1983年，马拉加尔在巴塞罗那商会邀请各大企业家和社会名流聚会。他向来宾们回忆起1888和1929年举办博览会为巴塞罗那城市建设带来的突飞猛进的发展，谈到了巴塞罗那人举办奥运会的宿愿。而且投商人所好，透露说举办一届奥运会一般至少可净挣2亿美元。他时而慷慨陈词，时而娓娓而谈，可以说声情并茂，最后几乎是声泪俱下，在场的人无不为之动容，当场就捐赠了5千万比塞塔。
然而5千万比塞塔对于申办奥运会来说，无异于杯水车薪，离需要的数目相距甚远。马拉加尔又委托西班牙奥委会主席费雷尔·萨拉特和大企业家莱奥波尔多·巴德斯建立了“巴塞罗那92奥运企业联合会”，作为长期接纳捐款的机构。费雷尔·萨拉特和莱奥波尔多·巴德斯俩人精明强干，交际广，在巴塞罗那有一定影响。据后来统计，整个申办共耗资16．74亿比塞塔，其中大约一半来源于巴塞罗那市政府，另一半就是由巴塞罗那92奥运企业联合会提供的。
为申办所筹集的资金最后还有1．23亿的余款，加上约1千万比塞塔的利息。为了让人们永远记住这次伟大的行动，马拉加尔决定将一部分余款捐赠给洛桑奥林匹克纪念馆，另一部分准备用于在巴塞罗那建立一座申办1992奥运会纪念碑。
萨拉特和巴德斯同时还担负起公关宣传的任务。为此他们组织了一个包括外交官、公关官员和西班牙奥委会领导人之一维基·伊瓦拉小姐在内的公关委员会。伊瓦拉小姐的父亲佩德罗·伊瓦拉荣任国际奥委会委员33年，1985年转为荣誉委员。他同国际奥委会其他成员很熟，这次也鼎力相助。
全体人员齐心协力，积极活动。短短一年半的时间里，他们利用每次召开会议、举行体育比赛或表演的机会接触国际奥委会成员，平均每位国际奥委会成员与这个公关委员会成员有过7次接触。共有72位国际奥委会成员访问过巴塞罗那，仅巴德斯一人就曾在自己的家里宴请国际奥委会委员69次。公关委员会成员一共跑了56个国家，有时甚至在国际奥委会成员家里拜访，真可谓把工作做到了家。整个活动费用高达3亿至3．5亿比塞塔。
成功的诀窍不在费用高，而在安排巧。每次宴请前，主人都详细了解客人的职业和习惯。如果客人是银行家，就邀请当地的银行家做陪；如果客人是政治家，就有外交家在场；如果客人来自社会主义国家，礼品一般是红色的，而且席间少谈政治，以免因观点不同而产生不快；最主要的是席间不谈论巴塞罗那，以免客人有“吃人家嘴短”之虑。
为了使客人能够对巴塞罗那留下深刻印象，公关委员会还专门配备了直升飞机。每次客人造访，都安排他们乘坐飞机鸟瞰巴塞罗那。这样巴城城建布局的合理性就可以一览无遗，飞尘也不至染脏客人洁白的衬衣和铮亮的皮鞋。
所有的客人都会受到市长接见，而且客人有求，市长必应。有位委员询问自己当医生的儿子可否在巴塞罗那实习，没问题；尼日利亚将军尼德费佩嗜好收集种子，于是他得到了巴塞罗那所有各种珍奇的种子；巴基斯坦的瓦吉赫·阿里家产百万，他只是认为如果不受到国王的接见就是对他的不尊重，皇室立刻满足了他的要求。客人们乘兴而来，满意而归。对巴塞罗那留下了美好的印象。
但是有一点马拉加尔注意到了，即不过多地给萨马兰奇添麻烦。萨马兰奇也从未对国际奥委会其他成员谈论巴塞罗那，并且公开表示不参加投票，以保证投票的公正性。
萨拉特不孚众望，集资和公关宣传都成绩斐然。西班牙首相冈萨雷斯、马拉加尔和萨马兰奇都对他的表现十分满意。正值佩德罗·伊瓦拉转为国际奥委会荣誉会员之际，实际上就是从国际奥委会退休，萨拉特被增选为国际奥委会成员。
1985年6月，国际奥委会第90届全体委员大会在柏林举行。虽然第25届奥运会主办城市的确定在1986年10月瑞士洛桑第91届大会上讨论决定，申办的6个城市中，除了印度新德里外，巴黎、阿姆斯特丹、希里斯班、贝尔格莱德和巴塞罗那都派出了以市长为首的代表团，他们将在国际奥委会最后投票决定第二十五届奥运会的主办城市前，像运动员一样展开最后的角逐。
所有的代表团都同国际奥委会成员们一起住在柏林最豪华、消费水平最高的皇宫饭店里。他们在柏林中心举办展览会，向国际奥委会成员宣传自己城市的有利条件，轮流为委员们洗尘饯行。
各代表团都对自己的经费预算守口如瓶，唯有马拉加尔一副财大气粗的样子，公开向记者宣布，巴塞罗那的竞选经费高达1千万美元，令记者咋舌。
此后不久，马拉加尔又宣布向每位国际奥委会成员赠送一幅西班牙画家复制的版画《掷铁饼者》。《掷铁饼者》原是古希腊艺术家米开朗其罗为奥林匹克竞技会制作的雕塑。马拉加尔借用这件展现古代竞技者健壮体魄和搏击雄姿的艺术珍品，寓含了巴塞罗那争办奥运会的决心和信心。
