不知冀中军区以怎样的理由搪塞了熊大缜被杀事件。但是，毛泽东似乎对冀中区的排斥知识分子事件耿耿于怀。
熊大缜死后不久，毛泽东写下了著名的《大量吸收知识分子》一文。
毛泽东在文章里这样写道：
在长期的和残酷的民族解放战争中，在建立新中国的伟大斗争中，共产党必须善于吸收知识分子，才能组织伟大的抗战力量，组织千百万农民群众，发展革命的文化运动和发展革命的统一战线。没有知识分子的参加，革命的胜利是不可能的。
……但许多军队中的干部，还没有注意到知识分子的重要性，还存在恐惧知识分子甚至排斥知识分子的心理。许多我们办的学校，还不敢放手地大量吸收青年学生。许多地方党部，还不愿吸收知识分子入党。这种现象的发生，是由于不懂得知识分子对于革命事业的重要性，不懂得殖民地半殖民地国家的知识分子和资本主义国家的知识分子的区别，不懂得为地主资产阶级服务的知识分子和为工农阶级服务的知识分子的区别，不懂得资产阶级政党正在拼命地同我们争夺知识分子，日本帝国主义也在利用各种办法收买和麻醉中国知识分子的严重性，尤其不懂得我们党和军队已经造成了中坚骨干，有了掌握知识分子的能力这种有利的条件。
毛泽东一连用了5个“不懂得”奉送给那些恐惧甚至排斥知识分子的人，其口吻是极其严厉和严肃的。他对冀中“熊案”是持怀疑态度的，对他们的做法是不满的。他号召“一切战区的党和一切党的军队，应该大量吸收知识分子加入我们的军队”，当然，对资产阶级政党派遣进来的分子要加以清除，但开展清除工作必须“依靠真凭实据”。他特别提出“不要因此怀疑那些比较忠实的知识分子，要严防反革命分子陷害好人”。毛泽东或许已经知道了熊案的真相，因此他才如此有的放矢，字字句句如子弹射中靶心。
每每捧读这篇文字，笔者都觉得这是一篇写给熊大缜的祭文。倘若熊公有知，也是一个莫大的安慰了。
然而，由于当时的战争环境，对“反革命分子陷害好人”这样的事件往往疏于追查。有人因诬告而升迁，有人因构陷而高就，他们一律戴着“左”的面具，六亲不认，不讲人性，似乎只有“党性”，这些人就是康生一类的人。他们是康生们的社会基础。这类人和毛泽东批评的“恐惧”和“排斥”知识分子的工农干部是不一样的，“恐惧”和“排斥”不会加害于人，不会让人死于非命。他们这类人就是毛泽东所说的真正的“反革命分子”。
康生这类人利用革命队伍中五个“不懂得”的人，大售其奸，给革命带来严重的伤害。这些人实际上是什么都懂得的，正因为他们懂得，才会迷惑和蒙蔽许多“不懂得”的工农干部。也正是这个缘故，冀中军区1939年的“熊案”事件，开了一个很坏的头，因为没有问责制度，没有追踪省察，在历次运动中，总是出现坏人整好人，反革命整革命者的怪现象。
这种现象一直延续到“文化大革命”。
叶企孙知道熊大缜被拘的消息大概在1940年初春左右。时任中华民国教育部部长的朱家骅以国民党“中央组织部公函”的形式发给叶企孙一份公函——
兹抄送天津市执行委员许惠东马电，函请查照为荷。此致
叶企孙先生
附抄原电乙件
其所附抄件如下：
据天津市执行委员会许惠东马电称，近据确报，熊大缜（熊大正）于九月被捕，手铐脚镣。与彼同解边区政府（者有）：罪名系日本特务汉奸（之）刘维（即楚x浦）、张方（化学系）、李琳（技术大队长），李猛（贸易总局长）及熊君所介绍留存一百八十青年，均同时被捕。有押于边区政府者，有押送延安受训者。其中张方受刑最惨，两手四肢全断；其次为熊君及李琳，殊怪听闻。查熊君纯系热诚爱国抗日青年，其一切均为惠所深知。若诬为汉奸，实为不伦。务祈严饬边区政府，迅即释放，并严予制止，嗣后不再发生此类事件等情。据此，除分函军事委员会外，相应函请查照转饬为荷。此致
行政院部长朱家骅中华民国二十九年一月二十三日
此函写有三种签注或批语：
1.拟转电朱彭两总副司令查明、释放，并切实制止嗣后不得再有此类事情发生，以维法纪。荣，一、二五
2.拟存。x一、廿五xx东廿五
3.电朱彭。一x，廿五：明，廿九节
