沉默
1953年夏天，加州理工学院传开了这样的说法，就是鲍林的新大楼是用人家归还的债款建造起来的，这笔旧债还是在以前赛马时欠下的。
生物化学诺曼教会实验室是具有相当规模的研究设施。这幢大楼将鲍林的化学楼与比德尔的生物实验室联系起来了——这也是他和比德尔制订的宏大计划在房产方面的体现。建造这幢大楼的资金是由一位长期担任加州理工学院董事的有钱人在遗嘱中提供的。此人生前的爱好之一是豢养赛马。杜布里奇经常对人谈起一件往事。在30年代，有人指控教会让马服用兴奋剂以求取胜。教会向他的朋友威利肯打听，加州理工学院有没有人能对赛马进行科学的测试，以便洗清教会的名声。威利肯推荐了鲍林。根据杜布里奇的说法，鲍林想出了一种能够测定教会饲养的良种马是否服用过药物的办法，测试的结果证明这些赛马都是清白的。“诺曼教会一直没有忘记这件事，”杜布里奇说。“教会终于摆脱了麻烦，同时也算欠了威利肯和鲍林一笔人情债。”这笔债一直到二十年以后才归还，据说是总数为150万美元的遗赠，被用于建造鲍林这幢新大楼。
这是一笔数额巨大的资金，但要完全造好鲍林想要的大楼，仍然有很大的缺口。在鲍林的心目中，教会实验室象征着化学的未来，预示这门古老的学科将要驱动新型生物学未来的发展。在他的设想中，这将是一幢气势宏伟的五层大厦，一座用于基础科学研究的殿堂。它应当是全校最大的建筑。实验室有两层设立在地下，三层建筑在地面上。一排排明亮宽敞的实验室，里面装置了各种各样的现代化设备，同时为生物学研究和化学研究提供均等的服务。
它应当是一幢大建筑。鲍林实在太需要宽敞的地方了，比德尔也有同样的需要。由于战后科研资金急剧增加，加州理工学院这两个系的员工数在不到五年的时间里增加了50％。鲍林的富有创新精神的科研项目吸引了好几十名博士后研究者，每一个人都要有实验室和研究的场所。原先的盖茨实验室和克莱林实验室中绝大部分都是供他们使用的，其他专业的教职工已开始抱怨，一些不属于化学的项目，如坎贝尔的免疫学课题，已被挤得无处安身了。
因此，鲍林设计的实验室大楼，要比教会这笔遗赠足够支付的建筑大一倍——这就与校长杜布里奇的意愿相左了。杜布里奇争辩说，鲍林和比德尔应当量力而行。建造这幢大楼的外壳就用光了这一笔150万美元的资金。50年代初，鲍林开始筹集同样数目的资金，将大楼建成，还要支付室内装修和运行所需的费用。然而谈何容易，早在两年以前，他和比德尔就曾向各个财团募集建造医疗化学实验室的资金，遭到各大基金会的拒绝。在那个年代，联邦政府也不可能拨款建设重大的资金项目。
只剩下一个地方可以碰碰运气了，尽管希望也非常渺茫。在1953年初夏的一段时间里，鲍林和比德尔一起，整理出一份长达100页的书面申请，要求洛克菲勒基金会提供一笔为数150万美元的额外资助，用来支付教会实验室最后一期建设的开支和十年以上实验室的运行费用。在许多方面，这是对他们在1945年制订的宏大规划的一次重申。而且，他们现在又进一步扩充了这一计划，列入了分子生物学中15个探索领域里的合作研究项目——从蛋白质结构到病毒的特性，从酶化学到实验性植物生态学，从一般生理学到碳酸化学的会战攻关，可谓是包罗万象，雄心勃勃。这真可谓是奋力一击——鲍林从与韦弗的交谈中已经得知，洛克菲勒基金会不再考虑向这么大的科学项目提供资助——但是，鲍林仍然想碰碰运气。他刚刚在蛋白质结构方面取得成果，这不但对他本人，而且对韦弗，同样都是重要的胜利。因此，他一定要为自己的要求扫清道路。1953年7月，鲍林的要求被转达给韦弗，大家都屏息静候到底会有怎样的结果。
为了最终建成教会实验室，鲍林付出了自己的全副精力。这倒有助于他迅速地摆脱困败在沃森和克里克手下而产生的那种钻心的痛苦。
话虽这么说，这次DNA问题上的经历毕竟还是改变了他从事科学活动的轨道。其中影响最大的是，从此时开始，他失去了对求解巨分子结构的热情。虽然他仍安排了部分人员继续研究一种球状蛋白质的完整结构，更加关注蛋白质聚合成较大结构的途径，继续摆弄着胶原蛋白的一种新模型——他对同事开玩笑说，他的随机方法对每一种结构只能作出一种猜测，但在胶原蛋白的情况下，他和科里都有资格作出各自的猜测——但是这些研究项目都已进入了收尾的阶段；而且是由于惯性才继续进行的。鲍林着实有点心灰意懒了。
