在第三军医大学，这个聪明而且勤奋的人很快就进入了角色。报到两个月后，樊建川就走上了讲台，开始了他的教书生涯。樊建川说，这主要是因为他在西安上学时读书比较刻苦，一本《资本论》他读了几百遍，最后把厚厚的一本书读得散了架。
就在樊建川初登讲台的时候，中国社会的大变革开始从农村走进城市。
1984年10月20日，在中国改革开放的历史上具有重要意义的中共十二届三中全会召开。在农村改革取得巨大成功之后，城市改革的号角吹响了，中国改革进入了一个新阶段，国企改革成为改革的重点。
研究经济的樊建川自然非常关注中国社会的变革。在教书之余，他用了大量时间进行社会调查，重庆钢厂、嘉陵机器厂等重庆大中型国有企业是他调查的重点。许多发生在经济体制改革过程中的鲜活案例被他结合进了教案，原本沉闷乏味的政治经济学课程居然受到了学生的追捧。
对樊建川来说，一个意想不到的收获是，到地方上进行调查，使他对地方上的经济建设非常熟悉。几年之后，他转业到了宜宾，很快就进入了角色。
在1984年，樊建川还做了一件至今引以为豪的事情。这一年，樊建川到三医大新兵连当指导员。一天，在训练中，一个女兵过于紧张，在把手榴弹拉环拉掉之后，没有把手榴弹投出去，冒着白烟的手榴弹在女兵的脚下哧哧作响。
反应迅速的连长冲上去一脚把手榴弹踹开，然后就地卧倒。樊建川则下意识地冲上去，把吓呆了的女兵摔到地上。在他卧倒的时候，手榴弹的弹片呼啸着从他的头顶飞了过去。
当樊建川站起来的时候，脖子里灌满了土，三个人毫发未伤。一场“手榴弹危机”就这样被化解了。
从危险中走出来的樊建川和连长两个人用颤抖的手点了支烟，抽完后继续训练。事后，樊建川没有挨批评，也没有立功受奖。
20多年后，樊建川在天津找到了连长。在这位昔日战友的帮助下，樊建川把他在天津发现的一个日军碉堡运回四川，成为建川博物馆最大的收藏品。樊建川希望有朝一日，他们三个战友能再见一面。
在80年代初的一个深秋，樊建川经过一个工地，具体的年月日他已经没有任何印象。此时，收藏已经成了他最大的业余爱好。在这个工地，工人们无意中挖出了一个蒋介石的铜像，这引起了樊建川的注意。
樊建川记得，工人们挖出了这个蒋介石铜像之后，就开始用工具敲砸。樊建川用废铜的价格，将这个被砸了一个裂口的铜像买了下来。现在，它被陈列在建川博物馆聚落国民党抗战中的醒目位置。也许，我们今天会感慨那些工人对历史的无知和狭隘，但在当时，即使是樊建川对此也没有更高的认识。
从这尊有裂口的蒋介石铜像开始，重庆得天独厚的条件，使收藏家樊建川搜集到的反面教材越来越多，但他对“国民党消极抗战”这个先入为主的印象并没有任何改观。
直到1987年，广西电影制片厂拍摄的电影《血战台儿庄》公映，才让军人出身的樊建川对原来根深蒂固的观念产生了怀疑。《血战台儿庄》是新中国拍摄的第一部反映抗日战争正面战场的电影，影片公映之后在大陆、台湾和香港都引起了巨大的反响。影片最后一幕中国阵亡将士的尸体形成了一个巨大的血肉长城，使观众受到极大的震撼。《血战台儿庄》所表现的国民党杂牌军这种敢于牺牲、死打、硬打的精神使樊建川感到震动。他觉得，真实的历史可能跟原来想象的不一样，作为“反面教材”收藏的国民党文物，现在得重新认识了。
从那个时候开始，樊建川有意识地去收集国民党抗战以及美军抗战的文物。樊建川说，这部电影给他敲了一棒子。他意识到：樊建川，你要去关注。
