皇帝继承问题是封建社会中的大事，传子在宗法制度下是当然的，自先秦以来，嫡长子继承制度在中原王朝已经成为确定不易的制度。传子固然可保证后世江山姓氏不变，但遇上不肖子孙却难免国破家亡。多少英明君主曾想不立长而立贤，但皇储的空缺又成为诸子觊觎争逐的对象，因而常常酿为内乱，反不如仍立嫡长子名正言顺而只落得眼前清净。
朱元璋在即皇帝位之前就已想到这个问题了。早在元至正二十四年(宋龙凤十年1364)，朱元璋自立为吴王时，他便立长子朱标为“世子”，即王位的合法继承人。到洪武元年，朱元璋当了皇帝，朱标很自然地成了皇太子。他把立太子看为天下之本。皇太子的册宝上写着：“国家建储，礼从长嫡，天下之本在焉。”太子职责在于“抚军监国”，“六师兆民，宜以仁信恩威，怀服其心，用永固于邦家”。他曾对皇太子说：“天子之子与公卿士庶人之子不同。公卿士庶人之子系家之盛衰，天子之子系天下之安危。尔承主器之重，将有天下之责也。公卿士庶人不能修身齐家，则止于一身一家，若天子不能正身修德，其败岂一身一家之比，将宗庙社稷有所不保，天下生灵皆受其殃，不可惧哉！不可惧哉！”朱元璋虽主旨在于保朱家之天下，但也不免有为天下生灵求福之志。朱元璋对皇太子的教育培养也真的下了功夫，让他读书，让他参政，让他巡视天下了解民情。他对太子的要求一是统军，一是司礼，一是练政。他让文武大臣如左丞相李善长、右丞相徐达等兼领东宫官，他对他们说：“昔周公教成王克诘戎兵，召公叔康张皇六师，此居安虑危，不怠武备。盖继世之君，生长富贵、昵于安逸，不谙军旅，一有缓急，罔知所措，二公之言，其并置之。”他又对太子宾客梁贞、王仪、太子谕德秦庸、卢德明、张易说：“朕令卿等辅导太子，必先养其德性，使进于高明帝王之道，礼乐之数，及往古成败之迹，民间稼穑之事，朝夕与之论说，日闻谠言，自无非僻之干，积久以化，他日为政，自然合道。”朱元璋早就表示“朕若有事于外，必太子监国”。洪武十年，朱元璋命令自今政事都要先启太子处分，然后奏闻。他说：“自古以来惟创业之君，历涉勤劳，达于人情，周于物理，故处事之际鲜有过当。守成之君，生长富贵，若非平昔练达，临政少有不谬者。故吾特命尔日临群臣，听断诸司启事，以练习国政。惟仁则不失于躁暴，惟明则不惑于邪佞，惟勤则不溺于安逸，惟断则不牵于文法。凡此皆以一心为之权度。……凡人虽有明敏之资，自非历练临事率意而行，未免有失。知悔而改亦已晚矣。吾自有天下以来，未尝暇逸，于诸事务惟恐毫发失当以负上天付托之意。戴星而朝，夜分而寝，日有未善，寝亦不安，此尔所亲见。尔能体行之，天下之福，吾无忧矣。”后来他又嘱咐太师韩国公李善长等人说：“前者令皇太子躬听朝臣启事，欲其练习国政，恐听览之际处置或有未当，自今诸司政事启于东宫者，卿等二三大臣更为参决可否，然后奏闻。”洪武十四年，朱元璋又派太子巡抚陕西，以规划建都之事。他希望太子能继承他的事业，保有朱家的天下。
朱标出生时，虽然天下尚未平定，但朱元璋那时已经是统帅兵马征战一方的将领了。朱标出生后不久，朱元璋就攻克了集庆(今南京)，所以朱标必不知艰辛坎坷为何物。他被立为太子时年方十三岁，日日由“名儒”陪伴读书禁中。这些都养成了他与朱元璋绝然不同的气质和品性。固然，他缺少朱元璋那种严毅果决，但也没有朱元璋的阴笃惨鸷。