科研上没有重大的项目要考虑，鲍林只能在一些杂务琐事上零敲碎打地忙忙碌碌了。他正在组织一次由蛋白质专家参加的国际性会议，时间定于1953年秋季，地点在帕萨迪纳。他写了几篇综述性文章，同时还完成了对《普通化学》的修订。事实表明，该书第二版比以前编写得更出色。他还为《不列颠百科全书》的新版化学卷撰写了几个条目——从孩提时代起他就迷上了这部巨作，因此，能为这部书出力对他来说是一件深感荣幸的乐事。
在这段时间里，他在科学工作上有重要意义的唯一新成果是他关于铁磁性新理论所发表的文章。该文发表在接近年中一期的《国家科学院学报》上。磁性理论是他在俄勒冈上大学时就感兴趣的课题之一。当时，他曾花费一个暑假的时间，试图对一本陈旧的化学手册中介绍的几种元素的磁性作出自己的解释。从一种构思巧妙的基本原理出发，运用他的新理论，就能说明许多实际观测到的现象，因此，他认为这是一项重要的成果。
然而，这篇文章刊出后，似乎并未引起人们多大的注意。几个星期过去了，鲍林仍然不见有什么反应，困惑之中，他提笔给斯莱特写了一封信，问他有什么看法。在他收到的回信中，对方言辞显露出少有的直率。这一新的研究“极为粗糙”，斯莱特写道。“这与我对您撰写的许多论文的意见是一致的。我认为，这类犯了简单化毛病的理论是十分有害的，因为它们容易误导敏感性较差的读者，以为问题好像已经完全解决了，但在实际上，我认为我们在解决这个问题的道路上很难说已经开了一个头。”唉，鲍林心里想，斯莱特这个人向来就是一个数字迷，解答问题不精确到小数点后第十位，他是不会善罢甘休的，因此，他的麻烦就在于看不清大方向。
但是，斯莱特的看法是很有根据的。在此之前十年，鲍林发表了他的免疫学理论，有人曾想提出这样的批评，只是许多科学家还不敢这样做。
而如今，在公众的心目中，鲍林在DNA问题上所犯的错误已记录在案，他不再是不会出错的圣贤了。
在蛋白质和DNA问题上这一段令人激动的岁月里，埃德加·小胡佛一直在严密地监视鲍林，等待着他犯错误，以便将他作为共产党人揭开他披在身上的外衣。1953年夏季，鲍林像往常一样，经过一番周折和拖延，最终因国务院否定了露丝·希普利的意见而领到了护照，又一次踏上了去欧洲的行程。胡佛警告中央情报局、陆军和海军情报机关、原子能委员会和国务院安全办公室，说这位信口雌黄的化学家将会在世界舞台上无所顾忌地乱说。因此，在鲍林拜访居里夫人的女儿、本人也是诺贝尔物理学奖得主的伊伦·约里奥一居里的时候，他一直受到特工的监视。鲍林得知，伊伦由于受到过共产主义的教育，因而被剥夺了担任美国化学学会外籍会员的资格。鲍林为此感到很恼火，认为这是对一位伟大的法国科学家的轻视，同时也是一个令人心寒的信号，表明现在政治也要在一向被认为超越政治的科学社团中发挥某种作用了。鲍林开始对美国化学学会产生了厌恶之感，考虑是否要从这一组织中退出。
7月，鲍林在斯德哥尔摩出席了纯粹和应用化学国际代表大会。他的每一步行动都有人跟踪。在那里，胡佛认为自己抓到了一点把柄：有人报告说，一个名叫拉斯·西伦的瑞典化学教师，强烈主张建立世界统一政府，邀请鲍林和俄国的一些代表参加了在他家里举行的宴会，谁晓得他们在私下里传送了什么情报？胡佛迅速地通知了美国司法部刑事处，同时还附上了布登兹声言鲍林是美国共产党党员的陈述。他在信中建议道：“上述材料供你们参考，请考虑是不是对此人拒绝承认自己是共产党员一事提出起诉。”
经过一定的考虑，司法部认定，与俄国科学家交杯祝酒，构成不了共产党员身份的证据。由于缺乏其他证据，这位司法部长就把这一案子搁起来了。
9月，鲍林回到帕萨迪纳，开始为国际蛋白质研讨会作最后准备。这一领域的知名人士都答应参加。鲍林个人的魅力，加利福尼亚的阳光，他在过去三年里取得的显赫成就，这几个因素综合在一起，使这次会议成了令人振奋的一大喜事。
鲍林使大家确信，这次会议的开法将截然不同于英国皇家学会的那次会议，对大会发言和反驳的时间将不作限制。在帕萨迪纳举行的这次会议上，每天只报告两到三篇论文，每一报告之后的讨论时间也不作限制。鲍林论述了他的阿尔法螺旋在生物学上的意义，同时还介绍了可能会影响到球状蛋白研究的种种途径；沃森回顾了在DNA问题上作出的最新发现；佩鲁茨全面地阐述了一种颇有希望的方法，借助于这一方法，可以用Ｘ射线研究带有重原子漫射的蛋白质大分子。鲍林和爱娃·海伦陪同布拉格夫妇在黄金州①车进行了行程一千英里、为期四天的旅游，饱览了从约塞米特到大苏尔公路沿线的旖旎风光。每个人都有充裕的时间在海滨和山区尽情观光。鲍林还在自己家里举行了一次激动人心的盛大晚会，在他家的草坪上和游泳池边又一次宾客如云。
