经过8年的流离颠沛的逃亡生活，西南联大终于成为了历史。8年来，叶企孙经历过多少迷茫多少快乐多少痛苦，现在就要离它而去了。面对昆明的青山绿水、风物人情，叶企孙心里涌起无限依依惜别之情。

    受梅贻琦校长之托，叶企孙仍负责清华的仪器图书搬运工作。经过几十年的苦心经营，清华大学图书馆的藏书已汗牛充栋，而且品种繁多，有许多还是国内外少有的孤本善本，如《法兰西科学院院报》、《德国物理学时报》、《英国皇家学会会刊》等等，都是非常少见的科技文献。为了这些宝贝，叶企孙在清华南撤时就曾亲自组织搬运。在日寇步步紧逼，交通困难的情况下，叶企孙和他的同事克服一切困难，将这些书籍装载四五百箱，运至重庆，为了防止落入日本鬼子魔掌，藏在重庆市内的一个山洞里。尽管经过了8年的战火洗礼，清华图书也不曾丢失一本。这些图书见证了中国8年来的硝烟烽火，见证了清华人为祖国的复兴勤奋苦读的日日夜夜，它们是清华人的魂啊！这里面包含着太多清华人的希望和艰辛！为了把这些书完好地运回去，叶企孙事必躬亲，小心谨慎，大到制订起运日程，小到装箱打包，连每个箱包的内容也必一一记录。有一个请来负责托运的小工，见这么一个面容清瘦，一身灰布衣衫的老人每天亲临现场，组织托运，甚是好奇。他悄悄地问旁边的人，此人是谁？当得知是大名鼎鼎的叶企孙时，不由得连连向叶企孙鞠躬致敬。

    终于回到清华园了。

    叶企孙站在清华大学门口，凝望着这熟悉的一切，禁不住心潮澎湃。自从他13岁走进清华，此生就注定要与清华相伴了。8年前，抗日战争爆发，全校南撤，有人悲观地认为这将是“黄鹤一去不复返”，就像宋人南迁西湖畔，只有梦中忆中原了。但叶企孙却始终坚信，总有一天，一定能回清华园，就是在昆明的这些年，他意识里也从没离开过清华园。今天，多次的梦中情节终于变成了现实。叶企孙一步步感受着清华园的亲切和温情，感受着它独特的气味和芬芳。他有些激动，泪水湿润了双眼，8年了，清华园，别来无恙乎？

    那是北院七号吧，是我的家吗？叶企孙站在自己当年的院落，看着已经显得有些破败的窗棂门廊，心中竟生出了一种难以言说的痛楚。他不敢打开房门，不敢碰触这房间的一桌一椅，不敢抚摸门前的老树，不敢聆听来自风的声音……那是在他心底封存8年的风景啊，那里有学生大缜的影子！

    那是叶企孙心中永远的痛！

    1947年8月，叶企孙当选为中国物理学会常务理事长。由于吴有训调离清华，赴东南大学任校长，叶企孙接替吴有训续任清华大学理学院院长。

    1948年的春天，叶企孙又当选为中央研究院院士，但这并不能带给他任何喜悦。抗战胜利后，久盼的和平并没有如愿降临。蒋介石撕毁《双十协定》，中国人民又经历了漫长的3年内战。面对白云苍狗般变化多端的时事，面对多灾多难的人民，叶企孙无可奈何，他把自己锁定在清华园这片土地上。他认定了一个死理，一个国家无论怎样变化，总是需要人才的。

    1948年9月，叶企孙出席中央研究院第一届院士会议，并当选为中央研究院第三届评议员。这次会议不久，时局急转直下。蒋介石在大势已去之后，不得不做好了逃往台湾的准备。他在抢运中国大陆黄金储备的同时，又制订了抢运大陆人才、轰炸大陆重要工业设施等计划……他要把一个千疮百孔、一贫如洗、人才凋零、百业俱废的大陆留给中国共产党。在蒋介石的迁台名单中，叶企孙也赫然在列。