据说，朱元璋看到太子仁柔不振，想了一些办法去激发他的刚励之气。一天，朱元璋悄悄令人将尸骨装满■中故意从太子面前经过，太子见了不胜惨蹙，连连抚掌说：“善哉！善哉！”朱元璋不禁大为失望。朱标自幼熟习儒家礼教，并对此笃奉不已。一次，朱元璋的一位贵妃死了，朱元璋很悲痛，他命令太子服“齐衰杖期”。太子说：按礼的规定，只能为庶母服“缌”，“诸侯之庶子不为庶母服，而况天子之嗣乎？”他企图严格执行刻板的礼制，并用来约束朱元璋，朱元璋不禁大怒，拔剑击向太子，太子走，一边跑还一边说着礼制中的话；“大杖则走。”翰林正字桂彦良赶忙来劝说太子，他说：“礼可缓，君父之命不可违也。”桂彦良比朱标更能掌握“礼”的本质，它是为专制主义皇权服务的，如果二者有所不同，那么要以皇帝的意志为转移，如果礼的存在是作为可以约束包括皇帝的任何人的教条，那对皇帝以及封建政治来说就失去了存在的价值。太子明白了皇权要大于礼，明白了“君父之命不可违”，便服了齐衰去见朱元璋谢罪，朱元璋的怒气才慢慢消释。然而从这件事起，父子二人留下了嫌隙。其实这些记载里系故意贬斥朱标。从另外的一些记载看，朱标不致如此无能。在唐肃的《密庵稿》中有“送陈中宝之洴阳”，“钱季贞应水河县丞”等序文，都把太子与朱元璋并列，可见朱标在当时政治中已处于重要地位。明初的大儒方孝孺的挽诗中更有“监国裨皇政，忧劳二十年”和“文华端国本，潜泽被寰区”的句子，流露出时人对朱标的称颂。
诸王与朱标同为朱元璋之子，只因长幼之别便分为君臣，天子富有四海，威加环宇。即使在写信用字这样的细节上，也要有严格的区分。在这样情况下，诸王难免对皇位有所觊觎。这在他们的日常行动中常常表现出来。按规定，身份地位不同的人服饰器用也分为不同等级，位卑者不得僭越。但诸王在宫中的服饰却偏偏喜欢学着太子的样。给事中卓敬发现了这个苗头，马上向朱元璋建议说：“宫中朝廷视仿，纲纪攸先。今陛下于诸子不早辨等威，使嫡庶相乱，尊卑无序，然则何以令天下耶？”朱元璋答道：“卿言是，吾虑不及此。”
也许朱元璋在这细节上并没有注意，但他却早就改变了当初杀叶居升时的想法，对将来太子与诸王的关系，加以认真的考虑。并且开始注意对诸王的约束。洪武二十六年十二月，他命人编成了一本《永鉴录》，辑历代皇室诸王为恶悖逆者，以类为编，直叙其事，颁赐诸王。洪武元年正月十五，朱元璋在文楼上，太子侍立一旁。朱元璋问太子近与儒臣讲说何经何事？太子回答说，昨讲七国叛汉事。朱元璋因而考问太子这事的曲直何在。太子说：“曲在七国。”朱元璋说：“此讲官一偏之说，宜言。景帝为太子时，常设博局，杀吴王世子，以激进怨。及为帝又听晁错之说，轻意黜削诸侯土地。七国之变，实由于此。若为诸子讲此，则当言藩王必上尊天子，下抚百姓，为国家藩辅，以无挠天下公法。如此，则为太子者，必知敦睦九族，隆亲亲之恩。为诸子者，知夹辅王室，以尽君臣之义。”
然而只恩义二字，岂能制止残酷的权力之争。古往今来多少父子手足为争权夺利而互相残杀！朱标被立为太子后，诸王的逆谋时时传出。有人报告了晋王的不轨。说他藏兵于五台，妄图造反。朱元璋大怒，要发兵征讨。而对此事，太子又表现出仁柔拘礼的本性。他说：“万一兵往而(晋王)㭎或拒命，是父子为敌也，将如天下后世何？”太子想了个办法，即在巡视陕西时设法把晋王㭎带来。朱元璋同意了这个意见。太子巡历到西北，与诸王相聚十余天。太子临行时晋王送他到河南，太子乘势让他入朝。晋王不得已从命至京。朱元璋要将晋王处死，太子不忍，忙为晋王叩头哀祈。于是朱元璋将晋王废为庶人，令居于京师。太子天性友爱，每天劝谕晋王，致使他有所觉悟，昼夜痛心号泣不止，深有悔罪之意。朱元璋见此情况也不免生出怜爱之心，赦了晋王之罪，并恢复了他的王爵。这事不仅说明了晋王的曾经谋逆，而且说明了太子的仁柔友爱。另外，秦王屡有过失，也是太子为之解脱的。
