动身返回物理系去了。
“我敢断言，他并未仔细地读过《化学键的本质》一书，”鲍林从托德那里听到这件小事时得意地说。
佩鲁茨利用一个星期六上午，一口气读完了鲍林和科里合写的全部论文，随后，他就一头钻进了自己的实验室。要是加州理工学院这些学者的结果是正确的话，那么在阿尔法螺旋的每一圈里就应当有3.7个氨基酸，在链长方向上每一个氨基酸所占的距离是1.5埃。在蛋白质骨架上，这种氨基酸重复的距离应当在Ｘ射线图上有所显示，然而，1.5埃这个尺寸太小，因此，一定要有特殊的试验才能分辨清楚。不过，做这种试验还是值得的，因为在为阿尔法角蛋白设想的许多结构中，只有鲍林的螺旋结构才会在感光底片上留下特殊的斑点；其功能就像是阿尔法螺旋留下的“指纹”。佩鲁茨在他的Ｘ光射线设备中放置了一根马鬃，在其周围围上了一圈感光胶片，以便拍摄预期的反射现象。他按下了快门。底片冲出来之后，他马上扫视了整个画面。一点不错：就在照片的远端边缘，看到了一个模糊的斑点。这一反射现象表明存在着每隔1.5埃重复一次的结构性现象。佩鲁茨又将一根豪猪刺进行Ｘ光照射试验，同样也发现了这一反射现象。他后来又对人造多肽和血红蛋白作了同样的测定。他甚至还在若干年前拍摄的蛋白质Ｘ光照片的远端边缘发现了这种斑点，然而他们以前并没有对此加以注意。佩鲁茨是一位很不寻常而且毫无自私心理的学者，他在证实别人的研究成果时，就像是对待自己的发现一样，感到非常高兴。他在给鲍林的信中写道：“这一预测得到证实、并在血红蛋白的试验中最终找到了有关的反射迹象，这是我毕生最最令人激动的发现。”随后，他发表了证实这些结果的具体资料，其结论是：“发生反射的间距是对其他各种模型的否定，但与鲍林、科里和布兰逊关于3.7个残基螺旋的理论是完全吻合的。”佩鲁茨还援引了帕萨迪纳研究小组得到的其他数据，他继续写道：“再也没有必要怀疑他们的结构是否正确了。”
到了6月，布拉格根据在自己的工场里得到的证据，承认阿尔法螺旋也许具有某种合理性——尽管用它仍然无法解释天然角蛋白为什么给出的是5.1埃的反射——他还致函祝贺鲍林的论文，特别是关于阿尔法螺旋的那篇论文，称此文开辟了“广阔的前景”。使鲍林感到非常欣慰的是，他的竞争对手写下了这样的话：“我认为，这是在认识蛋白质的过程中非常真实而又至关重要的进展，为此我衷心地向您表示最最热烈的祝贺。”但是，超越阿尔法螺旋的“广阔前景”到底是什么样子，此时尚没有定论，研究蛋白质的英国学术界开始一篇一篇深入细致地钻研鲍林撰写的其他论文。
错误百出，用心险恶
1951年上半年，鲍林在蛋白质结构的研究方面花费了大量的时间，相对来说，他过问政治的时间就很少了。然而，在那些以追查公众生活中赤色分子为业的人看来，这可算不了什么。在联邦调查局、特尼委员会和众议院非美活动调查委员会之间，情报是相互交换的，因此，鲍林已经成为内定的美国知名人士中，在每一个调查委员会的共党嫌疑分子名单上都是首当其冲的人物。在1951年这段时间里，每当提及科学界或和平运动中赤色颠复活动时，鲍林总是首先受到指摘和攻击的一个人。反共的通讯刊物《警惕》用了三期的篇幅向读者通报了鲍林在加州教育调查委员会出庭的情况，并且还不厌其烦地罗列了他公开露面的情况。