    1948年12月，梅贻琦向叶企孙探询他的去留问题，叶企孙说，清华办学本来就置身于政局变迁之外，过去这样，以后也会保持这一传统。国民党的走与不走，与清华园无关。清华园应按自己的传统办下去，不应当受到任何政治方面的影响。叶企孙回绝了国民党，决意留在清华。

    1948年12月14日，梅贻琦进城为学校事务奔波，被国民党阻于城内，同时受阻的还有陈寅恪等几位著名学者。南京政府连续来飞机接人，要他们飞往南方。这突然的事件让梅贻琦措手不及，他身为国民党大员，虽然也曾想过要离开清华，但没想到这么快，清华园里还有许多事务还没来得及处理。但是突然的变故已经容不得他多想，就这样，梅贻琦乘坐最后一班飞机离开了北平，之后又从南京取道上海到香港再到日内瓦，从此再也没有回到大陆。陈寅恪也以“贪恋广州暖和”之由，没有再回北平。吴宓也离开了清华。好友的离去使叶企孙异常痛心。

    梅贻琦的离去是整个清华的损失。叶企孙相信这一定不是梅贻琦所愿意的，他了解梅先生，梅先生一生为清华兢兢业业，鞠躬尽瘁。1941年梅先生上任10年、清华大学建校30年之际，在昆明举行的庆祝大会上，美国一所大学发来的贺电“中邦三十载，西土一千年”，便是对此最好的佐证。梅先生把他的一生都献给了清华，把他的血肉都融入了清华的这片土地，他怎能舍弃自己的血肉轻松走开呢？

    这时，清华园里已经能够清晰地听到解放军围城部队的枪炮声了。1949年春，傅作义将军在解放军大军压境的情势下，为了保护北平这座历史文化名城，宣布起义。消息传出，清华园里有了学生们的读书声。由于梅贻琦的离去，清华学人的目光纷纷聚集到叶企孙的身上，如一群失序之雁，急盼叶企孙能给他们方向。1949年5月，在清华学人的一致拥戴下，叶企孙被任命为清华大学校务委员会主席（当时北京几所大学校长均改为主席），履行校长职责，主持新中国成立阶段清华大学校务。

    叶企孙此时的就任对于全国高校界的影响不可低估。当时国民党正在催促长江以南的大学迁校，众院校都正处于惶惶之中，没有航标、没有方向，正是叶企孙的就任和清华的正常复学，使大家看到了骇浪中的航标，也纷纷于5月之后恢复正常的秩序，使中国的大学教育没有遭受太大的损失。

    9月，叶企孙作为教育界的代表，参加了第一届中国人民政治协商会议，当选为全国政协委员。

    正在大家为迎接新中国而重新抖擞的时候，叶企孙却听到了一个令他心痛欲裂的消息，厦门大学校长萨本栋先生不幸在美国病逝！

    萨先生死了，带着他对祖国的留恋和对中国核物理研究的遗憾永远沉睡在了异国的土地上。一时谣言四起，一说萨本栋崇洋媚外，到美国不是讲学而是避乱，二说萨本栋投机钻营，投靠国民党……

    叶企孙对这些中伤之语表示了极大的愤怒。已经很久疏于动笔的他毅然在1950年7月27日的《物理学报》上发表了一篇《萨本栋先生事略》，高度评价了萨本栋的一生。他在文章中写道：“他的死使中国物理学和电机工程界失去了一个重要的研究工作者，中国的学术机关失去了一个能干而且能尽力工作的行政工作者，中国的大学生失去了一位数理及工程方面的好教授。我们看他一生的工作，始终是不断地贡献他的全力。他的寿虽然不满47岁，他所做的事业和研究工作确实不少。”

    文章发出后，在社会上引起了巨大的反响。因为那时社会上已经刮起了“思想改造”的飓风。为一个曾经给南京国民党政府做事并且死在异邦的人写文章，是需要很大勇气的。许多人认为叶企孙不识时务，为一个死去的人正名，不值得。可叶企孙却不以为然，他认为一个人生前只要为国家民族谋利，为科教救国出力，人们就不应该忘记他，更不能因政治需要无端向他身上泼脏水抹污泥，这不公平。

