从资料上显示的情况看，叶企孙从进入敬业学堂起就沉湎于数理，只是入了清华学校之后，他的这一爱好愈加明显，在精进上当是更上一层楼了。
叶企孙步入科学之门，数学似乎是他启蒙的“钥匙”。我们无法描述出在一个抽象、逻辑的世界里，那些枯燥数字为什么会给一个少年那样的快乐。即使是在黑板上随意涂抹，他也竟能灵光一现，“忽思出有两个中线及顶角求作出三角形一题之解法”。他在1915年12月17日的日记中这样写道：
予年来沉湎于数学，计今年一年中，校程之外，所作之数学杂著，多散见于日记，随作随忘……
叶企孙把自己做过的数学难题一一罗列在日记里，那些算题并不是老师布置的，而是自己刻意搜寻得来的。勤奋和执著使叶企孙如终日荷锄劳作的农人，耕作和浇灌之后，还要记得体会要领及方法。清华园里相关资料丰富，叶企孙贪婪地在数学王国里恣意驰骋，借助创造力和想象力这两只翅膀时而遨游在远古，时而飘飞在现在。
1915年10月2日，他演算《秦鲁郡数书九章·田域类》第五问“蕉叶求积”后在日记中写道：
馆按云此题中广甚少，故得数较古法多七百余，较密法少二千七百余。若设长为七百零七，广为二百九十三，亦以秦氏法求之，得三万零四百二十六步余为田积。依密法求之，实十四万四千九百余步，所差甚远，其数之不合显然矣。盖数必三乘而后，可以平方求之，今再乘之后，仅以十进之，宜其不可用也。
在演算《秦鲁郡数书九章·天时类》第七问“圆罂测雨”时，他演算出来的结果又与原来不符，他在日记中记道：
按此数与原来答数不符，予屡次复算，结果皆得三尺五寸余，与原答一尺八寸全不合。自问算法合理，不能有误。姑存之，当世君子或能见予误也。不然则俟诸后世。
过了不久，在另外的阅读中他又印证了自己的判断，于是他又追记道：
予作此草数日后，偶检《宋氏札记》，乃知予答无误也。沈氏引馆按云：“此问‘平地雨深无关圆法密率’句赘，若求罂中雨积数，则当加此语。”又云“答数误，当为三尺五寸又一千三百二十三分之九百二十”（即三万三千零七十五分之二万三千，与予所得者合）。
熟悉近代文化史的人都知晓钱玄同由“信古”到“疑古”进而到“释古”的心路历程，而与此同时，新文化的领军人物陈独秀、胡适以及鲁迅、周作人等等，都有过相似的经历。而这一现象的背后实际上是依赖于异质的文化或者说外来文化的引进和浸润，并借助这“第三只眼”重新审视中国的传统文化，进而吸收或者扬弃。受过西方教育和西方文化影响的人大都具有这种与众不同的文化身份，并且借助这种独特的文化视角去观察过往的历史和文化，该追寻的追寻，该探究的探究，该质疑的质疑。在经过一番去伪存真去粗取精之后，再把祖国传统文化中的精髓收入囊中以期慢慢享用。辜鸿铭是这样，陈寅恪是这样，鲁迅和胡适也是这样。他们并没因留洋数年而不知今夕何夕，也没有因熟读洋文而数典忘祖，知识因了他们留洋经年的这一经历，使他们成了“第三种”人，即中国和洋人之外的又一种人，他们既是中国人，但又是受过西方教育和西方文化影响而区别于传统意义上的中国人。在自然科学领域，叶企孙则是会通文理，成为这一时期叩问远古数理之门的先行者。
有了数理坚实的基础，叶企孙的视野更加开阔。父亲对西洋科学的推崇，深深影响着他，他的目光不断在科学领域搜寻和探究，并且真正爱上了它。