赠送仪式分别在各委员所在国举行。刚刚当选执委不久的何振梁自然在受馈之列。对于此次活动，西班牙驻华使馆一反以往的矜持，主动邀请了北京几家主要新闻单位的记者。文化处号称中国通的伊玛小姐更是跑前跑后，为大使翻译，为记者讲解，忙得不亦乐乎。仪式结束后，西班牙大使又宴请了何振梁。
1986年10月17日在大多数人的心目中也许只是一个普通的日子，但是萨马兰奇、马拉加尔以及无数巴塞罗那人不会忘记它。这一天，在洛桑国际奥委会第91次全体委员大会上，萨马兰奇郑重宣布：第25届奥运会将于1992年7月在巴塞罗那举行。
消息传来，国王胡安·卡洛斯一世立即召见马拉加尔，亲自向他表示祝贺。后来，西班牙政府成立了奥运会政府代表委员会，以集中力量帮助巴塞罗那搞好奥运会筹建工作。
为了筹办工作的顺利进行，马拉加尔亲自担任了奥运会组委会主席，他切实感到，一副更重的担子已经压在了他的肩上。他已经没有时间顾及其它，筹办工作千头万绪，很多事情不得不由他亲自过问，必须把几乎全部精力都投放在这件事上。也许这就是他担任市长期间所做的唯一的大事，但它却很伟大。至于成功与否，只能任世人去评说。
马拉加尔是这次筹办的总指挥，他用5个月的时间筹建了组委会。而萨马兰奇作为国际奥委会主席，则希望在他任期内举办的奥运会一届比一届好；作为巴塞罗那的故乡人，他对这次奥运会更是寄予了一种特别的期望。他希望这届奥运会能够成为奥运历史上的一座丰碑，这将是巴塞罗那名垂青史的荣誉。所以萨马兰奇通过萨拉特和罗德斯给予巴塞罗那奥运会以特别的关心。
作为奥运会主办国，必须有一个能够容纳80000人的主会场供奥运会开幕式和闭幕式之用。萨马兰奇建议马拉加尔新建一个体育场从某种程度上讲，这个体育场也将是第25届奥运会的纪念物。
但是马拉加尔另有考虑。如果条件允许，能够建设一个新的大型体育场固然是件好事，但是筹办奥运会资金、时间和人力都很有限。建设一个大型体育场，将牵涉大量的人力物力，弄不好，会影响整个奥运会基本建设。马拉加尔决定将现有的蒙锥克山体育场加以扩建作为此届奥运会的主会场。
萨马兰奇对此表示异议，蒙锥克山体育场是1929年为举行巴塞罗那国际博览会而修建的，至今已半个多世纪。虽然1936年曾进行过翻修，但毕竟已年代太久，况且当初的设计容量仅为35000人，离80000人的要求相距甚远。
马拉加尔召集以奥里奥尔·博伊加斯为首的工程设计人员进行研究，寻找一个切实可行的解决办法。最后决定将原有的观众看台彻底拆除，仅保持体育场的四壁，同时把原有的中央场向下挖11米，重新安排观众席的座位，缩小座位之间的距离。这样作的结果是，虽然比赛场地小了些，跑道短了些，但观众的容纳量却增加了，由原来的35000人增加至65000人。
这座体育场1989年曾用来举行第5届世界杯田径赛。不巧在举行开幕式时，倾盆大雨从天而降，主席台顶面严重漏雨，宾客哗然。虽然这是个意外事件，但却暴露了建设工程的质量问题。
萨马兰奇本来就对将蒙锥克山体育场作为主会场感到不满意，这次漏雨事件使他疑虑更增。
萨马兰奇再次要求修建一个体育场，可马拉加尔表示心有余而力不足，况且时间显然已经不允许再对主会场做什么新的打算。
萨马兰奇不禁忿然。不久，他在视察巴塞罗那奥运会基建工程时，公开对记者表示了他的不满，新闻界为之震动，纷纷对萨马兰奇的态度予以披露。
但是马拉加尔已经无暇顾及主会场的问题了，他还得考虑奥运村的选址问题。从地理角度讲，奥运村建立在普埃夫洛·努埃沃区最合适。普埃夫洛·努埃沃区濒临地中海，离海边只有2公里，同时距离市中心也只有2公里，交通方便，空气宜人。
从城建角度讲，这里原是老工业区，大部分是小型纺织业工厂，西班牙近代工业的第一座纺织工厂就建在那里。这个区的厂房陈旧，烟囱林立，空气混浊，是巴塞罗那一个亟待改建的地区。
早在70年代，巴塞罗那就掀起了改变城市面貌的热潮。前市长纳西斯·塞拉上任不久就明确表示：“我有一个想法，就是我们必须像补袜子一样改造我们这座城市。”
塞拉的想法使大部分纷乱的工厂和破旧的住房一个区一个区地得到了改造，而普埃夫洛·努埃沃区和其它几个为数不多的老区一样，仍然在那里影响市容，污染空气。马拉加尔有意将奥运会基本建设同城市规划改造结合起来，把工业区迁至远离城市的自由贸易区内，而在原工业区的土地上建立奥运村。奥运村的建立不仅将改变这个区的面貌，而且在很大程度上改善这个地区居民的生活水平。
但是这个计划立即遭到了普拉特城建公司的反对。普埃夫洛·努埃沃区位于普拉特大区内，如果奥运村建立在普埃夫洛·努埃沃区内，普拉特地区的整个建设规划就会受到影响。
