在20世纪90年代之后，中国的经济政策发生了微妙的目标性转移：前十余年的目标是复苏经济，解决生产能力不足的问题，因此放纵民间，举凡有利于生产力提升的俱得到鼓励，即便突破了法律底线，亦受到容忍；自此之后，改革目标已转移为加强执政集团的领导能力，增强控制力以及在发展中获得更多的利益，于是，中央向地方收权，政府与民间争利，集权主义再度归来。
其五，建立新的社会保障制度。实行社会统筹与个人账户相结合的城镇职工养老和医疗保险制度。
其三，进行外汇管理体制改革。宣布取消双重汇率制，自1994年的1月1 曰起，两种汇率实行并轨，实行“以市场供求为基础，单一的、有管理的浮动汇率”，人民币兑美元的汇率定为8.72：1，比之前的官方汇率5.7：1贬值33%。
1993年7月23日，朱镕基在全国财政会议上首次正式提出分税制的想法，一个多月后，分税制改革的第一个方案出台，中央将税源稳定、税基广、易征收的税种大部分上划，消费税、关税划为中央固定收入，企业所得税按纳税人隶属关系分别划归中央和地方；增值税在中央与地方之间按75：25的比例分成。为了说服各省，朱镕基在随后的两个多月里，奔波全国，一一说服，其间颇多拉锯、妥协。那段时间，朱镕基压力非常之大，到处都是反对之声，他首站去的就是在财政大包干制度下得益最大的广东省，自谓“不入虎穴，焉得虎子”。朱镕基成功地说服了广东省，作为“代价”，他同意将土地出让收入部分归于地方政府，这为日后的“土地财政”埋下伏笔。
以分税制取代财政大包干制，目的就是改变中央政府在收入分配上的被动局面。在朱镕基和他的幕僚们看来，中央与地方政府的财权和事权必须进行重新的“合理设置”，否则，宏观调控将缺乏坚实基础。如果中央政府在改革中行动迟缓，地方则积极试点和力求扩展，那么，加快改革很容易被理解为自下而上地冲破中央的领导和管理。
注释：
首先是事权不清，特别是中央政府，将公共服务部分的大部分支出转嫁到了县以及县以下的政府头上，以2004年为例，地方财政收入在全国财政总收入中约占45%，但财政支出却约占全国财政总支出的约72%。在教育事业费上，中央财政支出219.64亿元，而地方财政支出3146.30亿元，是中央的14倍多；社会保障补助方面，地方财政支出是中央的近7倍；支农支出是中央的10佶。在中央上收省里的部分税权的同时，地方也上行下效。省里上收地市政府的财政税收，而地市一级就上收县乡财政税收，其结果是，省级以下地方政府的财权只余下不到17%的水平，却要负担80%的民生和绝大部分公共事务的支出。由于“支出责任”的过度分散化，逼得地方政府不得不把自己变成“企业”去赚钱。
这两个问题，直白地说就是：地方把大部分的钱交上去了，但要花的钱却越来越多，中央把大部分的钱收上来了，但怎么花却从不跟地方商量。C.E.林德布洛姆在《政治与市场：世界的政治—经济制度》一书中指出，政治权力制度在更宏观的层面上为经济运行规定了一种基本环境，形成了所谓的“统率性规则”。基于联邦政体的税制在中央集权政体的中国发生“变异”，正是这一规则的生动体现。
在这一战略的引领之下，吴敬琏等人提出的整体配套体制改革方案被接纳，中央政府围绕价格、财政和税收三大主题，实施了一系列的重大变革，主要政策安排包括以下五个方面。
在这一过程中，中央政府形成了新的改革思路，在决策层看来，走过了15年的渐进式增量改革之路后，应该进入整体改革的新阶段，经济体制乃是一部配置资源的机器，长期在体制外打“外围战”会带来一系列的问题，因此必须把改革的对象与重点放在体制之内，使之与蓬勃发展中的、市场化的体制外力量形成制度性的匹配。1993年11月14日，中共中央十四届三中全会召开，会议通过了《中共中央关于建立社会主义市场经济体制若干问题的决定》，明确提出 “整体推进，重点突破”的新改革战略，宣布未来的改革将不只在边缘地带进攻，而且要在国有部门打“攻坚战”。
其四，推进国有企业的改革。建立以股份制改造为目标的现代企业制度。
其二，启动金融—银行体系的改革。建立在中央政府领导下独立执行货币政策的中央银行体制，推进现有国有专业银行的商业化经营和商业银行的多元化。
这些政策中，最为引人瞩目的是分税制的提出，它对后来的中国经济格局影响最大，同时，也最具有争议性。
<hr />
分税制的推行是改革史上一个转折性的事件，它带来的最重要的结果，是中央在经济权力和利益的分配中重新获得主动权。从1995年到朱镕基退任的2004年，中央财政收入平均占国家财政总收入的52%，但财政支出平均只占国家财政总支出的30%。
朱镕基上任之后，即以霹雳手段整顿经济秩序，他采用银行注资周转和政府直接干预的方式，解决了国有企业之间的“三角债”难题，快刀斩乱麻的手法让人耳目一新，随即他兼任中国人民银行行长，对民间融资行为进行严厉打击，在争议颇大的沈太福集资案中，力排众议，将沈太福处以极刑。1993年，中国经济再度出现投资过热，上半年全国固定资产投资增长69%，生产资料价格总指数上涨44.7%。国务院出台“国十六条”紧急“降温”，其中包括：提高存款和贷款利率，全面削减基本建设投资，重新审査地方批准的经济开发区，整顿海南、广西北海以及上海的房产投资热。这些措施呈现出行政主导、积极干预的明显特征，并迅速取得成效。
1991年年底，年届60岁的朱镕基被邓小平从上海市委书记任上抽调入京， 出任主管经济的副总理。朱镕基自大学毕业不久即进入国家计委，其后在石油工业部、国家经委、中国社科院工业经济研究所、上海市工作历练，熟悉宏观、产业、学术及地方经济各个环节，是一位罕见的实务及理论大家，其为人不苟言笑，以严厉、高效、清廉著称。在他的治理下，经济变革呈现出鲜明的集权化特征。
分税制的实施成效非常显著，在这项制度执行的第一年——1994年，中央的财政收入比上一年猛增200%，在全国财政总收入中所占的比重由上年的22%急升至56%，但财政支出在全国总支出中所占的比重比上年只增加2%。
在制度原理上，分税制是一项联邦财税制度，世界上大多数市场经济国家均采用不同形式的分税制，然而这一制度在中国却发生“变异”，成了中央实现经挤集权的手段。作为分税制的首倡者之一，吴敬琏在晚年对这一制度的实行现状非常不满，在他看来，推行分税制的前提是必须清晰地划分中央与地方的事权和支出分配，然而这两项都被刻意地“回避”了。