4月1日，也就是鲍林和科里寄出七篇有关蛋白质的论文供发表的那一天，众议院非美活动调查委员会点名指摘鲍林是“让美国放下武器和失败运动”中最活跃的美国人之一，因为他参加了一场虚伪的“共产党和平攻势”。在这一指控中并没有什么新鲜的东西——证据是已经公开的一份左翼团体的名单和鲍林参加活动的的记录——但是，这次攻击的火力更加猛烈了。“他的活动的全部记录……表明，莱纳斯·鲍林博士首先热衷于让许多团体利用他所取得的科学成就，这些团体都俯首贴耳地听从美国共产党和苏联的指挥”，众议院非美活动调查委员会发表的一份新闻公报这样说。“1946年以来，鲍林教授丝毫都没有偏离对共产主义事业的这种类型的忠诚。”为了回答这一类攻击，鲍林对记者说：“对于我所注意到的每一次和平运动，我在不同程度上都把自己看作为其中的一员，我将继续顺应自己的良心和吩咐竭尽自己的努力。”
这一指控在报纸上头版登出来以后若干天，鲍林打开了一封来自西弗吉尼亚马歇尔学院院长的来信，这位院长在信中表示遗憾地收回向鲍林发出的给有关领域科学家作一次讲演的邀请。这位院长写道，问题当然不在于鲍林的政治信仰，而是因为这可能引发当地公民的“强烈抗议”，从而有可能使鲍林夫妇陷于不必要的窘境。然而，鲍林却不买账。“您竟然使用这种方式行事，为此我深表不满，”他在信中这样回敬对方。他建议对方重发邀请，后来就再也没有收到对方的回音。
在跑林看来，更欠公正的当推夏威夷大学校务委员会委员们的行为了。他曾被安排为该校一幢新的化学大楼落成典礼剪彩，但是校务委员会受到该州反颠覆官员的警告。这些官员声称，他们从加利福尼亚的同行那里收到了特尼委员会关于鲍林的一份档案材料。于是，校务委员会迫使化学系撤回了对鲍林的邀请。鲍林是从一位记者那里得知这一消息的，他同样直言不讳地提出了自己的批评意见：“我非常吃惊，堂堂一所大学的校务委员会，本来应当是由一些志士仁人组成的，然而这个机构竟然可以不向对方指控就审判一个人，并公开宣布这个人有罪，而且根本就不给人家申诉的机会。”当这一争议公之于报端时，媒体派人找到杜布里奇了解他的意见，这位校长守口如瓶，只说他看不出这一问题与加州理工学院有什么相干。
静下心来以后，鲍林给夏威夷大学校务委员会去了一信，对他们的行为表示“强烈的愤慨”。“你们认为，一个美国人，坚持自己的独立主张，不愿受人支配，反对颐指气使的官员指手画脚。就成了非美国人了吗？”他这样写道。“我不这样看。我想，这种人与那些不表示反对态度的人相比，更加具有美国人的气质。”他随信还附上了一份有关自己政治信仰的声明——其中也提到他拒绝参加共产党一事——他要求对方重新发出邀请，并且暗示，要是对方不这样做，他将诉诸法律。但是，该校校务委员会仍然坚持自己的立场。
不管怎样，鲍林还是决定到这个群岛去走一趟。此时正值度假的美好时光。他的几篇关于蛋白质的论文刚刚刊出，政治气候也在升温，他需要休息一下了。况且，到夏威夷去也是表明自己鄙夷和不满的一种方式。“我想，到檀香山去还是值得的。到那里可作几次科学讲座，同时也可向这个群岛的居民表明，夏威夷大学校务委员会撤回对我的邀请是犯了多大的错误，”他在给朋友的一封信中这样写道。他说服了美国化学学会夏威夷分会邀请他作一系列讲演，于5月底带着爱娃·海伦一道飞到了檀香山。这次旅行终于成了一个非常令人高兴的转折点。每次讲演都受到一批批热情洋溢的科学家的热烈欢迎。大家都急切希望了解他的最新发现。讲演完毕后，许多人上前与鲍林握手，感谢他蔑视有关方面的狭隘偏见所显示出来的勇气。檀香山报界也站在鲍林一边，开始质问夏威夷大学校务委员会为什么采取那样的行径。