诸王中僭蓄大志者，当以燕王朱棣为首了。如前所述，燕王少年悍勇，及长，落落有大志，好游侠善骑射。在备御北边时更显示了非同一般的军事才能，这些不仅成为他窥伺帝位的资本，同时也助长了他的野心。甚至有传说，说他曾经不讨父母的喜爱，以至不知如何是好。朱元璋几次都想废弃他，只因众臣的力劝，才得以幸免。然而目前所留的记载大多在朱棣做皇帝之后进行了删改，很难了解当时朱棣原来的面貌了。不过我们仍然从这些遮遮掩掩之中得到一些消息。《明太宗实录》中记载了这样一段话：
太祖曰：“诸子中燕王仁孝有文武才略，能抚国安民，吾所属意。”皇后曰：“幸毋泄言，恐祸之也。”太子闻之，密以语凉国公蓝玉。玉先征北虏纳哈出归至北平，以名马进上(指燕王朱棣)，上曰：“马未进朝廷，而我受之，岂所以尊君父？”却之。玉惭而心不怿。至是，闻太子言，曰：“殿下观陛下平日于诸子中最爱者为谁？”太子曰：“无如燕王。”玉曰：“臣意亦然，且臣观燕王在国，抚众安静不扰，得军民心，众咸谓其有君人之度。恐此语上闻，殿下之爱衰矣。臣又闻望气者言，燕地有天子气，殿下宜审之。”太子曰：“燕王事我甚恭谨。”玉曰：“殿下问臣，臣不敢隐，故尽其愚忠耳。惟密之。”时晋王亦闻太祖注意于上。自念己兄也，上弟也，遂生嫌隙。后晋王与上皆来朝，上有疾，晋王数以语见侵，上内怀忧畏，疾增剧，遂恳求归国。晋王密遣人伺察上国中细故，将闻于朝，既无得。
这段文字原载于永乐初年的官书《奉天靖难记》中，后来被载入实录，虽加以删改，但其诣仍在。
这是一段典型的美化燕王，为其野心开脱、粉饰的文字。但它明确无误地显示了燕王早有意于帝位，因此不仅与太子而且与晋王弄得很不愉快。
洪武二十五年四月丙子，太子病死，皇储之位成了空缺。这时朱元璋已经六十五岁了。晚年丧子悲痛是自不待言，重要的是要重新确定谁来做事业的继承人。朱元璋在东角门上对群臣痛哭。翰林学士刘三吾上前劝慰，他从宗法制出发，认为懿文太子之子允炆当继承储位，他说：“皇孙世适(同嫡)，富于春秋，正位储极，四海系心，皇上无忧矣。”朱元璋采纳了这个建议，在同年九月立朱允炆为皇太孙，这时朱允炆年仅十岁。关于朱元璋最初打算确立谁来接替太子的皇储位置，诸书记载纷纭。一说朱元璋打算立燕王，只是因为学士刘三吾力谏：“果尔，将置秦晋二王于何地？”燕王虽未被立，刘三吾却也因此被贬为博士。证实这个说法的除《词林记》“刘三吾传”外，尚有朱棣写的“封建诏”，其中提到“皇考尝欲立朕为嗣”云云。其实，关于朱元璋欲立燕王的说法，在永乐朝重修的实录中比比皆是，未尝不是朱棣为自己篡位的开脱之词。王崇武先生认为：“惟太祖苟真有意立燕王，真以刘三吾谏而止，则成祖当深憾三吾，不应于今传《太祖实录》中无微词，更不宜以其谏语入两朝实录。”所以如此，是因为后来秦晋薨后燕王夺位合法化。所见良是。
另一说法是朱元璋不想立朱允炆，说是“懿文太子薨孝陵不欲立孙，迟回久之，高皇后不悦，因构疾，崩。于是孙始得立”。明人郑晓说“此妄说”也，洪武壬申(二十五年)四月丙子懿文太子薨，是年九月，庚寅诏立允炆为皇太孙，太子卒后未半年。当是时，高后崩已十一年矣(洪武十五年壬戌八月高后崩)。朱元璋为什么不立燕王，而断然立朱允炆为皇储，明人早有中肯的分析：“虽以文皇帝之圣也，称智虑过人，酷类太祖者而宁真之藩封，太祖固曰：‘自我创天下而以天下传之庶孳，万世而下有庶夺孳抗宗者，我开其乱也。乱传而万世之传，足虑焉。’高皇其忍乎哉！”质言之，朱元璋坚守嫡长继承制，是为了政权的巩固。在皇位继承上，再次出现不稳定因素是显然的。长兄朱标做太子，诸弟尚且纷争，年少的侄子做皇太孙，更不被诸叔放在眼里，他们难以尊奉这个小孩子为君主。对此，朱元璋也不免忧虑在心。