1915年1月10日，清华学校大礼堂内放映了一部科教片，讲的是地质构造的发现。叶企孙看得有滋有味，然而邻座却传来鼾声一片，叶企孙有感而发，在当天的日记里记下这样的话：
晚电影，讲地质学，高等科去听者寥寥，中等科虽甚多，而不能理解，趣味索然，不觉倦而鼾睡矣。我国学生之无科学常识，于此可见。其演讲之序，先讲地球上面之种类，及其生成，卒归于火成岩。然则火成岩自何处来乎？乃讲地球由太阳分裂而成及地球与八行星关系，即哥白尼之太阳系说，侯勒约失之日气团说也。末讲古代生物，递经天演，变成今形，大概变迁之方向，日趋乎智育之发达，而爪牙等日渐淘汰。由是观之，则某国只专重军备，合乎天则，其意则有微词于德意志也。又谓尔等学生当注意于科学之理解，以探天地之奥窍，以谋人群之幸福，庶几国家日进于无强而种族得免淘汰矣。
记得鲁迅在日本求学时期，也是在电影里看到外人凌辱华人而华人同学却麻木不仁的情状，遂弃医，就此走上救治民众灵魂的文学之路。而叶企孙则在相同的境遇中看到我们民族另外的缺陷，并且意识到了自己的责任：“尔等学生当注意于科学之理解，以探天地之奥窍，以谋人群之幸福，庶几国家日进于无强而种族得免淘汰矣。”如此清醒的认知，对一个弱冠少年来说实在难能可贵。
1914年暑假过后，叶企孙从上海返校不久，就和同学们一起筹措成立了“科学会”。当时的清华，各种社团纷纷涌现，可谓精彩纷呈，显示出其内在的活力。从1911年始，校内就已相继出现“英文文学会”、“基督教青年会”、“达德学会”、“唱歌团”、“摄影团”、“美术社”、“科学会”、“文友社”、“物理研究会”、“农社”、“实社”、“辞社”、“游艺社”、“孔教会”、“国际考察会”、“明德社”、“自行车会”和“╩社”等等。
学生们参加社团的动机多多，有的是平生所愿，有的是追风赶潮，也有的则是青年特有的意气使性所致。比如“╩社”的成立，就是潘光旦、吴泽霖、闻一多等几个好友，因为不满意学校连续放映恐怖吓人的惊悚片，就给校方提意见，说似这等既没有教育意义，又徒浪费时间的影片，应该少放为宜。而别的学生则对他们此举持有异议，并放言他们是一批怪物。于是，闻一多、潘光旦就对几个好友说，既然他们称我们是怪人，我们就组织一“╩社”好了。“╩”即古字，就是“上”字，并与“尚”通；纯朴的水木清华，不应该被颓唐萎靡的风气侵蚀。“……这个社什么都管，电影不好，我们提出批评，有人上厕所不守秩序，屎尿撒在外边，我们也管。”（潘光旦《留美生活》，见全国政协《文史资料选辑》第71辑，第200页）这个“╩社”，起初只有4人，后来又有几个同学加入，也仅七八人而已。
相比而言，叶企孙所创立的“科学会”要人多势众许多。究其原因，在清华学子心中，“科学”二字已经深入人心，众人心向往之，因此趋之若鹜。叶企孙从小就对科学救国的家训了然于心，况且他又喜欢看史料典籍，对有关科技方面的文章更是特别关注。当他以学子的身份来到清华后，随着视野的开阔，世界发展的趋势和科技之间的联系已清晰地呈现在他的眼前，而科学的兴起与传播，不再是个人单枪匹马的事情，它有赖于群体和团队的冲击。因此，叶企孙提出“仆以为首宜设立学会”，并呼吁大家“聚数百英俊之士，如同一之目的，平日浸渍熏染，切磋琢磨；专科学者，从事研究……积之既久，必有出类拔萃者出乎其间”。