    1950年6月23日，毛泽东主席在第一届政协二次会议上发出了文化教育战线上的知识分子要开展自我教育和自我改造运动的口号，自此，以高校教师为主要对象的思想改造运动拉开序幕。

    这次运动是由北京大学校长马寅初在北京师范大学首先发起的。作为全国的重点高校，北大、清华当然不能落后，随之也发起了听报告、学文件、联系本人思想和学校情况开展批评与自我批评的改造运动，以达到改造思想，改革高校教育的目的。1951年9月29日周恩来总理应北大校长马寅初邀请在北大作的关于知识分子改造问题的报告，更加大了这一飓风的力度。叶企孙作为清华大学的负责人，也赶赴北京大学听了总理的报告。

    周总理的报告在首都高校引起了强烈反响。为了学习好周总理的指示精神，首都高校成立了京津高等教育学习委员会，简称“总学委会”，由当时的教育部部长马叙伦任主任委员，委员有北大校长马寅初、清华大学校务委员会主席叶企孙、燕京大学校长陆志韦等。1951年12月15日，中央教育部向全国高校发出了通知，介绍京、津两地高校教师学习情况和初步经验并推向全国。

    由此，一场轰轰烈烈的思想改造运动以燎原之势迅速遍及全国。

    1951年底，清华、北大发出通知：该学期的期末考试暂停，学生配合教师做好思想改造运动和“三反”运动。

    这是新中国为知识分子准备的第一份“礼物”。在巨大的社会浪潮之下，连普通的学生、工人都领会到其中的意义，而作为“社会名流”的叶企孙竟保持着他孩童式的天真。他对萨本栋的仗义执言就是一例。他是清华大学的第一号人物，有表达自己思想的机会，所以他说：“高校教育与科研，要‘自由、民主’”，“共产主义我赞成，最恨的是很多材料不让人看”，“战争永不会消除，帝国主义消灭后，共产党内部又要打了，南斯拉夫就是一例”。他还批评冯友兰发表的“美国法西斯化”太过分了……这样一个“不识时务”的校务委员会主席，不批他批谁？

    1952年1月16日，叶企孙在全校干部大会上作第一次检讨，他概括地谈了自己的工作：“办公时间很少，每天只一点半到两点半”，“过去对政治学、经济学一向不感兴趣，解放后在政治学习上时间也花得很少，因此，水平不高，思想领导做得不够。”这确实是叶企孙的肺腑之言，天真的他以为这样就是检讨，就是所谓的思想改造，他还幻想着读完检讨赶紧回去做他的某项物理实验。可是他没有想到，这个时候似乎整个清华大学都比他这个校务委员会主席对运动领会得深刻，比他更深地吃透了这个运动的精神。工学院的老师批评他“以理压工”，化学系教授张子高批评他“对新鲜事物感觉迟钝”，地质系张席褆批评他“对政治太不热情，在旁观”，连他的好朋友陈岱孙、张奚若也批评他“今天讲兴趣太无关了，每年毕业生都是统一分配，而你还讲个人兴趣。以后不应再认为政府就是政府，学校就是学校，两不相干”。最后张仙洲更是一语中的：“叶企孙应向教育部自请处分！”许多人还认为叶企孙的检讨过于空洞，没有发自肺腑，不能通过。群众也自由发言，纷纷对他的检讨表示不满，致使当晚的干部会议继续举行直到深夜一点多钟。