这对鲍林是一个很大的鼓舞。看来，在一段较短的时间里，由丁奋起坚持自己的信念，他不但维护了自己的声誉，而且给别人也带来了希望。
然而，从夏威夷归来后几个星期，气氛又变得沉闷起来。从1948年开始，鲍林曾多次成功地摆脱有关方面要他接受忠诚计划的审查，但是，要避开这种纠缠将会愈来愈困难。1951年，朝鲜战争烟火弥漫，罗森伯格审判案又再次将原子弹间谍问题变成了人们议论的中心。杜鲁门签署了另一项行政命令，进一步提高了忠诚的标准。只要对一个人的忠诚有疑问，那怕缺乏任何切实的证据，就可以成为免去这个人公务员职位的理由。成百上千个案例又重新开庭审理，爱德华德·康顿的案子就是其中之一。这一次，这位长期受难的物理学家吃足了苦头，最后被迫辞去了国家标准局局长的职务。
政府用于科学的经费，特别是用于属于保密防务研究的经费大大增加了。许多科学家、技术人员和工程师为了要找到工作，不得不接受有关方面对自己进行忠诚的鉴定。本来，只是军方对下属有关人员进行忠诚的鉴定和听证，但在此时，面对新近大量涌现出来的有关平民的案件，有关方面对审查制度作了相应的调整，许多非军方人员也要接受忠诚的鉴定。不过，在其冠冕堂皇言论的背后，忠诚鉴定实际上成了一项影子式的法律制度。非军方科学家如要得到一项属于某一密级的政府合同，那就必须将自己的档案资料送交地区司令官审阅。如果发现可疑的活动和联系，那么这个人的档案就要送到一个地区性人事安全部门作进一步的审查。那个安全部门有权撤销此人参与机密工作的许可——此人将不得参与任何保密项目的研究——而且还用不到召见当事人或者提供任何证据。科学家一旦被列入黑名单，唯一的求助手段是向就业资格审查委员会申诉。如果是第一次，当事人可以在律师的陪同下亲自陈述自己的情况。就业资格审查委员会举行的听证会，并非精确意义上的审理——而是在判决已经作出，并且由军方对平民的政治活动作出判断之后，在法律制度之外进行的一种活动——当然，听证会在形式上很像法庭审理，有审问、抗辩、律师等等。这是一种《阿丽丝漫游记》式的制度。就业资格审查委员会作出判决以后，当事人就再也无处可以申诉了，陪审团作出的是最终判决。
成千上万名学者受到这一荒唐制度的摆布。一个人一旦因故被排除在某一密级之外——其理由可以仅仅是参加过某一可疑的团体——那么，在别的地方，不管是不是政府项目，此人要找到饭碗将都是非常困难的。忠诚鉴定并没有查出任何原子弹间谍，但在实际上起到了堵住不同政见者之口的作用。五年以前，这种开列黑名单的基本做法，曾经有效地迫使电影界纳入安分守己的轨道，现在则被用来防止学者在政治上说三道四了。
此时，鲍林本人也被卷入了忠诚鉴定的浪潮。
鲍林曾避免涉足国防保密项目的研究。但是，根据合同规定，他是加州理工学院教职工委员会的成员之一，这一职位要求他审查其他人提交的从事保密项目要求资助的申请。空军要求，任何人阅读他们的有关合同，那怕此人具有审查人的身份，也都应当接受较低密级的资格审查。这种人只能接触属于“机要”级或“内部”级的材料，不能参阅“机密”级或“绝密”级的文件。对有关人作这种较低密级的鉴定，原本只是加盖橡皮图章的例行公事，很少要求本人到场接受就业资格审查委员会的全面审查。1951年初，加州理工学院将鲍林和另外一些校务委员和员工的名单上报，让有关方面作这种较低密级的资格鉴定。所有人都顺利过关——但鲍林除外。