叶企孙的这些见解日后便成了“科学会”的理论依据和建会的纲领性意见。也可以说，叶企孙的见解代表了清华学子顺应时世发展的方向，因此，“科学社”得以百年流布，连绵不绝，到后来发展为具有全国影响的学术社团。再到后来，当叶企孙把目光转向科学史研究时，我们才蓦然发觉科学史和科学会二者之间的联系。科学史往往不仅仅考察研究个案，而常常对时代条件下的团队现象更感兴趣。
叶企孙一直倾心于中国的科学史研究，在他的早期论文里，比如《考证商功》（《清华学报》第2卷第2期）、《中国算学史略》（《清华学报》第2卷第6期）等，可以说是最早运用科学方法与现代数学知识介绍探讨中国数学史的史学著作。之后，有关中国科学史的研究与探询始终记挂在他的心头，至死不渝。
说叶企孙一生钟情于科学史的研究，一个很好的佐证就是他和英国学者李约瑟的友谊。李约瑟生于1900年，比叶企孙小两岁。他原是生化学家，曾靠胚胎学研究而跻身英国院士行列。1936年，他因偶然的机缘开始对中国产生兴趣，并且完全靠自修学会了汉语和阅读古文。1942年，英国政府派遣科学使节团到中国访问，以鼓舞抗战中的中国知识分子的士气。李约瑟被皇家学院提名并担任了该团的团长。当时叶企孙是中央研究院的总干事，主持研究院的日常事务，因此二人得以相识。此时李约瑟的兴趣已经完全转移到了中国科学史的研究上来，为了专注于这项研究，他向英国政府申请在使团任务结束后留在了重庆，成了英国驻华大使馆的科学参赞。在重庆期间，李约瑟和叶企孙有过多次接触，两人并且曾多次结伴到重庆周边地区作科学考察。李约瑟此时代表的是西方的现代科学理念，在经过牛顿、哥白尼和爱因斯坦一系列学说的洗礼之后，他将思索的目光聚焦在古老的中国，期待能在四大发明的故乡寻找到更多的科学发现。他的这一努力得到了回报，在四大发明之外，他还开出了更多更长的名单，比如弩、马镫、水钟、纵舵、节块施工拱桥、防漏水的舱壁、纵帆式的航海技术、生铁、鼓风炉等等。但是，比这些发现更为重要的是，他发现了中国的伟大。
在重庆码头，在长江和嘉陵江的交汇处，在清浊相汇的遐想中，叶企孙向李约瑟讲起了中国的河洛文化。那是远在几千里之外的中原，当夕阳西下，黄河与洛河的交汇处，一水如金，一水如银，在天地间融成你中有我、我中有你的神秘画面。这就是太极图最初的渊薮。叶企孙为李约瑟讲起了，在汤水之阴的羑里城，“文王拘而演《周易》”，周文王从八卦推演出六十四卦，用蓍草的长短推演出人类与时间、空间以及社会与自然之间的关系，用自然神秘的归档系统来比附日光流年和变幻莫测的大千世界，运用类型化的象征手段，借长短、正负、阴阳组合衍生出归类方法，呈现出一种普遍力量随周期变移的态势，从而构思出一套接近完整的宇宙体系进行监测。而这些东西诞生的背后，是中华民族令人惊赞的想象力和诗意的心灵。这就是古代中国科学发展的特征。尽管一些发现缺少科学证明，但在滔滔不绝的诗意想象中，这些缺口在一定程度上得到了弥合。李约瑟缺少中国古典文学的知识，诸多典籍如恒河沙数，即使穷其一生来研究也难得其详。而在这方面，叶企孙给了他很多帮助。李约瑟惊异于叶企孙的学问，叶企孙是一个科学家，但他同时又拥有那么多专业之外的知识，而在某种意义上来说，专业以外的知识却往往决定事业成败。