江阴失守后，随着日军步步逼近南京，乌龙山炮台也一直处于最前线。由于炮台被赋予的主要任务是“用火力阻止江面西进敌舰”，故而乌龙山炮台在对扬子江的封锁作战及阻击日本海军第3舰队上起到了至关重要的作用。由于甲一台与龙台的炮火压制使得长江上的日本兵舰一度只得停留在炮击射程之外。
在南京守城战开始的前几天，南京卫戍司令部又在龙台、虎台、甲一台、甲二台之上增设了“龙虎总台部”，黄永诚上校为总台长，总台副赵勋少校，以便统一指挥。然而12日下午战况恶化后，虽然江面无变化，日本兵舰仍在炮台最大射程以外逗留，但由于南京东、南方向的防御陆续被攻破，加之日军第16师团一部已越过甲一台的后背直扑南京城。乌龙山一带守备部队第2军团徐源泉部已退到乌龙山后心脚下。乌龙山炮台也就成了危局之地。
随着徐源泉部撤走后，乌龙山要塞部队也开始准备毁炮撤去江北。黄昏时分，龙虎总台台副赵勋来到甲一台，告知部队“总台长已过江侦察阵地，同长官部也失去联系”。此时夜幕将临，东南方的枪声依然激烈，部队一时没有办法。而赵勋只是要部队“以保存人力为主，相机撤退到武汉要塞科报到”，说完便自顾自地下山去了。
很多参加卫戍长官部会议的将领都和乌龙山炮台总台长黄永诚上校一样，只向所属部队打撤退电话，或回去安排一下撤退事宜就脱离部队，先行到达下关，随同卫戍司令部及第36师乘渡船先到江北。除教导总队和各部第一线部队还不知道情况外，其他消息灵通的各军师的后勤人员早已焚烧文件、物资，收拾起自己的紧要东西，奔向下关。
第71军军长王敬久、该军第87师师长沈发藻等根本未回指挥所，教导总队桂永清开完会，首先奔赴驻于城内的直属团营和一个旅指挥所，传达了撤退的决定，要求：“各旅、团以及少数部队作掩护，其余分向下关、三汊河各自集结，用一切可以渡江的办法，横渡长江。除随身轻武器外，其他重武器、笨重装备、粮食、物资等，全部销毁。”
这时，有些部队已先行动，又传中华门已失守，城内秩序大乱。桂永清回到富贵山地下室后，在参谋长室召集参谋处长万成渠和副官处长余易麟，说明情况后，即令副官处人员撤到三汊河等地，并指示参谋处只携带少数重要文件，其余全部销毁。吩咐完毕，又向参谋长邱清泉说：“我们一同马上走吧！”当时，紫金山主阵地的战斗，仍很激烈，光华门的谢承瑞团还在竭力反击日军的进攻。
“你先走吧！我暂留下，再和各团、营通通话，研究一下撤退的办法。”邱清泉依然站着理他面前的一堆文件，冷静地对他说。“那也好，处理好后，你赶快到三汊河来。我们到达江北后，还要组织收容工作。”桂永清说完，立刻带领几名卫士和余易麟慌慌张张地离开了地下室，向三汊河奔去。
桂永清走后，邱清泉叫卫士把一堆文件拿去烧掉，静坐在电话机旁，一支接一支抽着烟，有时两眼微闭，若有所思样。参谋处长万成渠则吩咐属下将机要文件和地图，必须烧了才能走。而作战课的底稿、地图又多，只得边查边烧，以至于富贵山地下室内不是焚烧文件的烟灰就是飘舞的纸张。
教导总队第2旅旅长胡启儒得知撤退消息较早，不等会议结束，即以奉命去下关与第36师联系为由，电话通知其第3团团长代行旅长职责，独自先去下关。可当第3团团副彭月翔和旅部联系，方知胡启儒旅长已不在旅部。打探各方情况，才知部队已经撤退，城内军民一片混乱。团长李西开果断决定，即命令把指挥所转移到廖仲恺墓地南端的团预备指挥所重掩蔽部内，继续指挥战斗。
持续到夜八时半，李西开和彭月翔正在议论战局，商讨打算，第6团团长刘子淑、第1团团长秦士铨也先后来到第3团指挥所，打听今后如何行动。李西开询问了他们的作战情况后，即将地图展开，四人坐在掩蔽部内，商讨今后的行动问题，李西开首先提出：“当前主将都弃城潜逃，城内军民一片混乱，我们孤立作战，很难坚持下去。只有两条路可走，或者突围，或者北撤。如突围，可出太平门外徐坟、岔路口向栖霞山北突出重围，而后沿九华山在句容、天王寺、溧阳之间越过京杭公路，到诸镇后再向皖南转移；如北撤，先到燕子矶一带地区找船只过江。”接着征求众人家意见，“你们看哪条路好些？”
秦士铨认为手下无兵，无力突围，还是北撤为好；刘子淑认为部下都是上月接来的新兵，未经训练，毫无作战经验，还是找船过江为宜。大家都倾向于北撤，于是决定北撤过江。李西开即用电话向各营下达了撤退的命令，这样一直在城东方向抵抗日军的教导总队随即崩溃。
这个时候，天色已经完全黑下来，到处都是混乱的情况。水西门方面的74军也开始后退，军长俞济时见情况紧急，立即派军部的李参谋把命令送51师，并嘱王耀武立即组织51师残部设法过江，过江后到滁州车站附近集结。接到命令之后，王耀武当即令周志道的第151旅到八卦洲附近绑扎木排过江，李天霞第153旅及师直属部队至下关设法渡江，过江后到滁州车站附近集结。同时在全军撤走时，在赛虹桥阵地留下了一支殿后的小部队——302团第1营的剩余官兵，在营长的率领下，就以此为主阵地掩护主力部队。
