皇帝以下，中央设置三公九卿。石本是计量单位，汉代专指官吏秩级，以计俸禄。汉官吏秩共十八等，秩越高，禄也越高。
一、三公
三公谓丞相、御史大夫与太尉：丞相掌全国政务；御史大夫辅助丞相，主监察执法并掌管图籍；太尉督理全国军事。
1．丞相
丞相居百官之首，俸禄最高，掌佐天子，助理万机。金印紫绶，秩俸万石。
丞相府主要官吏：丞相司直，辅佐丞相，检举不法，秩俸千石；丞相长史，辅佐丞相，督率诸吏，处理各种政务，秩俸比千石；丞相史，秩俸四百石；丞相少史，秩俸三百石。
2．太尉
太尉专掌武事，地位和丞相相同，为最高的武官职位，秩俸万石，金印紫绶。主要是充当皇帝的最高军事顾问，多半不直接领兵。汉武帝建元二年（公元前139年）后不再设置。后武帝改太尉为大司马，作为大将军、骠骑将军的加号。
3．御史大夫
行使副丞相的职权，是丞相的助理，三公中地位最低。秩俸二千石，银印青绶。
二、九卿
九卿是指太常，光禄勋，卫尉，太仆，廷尉，大鸿胪，宗正，大司农，少府九个机构。同时执金吾，大长秋，将作大匠的地位和秩俸都与九卿相同，因此把他们和九卿统称为诸卿。京北尹、右扶风、左冯翊是三辅即京师地区的地方行政长官，有资格参加朝议，具有高于一般郡国长官的特殊地位，因此也得以列于诸卿。
1．太常
太常原名为奉常，汉朝景帝时改名为太常。掌宗庙事，一般不参加具体的行政事务，是九卿之首。秩俸中二千石，银印青绶。
太常机构主要官吏：太常丞，秩俸千石，铜印黑绶，掌凡祭祀及行礼之事，总署曹事，典诸陵邑；太常掾，秩俸四百石，铜印黑绶，助太常丞；太史令，秩俸六百石，铜印黑绶，掌天时、星历；太史丞，秩俸四百石，铜印黑绶，辅佐太史令；侍诏，秩俸二百石，分掌星历，龟卜，请雨事；治历，主历法。
2．郎中令
郎中令掌宫殿掖门户，同时也是皇帝的顾问参谋和宿卫侍从。太初元年（公元前104年）改名为光禄勋，秩俸中二千石，银印青绶。属官有五官中郎将，左右中郎将，称三署。署中各有中郎、议郎、侍郎、郎中，皆无定员，多至千人，主要是执戟宿卫宫殿。
主要属吏：车郎将，秩俸比千石；户郎将，秩俸比千石；骑郎将，秩俸比千石。此三郎将统称郎中三将，主宿卫护从。左中郎将，秩俸比二千石；五官中郎将，秩俸比二千石；右中郎将，秩俸比二千石。此三郎将统称中郎将，主宿卫护从。虎贲中郎将，秩俸比二千石；羽林中郎将，秩俸比二千石。此二将统称为虎贲羽林，主宿卫护从。光禄大夫，秩俸比二千石；太中大夫，秩俸比一千石；中散大夫，秩俸六百石；谏议大夫，秩俸六百石。此四大夫掌故问应对，为皇帝谋事。议郎，秩俸六百石，为皇帝谋事。
3．卫尉
卫尉，职掌宫门卫屯兵，是皇帝的卫队长。秩俸中二千石，银印青绶。
主要属吏：卫尉丞，秩俸千石，卫尉卿助手；公车司令，秩俸六百石，掌殿司马门，夜徼宫中；宫殿掖门司马，秩俸比千石。
4．太仆
太仆掌车马，天子每出，负责安排前后的礼仪队伍。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：考工令，秩俸六百石，制作兵器，弓弩刀铠。
5．廷尉
廷尉主管刑法和监狱以及审判案件，秩俸中二千石。银印青绶。
属吏：廷尉丞；廷尉左监；廷尉右监；廷尉左平；廷尉右平；廷尉正。
6．大行
分管诸侯及外事。秦及汉初称典客，汉景帝中六年（公元前144年）改名大行，太初元年（公元前104年）改名大鸿胪。为九卿之一，秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：治礼丞；卒史；行人；翻译；主客。
7．宗正
宗正主管皇室的宗室事务，皇帝、诸侯王、外戚男女的姻亲嫡庶等关系都由宗正来记录。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：宗正丞，秩俸比千石；宗正员吏；公主家令；公主丞。
8．大司农
大司农主管全国的赋税钱财，是汉朝的中央政府财政部。凡国家财政开支，军国的用度，诸如田租，口赋，盐铁专卖，均输漕运，货币管理等都由大司农管理。秩俸中二千石，银印青绶。
