信长也很繁忙，特别是这两三年的生活。他所在之处，便是政务中枢，他所到之处，便是军队的大本营。其间，他还要看喜欢的角力，从山阳、山阴及其他战场回来后，每次都要犒劳随侍的部将，大摆酒宴。在酒宴上有时会哼他擅长的小调：人生五十年，如梦亦如幻，死期难避免。有时候他又要给家臣之间牵线做媒定姻缘。
细川藤孝灭了丹后的一色义直，将田边城献给信长，结果信长说：“你住那里吧。”于是他现在治理丹后周围的领土。细川藤孝与邻国丹波的明智光秀的关系比亲戚还要亲近。两人在拜谒信长之前就认识了。当光秀还未遇到明君，在越前的朝仓家做幕僚的时候，因为官职低微，鲜有人来拜访。而第一个敲开他的门、与他共谈将来希望的人正是细川藤孝。他们认为将来必定是信长的天下，于是一起脱离越前，到岐阜城述说将来的大计。自那以后，两人日益亲密，将希望寄托在信长身上，共同奋斗至今。因此两人一见面就会追忆当年的往事，述说经历过的种种艰辛，如此亲密，让旁人看了也觉得羡慕。
信长也充分肯定两人的战功。甚至比对世世代代追随他的家臣还要好。尤其是对细川藤孝，由于其门第高贵，他给予格外的尊敬。
“幽斋的儿子与一郎忠兴多大了啊？”老臣林佐渡突然听到信长的询问，有些惊慌失措。幽斋是细川藤孝的道号。在歌道、茶道方面，幽斋这个名字更为人所熟知。信长也许是想表示亲近，在很多场合都习惯称呼他的道号。
“这个嘛……”林佐渡拍了拍脑门，站起身说，“要不我去记录所查查吧。”
“那倒不至于。”信长唤住了他。他咂了咂嘴，心想近来林佐渡也有些年老昏聩了，“应该过二十岁了吧。”
“细川大人家的长子自从初次上阵以来，屡次听闻其战功卓著，应该不止二十岁了吧。”
“听说光秀家女儿比较多。”
“我记得曾听到他发牢骚说七个孩子当中头五个都是女儿……”
这段对话之后不久，信长就对细川、明智两家的情况了如指掌了。他从跟他们两家有亲戚关系的臣子那里打听到各种消息，都一一记在心里，因此比任何人都熟悉这两家。
当年九月，两家举行了盛大的婚礼，信长主动提出担当大媒人，给他们大操大办。婚礼过后，新郎新娘到安土城来道谢。夫妇非常般配。新郎与一郎忠兴就是后来的细川三斋。新娘是明智家的三女儿，当时还是二八妙龄的少女，后来成了西川家的内室，提起加拉夏夫人，就连从未谋面的人都会称赞是个美人。
信长对内要照顾到家臣之间的这些家庭琐事，对外也不忘顾全大局、发号施令。如今他的计划面临的最大课题，也是他密谋解决的问题就是本愿寺。他判断如今机会来了。迄今为止信长身经百战，最让他昼夜难安的恐怕就是本愿寺的门徒了。表面看来，宗教团体是极为消极的存在，实际上他们执拗的顽抗，还有怎么也消灭不掉的潜在势力，着实令人棘手。
元龟元年，信长曾下令一举歼灭本愿寺，出兵大阪，在川口、樱之岸布下大阵，却丝毫没有效果，反倒增强了敌方的团结与抗战精神。掐指算来到今年天正八年正好前后十一年。
本愿寺军队与织田军宣战以来已经整整十一年。长期以来，信长为这个怪敌烦恼不已，还要拨出一部分兵力对付他们，有形无形的损害难以言表。隐忍再三，如今终于到了连根拔起以绝后患的时刻。他悄悄摩拳擦掌，计划进攻。
天正八年二月，信长大举来到京都，夸示其兵多将广、军阵威严。沿山崎、郡山、伊丹等地巡游大阪近郊。他自称是追逐猎鹰，话虽如此，如果他将礼服撕扯掉，让那些狩猎助手荷枪实弹，一声令下，以石山本愿寺为中心的整个大阪的宗教团体根据地将灰飞烟灭。他的布阵与兵力都显示了他的明确意志。信长声势浩荡，却并不进攻，静观其变。
底细已经被摸清了。即便是纠集全城教门的势力，在此浪华一带佛法巍然的石山本愿寺，也不再有往日的实力了。这十一年来的推移清楚地印证了它的衰退。
首先便是将军义昭的没落。作为反信长派的一环，与之遥相呼应、使信长腹背受敌苦不堪言的武田信玄突然去世，对本愿寺而言，可以说一只翅膀被折断了。接下来越前的朝仓、江州的浅井、伊势的长岛门派全军覆没，可以说是满目疮痍。聊以依靠的上杉谦信也去世了，纪州地区的杂贺门徒也被信长降伏。松永久秀也被征讨，播州的三木城、伊丹城的荒木村重、丹波的波多野一族相继被征伐，本愿寺期待的微弱希望也被清扫殆尽。
“东有武田胜赖，西有大国毛利。”虽说勉强可以吐出这样的豪言壮语，只是那武田自从长筱一败后便不动，西国毛利最近也是一战一退，而且自从元就以来他们就奉行保守主义，到底会不会继续积极东上呢？恐怕是极为靠不住的。无论如何乐观看待当前形势，如今的石山本愿寺已经是孤立无援的孤岛。