直到今天，只要电视上播放《血战台儿庄》，樊建川总会坐下来把它看完。
从收藏文物到关注历史，樊建川的业余收藏完成了一次飞跃。但是，跨过这一步对樊建川来说只是意味着更多的艰辛。正像樊建川后来出版的第一本书《一个人的抗战》的书名那样，一个人的抗战开始了。
樊建川的收藏开始从爱好变成了一种责任和探究，成为了一种现在与过去、当下与历史的对话，一种对于历史的责任感已经在樊建川心中产生。他继续在成堆的破烂和废品中寻找他感兴趣的东西，收藏的范围从“文革”扩大到了民国，收藏在他生命中的权重开始增大，直至成为一种事业。
在重庆做收藏很方便，樊建川的收藏嗜好逐渐传了出去。很多朋友把家里的“文革”传单、小报、搪瓷缸子、唱片主动送给他。樊建川说，收藏品多了起来很重要，这样在翻看的时候就会有归类、整理的习惯，平时也会下意识地去研究这些藏品。时间长了，藏品就会和自己形成一种互动，就会从看到什么收集什么到主动去收集。
但是在这个时候，樊建川的工作和收藏并没有关系。
在第三军医大学，樊建川的才华迅速显露了出来，他成了教学和研究的骨干。在几年之内，樊建川先后在《红旗》、《中国社会科学》、《经济研究》等高等级的期刊上发表了许多篇文章，涉猎的范围从农村改革到个体私营经济。他在这些文章里所持的观点，现在看来是正确而富有前瞻性的，但是在当时，部队的氛围还不像现在这么开放，樊建川的观点被视为异端。
樊建川先后受到的指责是“否定马克思主义”、“反对斯大林的观点”、“为个体户说话”，等等。他的文章《减少农业人口》因为指出农村存在过剩人口，被指责为“反对马克思主义”，因为根据马克思主义理论，只有资本主义社会才有过剩人口，社会主义怎么会有过剩人口？
不过，樊建川对此颇为理解。当时“文革”结束还没有几年，人们的思想解放还需要一个过程。时代毕竟不同，樊建川虽然因为文章观点迥异而受到批评，但是他还可以继续在学校教书，在学校里面的考核他仍然名列前茅。
按照正常的轨迹，第三军医大学教员樊建川将按部就班地得到提升，他将按照年限逐级提拔，到退休时，他可以成为一个正师级教授。樊建川对这种生活并没有太多想法。
直到有一天，这种情况发生了改变。
一天，樊建川在学校里面散步，看到了一些老人提着篮子买菜，樊建川突然觉得异常恐惧。因为，这些老人樊建川并不陌生，他们大多是学校里面退休的正师级教员或者干部。看到他们，樊建川仿佛看到了自己的未来。樊建川后来说，那一刻一种莫名的恐惧突然笼罩在他的心头，因为他特别恐惧这种能够看到自己人生终点的生活。
樊建川开始考虑改变自己的生活，他想转业回宜宾。
这个时候，樊建川已经结婚，唯一的女儿也好几岁了。对于樊建川的决定，他的妻子并没有反对，她觉得在重庆待着和回家都可以。
樊建川开始要求转业。作为单位的骨干和“壮劳力”，学校自然不会轻易放他走。学校一位姓周的处长立场鲜明，坚决不让他走。樊建川自然不能硬顶，因为这样只会使事情越办越糟。樊建川开始寻找其他突破口。一天，樊建川打听到新来的政委是山西人，他就挑选了一个周末，提了一瓶汾酒去和政委套老乡关系。
一顿酒喝下来，结局自然是毫无悬念的。从1981年到1988年，樊建川七年的教书生涯结束了，他的军人生涯也画上了一个句号。
樊建川又回到了宜宾，他的人生轨迹仿佛画了一个圆。