1913年夏天，叶鸿眷以叶企孙之名再考清华，再被录取，经“甄试”编入戊午级，从此开始了他为时5年的清华学习生活。
斯时已是民国二年。经过辛亥革命后的清华园，似乎没有什么大的变化，仿佛一场普通的雷雨，经过短暂的倾注之后，这里的物象仅有些淋漓水泡而已。还是令人遐想的“水木清华”，还是藤影荷声交织的厅堂，只是荷花池间的蛙鸣唱得更响，月光之下荷花开得正盛而已。叶企孙以旧地重游的心绪徜徉在对往事的怀想中，仅仅一年多工夫，帝国已去，民国已来，然在天地自然里，全然看不出一丝印痕。
然而，这个曾经寄托着帝国梦想的学校，现在仅仅沿着惯性向前行进而已。民国政府仅仅对学校人事上进行了调整，对于它的未来，并没有清晰的设计。一个巨大的空白留待填补。
在庚子赔款的使用上，在中国虽有兴智办学的美谈，但缘起却是因了西人的算计。美国人早就知道中国的赔偿已经超索，只是对外缄默不语。在商议中国政府赔偿是付金还是付银时，中国驻美公使梁诚坚持付银，声言倘若付金，势必增加租税，加剧仇洋心理。美国前不久刚发生虐待华人事件，国内群情愤慨，掀起抵制美货浪潮。如果再因赔偿事引起时局动摇，将不符合美国在华的利益。美国国务卿海约翰见梁态度恳切，闻言为之动容，“默然良久，乃谓庚子赔款原属过多”。梁诚获得美方关于庚子赔款超索的信息后，遂不再商谈如何付款的话题，转而索要超额款项，并在很短时间内与美国政府达成了口头协议。
美国对决定归还这笔款项虽然有了明确的态度，但如何归还，或者说以什么样的方式归还，美国人还没有想好。
这一想就想了若干年。
一天，总统罗斯福在教堂里见到了从遥远的中国回来的两个传教士。这两个传教士传教的地点在长江之滨的武昌。大概是被那里的历历晴川和萋萋芳草深深吸引的缘故，他们对当地的山川名胜人文景观赞不绝口，顺便也提了提他们愉快的传教生活，并不失时机地予以了夸大。这本来是一件寻常小事，然而罗斯福却从中捕捉到了非比寻常的信号。
凭借坚船利炮从战败的文明古国手中夺人财富，不管多么巧言辩饰，终不免有强盗之嫌。发起战争，是上一届总统任期内的事，罗斯福觉得他们的行止有些愚蠢。罗斯福是一个文化扩张主义者，他一直想寻找一条有别于前人的路径，来达成坚船利炮所无法完成的预期。罗斯福还注意到了日本对华策略的变化。日本也是参战国，但是，自中国洋务派张之洞提出劝学留日之后，日本人却多有迎合之意。仅几年的时间，日本就有中国留学生五万余人。1904年，中国政府还模仿日本教育制度，颁布《奏定学堂章程》，并且聘请日本教习千余人到中国任教。日本人何以如此行事？当时的驻华大使柔克义就说，日本企图以精神层面影响和支配中国，进而达到商业上的利益。另一个在华美国教会教育会长史密斯的看法更深得罗斯福之心。他说，为了扩张精神上的影响而花些钱，即使只从物质意义上说，也能够比用别的方法收获得更多，商业追随精神上的支配，是比军旗更为可靠。
罗斯福眼前晃动的旗帜虽说比军旗更可靠，但却不甚清晰。美国文化作为西方文化的一部分，它对中国文化的优势究竟有多大，他心里没有底数。但是，来自中国武昌的两个传教士给了他信心，他从他们的谈话中获得了一个清晰的判断，这就是“基督教的教育可以同化中国”。这个判断让他有些喜不自胜。他浑身上下充斥着莫名的激动，就像圣徒顿时被灵光笼罩。他在一篇文章里说他看到了“中国的觉醒”，只要强调正义与教育，从此不再诉诸武力，中国人就会转变仇洋心理。罗斯福大声疾呼，倘若要想在根本上捍卫美国的利益，必须把目光投向中国的教育，“鼓励一种正义的生活”，“如果我们止足不前……那么，勇猛的、强大的人民将超越我们而过，胜利地控制这个世界”。