从这份函文的附件及批注看，这份文件是以抗议书的形式通过军事委员会的渠道送达边区政府的，此件既给朱德、彭德怀，想必中共高层应该悉数全知了。冀中区的“熊案”事件此时早已平息，熊大缜已经死去半年有余，毛泽东的文章以决定的形式业已传达，面对这份迟到的抗议，中共只能沉默是金了。然而这种受人诟病的事实，连累党的名声并损害党的利益，不知制造“熊案”者作何感想，或许这正是他们的目的？
作为国民党政府上层人士的朱家骅，他的本意是否真心为熊大缜和平津学生解难我们不得而知，但从他着意渲染甚至故意夸大其词这点来说，他却完全配合了蒋介石与毛泽东争夺知识分子的政策。毛泽东在他的文章里就说，“资产阶级政党正在拼命地同我们争夺知识分子”，在“争夺”这个词前面再加上形容词“拼命”，其情状之急迫就可想而知了。朱家骅此函所称张方受刑最惨，可谓捕风捉影，他的断手之祸缘起于一次雷管爆炸而非刑讯，说他“四肢全断”完全是无中生有。事实上他是被捕学生中唯一没有受“逼、供、信”的人，因为被捕前他的右手已被炸坏，锄奸团因此放了他一马。这些不太准确的信息也说明冀中学生中的确没有为国民政府做事的所谓特务人员。朱家骅所得的信息估计是从天津党政军联合办事处而来，而办事处的信息来源估计是与此案有关半年后脱离冀中回津的某个人。总而言之，熊案传出后，被国民党政府很好地爆炒了一把，让蒋介石得意了一回；另一方面，却使中共的边区政府陷入了一时的被动。
叶企孙知道熊大缜被捕的消息后如五雷轰顶。他的心境与朱家骅全然不同。熊大缜、阎裕昌曾是他朝夕相处的学生和形同手足的兄弟，这种揪心之痛外人是很难体会的。他立即给朱家骅拍去一封电报，恳望朱家骅帮助调查并从中斡旋，以政府的名义给此事以帮助，好将熊大缜等解救出来。朱家骅于1940年5月2日回信称：“受刑甚重，生死未卜，当日以揽北平青年学生号召力强，工作亦佳，致延异常嫉妒……”云云。朱斯时对“熊案”似乎已没有了兴致，他并没有倾力继续追寻下去，他回信透露的信息还是熊未死之前的情况。但这个信息给了叶企孙一个错觉，那就是熊虽陷囹圄，但生存的机会仍然很大。于是，在尚未确切得到熊大缜死讯的那些年里，他从未停止过营救熊大缜的活动。
1940年3月16日，叶企孙去重庆参加中央研究院第一届五次评议员会议。临上飞机前，他特意找了梅贻琦，求他想想办法，看能否找到中共驻重庆的高层代表，将“熊案”的来龙去脉当面说个清楚，以期通过中共高层对冀中军区施以影响，将熊大缜予以释放。梅贻琦给予了全力配合。叶企孙所说的中共在渝的高层，实际上就是周恩来，梅和周恩来都是南开校友，也都是张伯苓的学生。现在，张伯苓因避战乱暂居重庆，和周恩来同在一城，从师生之谊中寻找营救的渠道，这是他们所能想到的最好的办法了。梅贻琦是否修书致意张伯苓，我们不得而知，但张伯苓确实很热情地接待了叶企孙，并同叶共进早餐，这些在叶的日记里均有记载。在会议期间，经过张的斡旋，叶企孙见了中共在渝的代表，并把有关熊大缜的一些证明材料给了他，希望他转交给延安中共中央。但叶企孙始终没有见到周恩来。或许周已知熊案结果，故不忍相见。总之，叶企孙此行自然是无功而返。
据载，直到北平和平解放，解放军进了城，叶企孙以清华代校长的身份还流着泪给前来视察清华的陈毅元帅讲述熊大缜的冤屈。虽然他那时已知熊死，但他仍不愿承认这个现实，他还心存侥幸，以为熊大缜会随着解放军的大队人马突然出现在他的面前。