①黄金州，加利福尼亚州的别称。
这次研讨会讨论的课题涉及的范围很广。与会者谈论得最多的还是DNA的发现及其所开辟的广阔而又新颖的研究领域。早在几个月之前，英国生物学家弗雷德里克·桑格曾经宣布，他已成功地从球状蛋白胰岛素中分割出四条不同的链，并为每条链中的氨基酸确定了顺序——最终地证明了球状蛋白质是由多肽链组成的。鲍林在将近二十年以前就论述过这一点。一年以前在英国皇家学会会议上对鲍林的蛋白质理论提出的大多数疑问，都得到了大家非常满意的解答；大家还对阿尔法螺旋和片层结构的正确性和重要性达成了共识。在此之前，加州理工学院研究组在诸如胶原蛋白和肌蛋白那样的结构问题上，曾经提出过一些设想，但是遭到了英国人的反对。现在，他们主动放弃了这些设想。在这次帕萨迪纳大会上，已经听不到不怀好意的争辩，正如休斯所说，这次研讨会变成了“一次盛大的爱心联谊会”。
在加州理工学院图书馆前面的石阶上，五十名左右与会者拍摄了一张合影，它后来成为分子生物学的先驱者们留下的一帧全家福照片。那时，布拉格是这批人中唯一具有诺贝尔奖桂冠的人。但是，排在他周围的学者中，就有六七个人在接下去的十年中相继获得了各自的诺贝尔奖，他们是：德尔布吕克，比德尔，沃森和克里克，佩鲁茨和肯德鲁，当然，还有鲍林。
Ｘ射线晶体学家多萝西·霍奇金的缺席，成了飘浮在会议上空唯一的一片乌云。霍奇金也是一位未来的诺贝尔奖获得者，由于美国国务院的阻挠而未能得到进入美国的签证。她在给鲍林的信中说，她猜想，其中的原因是，她和丈夫积极地参与其活动的英国左翼政治团体太多了。
鲍林开始冲破政治上保持沉默这一自我约束。在1951年末那次就业资格审查委员会听证会以后，他退出了好几个已被列入黑名单的团体，除了一些科学活动以外，他一直回避在公众场合抛头露面。在两年时间里，他放弃了谴责冷战疯狂行为的一切机会——这种场合还是很多的。1951年12月，也就是他下定决心停止政治活动后几个星期，年轻的内科医生理查德·李普曼在阿迪斯过世以后，接替他担任了鲍林的肾科保健医生。他“情绪非常激动地”打电话给鲍林称，他和另外两名医生被洛杉矶黎巴嫩雪松医院开除了，其原因是，李普曼说道，“他们不喜欢我的政治信仰”，李普曼和鲍林不但是医患之间的关系，而且是莫逆之交。鲍林尊重他，不但在于他在肾科方面的研究——鲍林认为他是“全国最为年轻有为的科学家之一”——而且还因为，在鲍林退出国家艺术、科学和专业人士委员会的日子里，他们两人对这一团体的目标持有相同的观点。
鲍林对此事作了进一步的了解，很快就得出结论：李普曼已被列入黑名单。在一次非美活动调查委员会的听证会上，李普曼被指摘为有嫌疑的共产党人。几个星期以后，美国公共卫生服务处就停发了向李普曼提供的用于肾科研究的资助。接着，医院就炒了他的鱿鱼。鲍林很快写了一封信给医院的董事长，对医院董事会采取的行动表示“强烈的愤慨”。与此同时，他又参加了李普曼的一些病人和其他支持者举行的一次集会，准备组织抗议的活动。
要是在早先几年里，鲍林很可能会高举火把走在李普曼的支持者队伍里，用比别人更大的嗓音，滔滔不绝地诉说有关方面对一位很有抱负的年轻人施加的不公正待遇，谴责右翼政治毁掉了此人的前程。但是，这一次他一言不发。当他看到他刚刚退出的国家艺术、科学和专业人士委员会中的共产党员开始操纵这些抗议活动时，他就抽身离开了。李普曼的辩护团邀请鲍林在一次公众抗议集会上发言，他婉言谢绝了，称他自己身体不适无法出席这一次集会。
这是神经脆弱的结果，对于鲍林来说是非常痛苦的。现在，他已溶人自由派人士的大军，在沉默中企盼反共潮流的衰退，耐心等待着时机，紧闭起自己的双唇，心底里却格外同情那些受到时代伤害的人们。然而，除了表示慰问外，他不愿采取更多的行动。他曾用一些迂回的方式发泄过自己的愤懑，并且还花了一些时间筹划成立一个非赢利性的基金会，“完全致力于发现和培养杰出的青年，使之成为思想开放的庇护所”，鼓励“自强、自信，并不为传统思维所束缚”，这就是他对李普曼那样的人表示尊重而采用的方式，但是，他的做法并没有成功。