7月下旬，鲍林收到了当地军事安全委员会的一封公函，正式通知他要求接触加州理工学院保密材料的申请不予批准。根据该委员会掌握的“情报”，“你曾是一名共产党员，一名与共产党员有密切联系的外围人员，……你还与信仰共产党意识形态的众多团体发生过密切的联系，或者就是其中一员，在许多场合，你曾公开为知名的共产党人和共产主义意识形态进行辩护。”
一切全是不实之辞。鲍林立即就上述指控向就业资格审查委员会提出申诉。听证会定于11月份举行。
颇具讽刺意味的是，就在鲍林在美国被指控为共产党人的同一时间里，有消息传到加州理工学院，称他受到了苏联化学家的严厉谴责，说他基于共振的化学结构理论“错误百出，用心险恶”。李森科时代的俄国学者为了吹嘘俄罗斯在结构化学方面取得的成就，用了两年的时间在与鲍林的“资产阶级反动”化学思想决裂，特别是要与他的并不真正独立存在的唯心主义共振结构的用法决裂。他们认为，共振理论与唯物主义唱反调，因而也是反苏的。1951年夏，苏联科学院化学部通过正式决议，认为鲍林的做法是“伪科学”，是“唯心主义”，因此必须摒弃。《真理报》大力鼓吹这一决议，并且在苏联的科学出版物上激起了一阵阵声讨的浪潮，称鲍林研究化学的方法是“臆想捏造出来的玩意，是与现实毫不相干的偷懒想法”。一位当代观察家在《美国化学教育期刊》上发表文章写道：“攻击辱骂之猛裂和粗暴，这在化学界是史无前例的。”自此开始，苏联化学走上了反鲍林的轨道。
鲍林现在处在这样一种奇特的地位：一方面，美国人辱骂他是共产党人；另一方面，苏联人又把他称为反动分子。在私下里，鲍林对俄国人的谩骂还是“颇为关注”的。他在给一位朋友的信中写道：“我真不明白这样一种攻击到底有多大意义，他们到底想干什么。”在公开场合，这倒提供了一个可以减轻破坏性后果的可能，杜布里奇就迫不及待地抓住了这一机会。当《纽约时报》的一位记者将俄国科学家通过的反鲍林决议电传到加州理工学院征求看法时，该院用了整整三页的新闻通讯作回答，强烈谴责李森科主义，并且强调了鲍林对共产主义科学的批评意见。“如果不容许俄国科学家应用共振理论，或者剥夺他们在其他方向上进行科学研究的自由，那么俄罗斯科学必将落在西方科学的后面，俄国的技术也会因此而受到损害，”该文引用鲍林的话这样说道。后来，《纽约时报》和《时代》杂志在报道中将鲍林描绘成了西方科学反对俄国人扼杀真理的一名卫士。
游戏规则
正当俄国人和美国人都在忙忙碌碌地清算鲍林的活动，试图找到他在政治上图谋不轨的行为时，布拉格、阿斯特贝里和其他英国学者却在细心地审阅他关于蛋白质研究的论文，以便发现其中的破绽。到了1951年秋天，他们自认为已经找到了大量错误。一方面，佩鲁茨证实了阿尔法螺旋的存在性，发现这种结构存在于许多种蛋白质中，具有1.5埃的阿尔法螺旋指纹；另一方面，他在羽轴蛋白质中却没有找到这一种结构，然而根据鲍林的预计应当是能够找到的。佩鲁茨得出结论说，鲍林和科里提议的羽毛结构是错误的。佩鲁茨还认为，鲍林曾设想，肌肉收缩模型可使片层结构收缩为阿尔法螺旋，这是不对的，因为无论在扩张形式还是在收缩形式中都找到了阿尔法类型存在的证据。伯纳尔曾打算接受纤维蛋白中存在阿尔法螺旋的理论，但他心里很清楚，这对他正在研究的核糖核酸酶和胰凝聚蛋白酶这两种球状蛋白质的结构并没有帮助。科托尔兹公司的研究组不同意鲍林关于人造多肽的尺寸所说的话。鲍林关于松散的枷玛螺旋的意见也受到了批评，因为在其中心存在着一个大洞，完全装得下一些细小的分子，因而会使其不稳定。最令鲍林失望的是，他为胶原蛋白设想的结构——三螺旋索结构，并没有得到英国Ｘ射线研究结果的证实，而他认为这种结构的发现为解释物质的抗拉伸特性做了一件好事。