因此，每每出行，李约瑟总爱与叶企孙结伴，在他们共同乘坐的卡车上放着他们在乡间收集的类似木牛流马的历史残片以及当地能工巧匠的精巧发明。长长的旅途成了二人探讨中国古代思想史和科学史的研讨会，他们谈论朱熹和爱因斯坦，谈论《天工开物》和《水经注》。在山路剧烈的颠簸中，东西文化也会随之碰撞。李约瑟会从叶企孙沉稳的叙述中听出他的弦外之音。李约瑟精辟地指出，中国在对待历史和科学的评判上，往往存在着伦理和物理两相混淆的状态，比如宋代蔡京的书法，因为此人大节有亏，书法虽好也无人喝彩。中国没有一套严格的学术标准来对待历史和科学，往往因人而异，因此很难呈现历史和科学的本来面貌，科学的脚步因此仍停留在中世纪的阶段……在这样的交流中，叶企孙也得益匪浅。一个真正的科学家的完美目标也因此而渐渐建立起来。
许多年后，李约瑟的《中国科学技术史》出版。在该书物理卷的扉页上，李约瑟满怀深情地写道：献给叶企孙教授。
《清华学报》创刊于1915年秋，“……以学名取名，所以选择稿件极为严厉，凡不关于‘学者’如小说等都不登载，因此每次出版，内容都很可观，大受外界欢迎，传扬远近，销路极广”。当时主抓该刊的是校长周诒春先生，学报的编辑、经理、顾问均由周先生亲自聘定，在其任内，先后受聘的师生有叶企孙、李济、陈长桐、梁思成、王文显、唐悦良、陈桢等。而叶企孙，在清华学子中首当钦点，应该是实至名归的。
早在1914年，年仅16岁的叶企孙完成了学术论文《考证商功》，两年后发表在《清华学报》。叶企孙在文中这样写道：
此篇系两年前旧作，近日展读，自愧肤浅。学算与时皆进，固无限量。然《商功》为《九章》之一，神州国粹，不可不知。原文古意盎然，后世注释者，其文亦雅驯。此篇之作，题术仍旧，说理力求明雅。使读者知我国数学文字自有佳者。同学中习立体几何者，读之可知中西一贯之理。算式敬遵海宁李氏之例，以见六十年来变迁之迹。至于辨语之处，反复引申，唯恐不尽，有裨于学者之精思云。
梅贻琦先生读后欣然评点道：“叶君疑问之作，皆由于原书中‘雏童盘池冪谷皆为长方底之皆为截锥体’一语之误。然叶君能反复推测，揭破其误点，且说理之圆足，布置之精密，俱见深心独到之处，至可喜也……”
1916年10月11日，叶企孙在《清华周刊》第82期发表学术论文《革挂解》，当时的国文老师饶麓樵先生阅后点评道：“不袭传注家一语，独摅精宜，戛戛其难，自非学有渊源，曷能臻此。”
1916年10月25日，《清华周刊》连载叶企孙的长篇论文《天学述略》，全文分3章，至1917年4月12日共15次刊完。在这篇长文里，叶企孙把思考的目光洒向浩瀚的太空，从哥白尼的日心说、伽利略的相对性原理、赫胥黎的天演论，到《史记》之天官书、《汉书》之天文志，对其地圆、地动学说进行了理性的探究，应该是现代意义上的一次科学天问。不知何故，从我国文学史角度看，凡是天问者，总有悲悯忧愤事。屈原是这样，叶企孙是这样，若干年后，深受他影响的弟子赵九章，这个一生从事天问的大气和地球物理学家也是这样。他在“文革”中含冤而死，竟连遗体也没有找到，此是后话。