后来，他又找到了一种直达的支持方式。李普曼发现，那份黑名单已传到纽约。他在那里刚要开始一项新的工作时，就被解雇了。他又回到了加利福尼亚，带着绝望的心情来见鲍林。他征求鲍林的意见，怎样才能找到事情干。鲍林决定直接插手这件事，在加州理工学院为李普曼设置了一个职位，让他担任他的研究项目的助理之一。这是悄悄地进行安排的，没有在公众中张扬。鲍林的良心得到了安抚，李普曼的工作也有了着落。不久，鲍林又用同样的办法安排了另一位很有才华的政治难友，此人名为托马斯·佩利，具有医学学位。鲍林录用这两个人作化学研究，别的方面不说，他们够不够格总也是一个问题，因此，在化学系中，引来了愈来愈多的人背后的议论。说实在话，鲍林这样干，并不是严格地出于科学研究的考虑，他是想证明，自己虽然在政治问题上可以沉默，但他仍然是一个有正义感的人。
但是，在1952年这一年里，他在政治上的克制，并没有使他能生活得更加自在些。在他写信抨击黎巴嫩雪松医院董事长解雇李普曼的做法以后，这位董事长向杜布里奇反映了这一情况。杜布里奇将鲍林叫去训斥了一顿。鲍林为了平息杜布里奇的怒气，向他提醒道，这是他个人的行为，并非是公开的政治声明。鲍林的名字仍列在联邦调查局的治安监视名单上，洛杉矶的特工每天都要在《工人日报》上查看他的名字有没有出现。他们还通过安置在国家艺术、科学和专业人士委员会中的密探，监视鲍林在辛普曼案件中的一举一动，每隔六个月就向胡佛送一份完整的报告。1952年春天，鲍林的护照案已公之于众，一个联邦调查局密探就曾报告说，加州理工学院董事会又再次讨论了开除鲍林的问题，这一次他们考虑是否要中断合约，并且用他年工资4到5倍的金额作为校方向他支付的违约金。后来，他的护照签发下来了，这个方案也就搁置了起来。随后，快到年底时，布登兹在众议院调查慈善基金会的委员会公开指名道姓称鲍林是隐藏的共产党员——在沉寂了一年以后——鲍林的名字又在报纸的标题中出现了。
压力接踵而至。鲍林几乎已经完全中止了自己的政治活动，然而他的名誉却照样不断地受到攻击。既然是这样，再继续一声不吭又有什么意义呢？
艾森豪威尔竞选总统的活动刚结束，鲍林就在某些事情上打破了自己的沉默。他写了一封私信给即将离任的杜鲁门总统，请求他颁发行政命令宽恕罗森伯格一家人。鲍林相信，罗森伯格是在一次极其可笑的搜查原子弹间谍的行动中受到不公正指控和审判的。鲍林还在一些公开信上签名，要求废除1950年的国内安全法和史密斯法。1952年11月下旬，罗斯福新政的忠实信徒在当地的罗斯福俱乐部举行一次小型的集会，鲍林在会上发表了一篇演说，再次申述了他以前的左翼思想，要求当局采取宽容的态度，重新点燃了他埋在心底的火种。能有机会再次把心里话吐出来，他感到痛快极了。与会者中有一位家庭妇女，后来给鲍林写了一封信，使他特别受鼓舞。“您能站出来讲话，是一位真正的男子汉，请接受我崇高的敬意和诚挚的感谢，”这位妇女写道。“您在采取行动时表现出来的勇气，您在思考时显示出来的真诚——在大庭广众之中——是一件非常振奋人心的事。我相信，由您燃起的烛光必将普照到四面八方。”
在此之后，他又再次沉默了。事情很快就变得很清楚，艾森豪威尔执政初期的那些岁月，对于他那样的左派分子决非是翻身出头的日子。艾森豪威尔在反共方面似乎执意要超过杜鲁门。他任命了许多右派人士担任政府的要职，其中包括起用狂热反共的杜勒斯替代国务卿艾奇逊——此时，国务院这个部门仍然不断受到攻击，被人指摘为左翼分子同情者的一个堡垒。在艾森豪威尔的班子中，另外一个人是奥维塔·卡尔普·霍比，这个女人被任命为新的卫生、教育和福利部部长。她上任后，很快就扣发了共产党嫌疑分子亨受的联邦政府的资助。
霍比的高升给鲍林带来了直接的影响。1953年秋末的一天，他得到通知，其中没有任何详细的解释，他从美国公共卫生服务处取得的资助要停发——总数是6万美元，原本是用于对氧基聚明胶和蛋白质结构的研究。美国公共卫生服务处隶属于新设立的卫生、教育和福利部，霍比是部长。鲍林对取消资助一事百思不得其解，因而打了一个电话到该部要求提供有关的内情。
最后，他与一位持同情态度的经理取得了联系，这位经理建议他重新申请，不过得换一种方式。他对鲍林说，不要用多位作者（其中也包括鲍林）的集体名义申请大笔资助，而是用这些研究人员个人的名义将项目分割成一个个细小的课题，各自提出资助的要求。鲍林尝试了一下，一个课题借用了坎贝尔的名义，另一个课题用的是科里的名字。这两个课题马上就得到了资助——与要求相比，不但时间更长，而且提供的资金也更多。但是，鲍林在用自己的名义提出申请时，就再也没有下文了。