属吏：大司农丞，秩俸千石，掌财政收支的统计财会事；大司农部丞，共有十三人，负责十三州事务；治粟都尉；太仓令。
9．少府
少府主管皇室的财钱和皇帝的衣食住行等各项事务以及山海池泽之税，是皇帝的私库。秩俸中二千石，银印青绶。
少府机构属吏：少府丞，秩俸比一千石，辅佐少府卿治事；符节令，秩俸六百石，率符节台，主符节事。
兰台属官：御史中丞，秩俸一千石，领殿中兰台，掌图书秘籍，受公卿奏事，纠举不法；侍御史，秩俸六百石，分五曹办事；御史员，秩俸六百石，留台治百官。
尚书属官：尚书令，秩俸一千石，掌皇上的奏章及出纳；尚书仆射，秩俸六百石，主章奏文书；尚书丞，秩俸四百石，佐尚书仆射；太医令，秩俸六百石，掌诸医；协律都尉，掌校正乐律。
供皇帝服御诸令丞属官：织室令，主织；御府令，主天子衣服；水衡都尉，掌上林苑；上林令，主上林；六厩令，掌天子六厩。
黄门令丞属官：黄门令，掌侍左右，通报内外；中谒者，掌侍左右，通报内外。
三、除九卿外的其他诸卿
1．中尉
中尉领京师北军，掌京师徼循，太初元年改名为执金吾。秩俸二千石。
属官：中垒令；中垒丞；武库令；武库丞等。
2．将作大匠
将作大匠，原为将作少府，本是从少府中分离出来，主要是掌治宫室，秩俸二千石，银印青绶。
3．大长秋
大长秋是后宫皇后的官署，秩俸二千石。
4．右扶风
秦置主爵中尉，掌列侯。景帝中元六年（公元前144年）改为主爵都尉，负责有关封爵的事宜。武帝太初元年（公元前104年）改为右扶风（取扶助风化之意），成为地方行政长官。治所长安，辖境约当今陕西秦岭以北、鄠县、咸阳、枸邑以西之地。职掌相当于郡太守，因地属畿辅，故不称郡，与京兆尹、左冯翊合称“三辅”（即把京师附近地区归三个地方官分别管理）。
5．京兆尹
秦以内史掌治京师，汉武帝时分置左右内史，太初元年（公元前104年）改右内史为京兆尹，分原右内史东半部为其辖区，因地属畿辅，故不称郡，职掌相当于郡太守，但参与朝议。治所在长安。
6．左冯翊
秦以内史掌治京师，汉武帝时分置左右内史，太初元年（公元前104年）改左内史为左冯翊，职掌相当于郡太守，因地属畿辅，故不称郡。治所长安，辖区约在今陕西渭河以北、泾河以东、洛河中下游地区。
四、郡国
汉朝在地方实行郡国并行的制度，郡国同级。推行郡县制的地方，设郡县两级政府；建立王国的地方，模仿中央设立一套专门的职官制度。郡的最高长官称郡守或太守，县的最高长官称县令或县长；王国诸侯衣食租税，不干预行政，所以诸侯相是王国的最高长官：地方的守相及县令长，既是当地最高的行政官员，也是最高的司法官员。
郡国编制：郡守，秩俸二千石，掌一郡大小事；国相，秩俸二千石，掌一国大小事；都尉，比二千石，掌郡地士兵的征集与训练；郡丞，秩俸六百石；长史，秩俸六百石。
郡府属官：主记事掾史，主录记事；录事掾史，主记；门下掾，杂务人员。
五、县制
汉朝在郡以下设县，大县（万户以上）设县令，小县（万户以下）设县长，都是一县的最高长官。与县同一个级别的地方行政机构还有道、国、邑。国是侯国；邑是皇后，皇太后，公主的封地；境内有少数民族居住的称为道。
县官员：县令，秩俸为一千石至六百石，管辖县内的所有政务；县长，秩俸五百石至三百石，管辖县内的所有政务；功曹史，总揆众事；县尉，秩俸四百石至二百石，掌县军事；县丞，秩俸四百石至二百石；县史，秩俸百石以下。
六、县以下的机构
县以下的基层机构是乡，里，亭。汉制，十里一亭，十亭一乡。乡官主要有三老：秩、啬夫、游徼。秩掌教化；啬夫掌一乡之行政，兼收赋税；游徼捕盗贼，官治安。乡有司法审判权。乡下有里，什，伍。里（聚族列里以居，里有里门）设里长，什（十家为什）设什长，伍（五家为伍）设伍长。
汉制是十里一亭，十亭一乡。亭设亭长，秩俸百石以下。掌治安警卫，兼管停留游客，治理民事，以服兵役满期之人充任。汉高帝刘邦曾任泗水亭长。亭长下两卒：一为亭父，掌开闭扫除；一为求盗，掌逐捕盗贼（又名弩父、亭部）。此外，设于城内和城厢的称“都亭”，设于城门的称“门亭”，皆置亭长，职掌与村亭长同。