普拉特城建公司成立于1966年1月7日，注册资金有1亿比塞塔，其中萨马兰奇投入270万。到1989年，其注册资金已达14亿7千万比塞塔。该公司雄心不减，决定按照自己的计划包揽普拉特地区所有楼房、服务配套设施、官方组织和事业机构的全部建筑业务，并且还要承担在普拉特建设宾馆、餐厅、酒吧、咖啡厅、游泳场等建设工程。1990年，该公司注册资金已达100亿比塞塔，萨马兰奇拥有其中3千万比塞塔的股份。
早在1972年，萨马兰奇就宣布“普拉特是巴塞罗那的度假海滩”，并且向新闻界透露了他要将普拉特地区建成“度假区”的打算。
普拉特地区的确适合用于建立一个“度假区”，其中有个面积约75公顷的略夫雷加特三角洲，用于开展游艇活动颇为适宜。但是三角洲大部分为沼泽地带，普拉特公司为此抽干了一个湖的水，填上土，造出一块约十几公顷的卡拉戈戈高级野营地。
普拉特城建公司的下一步计划就是在普埃夫洛·努埃沃区建立一个度假村，将整个普拉特地区变成一个名副其实的“度假区”。
但是普拉特公司的计划提交巴塞罗那市政府后，在市政府内部引起了争论，一直到1976年，市政府通过了《城市建设总体规划》之后，这个计划才得到批准。于是普拉特公司着手全面实施自己的计划。
纳西斯·塞拉作为第一任民主选举的市长上任之后，否定了前政府的《城市建设总体规划》，而且普拉特公司重新提交的计划也被锁进市政府的文件柜搁置起来，普拉特公司的修建工程也只好停止下来了。
现在，修建奥运村的计划提了出来，萨马兰奇也不能不为普拉特公司着想了。一旦在这里建立了奥运村，普拉特公司的规划就只能付诸东流了。
其实，把奥运村建在普埃夫洛·努埃沃也不是马拉加尔的最后想法。1966年巴塞罗那争办1972年奥运会时，就决定把奥运村建在这里。后来奥运会主办权被慕尼黑夺走后，建立奥运村的计划也就自然被放弃了。这一次选择普埃夫洛·努埃沃用来建奥运村，实在是意料之中的事。
反对在普埃夫洛·努埃沃建设奥运村的还有费雷尔·萨拉特，他在这个区有个药品加工厂。如果奥运村建在这里，他的工厂也只能搬迁了。他曾为巴塞罗那争得奥运会主办权立下了汗马功劳，现在仍然在为奥运会的筹备工作紧张忙碌着，但他没有想到，争来了奥运会，却挤走了自己的药厂。萨拉特公开反对在普埃夫洛·努埃沃建设奥运村，而坚持要把奥运村建到离蒙锥克山体育场25公里的圣特·库加特区去。
马拉加尔寸步不让。萨拉特不得已搬出了萨马兰奇，但巴塞罗那市政府坚持一定要在普埃夫洛建设奥运村，并明确指出，绝不能允许某些个人的利益影响到奥运会的全局，影响到巴塞罗那的总体建设规划。萨拉特暂时让步了。
但是萨拉特并没有就此罢休。1988年冬天，他在带队参加卡尔加里冬季奥运会期间仍然与同行的巴塞罗那奥运会组委会代表讨论改变奥运村建址的可能性，并且建议像汉城奥运会那样建立一个记者村。如果能在普埃夫洛建立记者村，奥运会结束后，这些小楼可以让一些退休老人或者到巴塞罗那度周末的人来住。巴塞罗那市政府拒绝了萨拉特的建议。萨拉特知道，尽管自己对奥运会的筹备工作有一定的发言权，但是对这件事他实在无能为力。最后萨拉特只好宣布准备把自己在普拉特公司的那小部分股份抽出，退出普拉特公司。
由于组委会的坚持，在普埃夫洛·努埃沃建设奥运村的工作终于开始了。大量的旧建筑物被拆除，工厂被迁移，然后对整个地区进行了清理。许多破旧的仓库无人负责，只有由建筑工人自己动手了。其中一个肉食加工厂留下了80吨变质猪肉及内脏，工人们只能穿着防护服去清除。有个工人说：“那里面爬的蛆足有手指头那么粗。”
不仅如此，还要对附近的海滩进行清理，对海底的杂物予以清除，对海水也要进行净化。
奥运村占地面积12万平方米，其中大多是6层楼房，能够容纳15000名运动员。奥运村内保留了一座上世纪末修建的大烟囱，作为原有旧工厂和简陋房屋的象征。在设计奥运村时，就考虑到了一些设施将来的用途，如一个容量为6万立方米的水塔，待奥运会结束后就将为巴塞罗那市供水。
与选择奥运村址遇到同样问题的是选址建设奥林匹克港的问题。
巴塞罗那的东南方濒临地中海，是西班牙的重要进出港口。但在巴塞罗那，还没有一个专门的体育港口。因此，水上运动在西班牙一直没有得到充分发展。早在1966年申办奥运会时，当局就曾设想在巴塞罗那修建一个体育港。当时《民族团结报》对此进行了报道：
“另外一个计划就是在普拉特略夫雷加特河的河口建一座体育港口，这个港口以后可供游艇俱乐部使用。为此要疏浚略夫轩加特河的三公里河道，为赛船建立必要的场地，并且还要在奥运村旁建一座大型游泳场。这个计划足以把巴塞罗那南部城市化，并且把略夫雷加特三角洲的沼泽地带变成一个具有现代化体育设施、环境宜人、美丽繁荣的奥运村。”