显然，鲍林并不是唯一上了卫生、教育和福利部黑名单的科学家。加州理工学院其他左翼学者的资助也被切断了，这就促使校方向华盛顿方面提出了警告：要是不采取某些措施，他们将起诉有关方面违反了合同。全国至少有40名科学家因为政治信仰而受到惩罚，他们从美国公共卫生服务处申请到的资助被取消；至于到底有多少人首次提出的申请被驳回，那就不得而知了。
鲍林竟然没有一下子看穿在美国公共卫生服务处采取的这些措施背后的真实原因，可见他在政治上是多么天真，他与加州理工学院校方之间的关系是多么糟糕。后来，当他将那个机构的行为讲给比德尔听时，他才真正了解到事实的真相。比德尔盯着鲍林看了很长一会儿，然后对他说，这一切当然与政治有关。“难道您还不知道发生了什么事吗？”比德尔问道。“他们就是不让您的名字出现在接受资助的名单上。”鲍林听到这话时，目瞪口呆了。他虽然对冷战的国内因素是一清二楚的，但是，堂堂的政府机关，本身的职责就是提供研究的资助，竟然也感染上了反共狂热症，这实在难以想象了。正如他后来所说：“你可以想见，我那时是多么幼稚呀！”
鲍林向美国公共卫生服务处申请的科研资助，一共拖了两年多时间，最后他终于收到了批准下发的通知——也就是在霍比辞职的那一天。
不过，鲍林仍然坚持不谈论有关政治的问题。要不要给他签发护照的事，现已演变为一二再三地上演的闹剧。他每一次提出申请，希普利都提议拒发，于是鲍林不得不再三提醒有关方面注意他动身的日期，时间一次比一次更紧急。经过接二连三的拖延，希普利的上司就会出面否定她的意见。鲍林则一面准备行装，一面耐心地等待。他的护照往往要在出发前的一两天才能拿到手。
1953年秋在帕萨迪纳开过那次有关蛋白质研究的大型研讨会以后几个星期，鲍林接到了一封邀请信，要他去以色列参加新的魏兹曼科学研究所的落成典礼。这是一次短期访问，他将在那里见到一个自己很感兴趣的新国度，并要在国王大卫宾馆举行的招待会上会见以色列总理大卫·本·古里安和他的夫人。在访问之前，他又得重复那老一套的经历了。
但是，他这次中东之行却惊动了杜勒斯的国务院。那时，已任命了一位新的负责护照安全的官员，此人名叫司各脱·麦克利德，是联邦调查局的一名特工，一名死硬派反共分子。这个人发现自己与希普利的看法完全一致。他们两个人一起开始更加严格地限制公民出游的权利。麦克利德与非美活动调查委员会、参议员麦卡锡和联邦调查局都有电话通讯的联系，因此有条件从各方面来源了解鲍林的情况。麦克利德进行了布置，在鲍林访问以色列期间，将有陆军情报人员严密监视他的活动；一直到后来有报告称，鲍林并没有说什么非常不妥的话，对他的监视才放松了一些。
鲍林在11月初回国后没几天，又一次提出了远游世界的申请。这一次，他想带爱娃·海伦一起去印度待一段时间，因为他接到了该国政府的邀请，要他出席印度科学大会，作几个星期的科学讲演，并去孟买参加一个新建实验室的落成典型。他计划于12月中旬动身。鲍林急于想看一看印度，这个国家在尼赫鲁的领导下正在成为所谓的第三世界的领导者。第三世界是由一些既不与美国也不与苏联结盟的新兴国家组成的。鲍林从尼赫鲁身上看到了一条介于共产主义和资本主义之间中间道路的希望。
至于国务院对印度也颇感兴趣，在相当大的程度上是出于同样的原因，不过看问题的态度就不那么积极了。根据政府的分析，印度正在向左转，脱离了西方的轨道。在这样的形势下，让鲍林这类持不同政见者到那里去访问，给美国抹黑，特别是考虑到他即将参加的会议另外还有六七名俄国科学家当主角，那就更不是一件好事了。因此，希普利提议拒发鲍林的护照，就得从新的角度加以认识了。
一直到12月初，鲍林还没有听到关于护照的任何音讯，他请求国家科学院院长戴特列夫·布隆克帮助。布隆克担心，要是政府再次拒发鲍林的护照，就会给全世界科学界带来不良的印象。于是，他与希普利会了一次面，进行了一次冷冰冰的交谈。希普利告诉他，印度是一个“敏感的地方”，对鲍林这次访问作出的任何决定，都要考虑到其他一些部门的意见，比方说，安全部门首脑麦克利德就是其中的一位。她说不清楚到底何时才能作出最后的决定。布隆克将这一消息电告鲍林时，提醒他注意，麦克利德是麦卡锡手下的一名干将。在布隆克的电话之后几个小时，国务院的一位官员就打电话告诉鲍林说，在他预定出发的日期之前，不会有任何决定。
鲍林感到非常愤怒，他直接给希普利挂了电话。他强压怒火，向她解释说，这次旅行纯粹是为了科学和观光，他绝对不会发表政治演说。作为回答，希普利反问道：建议赦免犯有原子弹间谍罪的人，他当作怎样的解释？鲍林对她讲，要是扣着他的护照不发，在公众中将会产生不良的后果。她告诉他，此事的决定权在上面的人手里。
