话说混沌之中从不记年，生灵皆了无生趣，于是有一大法之人名曰“鸿钧道人”，办了一所“混元道果大学”，号召所有人等前来学习，其杰出弟子有盘古，女娲，东皇。。。。等人。
一日，鸿钧忽觉十分疲惫，就对诸弟子传下法旨：“念尔皆等尽心修持，吾心大慰，然生灵无数，吾欲遍教之而不得也，汝等可写证道混元论文一篇，通过者吾将许其即刻毕业，留校任教。”众弟子皆曰：“大善”。
课毕，女娲说盘古曰：“吾等弟子成就最高者，非师兄莫属，师兄何不即刻发表论文，成就混元道果，也为师弟师妹们积累证道经验，福泽后进？”盘古思之，曰：“大善”。
盘古私下静思之：“混沌之中，无远无近，无生无灭，无净无垢，吾何不开天匹地，创一全新世界，并写下论文以为毕业之用？”盘古遂用毕生所学，开天辟地，然由于耗费心力过大，在鸿钧正欲通过其论文并正式任命其为“混元道果第一讲师”的时候身损。众人皆叹息。。。。。。。。
盘古身损，身后留下十三子二女，鸿钧有感于盘古开天辟地以供混元道果大学作校园之大功，邃特召十五人免费进入混元道果大学攻读硕士学位。
老子，元始，通天三人欣然接受，然其余十二人聚曰：“吾父开天辟地，吾等已尽得父之力量真谛，吾等将自立一所“巫门大学”，以教生灵。”鸿钧默然。。。
女娲寻思：“师兄开天辟地功莫大焉，然而身损，吾何不以师兄体型为模，造人以扬师兄只大德？”女娲遂造人并纂写论文一篇，示于鸿钧，鸿钧曰：“大善，汝可为“混元大学第二讲师””。女娲大喜而退。
老子，元始，通天聚而曰：“吾父开天辟地，精义尽为我等所得，吾等何不以此为基，综合吾等听讲之心得，各撰论文一篇，以证混元？”三人遂文，鸿钧视之，曰：“大善，尔等不输乃父矣！”遂开混元道果大学之“道学院”，老子为“道学院院长”兼“人教系系主任”，元始为“阐教系系主任”，通天为“截教系系主任”。
南无阿弥陀佛闻之，思曰：“女娲，老子等人非老师之得意门生即后台强硬之人，平日上课坐于最前，尽得老师之精义，自可毕业成就混元，如我等在后面者听的不甚真切，证道又岂是难了二三分？吾何不撰一文，载声传之法，使听讲之生灵，无论远近，皆可得其精义？”遂文之，然后上传于鸿钧。鸿钧大喜，曰：“尔言深合我意！特赐汝为“佛学院院长一职””。南无阿弥陀佛亦大喜。。
与南无阿弥陀佛一同听讲之准提道人思之：“吾亦如南无阿弥陀佛一般，于边缘听讲，本就未得混元精义，且吾常常旷课，怎生才能毕业？”遂求教于南无阿弥陀佛。南无阿弥陀佛看在同学份上，告知准提佛之一部精义，准提复问道于老子、元始、通天等人，得道之一部精义，遂撰《论佛道异同及共处问题》一文上交于鸿钧，鸿钧曰：“汝有此成就，亦为不易，特赐汝为“佛学院第一讲师”一职，与南无阿弥陀佛共掌佛学院。”准提亦大喜。
鸿钧一日思曰：“如今学院老师亦多矣，吾可放心归隐。”遂辞去混元道果大学校长一职，归隐于紫霄宫。
鸿钧归隐后，女娲因自己仅为讲师一职忿忿不平，遂与东皇二人共组“妖学院”。东皇为院长，女娲为书记。。
巫门大学学费低廉，很是吸引了一批人，势力已接近混元道果大学，而妖学院则因女娲东皇人缘不错，妖学院渐为混元道果大学第一学院。因老子三兄弟向来与另外十二兄弟姐妹不合，遂与南无阿弥陀佛遂秘密商议，挑起妖学院与巫门大学之争，结果二者元气大伤，东皇与十二兄弟身亡，学生大多身死，或者投入道学院。而通天由于讲课清楚，对学生很是关心，遂成道学院第一大系。
老子、元始遂愤愤不平，思曰：“吾等三人，学识皆为一等，何以通天便如此势大？”于是召通天曰：“现今道学院骤然扩大，良莠不齐，吾等何不共议处罚开除一部分学生，以纠正学风？”通天不察猫腻，曰：“善”。
三人遂草拟《混元道果开除及留校察看名单》，上单者大多为截教系优秀学生，通天不忿，奋起抗争。然老子、元始勾结佛学院，对截教系联合打击，使截教系学生不是被开除，就是留校察看，而绝大部分却因为南无阿弥陀佛蛊惑，投入佛学院。佛学院遂势力大张，道学院处于弱势。
话说在学校外有一户人家，有一子曰周青，其子聪慧无比又善谋略，然家穷付不起学费，经常便受混元道果大学预备班之人嘲笑，欺凌，心中遂怀怨念。而准提有一友曰红云，为报答红云帮助之恩，准提送红云超级无敌防御法宝混沌钟一口，以助红云毕业证道之用，红云不知，将钟送与周青。
周青居然机缘巧合，得知混沌钟之妙用，遂杀入混元道果预备班，抢光蜀山、天师、昆仑、密宗。。。。。等小组之听课笔记，潜心学习终于考进混元道果大学，但却与佛学院、人教系、阐教系结下恩怨（蜀山、天师、昆仑、密宗。。。乃佛、道学院高层子弟特别辅导班），而通天却大力支持周青，并收周青入截教系旁听，虽然旁听却尽授精义。
周青聪慧，短时间便融会贯通，欲写一篇论文，通天曰：“汝学识虽渊博，却因得罪了佛教系二位老大，对汝论文不加推荐，吾且将吾父之听课实践笔记传于你，你再去人教系、阐教系想法的吾父另外份听课笔记拿来，融汇贯通，吾再亲自为你署名，日后你成就必在我等之上！”周青大喜，遂行。
老子、元始知之，遂思：“上次讨伐截教系，吾等皆没好处，反让佛学院坐大，况通天乃我等骨肉兄弟，便给他一个面子，日后兄弟也好说话。”遂将其笔记借于周青，并表示将在周青论文后署名推荐。。
周青经过一番学习，加以自见，终于以混元道果大学自创办以来最段的时间成功毕业，并在通天鼎力支持下，创办一学院，号曰““天道教学院”。