1951年下半年，鲍林花了大量的时间考虑怎样回答这些批评，并且继续修正自己关于蛋白质结构的理论。他感到这一工作极重要，以至他谢绝了哈佛大学要他担任客座教授的邀请，目的是要集中精力攻克这一个堡垒。他还推迟了预先计划好去欧洲的一次旅行，同样是为了把自己的思路理得更加清楚些。羽毛中阿尔法螺旋的指纹可能是非常隐蔽的，因为他已注意到，各个螺旋具有不同的相位；肌肉可能包含着“非拉伸性阿尔法角蛋白”，它永远用阿尔法形式存在着。他澄清了科托尔兹公司研究组的一种误解；不久以后，该公司研究人员就承认，对他们研究的人造多肽来说，阿尔法螺旋是合理的。然而，对于伽玛螺旋的情况，鲍林打算放弃了，他对其稳定性向来就感到有些吃不准；到了秋天，他就完全将这个问题置于脑后了。鉴于愈来愈多的证据不利于他为胶原蛋白提出的结构，他又回复到了一个新的出发点。到1951年末，他终于认识到“我们提议的这种结构……不完全合理，我认为在总体上是正确的，但需要作些细小的修正”。与此同时，他与科里又想到两种片层结构，同时还考虑为某些蛋白质提出一种他们称之为“波层”的结构。
不过，在鲍林的阿尔法螺旋这一惊人的成就面前，人们提出的种种批评的意见也就黯然无光了。尽管阿斯特贝里不断提醒鲍林，应当对5.1埃这个数据得不到证实这一点作出明确的解释，但是鲍林提出的螺旋结构都有其充分的依据，这一点也是无可辩驳的事实。使人困惑不解的Ｘ光反射现象，看来是与基本结构本身无关的某一种因素造成的。鲍林在对阿尔法螺旋进行推广时，提出了各种各样的片层结构，看来也是很有道理的。在英国，人们开始认识到，尽管鲍林在其他结构问题上前进得快了些，但他终究解决了一个大问题，也即角蛋白的收缩形式和扩张形式的问题，阿斯特贝里相信，这种物质是所有蛋白质生成的源泉。正如鲍林在那时写下的那样，“我心里非常清楚，这些发现将会迎来蛋白质研究的一个新时代。”
事实也确是如此。鲍林对蛋白质的研究使这场竞争游戏的规则发生了变化。正是鲍林始终相信氢键是十分重要的。同样也是鲍林显示了根据精确的化学定律建造模型的巨大威力——这种随机研究的方法，使受过高等教育的人有可能利用猜测最终结果的办法，来解决复杂的Ｘ射线那样的问题。仍然是鲍林坚持将结构的精确度定到百分之一埃以内，从而将这场竞争提到这样高的水平，以至任何关于蛋白质结构的一般性粗糙的想法根本就没有立足之地。从此开始，人们提出任何一种蛋白质结构，都得满足鲍林对精度的要求。另外还有一点很重要，正是鲍林彻底打破了英国人有关整数对称性的思维定势。根据这种思维定势，人们一直认为晶图应具有对称的空间结构；正是因为这种思维定势，导致布拉格和佩鲁茨迷失了前进的方向。在阿尔法螺旋结构的理论提出以后，研究生物分子的晶体学家在思想上得到了解放，他们开始用新的方式思考生物分子，寻求其非整数特性——因而可以根据自己的想法弄清楚真实的研究对象了。