这就超过惯常那种拖延的范围了。鲍林怎么也不敢想象，希普利的办公室会重犯1952年所犯的同样的错误，他们就不怕冒犯了世界科学界，竟然执迷不悟地剥夺他出外旅行的权利。况且，他一直约束着自己，切断了与共产党有关的组织的联系，放弃了进行政治演说的机会。不管怎么说，他的护照不应当遭到拒发的命运。
他和爱娃取消了安排在前面的几次约会，重新安排了动身的日期。他们打算迟一周出发，也就是23日。鲍林致函杜勒斯，主动提出到华盛顿走一趟，在圣诞节前的一个星期中找一个时间与他谈一次。结果无回音。他又一次写信，同时还调整了自己将要搭乘的航班。在信中他提到，他将在出发的那一天上午9点钟前往纽约护照办事处。同样，他也没有收到回信。
12月21日，鲍林乘飞机到达纽约，随身带着出外旅行3个月的行李。第二天上午，鲍林来到纽约护照办事处。他既没有领到护照，也没有得到解释。他怒气冲冲地回到了下榻的旅馆，拨通了杜勒斯办公室的电话。有人对他说，国务卿不能与他在电话里讲话。跟他谈话的是国务院科学顾问。他告诉鲍林，有关他的护照已作出最后的决定，至于具体的内容，他不能说。
那天下午晚些时候，也就是鲍林原定乘坐的航班起飞后两小时，国务院的一名代表打电话告诉他，已决定拒发他的护照。此人还对他说，对这一决定，他可以向护照申诉委员会提出书面的上诉。
鲍林已无意这样做。他与自己的律师商讨了一次——律师告诉他，29日将安排有国务院官员参加的一次听证会——鲍林和爱娃又乘飞机到了华盛顿。他曾设法与希普利会面，但没有成功。于是，他在海一阿达姆斯宾馆与爱娃·海伦一起过了一个没有欢乐的圣诞节。接下来就等待即将举行的听证会。
与此同时，他请求布什和康普顿做他的担保人。这两个人都给国务卿写了信，向杜勒斯保证，鲍林是清白忠诚的，尽管“若干年以前他曾深深卷入过一些政治活动”。终于等到了举行听证会的那一天，鲍林和爱娃到了场，预期最后能与希普利作一次面谈。但是，他俩被领到了一个房间，只见希普利手下的一个人坐在一张桌子旁，桌子上堆着一大叠文件。这个人“每隔一会就翻一下这些材料，接着就问一个问题，”鲍林回忆道。他询问了鲍林参加共产党外围团体的情况；鲍林解释说，他已经从这些团体中退出。他又向鲍林打听罗森伯格一家人的情况，鲍林解释说，他只是关心这家人受审的方式，并不是支持共产党人的事业。鲍林还被问到，他曾寄过10美元钱给一个因为是共产党员而被解雇的学者，帮助他筹集出庭辩护的资金，到底有没有这回事；鲍林回答说，他也曾寄过类似数目的钱款，帮助过铁幕后面的知识界难民。他又再次被问到，他是否参加过拯救红木团；鲍林根本就不相信竟然会提出这样的问题。
第二天，针对国务院关心的每一个问题，他和律师合作起草了一份宣誓书。12月31日，他被告知说，还有许多其他方面的事可以推溯到很多年以前，他必须用书面的形式详细地将自己过去在政治上所有的情况讲清楚。
鲍林说，在这么短的时间内，他无法做到这一点；要他作如此全面的回顾，他一点思想准备都没有。他的所有档案和资料全在帕萨迪纳。此时，他已经没有办法给有关方面在印度为他作出的安排作出及时的回复。
他和爱娃·海伦撤回了申领护照的要求，接着就乘飞机回家了。
“真是活受罪，”鲍林后来回忆道。整个事件花费了他们整整两周的时间，来回折腾一共用去了两千美元。
不过，这一次，国际上并没有什么强烈的反响。鲍林对自己遭遇的麻烦，一声都未吭。他避开了新闻媒体，只是发了几封信给一些有影响的人，表示了自己的抗议。其中有前最高法院的法官欧文·罗伯茨，此时他担任了美国哲学学会的主席。“我认为，国务院的行动有可能是麦卡锡惧怕的结果，”鲍林在1月份给罗伯茨的信中这样说，“不过，可能性更大的也许只是希普利夫人本人感到很恼火，因为在1952年春天国务卿曾采取行动否定了她在我的护照问题上作出的决定。”
他打算循规蹈矩照章程办事。他将自己收到的邀请信按时间的顺序排列好，计划在1954年底左右的一段时间里到日本、希腊和泰国作学术报告，并且以此为策略，再作一次申领护照的努力。不过，这一次申请的时间得大大提前，并且要附上手头备有的全部证明和材料。他将不声不响地做这件事，尽量避免发生争议的情况。他希望让杜布里奇和其他校董们放心。