现在，举办奥运会已经成为一个现实，那么建立一个体育港也是不可避免的了。
但是组委会建设奥林匹克港的计划与普拉特城建公司的计划不尽吻合，所以普拉特城建公司对此也采取不支持的态度。组委会没有受外界的影响，按照自己的讨划如期完成了奥林匹克港的建设计划，使奥运会水上运动竞赛准备工作顺利完成。
萨马兰奇对于巴塞罗那奥运会的准备工作有着一种特别的关心。从组委会的人选到工程建设、比赛项目等方面都有所考虑。马拉加尔知道萨马兰奇作为国际奥委会主席，有很多事情要操心，所以尽力不让萨马兰奇为巴塞罗那奥运会的具体筹办工作分心。俩人配合默契，筹办工作基本顺利。
萨马兰奇对巴塞罗那奥运会太关心了，以至于容不得在筹办中出现差错。1989年蒙锥克山体育场举行世界杯田径赛时，主席台出现了漏雨现象，同时在比赛中暴露出了巴塞罗那在组织工作方面的偏差。更令人火上烧油的是，西班牙国王胡安·卡洛斯一世应邀参加世界杯田径赛开幕式，不料一些巴斯克独立分子得知这一消息后，在半路截住了国王的汽车，呼口号，吹口哨，警方出动了大批警察才驱散了围困国王的人。但是国王到达体育场时还是迟到了不少时间。国王被困事件使萨马兰奇大为恼火，它不仅影响了世界杯田径赛的开幕式时间，更重要的是让人们对巴塞罗那的安全保卫能力产生了严重怀疑。
萨马兰奇严厉批评了马拉加尔。为了敦促巴塞罗那奥运会筹备工作的顺利进行，萨马兰奇公开向外国记者披露了组委会工作的某些缺点。组委会非常重视萨马兰奇的意见，很快就改进了存在问题的一些工作方式。
萨马兰奇对此非常高兴。几个月后，他在洛桑同奥运会组委会代表进行了会谈。会谈后，萨马兰奇在电视上发表了讲话，对巴塞罗那的筹办工作表示十分满意，并且对巴塞罗那奥运会的成功流露出明显的乐观态度。人们注意到，这是萨马兰奇第一次对未来奥运会持乐观态度。
萨马兰奇认为，奥林匹克运动的发展依赖于奥运会的成功举办，而完善的筹备工作是奥运会成功的保证，一届成功的奥运会必然将对后来几届奥运会产生有利的影响。当萨马兰奇对巴塞罗那奥运会表现出乐观情绪的同时，也对未来奥林匹克运动的发展充满了信心。
同样，马拉加尔对巴塞罗那的奥运会的成功从来没有怀疑过。马拉加尔是个自信的人，对于认定的目标，他相信，只要自己付出极大的努力，同时适应客观条件，就没有办不成的事情。
马拉加尔对目标的信心从来没有动摇，而且对具体事物同样认真对待，一丝不苟。仅以建奥运村为例，为建奥运村，就需要对市改规划做出调整，其中包括铺设新的铁路线、建立隧道，而且普埃夫洛·努埃沃区的排水系统需要进行改建，使城市排水管道远离未来奥运村的沙滩。此外还有奥运村的建筑规划、结构设计，包括协调各部门之间的关系等等，所有这些，马拉加尔都一一过问，认真处理，真可谓日理万机。有时他不得不接见一些外国的记者，只好把采访时间压缩到3分钟。
当然，巴塞罗那奥运会的成功不能完全归功于萨马兰奇或马拉加尔个人。在他们身后，还有其他许多工作人员，还有300万巴塞罗那人，其中逾10万人报名充当奥运会志愿服务人员。
1989年8月，正当巴塞罗那紧张地筹备第二十五届奥运会时，从远在加纳比海的波多黎各传来了一个令组委会和巴塞罗那人感到欣喜和骄傲的消息：在8月30日举行的国际奥委会执委会议上，萨马兰奇以绝对优势再度当选为国际奥委会主席，任期4年。马拉加尔第一个发去了贺信，一方面对萨马兰奇再度当选表示祝贺，另一方面也表示了他对萨马兰奇为家乡巴塞罗那申办和筹备第：二十五届奥运会所付出的积极努力的诚挚谢意。萨马兰奇在回信中高度赞扬了马拉加尔为巴塞罗那奥运会的召开所作出的巨大贡献，同时表示要一如既往地支持组委会的工作，把第二十五届奥运会办成人类历史上规模最大、影响最远、“真正体现奥林匹克大同精神的”体坛盛会。萨马兰奇和巴塞罗那对即将到来的7月25日充满了信心。
1992年6月9日，第25届奥运会开幕前夕，萨马兰奇在百忙中回答了中国《新体育》杂志社总编辑何慧娴的提问，从他的回答中我们可以了解到萨马兰奇对巴塞罗那奥运会所寄予的厚望和对奥林匹克主义的深刻理解。
问：主席先生，依您看本届奥运会具有哪些新的特点？
答：国际奥委会现在比过去有更多经济来源，并以此来帮助各国奥委会发展体育运动，弘扬奥林匹克主义和选送运动员参加奥运会。这些引发了一个重要争议，即奥运会的形式、范围和计划问题。奥运会要让全世界最优秀的运动员聚集到一起，同时我们必须保证运动会的全球性范围，而参赛运动员的总人数应该不超过一万。这是我们面临的严重的挑战之一。
在妇女的作用方面，她们所要参赛的项目比过去增加了。