这是一项了不起的成就，鲍林确信自己是当之无愧的。1951年9月，来自42个国家的18000名化学家会集在纽约市，举行世界化学大会，又称纯粹化学和应用化学代表大会——这在历史上是最大的一次化学家聚会，庆祝美国化学学会成立如周年纪念日。会议规模宏大，地点又选在曼哈顿岛的中心，因此得到了新闻媒体的大量报道。鲍林根据大会的议程作了好几次报告，其中包括一次关于蛋白质结构的重要讲演。他还协助加州理工学院新闻系整理了一份长达六页的新闻稿，其中简要地阐述了他的发现所具的重大意义。这一篇文章后来成了科学家进行公关活动的一篇杰作。文章较为详细地概括了鲍林发现的成果，着重提到了在这些发现背后有关人员作出的努力，同时还强调了这些发现对科学和医学将会产生的巨大影响。文章使用的语言都是记者能够理解的，其中不乏诸如“生命的奥秘”那样一些引人注目的用语。美国化学学会公关部工作人员急切希望媒体能最大限度地报道大会的实况。除此之外，他们心里很清楚，鲍林这个人气度不凡，又平易近人，因此也乐于给鲍林的工作提供必要的帮助。
这样，鲍林在大会上出尽了风头。整个大会期间，他所作的关于蛋白质结构的讲演吸引的听众最多。这次讲演是安排在罗斯福宾馆的大会议厅中进行的。像往常一样，他兴致勃勃地面对着将大厅挤得水泄不通的听众，侃侃而谈。听众中不少人是来自几家大报的记者，另外还有一名来自《生活》杂志的摄影师。一切都非常顺利，事事都无可挑剔——一直到快要结束时，开始进入提问和答辩的阶段，一位头发稀疏、相貌一般、身着西服的男子从后排座位上站起，声称是他第一个发现了阿尔法螺旋。这个人就是莫里斯·哈金斯。这位科学家在1943年就曾提出蛋白质具有螺旋状结构，为此他曾要大家去寻找这种螺旋。这使鲍林一时感到很尴尬，他在头脑里苦苦思考着，试图回忆起哈金斯研究所得的详细结果。然后，他终于回过神来，指出哈金斯关于螺旋形态的基本思想是正确的，但他和布拉格一样，没有认识到平面肽基的必要性和非整数类型的重要性。但是，这并没有平息哈金斯显示出来的怒气。哈金斯和鲍林的交往可以追溯到很久以前——早在20年代，他曾用有关化学键的某些早期的想法帮助过鲍林，而且也提出过氢键的想法——但是，在每一种场合，一直是鲍林出名得利，相形之下，哈金斯的业绩却再三地受到冷落，他不想让鲍林在蛋白质研究方面窃取他的思想。鲍林花了好几个星期的时间试图说服他，他的模型相对来说比较含糊，在某些重要方面甚至是错误的。
这短暂的口头交火，不但没有使在场记者对鲍林的成果产生怀疑，正好相反，他们对这些发现的重大意义留下了更为深刻的印象。第二天，《纽约时报》的大幅标题是：“化学家揭开蛋白质奥秘——战胜疾病的有力帮手——探索生命起源道路上第一座里程碑——有可能解开千古之谜。”随附的报道使用了发动总攻击令式的语言，将这一发现比拟为“攻克自然界重要堡垒的第一个重大的据点——细胞质的结构，也即生命的物质基础——这一堡垒在不久以前还一直是坚不可摧的。”消息很快地传遍了全国。两个星期以后，五百万读者在打开《生活》杂志时，看到了鲍林的巨幅照片。照片上，他笑容可掬，手指着他填补空间的阿尔法螺旋的模型，标题是“化学家解开大秘密”。他在蛋白质结构问题上取得的成就，使他进入了世界上最著名科学家的行列。
就业资格审查委员会
两个月以后，鲍林被召到就业资格审查委员会面前，他又得为自己的名誉而战了。