不去摇撼这条船，这是很有道理的。几乎让每个人都非常吃惊的是，洛克菲勒基金会批准了鲍林和比德尔要求资助150万美元的申请，从而为最终建成教会实验室扫清了道路。这是鲍林得到过的最大一笔资助，也是对他在加州理工学院始终享有的巨大威望的肯定。这原本是一件天大的喜事，但不知是什么原因，并没有出现欣喜若狂的场面。在新大楼里到底要干什么事，鲍林心里仍然没有底。1月和2月，他本来打算到世界上一些地方去走走，现在则忙于寻找分子手段来对付疾病的新方法，从而将令人失望的胶原蛋白问题抛到了一旁。他对新大楼所需的设备作了一些具体的安排。他还查阅了一些有关大脑化学功能的资料，这一广阔的研究领域也许比较容易出成果。他在第125届美国化学学会全国代表大会上，主持了有关血红蛋白的科学研讨会。第二天会上，前总统杜鲁门是主题发言人，他受鲍林的启发，说了这样一句语意双关的俏皮话：要是鲍林坚持研究的是白血球，而不是红血球，也许他今天的日子就会好过一些了。这一玩笑赢得听众的一片掌声，鲍林也咯咯地笑了起来。不过，这一个例子说明，远离政治并没有给鲍林带来多少好处。在两年多的时间里，他主动放弃了作为一个公民讲话的权利，但是，给他的资助仍然被取消，旅行的权利照样被剥夺；他仍然充当了被人取笑的角色。
他对沉默已感到厌倦。1954年春天，他又感到不得不再次大声疾呼了。
导火线是扔下的另一枚炸弹。3月1日，美国爆炸了一个装置，将太平洋上一个名叫比基尼·阿托尔的小岛夷成了平地，其威力几乎震惊了每一个人。
试验的当天，离美国观察家一无所知的爆炸现场叨英里处，在一艘名为“好运龙号”的日本渔船上，渔民们突然看到天空出现耀眼的亮光。几个小时以后，空中笼罩着灰蒙蒙的烟雾，亮晶晶的白色尘埃开始落下，船上和船员身上都覆盖了一层难以除去的灰烬。两个星期以后，渔船返港时，船员们一个个都感到恶心和发烧，牙床出血，皮肤发黑并伴有灼伤的迹象，头发一撂一撂地往下掉——这是典型的受到放射性毒害的症状。日本当局迅速将病得最重的船员送进了医院，同时还扣下了他们捕到的鱼虾，但是，对放射性的恐惧还是迅速地在整个日本列岛传了开来。对于前些年在广岛和长崎发生的事件，日本人记忆犹新，他们要求当局用盖革计数器检验这些鱼虾。学生们走上街头，掀起了抗议美国的游行和示威。
接着又传来了更加令人头痛的消息。日本医生和科学家向全世界宣布，美国这次炸弹试验产生的放射性尘埃和微粒，由于爆炸而污染了高层大气，并伴随着高空的气流吹到了地球的四面八方。这种尘埃可以坠落到任何地方，人们尚难预料将会产生怎样的影响。从此，新闻媒体的用语中又增加了一个新词：放射性尘埃。
日本人的报告在美国的媒体上慢慢传开了。人们很快就明白，比基尼岛这次爆炸的炸弹，其威力比以前试验过的任何炸弹威力都要大得多。公众开始要求了解更加详细的情况。3月24日，艾森豪威尔总统在记者招待会上讲了话，然而一点也没有减轻人们的担心和疑虑。艾森豪威尔说：“很明显，这一次当然发生了一些我们以前从来没有碰到过的情况，因此科学家们感到震惊也就理所当然了。”
此事当然也震惊了鲍林。他从强迫自己保持沉默的精神约束下惊醒起来了。日本人测得，伴随爆炸产生的放射性物质，数量巨大，种类繁多，这就表明，这不是一枚简单的氢弹，而是一项新式的武器，危害性比氢弹还要大得多。4月15日，鲍林作了两年半时间里第一次关于核弹政策的演说，地点是在洛杉矶唯一神教派的教堂，听众有一千人左右。他全面回顾了新型炸弹给人们带来的恐惧，批评了为了增大武器威力而采取的轻率做法，认为这次在比基尼岛试验的“超级炸弹”就是典型的例子。他强调指出，许多国家正在毫无节制地竟相研制杀伤力巨大的武器，人们应当再次奋起投身于争取和平和裁军的事业。在广岛事件后，原子科学家紧急委员会曾经发出呼吁——认为有必要成立世界统一的政府，必须与共产党国家进行对话——鲍林演讲的许多内容就是围绕这几个主题展开的。但是，由于比基尼岛爆炸释放出来的放射性非常严重，因此，在他的演说中对问题的紧迫性又有了一层新的认识。
鲍林在讲话中首先向听众致意，然后，话锋一转，触及到与此有关的另一课题。新近，有人攻击上了黑名单的奥本海默，不准他接触保密资料，并让他到一个安全委员会接受审查。这是一个典型案例，它威胁到美国式自由。看来，一方面，还是老调重弹——与共产党有牵连。对于这一指控，联邦调查局曾在1947年作过调查，鲍林当时已为奥本海默的忠诚作过担保。另一方面，这次又有了新的罪名：奥本海默曾阻挠氢弹的研制工作，说他曾经建议在这个问题上实行慎重缓行的政策。奥本海默曾经在一个名为曼哈顿计划的研究项目中出色地工作，被人视为英雄。就是这样一位德高望重的科学家，竟被剥夺了参阅保密资料的资格。在1954年初的几个月里，这一新闻经常成为全国性报纸的标题。