新的国家奥委会将中请加入国际奥委会。我们现在最重要的责任是帮助全世界的每一个地区发展奥林匹克运动。国际奥委会与各国际单项体育联合会和各国家奥委会之间的相互合作将有所增强。
我们还将继续对服用兴奋剂及各种各样的欺骗行为作坚决斗争。
我们将更关心奥林匹克运动的历史以及奥林匹克主义的道德和哲学方面的问题。
奥林匹克运动在环境保护方面将起积极的作用，尤其是在奥运会的所在地。
我们将同那些把运动会政治化的行为作更坚决的斗争。
体育商业化由于它能够也应该为体育发展和奥林匹克运动作出贡献而将继续下去。只是它将受到国际奥委会、各国际体育单项联合会以及各国奥委会的制约。为运动员参加奥运会和发展奥林匹克运动的需要而争取一部分由体育运动本身带来的金钱是我们的责任。但奥林匹克运动必须尊重我们的理想，即尊重对手、诚实、超越自我以及体现“公平竞争”一词“所能表达的全部含义。
问：您在弘扬奥林匹克精神方面有何新的计划？
答：弘扬奥林匹克精神的唯一途径是坚持不懈地、采取一切可行的措施，向年轻的一代——观众和人民大众宣传奥林匹克精神。其中一种方法就是贵杂志正在做的，即出版奥运会特刊，让读者了解奥林匹克主义的基本原则。
问：请您谈谈对奥运会前景的看法。
答：近年来，奥林匹克运动取得了很大的进展，其影响——不仅在体育上而且在社会生活中——和国际威望达到了一种过去从未达到过的高度。它比过去更团结、更民主、具有坚实的经济和组织基础。由于它具有适应目前世界巨大变化的能力，它完全能够应付我们所面临的诸如环境保护等方面的挑战和困难，帮助贫困地区的体育界人士发展他们的奥林匹克运动，召集不同信仰、不同政见、不同种族和国籍的人们，在目前经受危险的政治动荡的地区发展奥林匹克运动。
当今世界的特点不仅在于机械化科学技术的盛行，而且还有社会和种族歧视以及政治和宗教斗争。正因为如此，这个世界比以往更需要奥林匹克主义和它调停种族矛盾的能力。
胡安·安东尼奥·萨马兰奇（签字）
1992年7月25日，来自172个国家和地区的7108名男选手和2851名女选手汇集到巴塞罗那蒙锥克山体育场。西班牙首相冈萨雷斯宣布第二十五届奥运会开幕，萨马兰奇随后致辞，高度赞扬了巴塞罗那为本届奥运会的召开所作出的一切‘回顾了现代奥林匹克运动走过的艰难历程，并预祝各国运动员取得最好成绩。
经过15天紧张的角逐，美国代表团获得108枚奖牌（其中金牌37枚），位居奖牌榜首，独联体获102枚奖牌（45金），位居第二，紧随其后的是德国（奖牌82枚，33金）、中国（奖牌54枚，16金）、古巴（奖牌31枚，14金）。东道主西班牙代表团获得13枚金牌（总共22枚奖牌），大大超过了以往历届奥运会金牌总数（4枚），令萨马兰奇和家乡父老感到无比的骄傲。
40年来，夏季奥运会第一次在东西方没有敌意的气氛下进行，也是20年来第一次没有出现抵制行动。
南非这个在世界上一度被遗弃的国家由于推翻了种族隔离制度，而在32年后重新回到奥林匹克的大家庭里。南非的回归，萨马兰奇倾注了大量心血。可以说，南非的回归是萨马兰奇为奥林匹克运动的发展所做的最大的贡献之一。
1948年，刚刚执政的南非国民党在原有的种族隔离体制基础上，实行了种族隔离政策、这种政策不可避免地要反映到体育上。很多体育场馆的门外都贴出了“不准黑人入内”的牌子，使很多有才华的黑人运动员失去了必须的训练条件，失去了在运动场上争夺名次的机会。
1960年罗马奥运会，南非运动员清一色全是白人，引起了很多与会者的不满。考虑到他们已经出现在奥运会上，拒之门外为时已晚，世界舆论只能一致予以强烈的谴责，向南非政府施加压力。
1964年东京奥运会前夕。由于南非政府顽固地推行种族隔离政策，尤其在运动员选拔上，不是以运动员比赛成绩的高低，而是以其肤色来决定是否有资格代表南非参赛。国际奥委会因此取消了南非运动员的参赛资格，以示对其破坏奥林匹克神圣精神的惩罚。
1968年墨西哥奥运会上，种族歧视问题再次出现。该年年初，本着促进人类团结和互相理解的原则，国际奥委会作出决定，允许南非参加本届奥运会。这个决定立即遭到许多国家奥委会的反对，非洲最高体育理事会宣布，如果同意南非参加奥运会，非洲将坚决进行抵制。国际奥委会迫于各界压力，经过执委会多次激烈的争论，宣布改变最初决定。于是，南非再次被拒于奥运会的大门之外。
此后，南非参加奥运会问题成为一个十分敏感的问题，一经提出，便遭到非洲国家的激烈反对。一直发展到1976年第二十一届奥运会时，终于爆发了非洲国家集体抵制的严重事件。
这次事件的起因是新西兰与南非间进行的体育互访。