1916年12月，叶企孙在《清华学报》第2卷第6期发表《中国算学史略》，文中论及算学渊源，从上古到唐宋元明清，从西学东渐到古学复兴，至海宁李氏之后，总结了我国历史上著名的数学家商高、刘徽、祖冲之、王孝通、秦九韶、李冶、李善兰、华蘅芳等人的数学成就，并在结论里说道：“善读史者，观以往之得失，谋将来之进步。”他建议设立算学会，一是系统之研究，二是留意世界各国教学之动态，以中西之比较，急起直追算学先进国家。正是因了叶企孙这样的眼界和胸襟，后来在他任清华理学院院长之时，才得以破格批准来自浙江金坛的只有初中学历的华罗庚先生留校，并多方提携，终使他成为国际知名的数学家。
当叶企孙仍是学子身份时，他的学术著作已有多篇发表在颇负盛名的国外杂志上了。他与美国的《科学》杂志很早就建立了固定的学术联系。国内的商务印书馆、中华书局也常常请他翻译国外学术文章，在一些编辑心目中，都以为他是当时《清华学报》一名资深编辑，或是从事治学的一位学者。
叶企孙创立了清华学校科学会，并任科学会社长。入社时，他向科学会捐赠数学书49卷，另有其他书籍，供同社学友学习研究。在大家的心目中，叶企孙走的完全是学者化的道路。清华人曾把学生分为若干派，其中之一曰“学者派”，读来特别像叶企孙的行止，这里不妨一读：
学者的特点，就是不但用功读书，不但成绩要好，并且能求真正的学问。他们的快乐，一半是在书本里或者实验室找到的。他们间几乎没有恋爱的生活或友谊的生活，他们也偶尔做其他的活动，但是他们认定了求学问为终身的事业。图书馆的书，他们知道得最熟悉了。他们时常借了许多同学的借书证用。图书馆里、寝室里，时常看见他们抱着一厚本课外书低着头看，还带着笔作笔记。一厚本一厚本的笔记装订了起来，这是他们最大的珍宝。他们也学得了“学者”的态度。什么问题发生，讨论之前就要先去找一个定义。有人谈到恋爱生活了，他们也要很呆板地提出爱的定义来。他们有时候不肯轻易发表意见，要等查参考书再下断语。这种读书人确乎有他们的快乐，只要今天有工夫多读些书籍，多得了些学问知识，他们便心满意足了。每逢读完了一本书，站起来伸一伸懒腰，匆匆到图书馆还了，觉得异常的愉快。即使他们又要找别家的书来参证。偶尔他自己自出心裁地有了什么好的意见，马上又要记下来……有的研究心理学，特别对于“变态生活”、“精神分析”有兴趣。有的读政治学，居然自己要拟定宪法的主张。有的研究教育，读书之外还教了许多小孩实行“实验主义”。也有的研究爱因斯坦的“相对论”、罗素的“数学哲理”的。他们看到爱因斯坦驳倒牛顿学说的地方，十分高兴；他们费了好几天看懂了一个公式，也是满意。还有的同实验有浓厚感情的。实验室还没开门的时候就去了，下了课还不肯就走。吃饭是小事，他们情愿牺牲，有时候也有带巧克力糖进实验室的，上午进去了，傍晚才出来。他们在学问里找到了非常的愉快。
当然，这是清华学者型学人的共同画像，不独属于叶企孙。但叶企孙的确是那种在学问中寻找愉快的人。
叶企孙在清华学校期间，除了参加“科学会”之外，还参加了另外一个社团“明德社”，成员有曹明銮、凌其峻、张可治、瞿国眷、许震宙、唐崇慈、吴宓、陈器、余泽兰、王善佺、刘庄、董修甲、查良钊等。《吴宓日记》1910-1915卷中有一张该社成立时的照片，18岁的叶企孙身穿青布长衫坐在同人们中间，在他身后左侧第一位有一个瘦削的戴着眼镜的人，就是吴宓。