鲍林对奥本海默一案极为反感。在此之前八年，他曾公开反对提名奥本海默进入原子能委员会理事会——用鲍林的话来说，就是在他的印象中，奥本海默是一个不可靠的人。他还认为这与奥本海默的“个人品质”有关——但是，此时他对这位从前的朋友所处境遇却深表同情。认识奥本海默的人都相信他是一个左派。50年代初，联邦调查局整理了一份档案材料，放在档案架上厚达十英尺。这些材料详细地记载了奥本海默对共产党人的同情、交往和友好情感。虽然其中决无他充当间谍之嫌疑，但有证据表明，他在不同场合曾经隐瞒事实真相或当面撒谎，将自己打扮成一个遵纪守法的人，而不是像调查他的人所说的那样，是一个“心胸不够坦荡的人”。要是奥本海默是一个普通的平民百姓，或者是一位科学家手下的无名小卒，他可能早在几年以前就被逐出门外，不让他参与机密工作了。然而，他是一位大名鼎鼎的科学家，对国家的重大项目来说是一个举足轻重的人物，自然不可等闲视之。因此，尽管他表现欠佳，多年来仍一直有资格查阅任何级别的机密资料——但是，艾森豪威尔上台以后，情况发生了变化。
在这种情况下竟然公开羞辱奥本海默，似乎是荒唐可笑的。在鲍林看来，这完全是出乎政治上的需要。奥本海默已被看作为研制更多威力更大的炸弹的一个障碍。奥本海默为自己作了辩解，整个事件也就演变为一场全国性的争论。鲍林和几十名科学家一起，纷纷挺身而出，为奥本海默辩护。鲍林在政治上又开始大声疾呼，他写了一篇慷慨激昂的短文，刊载在1954年五一节的《国家报》上。“将罗伯特·奥本海默博士视作安全的危险而禁止他参与机密工作……实属美国政府的一次很不光彩的行动，”他这样写道。“任何一位头脑正常的人，只要考察一下实际情况，就一定能得出结论：奥本海默是一位忠诚而又爱国的美国人。原子能委员会的达官贵人也一定能得到这一结论，艾森豪威尔总统本人也不应例外。照此看来，我们不得不认为，政府最近采取的这次行动是政治谋划的结果——奥本海默博士则成了为政治所抛弃的牺牲品。”接下去，鲍林敦促美国领导一场有多方面参加的科学和政治探索，寻求“一种实际可行的方案来替代原子能野蛮时代的疯狂行为。”
那个月晚些时候，奥本海默最终还是被剥夺了参与机密工作的资格。
对科学家来说，此案是杀鸡儆猴，警告他们要安分守己。然而鲍林可不买这个账。“两年来，在政治行动方面，我一直严格克制自己，”他在给一位朋友的信中这样写道，这位朋友曾赞扬他在《国家报》上发表的那篇文章。“我算是看透了！将话憋在心里不说，不但是错误的，而且也不值得。”
鲍林又回到了政治的漩涡中。新的“超级炸弹”以及伴随产生的放射性尘埃，成了他一系列演说的首要话题；与此密切有关的另一中心议题就是奥本海默一案及其对科学自由的影响。6月，鲍林的女儿在俄勒冈里德学院毕业，鲍林在该院举行的毕业典礼上发表演说，严厉抨击华盛顿在奥本海默案中“无法正常思考”。鲍林对与会的毕业生及其家长说，“你们必须永远追求真理。客观真理不会屈从于主观认识。你的邻居与你的看法相左，你得服从真理；一个国家发表了某一声明，另一个国家却一声不吭，你同样也得追求真理。”
在放射性尘埃问题上，全国范围内的争论日趋激烈，追求真理的任务似乎也愈益艰难。原子能委员会在其新任主席刘易斯·斯特劳斯的领导下，执意压下了有关资料，不肯向外界透露放射性尘埃的污染程度和有害后果，意欲表明核弹试验计划至关重要而又非常安全。因此，问题更加扑朔迷离，以致在1954年春夏两季这段相当长的时间里，几乎谁也讲不清楚放射性尘埃到底会产生怎样的影响。在无过硬证据的情况下，种种猜测应运而生，人们议论纷纷。鲍林像往常一样，开始广泛涉猎能够找到的有关资料并作综合分析。放射性尘埃产生的影响逐渐在他的头脑中形成一幅骇人听闻的图景。在自然界原本存在以及在医疗过程中产牛的放射源——包括地球上的放射性元素、Ｘ射线和宇宙射线——是放射性现象的“基底”。与此相比，核弹试验以散落尘埃的形式所造成的放射性污染只是其中的一小部分。但是，放射性会损坏DNA，受到放射性照射的总量的微量增加就足以造成这一后果。根据鲍林的计算，放射性增加的微小剂量决不能轻易忽视，因为它可能增大人体细胞的变异速率。他开始发表演说，撰写文章，论述放射性尘埃与细胞变异之间的关系，并且更加勤奋地钻研小剂量放射可能造成的影响，特别是对基因造成的影响。