无论在公开的场合，还是在杜布里奇收到的一系列信件中，鲍林的政治立场都不断地受到来自右翼的攻击。杜布里奇明白，大多数保守派人士，在一些情况下还有一些非常有钱的客人，他们是学校的经济后盾。这些人不喜欢鲍林，这一情况正在使学校失去巨额的资助。在那年10月份联邦调查局的一份报告中，杜布里奇和加州理工学院的许多人对鲍林的态度是这样归纳出来的：“在加州理工学院的员工中，谁也不相信鲍林真的是共产党员，大家将他划归为有点（原文如此）爱出风头的人。许多人指出，鲍林经常想看到自己的名字在报纸上出现，这种情况已经给加州理工学院带来了许多麻烦的事。”这位特工又写道：“鲍林近来名声不佳，加州理工学院校方对此感到很不快，这在全校的一般员工中也有所反映。……（此处原文已涂没）觉得他是一位独一无二的科学家，但也开始相信，迟早有必要采取某种措施，因为这已使学校失去了可能得到的几百万美元捐款。”于是，尽管杜布里奇在公开的场合仍一如继往地保护鲍林，但在私下里却再三劝说鲍林降低一下活动的调门。
在为就业资格审查委员会听证会作准备的过程中，杜布里奇在鲍林问题上的两面性做法得到了充分的体现。鲍林曾要求杜布里奇为自己指派一名律师，但这位加州理工学院的校长拖延了很长的时间不答复，致使鲍林失去了希望。他感到最好还是雇一名自己信得过的人。此人就是本地的美国公民自由协会激进分子阿伯拉罕·林肯·威林。鲍林一家人是在第二次世界大战期间抗击日冠歇斯底里的斗争中认识威林的。从那时起，威林就在公众心目中赢得强硬异常的激进律师这一名声，他随时准备和各种各样的调查委员会对着干。在非美活动调查委员会的一次听证会上，威林因为不肯闭口而被警卫人员驾着扔出了法庭，他也因此而远近闻名了。就在鲍林案听证会举行前的星期四，杜布里奇召见鲍林，告诉他威林不能当他的辩护律师，并且为他提供了另一位人选。鲍林回答说，时间太晚了。“我将尽力代表学校和我本人，让大家满意，威林先生也会这样做，对此我抱有信心，”他这样说道。鲍林还建议杜布里奇雇一名律师在听证会上代表加州理工学院作辩护。
星期一，鲍林走进了洛杉矶联邦大厦810房间，后面跟着威林和他们两人选中的一批鲍林品行的见证人。鲍林面对着陪审团就坐。听证会刚宣布开始，鲍林就宣读了一份长达十三页的声明，全面总结了自己的生活经历和政治信仰。他向陪审团成员谈到，他的园丁是一位美籍日本人，他们两人在一起相处，使他看清了一些社会问题的实质。通过阅读报纸和对历史的研究，他逐渐形成了一套自己特有的政治见解。“我没有对任何一个政党或团体作过任何一类承诺，”他对陪审团说。“我从来就不是共产党人，现在也不是共产党人。我与共产党从来就未发生过牵连。”
鲍林说，他是一个美国人。实行典型的民主制度，维护各个国家和民族之间的和平，尊重美国宪法中规定的人权，承认最高的道德准则，这些就是他信仰的准则。接下去，他又简要地说明了自己为政治活动付出的代价。他告诉陪审团，他为此失去了伊莱·莉莉公司顾问的资格。“我目前的雇主，也就是加州理工学院，为了迫使我停止政治活动，对我施加了巨大的压力。”他在声明的末尾，用了很大的篇幅回顾了他为国家所做的大量工作。他曾赢得杜鲁门总统颁发的奖章。他对自己作为一名科学家所掌握的知识作了非常自信的评价——“我认为，就总体上来说，我所掌握的科学知识，比任何一个美国人都更为广博——数学，物理学，化学，生物学，还有地质学（矿物学），”他说道。他申诉自己是清白无辜的。“我知道，由于我的政治活动和社会交往，有人在用于鉴定的分级档案里将我列入了不可靠一类，”他对陪审团说。“我本人认为，考虑到本人的人格和品德，考虑到我对国家可能提供的服务，考虑到我的人生价值，应当把清白的名声还给我。”