在信长心中，兵略与政略既是分离的也是统一的。对于已经衰落的本愿寺，信长确信想攻就能攻下，然而还不打算一举攻下。他想的是尽可能不折损一兵一卒。另外还考虑到如果开起火来，以石山的佛法为中心，方八町的门前町、浪华方圆十几里内的商铺、港口、桥梁都要化为灰烬，太可惜了。
他的兵马表面上声称用鹰猎鸟，在大阪近郊示威巡游的同时，停留在洛中的佐久间右卫门和宫内卿法印等外交家奉命全力游说关白近卫前久，怂恿他劝本愿寺一方撤离大阪。他们的理由是：“这是为本愿寺着想，不，应该说是为了保住佛灯不灭，拯救数十万僧众。”
近卫前久与信长十分亲近，但是与本愿寺新门迹的教如和其父显如上人更是亲密。正因为关系密切，他才主动请命担此重任，表示粉身碎骨在所不辞。他请来敕命，首先晓谕本愿寺一方可保其平安无事。然而本愿寺在这十一年间，凭着所有门徒的鲜血与信仰，与信长对抗至今，虽说现在失去了依靠，也很难决定马上撤离大阪。
新门迹的教如是强硬派的领头人物。其父显如说：“再这样下去……”，刚要表达撤离之意，他马上号令说：“我们寸步不离石山的佛殿，哪怕是父亲率其他门徒离开。”然后他加筑防御工事，号召大家同心协力，又发布檄文，声称要与信长决一死战，士气空前激昂。
然而让他们撤离大阪的通知已经不是近卫前久的调停，而是朝廷的圣旨，是敕命。当时的记录如下：
众说纷纭之时，皇恩浩荡，遣使者前来调停。关于要求他们退出大阪城一事，敕使说，本愿寺的僧侣、夫人、重臣们，关于是否撤离一事，不必害怕信长，尽可畅所欲言。
经过几番众议，最终只能得出如下结论：第一，敕命不可违背；第二，即便与信长对抗也不可能战胜他；第三，看大多数门徒的现状可知，他们已经领悟到了错误，继续牺牲无辜性命并非信佛之人应走的道路；第四，保存佛灯。另外还可以举出数条理应撤离的理由。而强硬派的玉碎主义说到底是将武门与佛门的立场混为一谈了。
最终他们在五月宣布撤离大阪。其后虽然也有过纠纷，七月下旬到八月初，顽抗到最后的强硬派教如一党也都撤离了大阪。最后一天可以说是浪华津有史以来最值得一看的日子。
织田家的家臣矢部善七郎负责接收佛法。本愿寺设在大阪市内外的附城、栅门、城寨等共五十一处防御被挨个拆除。石山的佛殿如今已毫无防御，直到矢部善七郎率领众多士兵进驻那天，教如和显如上人以及六七名随从还迟迟不肯离去。善七郎质问道：“你们是打算切腹吗？”
“不，不！”上人率随从无可奈何地从包围中走出，悄然离去。
从海外舶来的宝物和佛具中的七珍八宝悉数被遗留在庙宇之中。“如果信长来检视的时候说我们仓皇出逃就是耻辱了。”因此本愿寺一方离开之前将所有什物宝器展列出来，一一记录在册，拂去灰尘、擦拭干净。正如人们常说好来不如好去，他们走之前把这里收拾得干干净净。停留到最后关头的教如在离去之前往袈裟的袖子里塞了一个茶叶罐儿。据说当天他们就逃到了泉州佐野川河畔。
当时的太田牛一对于大阪建市以来的繁荣和显如、教如等人的自杀深感惋惜，在手记中记述如下：
自大阪城创建之初，已度过四十九个春秋，恍若昨日之梦，观世间之相、时世之相，生死去来、有为转变之作法如电光朝露，唯一声称念之利剑。以此功德，如至无为涅槃之部。话虽如此，今思及故乡离散，上下垂泪。然而退离城池之后，信长公将会前来检视，知晓其意，退去之前命众人打扫干净建筑的各个角落，外面陈设弓箭铁炮等武器，记录其数量，里面摆放资财用具，将其重新装饰一番，交给奉旨前来的众人。
八月二日未时，从杂贺之浦、淡路岛招来数百艘船只迎接，让附城的人先登船，分左右两路行进，沿着陆路海路四散而去。时刻终于到来，松明火把加上吹来的西风，众多庙宇被焚烧殆尽，大火燃烧三个昼夜，最终化为一团黑云。
是人为的，还是自然的？如此一来，石山本愿寺极为合法地被腾出来，其后一把火烧毁了山上的庙宇殿堂、还有多年修筑的防御工事。熊熊大火烧了三天三夜，在大阪上空划过一道历史的光焰，一切化为灰烬。
火是执行一切裁决与清扫时的守护神。残留的白灰则会促进土壤中萌发新的文化萌芽，完成它施肥的使命。此时谁又能想到不久后会有一位经世治国之才在这片废墟上建造府邸呢？更何况是出现一个比安土城大数倍的大阪城。人们更加无法预料的是，那位君临大阪城的人便是如今镇守中国地区一隅的筑前守秀吉。即使当时有位伟大的预言家明确预言此事，也不会有人当真吧。