所谓明德社，取自《大学》首章“大学之道，在明德，在亲民，在止于至善”句，意思是彰显美德，以达到一个完美的思想境界。
在中国，在一个相当长的历史阶段内，儒家经典之所以能被尊重和信任，是有着深刻的原因的。一个人从出生到成长，“树大自然直”。教化在一个人的幼年和青少年阶段，有着不可估量的作用。在这方面，儒家经典赢得了华夏民族数千年的服膺。它的伦理深入到了社会的各个阶层，乃至每一个家庭。国家和民族被这种文化统一规范和训诫，引领和诲劝。从文化史意义上看，世界上也许再也没有像儒家文化这样成功的文化。叶企孙就被这种文化引领着，一心一意去做全人格的学生，要成为一个完美的人。
1915年暑期，叶企孙放假回到上海家中，由于其父亲此时已到清华任教，家中只剩长兄次兄，家兄们诸事杂多，无心操持家务，家中一片狼藉，有些家将不家的意思。叶企孙是三子，按说家有长子，又有次兄，诸事睁一只眼闭一只眼就是，可叶企孙偏偏具有家国之心，觉得既是学子，就要有修身齐家平天下的意识，一个人连家都不爱，谈何爱人爱国乎？于是他放下手中的学业，一个假期忙于打理家政，直到把家中琐事处理完毕才又拾起学业。我们从他1915年7月24日给同学苏民的信中可以获知这一细节：
苏民兄大鉴：前日接读手书，悉京中连日霖沛，竟成泽国。弟虽在沪，此心未尝不代为闷闷也。此间炎暑略减，想无去年苦况，虽曰夏日晷长，而弟则当日碌碌，惜所忙者非学业之学，乃一家之政耳。盖近年来家人尽属旅客，是以乏清理之人。弟既归家，责自难贷。旬日以来，整理书记旧物，可藏者藏之，可弃者弃之，破者完之，蠹者曝之。即以书籍论，分部编目，已需多日，况且余者，此所以终日孳孳而无暇晷也。虽曰家庭琐事何足介怀，实亦鄙夫硁硁，云何能已……
叶企孙常说：子弟出门，不遗父兄以忧虞。他还将方孝孺的话抄录下来律己：兄须爱其弟，弟必恭其兄。勿以纤毫利，伤此骨肉情。可见，叶企孙之所以能严己宽人，是因其严格遵从儒家准则的结果。
叶企孙自幼天赋厚重，聪慧非常人可比。一般说来，这等冰雪聪明之人，大抵不太合群，然而叶企孙却不是这样，在他少年和青年阶段，总有朋友环绕。他本人并没有领袖欲望，也不想做什么中心。他总是那样谦和有礼，正直诚实，因此很受朋友爱戴。
在他的日记里，有许多篇谈论的是与昔日同学往来的情状。与他交往的同学有的出身豪富，有的出身贫寒，他均以诚相待。他将同学之情看得颇重，心怀想之，并在日记中述以记之，言语间透出对同学的关切之情。
同学周云阶来访后他在日记中写道：
周云阶来。君为养正毕业生，升入松江中学、苏州高等学堂。辛亥秋辍学归。历任养正、务本、浦东中学英文、化学教习。然君问学之心犹未衰。去夏考入北京大学理科。君尝亲执教鞭，故其讲、听、授时，心愈专而学亦愈进。奈家境不裕，不克竟学。下学期又将就教职矣！
当他得知敬业同学潘仲偕病逝的消息后，心甚悲痛，念及往事，感慨系之：
潘君仲偕讳伟堉，三周起座（厝），予往行礼。潘君为敬业毕业生，自予由敬业三年级考取清华，遂与君分襟，不意于民国一年，君以时疫殁，年止十九。君貌蔼然可亲，善书画，盖得家学之深，故亦不见其孳孳于书画也。君文清雅可诵。惜君眼凸而颔短，非福寿器，而卒未竟其学以终。呜呼痛哉！