一天夜里，朱元璋看见黄白两条龙冲进大殿，争斗得难解难分，最后，那黄龙得胜腾飞而去，白龙战败蝘蜒于地。朱元璋顿时惊醒，原来是一个梦。第二天早上，朱元璋视朝，一入殿门，就见到皇太孙在殿的右角，而燕王却在他的左前方。当时以左为上。皇太孙身为皇储，与至尊无二，燕王竟敢对他如此侮慢！朱元璋不免大惊，他从这事悟出燕王夺嫡的野心。对此，他没有声张，但却下了一道严酷的命令。他命令朱棣离开宫中搬到别苑去住，并且不许宫中给他送食物。高皇后可怜朱棣的境遇，于心不忍，便偷偷地给他饮食，朱棣因而得以不死。过了很久，朱棣才被释放。这件事也许是出于附会，但它却说明朱标死后，诸王对皇位的窥伺较前更为张狂。
礼是中国古代区分贵贱等级的重要手段。洪武二十九年八月，朱元璋命令廷臣重议定诸王见东宫礼。东宫代指皇储。这时即是皇太孙允炆。廷臣说，诸王见东宫之礼已有定仪，这便是在洪武十二年二月议定的礼仪：凡亲王来朝，具冕服见天子毕，次见东宫，引礼官引王由文华门东门入至文华殿前，西向立。东宫具冕服，执大圭，詹事府六员导出，升座。东宫臣左右侍从，引礼官引臣就拜位行四拜礼。东宫坐受毕，东宫与王俱衣常服，至后殿序家人礼。这次重新议的是家人礼。原来，懿文为太子，作为长兄，诸王下之犹自有言，如今允炆为皇太孙作为诸王的侄儿，家人礼就要重新规定了。议的结果是：诸王见过东宫后，由文华殿东门入至后殿，诸王要与东宫叙家人礼。这时他们都改换常服，王面西而坐，东宫面东而坐，皇太孙要向诸王行四拜礼，王坐而受礼。礼毕叙坐，皇太孙仍坐中南向，诸王列于东西两侧。这是个矛盾而尬尴的场面，诸王以叔父之尊，而屈居后位，要向侄儿跪拜，心中自然不服，皇太孙以皇储之尊又要向诸叔四拜，必然也感到威胁。这里隐藏着极深的矛盾。据传，一次燕王朱棣与皇太孙朱允炆在一起，曾以手拍允炆的背，开玩笑地说：“不意儿乃有今日！”朱元璋早对朱棣有戒心，他老远地望见这个场面，不禁说：“何为挞皇太孙。”朱允炆说：“臣叔父爱臣故耳。”反替他回护。
其实，朱允炆已明显地感到了诸王对他的威胁。朱元璋也从洪武元年杀叶居升时的思想中解放出来。他曾经深以诸王为干城，他对朱允炆说：“朕以御虏付诸王，可令边尘不幼，贻汝以安。”允炆说：“虏不靖，诸王御之，诸王不靖，孰御之？”朱元璋一时无言以对。他问允炆：“汝意何如？”允炆说：“以德怀之，以礼制之，不可则削其地，又不可则废置其人，又甚则举兵伐之。”朱元璋说：“是也，无以易此矣。”朱允炆还曾与侍读、太常寺卿黄子澄谈到这事，一天，他们在东角门上，朱允炆对黄子澄说：“诸王尊属拥重兵，多不法，奈何？”黄子澄回答说：“诸王护卫兵，才足自守，倘有变，临以六师，其谁能支？汉七国非不强，卒底亡灭。大小强弱势不同，而顺逆之理异也。”他从军事力量的对比上，从封建礼法的顺逆上对可能发生的事变抱乐观的看法。朱允炆同意他的意见，说：“吾获是谋无虑矣。”对此也就放下了心。这两次的谈话，孰先孰后不得而详。要之，当时的形势，已经十分明显，只要稍加思索，便会得出同样的判断。
秦王、晋王相继死去。拥有重兵对朝廷足以构成威胁的就数燕王了。朱元璋在付燕王以北边重任的同时，也对他有所防犯。朱元璋临终之时，皇太孙朱允炆和附马都尉梅殷在他身边。朱元璋嘱咐朱允炆说：“燕王不可忽。”接着又对梅殷说：“汝老成忠信，可托幼主。”随后他拿出誓诏和遗诏交给梅殷，并说：“敢有违天者，汝其为朕伐之。”当时受顾命的还有齐泰和黄子澄。