新西兰政府代表曾在联合国特别委员会上表示，新西兰不允许任何来自南非的体育代表队参加在新西兰举行的体育比赛，除非南非队员的选拔不是在种族歧视的条件下确定，而是以其真正的运动专长为唯一标准。但是1975年，新西兰宣布了一条与此规定相矛盾的消息：新西兰将派出一支橄榄球队赴南非与该国运动员进行“友谊”比赛。年底，新西兰总统大选开始。参加竞选的马尔登为争取更多的选民，四处游说并向选民保证：着自己获胜，将重开与南非的体育交往。而且，他还会与新西兰橄榄球队一起去南非。于是一些橄榄球明星走上街头，努力为他拉取选票。
1976年初，获胜当选的马尔登的新政府批准了新西兰运动员与南非运动员的体育比赛，同时还向南非国家垒球队发出了邀请，希望他们参加该年年初在新西兰举行的国际垒球锦标赛。南非方面置联合国和几乎世界所有国家的抗议于不顾，接受了邀请。非洲体育理事会立即在内罗毕开会并决定，如果新西兰橄榄球队坚持去南非进行访问比赛，他们将抵制所有新西兰参加的奥运会项目。非洲体育理事会主席火速飞赴新西兰，敦促马尔登政府取消橄榄球队的南非之行。结果他吃了个“闭门羹”。在他到达的当天，新西兰“黑衫橄榄球队”即启程飞往开普敦参加“友谊”赛。
7月7日，蒙特利尔奥运会开幕前10天，非洲统一组织国家首脑集会毛里求斯，会议通过的决议要求非洲国家在新西兰参加奥运会的情况下，重新考虑他们是否参加本届奥运会的问题。离开幕还剩两天，非洲体育最高理事会主席和秘书长在蒙特利尔奥运村召开非洲国家代表团团长会议，通报非统组织的决议内容。随后，代表团团长会议也作出决议，非洲各国代表团团长联名致函国际奥委会，希望国际奥委会取消新西兰参加本届奥运会的资格。开幕前一天，国际奥委会作出答复：驳回非洲国家的请求。
7月17日，奥运会如期举行，与此同时，一些非洲国家的运动员则登上从蒙特利尔飞往内罗毕和其他非洲城市的飞机。
面对非洲国家的抵制和来自其他各界的压力，国际奥委会一方面向南非政府施加压力，另一方面，又积极努力，争取南非早日回到国际奥林匹克的大家庭里。
真正雷厉风行开展这项艰苦工作是在萨马兰奇就任国际奥委会主席之后。
1981年，萨马兰奇在东京开始了解决南非问题的长途跋涉。当时在萨马兰奇的帮助下，非洲各国的奥委会代表们聚集一堂，建立起与其它各大洲一样的非洲国家奥委会委员会。
1980年莫斯科奥运会和1984年洛杉矶奥运会，美苏集团的互相抵制成为国际奥委会面临的头等大事，即便这样，萨马兰奇也没有忘记南非问题，他认为，随着国际政治形式的缓和，说服非洲各国放弃前嫌，接纳南非回到奥林匹克大家庭的时机正逐步成熟。
1985年10月24日至11月4日，萨马兰奇对非洲12国进行了一次“旋风式的访问”。每到一国，他都要宣传奥林匹克精神的宗旨，呼吁非洲国家汇集到奥林匹克这面和平的旗帜下。通过这次访问，萨马兰奇对非洲国家参加汉城奥运会充满了信心。虽然抵制奥运会的可能并非绝对消失，可他对避免这一局面的出现已胸有成竹。
1988年4月，国际奥委会在洛桑请来了非洲体育官员，召开一次讨论取消体育上种族歧视问题的会议。其目的在于使国际体育界建立起共同的原则和对策。会后，萨马兰奇在国际奥委会中设立了“种族隔离委员会”，这是他开始着手解决南非问题的又一措施。
这些工作很快收到了成效，非洲国家没有对汉城奥运会进行抵制，更重要的是，这些工作为以后南非问题的解决奠定了基础。
经过萨马兰奇不断地做工作，非洲体育界一些领导人开始接受他的思想。即在一个真正平等的体育比赛中，承认南非，可能会对南非社会逐步转变和开放产生强有力的影响。
1988年，解决南非问题的具体安排被提上议事日程。当南非国家奥委会的代表提出要见萨马兰奇时，萨马兰奇的回答非常简单，他们必须首先与隔离委员会的负责人、国际奥委会委员姆拜厄会谈。这一年年底，在维也纳召开了隔离委员会的第一次会议。
萨马兰奇在1989年9月在洛桑会见了来访的南非国家奥委会代表。通过与他们的交谈，他更加认识到，选择一个合适的人选，就等于问题解决了一半。按照他的一贯作风，对任何复杂问题，即使他已有深思熟虑的看法，也不第一个表示出来。因为萨马兰奇清楚，来自第一线的人最有发言权，他们的意见更加符合实际。于是，他总是在下面与最广解实际情况的人交流，将自己的想法传达给他们，然后从他们的角度将此看法提出来。萨马兰奇经过长时间的物色，最终任命来自塞内加尔的姆拜厄为隔离委员会主席，由他负责解决南非问题。