另一同学李景彭，出身富贵人家，因系独子，从小娇生惯养。因怕上学费心费脑，父母竟让其在家中闲置。谁想李同学就此与社会上不三不四的人混在一起，染上种种恶习，竟发展到纳妾的地步。看到昔日好友自甘堕落，叶企孙非常痛心，曾与另一同学郑心吉结伴前去劝说。他在日记中讲述道：
与郑君心吉同访李君景彭，欲规戒之，惜不遇。君敬业毕业生，转入民立中学，不一年，母氏以君无昆仲，恐好学而不寿，特令辍学，今已居家两年矣。不意恶念生于怠惰。君既闲居无事，其友人某诱之作北里游，一堕溷中，不能自振，今则一日不往，一日不乐；虽积久成习，罪在己身，而损友之害，亦可畏哉。近闻君将纳妾，母不许，而无力以阻止，拟请父执干涉。予家与君之父祖数世清交，友谊所在，安得辞规戒之意，因与郑君心吉往返，惜乎其不遇也。归途茫茫，心有未安，爰志于此，聊以自镜也。
因为访李同学不遇，叶企孙觉得未尽到同学加好友的责任，心中不安。虽回清华，仍心中记挂，于是他又致函郑心吉，拜托他探访规劝李同学，使李早日醒悟，同时也解自己心忧：
心吉兄足下：在沪晤后，匆匆就道，不及走辞，曾有邮片寄足下处，谅已达览。弟五号到京，八号进校，明日上课。李君寿耆事，足下曾否往劝？朋友规过，为至难为之事，亦为至当之事，望足下勉为之，非独足下一人之德，亦李君无穷之幸也……
叶企孙关心人，如春风化雨点点滴滴，沁人心脾，总是在不经意间给人感动。有时给一位朋友写信，却能情牵数友，心怀遥远。我们从他与苏民的信中可以看出他细腻的情感：
苏民兄雅览：前接来片，悉已离京。弟本意回京时与足下再晤，而今不能。人生聚散固有定也。清校明日开课，弟到校已五日，未开课时反觉无味。下学期功课甚轻，只有英文、德文、西史、立体几何、生物学、国文六种。生物学未读过，开卷当别有趣味也。幼华今日约可到校，大学诸君亦可陆续来，地质诸君出京尚未返，未知足下悉其通信处否？沈君义已考取北京大学文科。弟前晤君，君扬言曰：前两次考清华不取，今已取大学矣。味其言颇有白昼骄人之态。君读吾书当想起宣三在松江馆之趣事，而沈君之态今犹未改也。
吾辈相识之在美者，范君既殇于前，兹又闻甘君纯启之噩耗，甘君虽有奔走之嫌，然不似夭折者。世事本如梦，不独甘君之忽而诞生，忽而游学，忽而得病，忽而归冥，如在梦中，即吾辈闻君之凶报，亦如在梦中也……
就这样，叶企孙在清华就学的5年中，既丰富了学识，又丰满了双翼，成了那个时代所要求的“全人格”式的学生，以优异成绩结束了影响他一生的清华园学生时代。
1918年6月的一天，清华园举行1913年级毕业典礼。毕业典礼在新落成的体育馆内举行。学校军乐队和铜乐队前来助兴，外交总长亲致训辞，校长赵国材发表讲话，称道叶企孙所在的年级“历年三育并进，屡得锦标”。该级毕业生共58人，他们被“金榜题名”后，逐人列于队前，从校长手中接过印有清华校徽的毕业证书……
两个月后，叶企孙和同学们在上海乘中国邮船公司新“南京号”船赴美。临行前，全体学生拍照留念，叶企孙立在第四排左起第一的位置，身穿灰色西装，白色衬衣，衣领扎有深色领结。他神情严肃，淡定从容，倚靠在船舷边上，自信的目光凝视着镜头。此时的叶企孙刚刚过完20岁生日，浑身洋溢着青春的活力。儿时羞怯内向的性格已经随风飘逝，他的目光也随之变得深沉而坚毅。