叶企孙知道熊大缜的死讯大约是在1941年春夏之间，一天，他在昆明的街上见到一位曾在冀中军区工作过的学生，闲谈中说到了冀中“熊案”，那人说，熊已被锄奸部处决，余者大都相安无事。或许此人不知熊与叶的关系，他可能是随口一说，但在叶企孙这里，却如天塌地陷一般。他坚信熊大缜是冤枉的，他的死是无辜的。他曾找到介绍熊大缜去冀中的孙鲁，质问他为什么陷熊大缜于死地而不顾。孙鲁并非共产党员，对冀中军区的情况也一无所知，他只是听信同学张珍的话，急于向冀中输送抗日人才。叶企孙原以为孙鲁是共产党员，待他说透才知他也是一个党外人士。但他并没有就此打住，反而更加恼怒，他怒不可遏地斥责孙鲁：你既啥也不是，不懂得共产党的规矩，不知道里边的曲直利害，你怎么就敢往里送人？孙鲁只好向叶师赔礼道歉。他在回忆冀中熊案时说：“当初完全是凭着一颗爱国心奔忙，无经费自己贴钱，叫敌人枪子打死了也无话说，怎么会想到出这种事情？我自己连国民党员也不是，却介绍一个特务进去，不是滑稽吗？！清华人问起我叫我怎么交代！……不过叶先生埋怨我理由也不足，熊大缜从冀中出来过，他对里边已了解了还回去，不是很能说明问题吗？就是叶先生自己不也曾想去吗？我们都是一样的，都只有爱国心，而没有其他什么！”
而更多的时候叶企孙是责备自己。他后悔当初没有劝住熊大缜，没有采取严厉一些的态度制止他去冀中，在他以往清晰明白的思路里，熊大缜的冀中之行完全是一盘盲棋。它的发生发展更多的时候就像一场梦魇，它的飘忽，它的模糊，它的诡异和神秘，都如做梦一般。几回梦里见到熊大缜，也如生前一样，悠然香炉峰，师生徐徐行，熊大缜挎着他在德国买的莱卡相机，在绿树浓荫中给自己照相。忽然就迷了路，只见峰回路转，却独不见熊大缜。在密林中听到熊大缜的呼救声，循声而去，果见熊脚镣手铐，一身血衣，见到叶企孙，大喊“老师救我”。叶企孙急忙上前解救，却被脚下草棵绊倒，如此三番，起来摔倒，竟咫尺不能相救。眼见熊大缜渐行渐远，细细一看，原来他站在一块会动的沼泽地上，逐水而去……
在这样的梦魇里，他是无助的，无奈的。
这样的情状就像人生。
什么都可以计算，唯有人生难以丈量。
确如孙鲁所说，在天津滞留期间，在熊大缜去冀中一些时日后，他曾流露过要亲自去冀中抗日的打算。冀中所去的大都是学生辈的人才，像他这种大知识分子、大科学家的顶级人物尚少加盟。他的这些想法被孙鲁等人劝阻了，孙鲁和林风对他说：虽然您会在冀中发挥很大的作用，但您毕竟年纪大了，日本鬼子三天两头扫荡，部队要跟鬼子捉迷藏，全靠两条腿跑来跑去，您这样的年纪会吃不消的，到时候反而要找人照管您，那样等于给冀中添了麻烦。叶企孙是不想给人家添麻烦的人，因此才断了去冀中的念想。熊大缜之死给他的伤害是巨大的。在他冷峻理性的一生中，唯有熊大缜一事让他变得暴烈和失控，倘若谁不小心触及熊大缜这件事，他会变得情绪激动。他的亲属曾回忆说：
1951年“思改”后，有一次叶说：有人出国开会路过苏联，看到苏联人民有许多穿棉衣的，不完全是穿皮衣的。叶就说，由此看来，苏联人民的生活水平不如欧美高。我说他的看法不对，苏联人民的生活是普遍提高，人人过得好；欧美只是少数人生活水平高，大多数人低。叶忽然大为生气地说：“你不要老是教训人，我不要你教训。你是团员，我是群众，思想当然不及你进步。”又说：“总理知道我。你懂什么？”又说：“要不是熊大缜，我早就去冀中了，那我现在就和杨秀峰差不多了。”（大意）因当时他很火，大发脾气，我没有问他后一句话到底是什么意思。（《中国科技的基石》，第494页）
叶企孙的大光其火缘于那段历史给予他的深刻创伤和难以抹平的不幸记忆。作为一位深爱祖国并为此奉献一生的科学家、教育家，他自有其深刻的判断力和洞察力。在他面前，把党外人士视做落后阶层的想法立刻显出其片面和浅薄。
历史的一页翻过去了，太阳照常升起。但作为一个个体生命，叶企孙却在冀中“熊案”之后的岁月里一直品味着这杯苦酒。
他在1947年6月23日的日记里这样写道：“今日是旧历端午节。每逢端午，吾想到大缜。九年前的端午，他从内地回到天津，那是一个surprise。谁知道以后的事多么可悲，近几天在读《白石道人歌》，看到他的‘五日凄凉心事’句，更增悲痛。（歌曲卷二：端午宿合路，调寄诉衷情。）”
在叶企孙的人生里，每年的五月端午，就是熊大缜的祭日。不知是纯属巧合还是上天的刻意安排，屈原和熊大缜，两个本不相关的悲剧人物，却因为因缘际会，在叶企孙的心里走到了一起，成为他永远的痛。