10月，在姆拜厄的安排下，南非国家奥委会主席和总秘书第一次与非洲黑人体育组织进行了正式接触、双方在洛桑的会面，标志着非洲体育中长期对立的两方开始了有积极意义的接触。11月，哈拉雷，种族融合南非体育团体与国际体育反种族隔离运动的领导人萨姆拉姆萨米及费克着基丹恩会面。非洲其他国家与南非体育官员的交往日益频繁，双方在很多问题上开始听取对方的意见一出现了良好的气氛，为进一步打破几十年的坚冰奠定了基础。
1990年9月，第四次国际体育反种族隔离会议在挪威首都斯德哥尔摩举行。会议要求或说希望有一种力量，能够强迫南非在政治上取消种族隔离政策。南非体育界也在寻求一种暂时的解决方法，即建立一人一票的投票制度。南非国家奥委会也派出了代表参加这次会议，并在会议上表达了非洲人对在体育大家庭中解决南非问题的良好愿望。
这一年，萨马兰奇使国际奥委会与南非体育界的接触多起来，取得的成果日益明显，令非洲各界人士的心里升起新的希望之帆。
1991年1月，萨马兰奇和拉姆萨米在巴黎会见了南非国家奥委会的代表。此后，拉姆萨米又单独与南非国家奥委会官员进行了会谈。2月，南非的代表们又与姆拜厄举行了会谈，所有这些会议，国际奥委会从组织到财政都予以大力支持。11月，5个非洲体育组织在哈拉雷组成了一个非洲体育协商委员会。同月，萨马兰奇在国际奥委会执行委员会会议上提出了一个大胆的建议：国际奥委会将止武派出代表访问南非。12月，国际奥委会先行人员非正式地访问了南非首都约翰内斯堡。
1991年2月，应非洲国家奥委会委员会的要求，在博茨瓦纳成立了由5个南非体育团体组成的南非临时国家奥委会。3月，国际奥委会派出的特别代表团来到南非，先后会见了南非总统德克拉克、南非黑人运动领袖曼德拉、因卡塔自由党领导人布特莱齐。在此期间，代表团还与南非的5个体育团体进行了富有成果的讨论。
约翰内斯堡，国际奥委会特别代表团离开前的新闻发布会上，团长姆拜厄宣布了这次访问的实质性结果。基于下述6项条件，他代表国际奥委会和非洲国家奥委会委员会通告，暂时承认南非国家奥委会为国际奥委会成员。
这6项条件为：
一、按照南非总统德克拉克的允诺，在南非废除种族隔离法；
二、南非临时国家奥林匹克委员会在组织上和行动上遵守奥林匹克宪章；
三、南非临时国家奥委会制定相应的章程，鼓励南非体育运动委员会与国际单项体育联合会关系的正常化；
四、在不分种族的基础上寻求体育界的统一；
五、使南非临时国家奥委会与非洲国家奥委会委员会的关系正常化；
六、直至暂停参加国际比赛的执行时间生效。
姆拜厄语惊四座，醒悟过来的记者们纷纷抢发新闻。6月，南非国内废除种族隔离法。时隔不久，在伯明翰举行的国际奥委会全体委员会议上原则通过了这一临时承认。7月，国际奥委会洛桑特别会议上，由萨马兰奇和最高执委会签署一项决议：永久性地接纳南非国家奥委会为国际奥委会成员。
经过萨马兰奇和国际奥委会11年的努力，南非终于回到了奥林匹克的大家庭里。多少南非运动员在得知这一消息时不禁流下了激动的热泪。1992年7月25日，当南非体育代表团进入巴塞罗那蒙锥克山体育场时，全体观众都报以热烈的掌声。他们知道，南非重返奥林匹克大家庭，不仅是奥林匹克运动的胜利，也是人类战胜种族歧视和种族隔离的巨大胜利。
8月9日，巴塞罗那奥运会在一片辉煌中降下了帷幕。萨马兰奇在把五环旗交给亚特兰大市长时，心中百感交集，巴塞罗那奥运会可以说是他担任国际奥委会主席以来最成功的一部杰作，他为之倾注了无数的心血；他的改革理想经过实践的检验最终被证明光大了顾拜旦首创的奥林匹克主义，推动了现代奥林匹克运动的发展；现在他已届高年，在到达了一生辉煌的顶点后，是不是应该考虑激流勇退，将身上的重任移交给后来者。……
事实上，在巴塞罗那奥运会举办期间，萨马兰奇就意识到自己似乎已完成了历史所付与的使命，该告老还乡了。但是这副担子交给谁，他一直在找，但一直没有找到一个理想的人选。况且，奥林匹克运动要发展，就得不断地进行改革，而这个改革的总体设计仿佛非他莫属。
萨马兰奇也知道，有好几个人正在觊觎他的位子。对于这个位子所带来的荣誉，萨马兰奇从来没有放在心上，该得到的东西都已经得到了；继续在这个位置上干下去，恐怕也不会再得到什么新的东西。
然而，他就像一位艺术家对待自己一件极其优秀的作品，就像一位年轻的母亲对待自己的婴儿一样，对国际奥委会产生了一种难舍难分、欲罢不能的感情。他总觉得他离不开国际奥委会，而且国际奥委会也离不开他。为奥林匹克运动工作已经成为他生命的一部分，也是他生活中不可缺少的内容。
当他为奥林匹克运动而奔波劳累，常常感到心力交瘁的时候，他多想休息休息，哪怕是一个小憩。可是当他面临退休年龄的时候，又不可避免地感到了一种隐隐的失落。