朱元璋终于离开了人间。
他留下了最后一道诏书，遗诏说：
皇帝诏曰：朕受皇天之命，膺大命于世，定祸乱而偃兵，安民生于市野，谨抚驭以膺天命，今三十一年矣。忧危积心。日勤不怠，专志有益于民。奈何起自寒微，无古人博志，好善恶恶，不及多矣。今年七十有一，筋力衰微，朝夕忧惧，惟恐不终，今得万物自然之理，其奚念之有？皇太孙仁明孝友。天下归心，宜登大位，以勤民政，中外文武臣僚同心辅佐，以福吾民，凡丧葬之仪，一如汉文勿异。布告天下，使明知朕意。孝陵山川因其故，毋有所改。
一、天下臣民令到，出临三日，皆释服，嫁娶饮酒皆无禁。
二、无发民哭临宫殿中，当临者皆以旦晡，各一十五声，举哀，礼毕。非旦晡临，毋得擅哭。
一、当给丧及哭临者，皆毋跣，绖带毋过三寸，无布车兵器。
一、诸王各于本国哭临，不必赴京，中外官军戍守官员，毋得擅离信地，许遣人至京。
一、王国所在文武衙门军士，今后一听朝廷节制。护卫官军王自处分。
一、诸不在令中者，皆以此令比类从事。
故兹诏示，想宜知悉。
遗诏除例行的丧事安排外，要求“诸王各于本国哭临，不必赴京”，“王国所在文武衙门军士，今后一听朝廷节制”，其言并非虚发。其意有二，一是诸王有屏藩帝室之任，在此非常时期不得擅离职守以防敌人乘虚而起。二则是防备诸王以叔辈之奠带兵赴京，对小皇帝造成威胁。
且说，朱棣听说朱元璋的死讯，带领军队赴京奔丧。即将到达淮安。齐泰与朱允炆商议随即派人带了敕符根据太祖遗诏勒令诸王返回自己的封国。朱棣见到这个敕符大怒，仍要下令进舟。只因见到江口已经设兵把守，才没有下令。时诸王子皆赴京奔丧吊，朱棣被阻，也无可奈何。僧道衍对燕王说：“大王以至孝渡江，奈何有违诏命，反为不孝也。愿殿下养成龙虎之威也。他日风云感会，羽翼高举，则大江只投鞭可断也，今日何得屑屑于此哉！”这一番话深深打动了朱棣的心。现在渡江条件不成熟，不仅不能成就大事，反会留下不孝之名，来日方长，只待将来风云际会展翅高飞了。于是朱棣又带兵返回了北平。明朝人朱鹭认为不准诸王赴京临葬是不高明的，他造成了皇帝与诸王之间的嫌隙。按封建礼制，天子七月而葬，朱元璋的亲子是应该临葬的。不准他们赴京，必然使他们产生怨忿之心。当时四方平静无事，国家巩固，诸王虽以叔父之尊，以藩王之重，必不肯利用父皇之死来发难。以遗诏止临葬是过于谨慎了，它向诸王示以猜疑，诸王反过来持有猜疑之心就是不可免的了。他因此批评了齐泰、黄子澄的见识短浅。朱鹭又说：“若诏书未至而文皇(指燕王朱棣)先来，弗可止也；其不奉诏，亦弗可止也。”其实朱鹭所见并不全面，如上文的分析，诏止临葬是事势所然，它棋高一招，使诸王猝不及防，又师出无名。不过，也可以说诸王安于封国按兵不动却也并非全是遗诏和敕符的作用，他们与朝廷的对抗尚未准备成熟。一旦时机成熟，什么遗诏、敕符都是不放在眼里的。然而谈迁更认为朱元璋临死时召朱棣入京这个情节出于永乐时的伪造。他说：
实录于末，命特持符召燕王，建文用事者矫诏却还之淮安。疾剧，上问第四子来未，此永乐时饰说也。先是敕燕王备虏，盖无一日忘者。宁溺爱启嫌于诸王哉？浅之乎，窥高皇矣！
他将此前朱元璋给燕王的有关备御边防的一系列敕令联系起来看，认为以朱元璋之精明，必不如此。我想这是有道理的。实录不过借此突出朱棣的地位而已。
看来，皇太孙朱允炆嗣皇位是决定了的。但这皇帝之位能否保住，还另有分说。