罗斯福总统不再犹豫了，他说要做此事的机会是今天，而非明天。他很快发表了国情咨文，说明了美国退还超索赔款的善意，明确表态想把这笔钱用在协助中国教育上，使中国人尽快地适应现代化环境。而要完成这一构想最好的方式就是促进中国派遣留学生来美国大学读书，并且呼吁美国高等院校的教育工作者们采取一致行动，完成此项工作。
罗斯福总统成功地将个人意志转变为国家意志，同时他也期望中国能给予他相应的回应。然而，关于如何使用这笔钱，在清廷内部却存在着诸多分歧。梁诚是主张把这笔钱用在教育上的。虽然美国人在确定退款时曾经讨他的口风，问他中国政府如何使用这笔款项时他故作外交辞令说：“这是我们中国内政，无可奉告。”但他的心里却早已有了小九九。身为外交官，他对美国何以崛起而中国何以衰败看得真切，悠悠万事，当以教育为大，这样既抓住了根本，也顺合了美国的心意。不过，他只是一个外交官，权力有限，他只能在外交的罅隙间发挥有限的作用，还不能代表国家意志，所以他才如此委婉地对美国说那些莫衷一是的外交辞令。梁诚一方面将与美国周旋超款事向外交部报告，另一方面将自己的看法向国内的权臣进行渗透，在外交部和别的机构里都获得了一定的支持。
然而，北洋大臣袁世凯获悉梁诚来自美国的报告后，却想把这笔钱用在东北三省的经济建设上。他致函外交部和总理大臣，希望将这笔钱“用以整饬路矿，作为举办学务诚本，即以所获余利分别振兴学校”。袁世凯不说不兴办教育，而是要把这笔钱先倒一下手，然后再用开办路矿的利润去办学。袁世凯此时的用意是为对付日俄对东三省的觊觎，他想打经济牌来振兴东北经济。但袁世凯的主张在总理大臣庆亲王和主管外交部的会办大臣瞿鸿那里受到了冷遇。他们不软不硬地对袁世凯说，你的想法或许不错，但人家美国人未必能同意。袁世凯欲罢不能，他不断给外交部施压，并让外交部给梁诚训令，务必把超索款项要回。外交部对袁世凯采取既不得罪又不热切的策略，指示梁诚说，你要“揆度情形”，如果不妨碍的话，你再提出袁的要求。而梁诚则对袁的话干脆来个束之高阁，在与美交涉过程中，全然不提路矿事，很有“将在外，君命有所不受”的气概，使袁世凯毫无办法。
不久，袁世凯被清廷任命为外交部尚书兼会办大臣。他命奉天巡抚唐绍仪游说美驻沈阳总领事史催得，请他代为活动美国国务院，将退款作为开发银行资金。唐还向当时美驻京公使柔克义和美国铁路大王哈里曼等提出此议。
1908年夏，袁世凯任命唐绍仪为外交部特使去美游说，结果无功而返。
就在同年7月14日，外交部照会美国公使柔克义，同意中国学生去美国“分授高等教育”，“……前四年每年遣送百人至美留学……自第五年起，每年至少必遣送五十人赴美留学，一直至该项退赔款用毕为止”。
从超索之事的提出到最后用以教育的协议达成，梁诚起到了非同寻常的作用，这个有些执拗的南方人，冒着得罪顶头上司的危险，以自己的顶戴花翎为赌注，终于智慧地完成了游美办学的心愿。若从历史的角度看，梁诚真应该算是清华办学的第一个幕后功臣。