在洛杉矶，就业资格审查委员会花了两天的时间，例行公事般地对鲍林进行了令人乏味的盘问，并且出示了一份常见的清单，上面列出了“可疑”团体的名称、发言稿和一些经过签署的文件。唯一逗人发笑的是，陪审团顾问竟然问了这样一个问题：“你到底是还是不是保护红木组织的成员？”鲍林禁不住朗声大笑起来。最后，在听取品行见证人的不着边际的证词后，陪审团决定12月初在华盛顿继续举行听证会。这称得上大案——鲍林是至今面对就业资格审查委员会的一个最为有名的科学家——而且他们也不急于收场。
但是，华盛顿听证会后来根本就没有举行。洛杉矶听证会结束后第二天，杜布里奇给鲍林发出了一封令人吃惊的信函。他在信中称，学校人事处已对有碍于鲍林要求恢复名誉的一次工作上的“疏忽”作出了处理。看来，鲍林之所以要接受就业资格审查委员会的听证会审查，原因就在于他的名字“因误解”而被列入要求参阅绝密级文件的科学家名单，这些科学家正在从事名为“远景工程”的一个氢弹项目的研究。原来这一切全都是误会，就业资格审查委员会对他作了错误的调查。杜布里奇嘱咐校人事处的主管写了一封“道歉信”。鲍林将这封信转交给在华盛顿的就业资格审查委员会，之后，整个案子就被取消了。
鲍林已深受其害。一方面，就像他以前受到加州教育委员会纠缠那样，他必须面对当地一批反共政客的鼓噪；另一方面，他从事国家级科学研究的资格也受到了威胁。由于失去了接触机密材料的资格，他作为加州理工学院的一名高级管理人员，有效地进行工作的能力就大打折扣了。举例来说，他不再有资格审核他手下的员工所提出的各种级别的资助申请。这种情况不但使他在学校里所处的地位发生了动摇，而且杜布里奇和其他反对他的后台老板很可能因此得出结论，应当削弱他的某些职权，甚至将他降级使用。事情已经非常清楚，鲍林的政治活动正在严重地影响到他作为创造性很强的一名科学家发挥自己的才能。
在此之前，鲍林一向在服从上级和独立思考之间，在讨人喜欢和坚持真理之间，小心翼翼地保持着平衡。就业资格审查委员会的听证会进入高潮，这种平衡状态也开始动摇。此时，他已清醒地认识到，在政治上与可疑的团体搞在一起，可能招来很多麻烦，还是小心谨慎为妙。
鲍林与爱娃·海伦进行了一次长谈，他打算后退一步了。
在杜布里奇发现人事工作出错后的几天时间里，鲍林向国家艺术、科学和专业人士委员会以及美国科学工作者协会寄去了辞职信。这两个组织当时正处于受人攻击的状态，被指摘为受到共产党的操纵。鲍林还对美国和平十字军运动说，他不能担任这一组织的官员，这是一个鲍林曾经帮助发起的团体，此时也背着受共产党指挥的罪名。几个月以后，他又退出了世界科学工作者联合会，这是以法国物理学家、共产党人弗雷德里克·约里奥一居里为首的一个国际性组织，鲍林曾经同意担任该会的副主席。他因为“太忙”，他写道，无法对他们关心的事情“给予足够的注意”。在1951年余下的岁月和1952年大部分时间里，鲍林不想作任何严格意义上属于政治范围的讲演，不希望对报界发表政治性声明，不愿意参加被认为是亲共的任何团体。他喜欢像大多数自由派人士一样，埋头苦干，等待更好的时机。
关于鲍林的听证会原本可以不开，但它毕竟收到了某些人所希望的结果。听证会过后，鲍林看清了世态的炎凉，企求关起门来过几天比较安顿的日子了。