的确，他已经做了退休的打算，并且已经开始了回忆录的写作。但是同前6任主席相比，他的年龄尚属中等，仍有余力继续工作。
萨马兰奇又仔细地算了一下前6任主席的退休年龄。
第1任主席维凯拉斯退休时61岁；
第2任主席顾拜旦退休时62岁；
第3任主席巴耶·拉图尔在65岁高龄时长眠于他的工作岗位上；
第4任主席埃德斯特隆退休时已81岁；
第5任主席布伦戴奇在84岁的高龄退休；
第6任主席基拉宁1980年退休时，年龄已达66岁。
萨马兰奇任国际奥委会主席至今才12年，他仍然有充沛的精力在这个位置上工作下去。作为国际体育界的领袖，他深深懂得激流勇退的含义。回想起自己过去的工作，他不能不感到欣喜。在他担任主席期间，奥运会一届比一届办得好，这是有目共睹、有口皆碑的。
欣喜之余，他又不能不有所担忧。国际奥委会同其它国际体育组织之间的微妙关系究竟能够维持多久？如果有一天电视媒介拒绝转播奥运会，那奥运会以及奥运会的经费不足的问题如何解决呢？假如有人组织一场国际性友谊赛，把国际奥委会完全排斥在外，那国际奥委会又应当怎么办呢？
他也知道，他的成绩已经引起了某些嫉恨，而这些嫉恨又转成了某种恶意的攻击。也许他做得越多，在成功的道路上走得越远，受到的攻击也就越多。
1992年4月，两个英国记者出版了一本名为《五环的老爷们》的书。这本书把国际奥委会描绘为贪婪受贿的俱乐部。书中攻击萨马兰奇主席独裁专横，攻击国际足联主席阿维兰热、国际田联主席内比奥罗、国家奥委会联合会主席巴斯克斯·拉尼亚耍弄权术，说是有个拉丁帮“黑手党”控制了国际体坛。此书出版的同时，英国报界一片鼓噪，提出应“撤换教皇”；呼吁要英国籍国际奥委会委员安妮公主出任国际奥委会主席，吹捧她从来拒受各申办城市的礼物，是国际奥委会中最清白的委员；说英国最有民主传统，等等。英国的电视台也推波助澜’放映了一个攻击国际奥委会的节目。
《五环的老爷们》这本书有约90处与事实不符，又广泛恶毒攻击，自然引起国际奥委会的强烈反感。国外一些舆论认为这场喧哗代表了盎格鲁·撒克逊体育界一些人的想法。因为在很长时期内许多国际体育组织都是英、美人任主席，他们对近十几年来大权旁落、影响削弱的现状耿耿于怀，想借攻击国际奥委会夺回国际体育组织的领导权。
5月上旬国际奥委会塞维利亚执委会上讨论了对这本书应如何反应，决定要在瑞士法院向作者提出控告。
7月21日，奥运会召开前夕，安妮公主向英国报界声称她不可能有时间去担任需要专职的国际奥委会主席，也没有人正式向她提出过，表白了她没有打算争当国际奥委会主席。
安妮公主的申明无疑向英国新闻界迎头浇了一盆凉水，《五环的老爷们》搅起的风波也逐渐趋于平静。但萨马兰奇的心情却久久难以平静下来，他为了奥林匹克事业的发展，披肝沥胆、呕心沥血，结果仍遭到无中生有的攻击，怎能不让他感到伤心和苦恼呢？
在他感情苦恼的时候，国际奥委会执委、中国代表何振梁给了他鼓励。何振梁在国际奥委会塞维利亚执委会上指出：“十多年来，国际奥委会的工作在萨马兰奇主席的领导下取得了重大成绩，大部分人高兴，小部分则不愿看到。”
何振梁还引用了中国的一句古诗：“木秀于林，风必摧之；堆出于岸，流必湍之。”
萨马兰奇对“木秀于林，风必摧之”这句话十分欣赏，并且把它写进了他1992年7月20日在国际奥委会第99次全体会议开幕式上的发言。他说：“一位来自于一个具有几千年光辉历史并且令我尊敬和热爱的国家的同事对我说，国际奥委会的大树秀于世界体育之林，因此必然要受到从四面八方刮来的狂风的摧残。我可以向各位保证，我们这棵大树根深叶茂，不仅能够经受住狂风的吹袭，而且还会茁壮成长。”
面对众多的期望和外界一些攻击的挑战，7月23日，萨马兰奇在国际奥委会全体委员会议上明确宣布，在1993年他第二次任满之际，将继续竞选三度连任，并且将率领国际奥委会跨入21世纪。
这是他对挑战的回击，也是他对攻击的挑战。权力有时是一项事业成就的关键。他要把握住权力，要把握住现代奥林匹克运动发展的航向。一时的失误，也许会贻误世界历史几十年。
这里没有个人的权欲，有的只是责任感、义务感。国际奥委会的领导位置也曾被某些地区的大国所控制，奥运会也几度被用来作为政治宣传的工具。萨马兰奇希望奥林匹克运动从此少走些弯路，少受些干扰，按照奥林匹克运动的宗旨向前发展。
1993年9月23日国际奥委会第101次全体委员会议在蒙特卡洛召开，会议除了要投票选举2000年奥运会的主办城市外，还要投票选举新的国际奥委会主席。24日经过人会的89名国际奥委会委员秘密投票，萨马兰奇以绝对多数三度当选国际奥委会主席，任期4年。