游美之路已经打开，到叶企孙这一届，前面已送走4批“直接留美生”。这4批学生后来大多成为我国科技、教育界的顶尖人物，如梅贻琦、胡适、胡刚复、张子高、金邦正、金涛、竺可桢、赵元任等等，可谓云蒸霞蔚，光彩四射。
这些留美学子学成后大都选择了回国服务。他们是中国最早的“海归”。
关于对留美学子的考选与管理权限，当时的清廷曾多次与美方交涉。张之洞就多次主张应以中国人为留学生监督，主张由学部负责留学生的考选工作，并且提出考选时应中西学并重，不宜偏重西学，给当时的清华学堂注入了一缕民族气息，这些都对清华学子的成长起到了很好的作用。
然而，民国之后的清华，路该怎样走？
美国人不会放弃对清华的期望。他们幻想着把清华人培养成未来的领袖，培养成商界或经济精英，这样，美利坚合众国的影响就会通过这些政界或商界明星来实现。为了实现美国梦想，他们就必须向清华学子灌输强势的西方文化和基督教文化，反之，此举就是养虎为患。
民国之后的清华的未来却缺少规划。
变动只是人事方面的调整：游美学务处撤销，总办周自齐出任山东都督，会办范源濂升任教育部部长，教务长张伯苓辞职。清华学堂改称清华学校，学堂监督唐国安改称清华校长，周诒春为教务长。
1914年，也就是叶企孙再入清华的第二年，著名学者梁启超来到清华讲演，他演讲的题目是《君子》，并以《周易》的“乾”、“坤”二卦辞“天行健，君子以自强不息；地势坤，君子以厚德载物”为据，给清华题写了校训“自强不息，厚德载物”。
正是梁任公的激情填补，使学子们在迷惘时看到了自己身为中国学子的责任。古之教者，家有塾，党有庠，术有序，国有学。而厘经辨志、敬业乐群、博习亲师、论学取友、知类通达、化民易俗等育人理趣则全在学校完成，所以，从这个意义上讲，学校，特别是国之大学，通常是存放一个国家文化精魂和道德良知的地方。梁启超、章太炎，包括后来入清华任教的王国维、陈寅恪，都清楚地意识到作为一代知识分子的责任，他们都以自己的不同风格影响着清华，使清华在中国化方面一直有着清醒的记忆。
叶企孙含着眼泪听完了梁任公的演讲。因为年纪小，个子矮，他集合站队时总排在前头。台上台下，他与梁任公只隔着几米远的距离，能清楚地看见花白的头发缠绕着梁任公的那颗硕大的奇特的头颅。梁任公眼睛很亮，前额特别宽阔，因为秃顶的关系，汗珠如泉汇聚，不一会儿就奔流而下。讲话时正值冬天，即使如此，也挡不住他热气腾腾大汗淋漓。他不时掏出一块毛巾来擦脸擦脑袋，然而话语却不曾停歇，如珠妙语不断地从他口中迸射出来。他讲的是广东官话，声音铿锵，情感丰富，激越时捶胸顿足涕泪滂沱。他深情地嘱告大家：清华学子，荟中西之鸿儒，集四方之俊秀，为师为友，相磋相磨，他年遨游海外，吸收新文明，改良我社会，促进我政治，所谓君子人者，非清华学子，行将焉属……深愿及此时机，崇德修学，勉为真君子，异日出膺大任，足以挽既倒之狂澜，作中流砥柱，则民国幸甚矣！
就在这次演讲会上，叶企孙在自己的笔记本上记录下梁任公的一段话：
清华学生除研究西学外，当研究国学。盖国学为立国之本，建功立业，尤非国学不为功。苟日专心于西学，而荒废国学，虽留美数十百年，返国后仍不足以有为也。
叶企孙大概对此心有所契，因此才特意抄录下来。