    这种结果，叶企孙是缺少思想准备的，他没有想到他在清华人心目中的形象原来是这个样子的。他是赞成社会主义的，但不能理解这场运动的本质；他赞成大家端正一下思想，却对于这种疾风暴雨式的批评心存疑惑。他原来只希望大家在这场运动中互相提一下意见，有所进步就算过关了，但他没有想到这场运动的最根本的目的，是让知识分子脱胎换骨。叶企孙有些迷惘了。难道此身不换就不能进入社会主义？难道过往坚持科学救国的信念已成罪孽？叶企孙好像一叶突然失去动力的小船，在风暴即将到来的海面上挣扎、旋转、调整，企图认清方向，划向海岸。但风暴已经来临，小船跃上了波峰，只能被一种不可抗拒的力量推着向前走。

    由于叶企孙的“严重问题”，校党委建议他多作自我批评，多找老朋友给自己提意见，准备作第二次检讨。为此，叶企孙特地找来好朋友陈岱孙，花了一个上午给自己写检讨。1952年1月22日，叶企孙在全校师生员工大会上再作检讨。在这次检讨中，他按陈岱孙给他写出的大纲，给自己提出了9点错误、4点思想根源及3点改正的办法。这次他是用学术研究的精神来作这次检讨的，从根源到现象再到解决的办法，一步步紧紧相扣，内容深刻，言辞恳切。他在检讨中说自己“脱离群众，脱离政治”，“调查、检查及审查工作做得不好”，“不民主，搞本位主义，在院系调整时觉得清华应保持它的‘传统’的综合性大学的形式，主观地搞出一套调整清华院系的方案，不考虑这方案对全国各大学的影响，还影响了一些增设的系的开办”等等。会后群众反映这次检讨比上次进步，但仍不深刻，要求叶企孙深挖自己思想深处的污秽和肮脏。许多人指出叶企孙是“以资产阶级观点办清华”，“他是继续梅贻琦的传统”，“北大马校长到任后，工作有了很大的进展，为什么我们却没有一个好的领导？”有的教授还批评叶企孙“不积极参加政治活动，土改也不去，而且还推行天才教育论”等等，要求叶企孙再作第三次检讨。也有人干脆提出了“这样思想落后的人该不该留下”等问题。不过这个问题马上遭到了反对，大家都认为叶企孙是物理学界的元老，学术水平高，优秀门生多，而且物理离社会科学远，如果能好好帮助他，还是能起用的，特别是在一些具有旧道德观点的科学家教授中他还有其一定影响。此外，他的广博的物理（及一般自然科学）知识还是能起一定作用的。只要大家一起帮助他，触及他的精神，洗涤他的灵魂，他还是可以找到一条新的人生道路的。

    1952年1月24日，叶企孙作第三次检讨。叶企孙态度诚恳地说：“我看清楚了批评与自我批评是改正我的毛病的武器，今后一定要好好地改造自己……站稳人民立场……”直到大家热烈地鼓掌表示满意。运动似乎达到了它的目的。心理学系讨论时提出“我们以后互相提意见时，要向叶先生看齐”，并认为“清华园很少看到这样的民主气氛”。外文系杨周翰说：“对叶企孙与周培源的批评感动了我，这样的民主在外国连想也想不到。”

    在关于叶企孙的情况报告中有一段文字：“他（指叶企孙）现已在清华失去了威信。故拟不再采取群众大会的方式对之进行批评，打算找一些人帮助他一下，如没有什么变化，就拖着尾巴过关，以后再耐心地在长期中给以教育。”“叶企孙能这样检讨是不容易的，应让他过关。”（《北大与清华》，国家行政管理学院出版社1998年版，第489-490页）

    1951年4月，叶企孙再次让全校师生为他的政治迟钝蒙羞。那是在大礼堂接待班禅额尔德尼的大会上，叶企孙致辞，竟当着众师生和许多高官的面说了许多“不应该说的话”。这些不合时宜的话与他的领导身份相去甚远。第二天，物理系的一些同学就把对他讲话的意见写成材料交给了他，叶企孙看后，专门在课堂上向大家作了道歉，他虚心地向同学们说：“同意你们的意见，谢谢！”但是，自从那次会议以后，在重大的政治活动中校行政领导的名单里就再也找不到叶企孙的名字，而是由副主任委员周培源先生出面了。