下达命令后，王耀武立即率师部人员经城内中山路向挹江门前进，然而途中却遇到第36师宋希濂部的阻挡。面对着涌来的溃兵，36师不断地开枪射击，子弹由人们头顶上空飕飕飞过。向挹江门行进的溃兵看到这种情形，有的主张与36师对打；有的说没有叫敌人打死，而被自己的部队打死了，那才冤枉。到处都是一片混乱，看无法由马路通过，又怕耽搁时间多了过不了江，王耀武立即率部绕道向挹江门走去。在整个南京城内到处都是爆炸的声音，马嘶人嚷，伤兵叫喊，乱腾到极点。由于各部队遗弃的伤兵很多，其中勉强能行者，也拄着棍子向下关前进，一面走一面骂。
由于城中各部队多沿中山路向下关撤退，而挹江门左右两门洞已经堵塞，仅中间一门可以通行，各部争先抢过，互不相让，人多门窄，极为拥挤，甚至有溃兵被挤倒踩死的，到处都是一片混乱。教导总队第1旅第2团团长谢承瑞，在光华门阵地上英勇地抗击日军多次冲击，却在挹江门门洞内被拥挤的人群踩死。第83军第156师师长李江等人见城门无法挤过，就从门东侧用绑腿布悬吊下城出走。
下关情况更为混乱，各部队均已失去掌握，各自争先抢渡。由于船少人多，有的船因超载而沉没。大部官兵无船可乘，纷纷拆取门板等物制造木筏渡江，其中有些人因水势汹涌、不善驾驭而丧生。因乌龙山要塞守军撤走，原停泊于草鞋峡、三台洞的海军“文天祥”中队的4艘鱼雷快艇中队也趁夜色驰去大通。
孤独地坐在昏黄的灯光下，卫戍司令长官唐生智的心情极其复杂。尽管此时外面已然乱如一锅粥了，但却没有人愿意跑到地下室外面去处理这样的慌乱，阴寒不堪的掩体内充斥着一股压抑的味道。没有暖气，甚至就连足够的电力也供应不上，这在南京城12月寒冷的冬季里是件令人痛苦的事情。但相比于这些，糟糕的战局更让唐生智忧心不已。
灯光再一次黯淡下来，外面作战司令部的参谋们发出阵阵抱怨的咒骂声。日本军发起攻势到目前为止已经过去了快12个小时了。在这12个小时内，南、东、东南三线的守军部队一溃再溃，几乎不成建制，城垣多处被突破。相比来说，中华门战线的作战部队还要好些，至少74军和部分第88师的士兵和军官们都还知道如果他们不能够抵挡住日军的攻势，那么整个南京的防御都将彻底完蛋。
南线的防御，大概可以用“糟糕透顶”来形容了，中华门守军在日本人的进攻下损失惨重。撤退命令刚下达，所有的防御就垮了，军长、师长和他们的部队趁着夜色匆匆退往下关。虽然这时候，失去统一指挥的各部队并没有混乱就当即溃败，但也距离全面溃撤为时不远了。
尤其是日本人已经开始进城的消息在下面流传开来的时候，南京守军各部队就几乎已经丧失作战意志了。无论是军官还是士兵都纷纷地丢掉了他们手里的武器，一个劲头地向北溃逃，而日军发起的攻势更是加深了那些“溃兵”们的恐惧心理。
即便是没有亲临到战场，唐生智也知道接下来会发生什么事情。光华门一线防御当面的87师仅仅抵抗了不到1个小时，便因为遭到重大杀伤，而失去了主要防御阵地，被迫向二线退却转移。部队完全地丧失了斗志，成为了待宰的羔羊。从中华门、光华门往北，到处都是撤退的洪潮。
没有军官的弹压，没有长官们的呵斥，无论是士兵还是下级军官，所有人都只想着一件事：那就是逃，逃得越远越好。左翼失去了第87师的掩护，右翼的第74军也跑了，正在中华门和日军争夺的88师一部也不得不撤离自己的阵地，这更加扩大了溃撤的规模。在日军围追而至的追杀下，溃撤的道路简直成为了一条死亡之路。
闭上眼，唐生智似乎能够看到那堵塞大马路的车骸，那遍地烧得焦黑的尸骸，那随处丢弃的枪支弹药，那些被抛弃了的战车、火炮、武器，那些随风飞扬的文件、资料、信函。想想这些唐生智便再也掩饰不了那满脸的绝望之情，卫戍司令部下达的退却命令并没有被不折不扣地执行，撤退是极为混乱的。
现在的战局尤其是撤退命令下达后的战局带给南京守军的只有绝望，没有人对这场战事还抱有期望，即便是南京守军的最高指挥官唐生智本人。长官司令部里现在也是一片混乱，参谋们已经开始烧毁一些文件，空气中弥漫着那种焚烧纸张的烟火味。
唐生智无奈地摇了摇头，这个时候的长官部已经不再是一个作战枢纽了，这里没有人还对未来抱有信心，有的只是彻底的绝望，一种濒临死亡前的绝望。司令部内乱成了一锅粥，神色紧张的幕僚们将一叠叠的文件匆匆投入火盆中。唐生智面色死灰地看着这些忙碌着的军官们。由于日军的攻势太快，各作战部队被打得混乱不堪，南线的日军第114师团已经攻进城了，长官部必须紧急撤离。
“长官，该走了！”一名参谋走过来，轻声地对呆若木鸡的唐生智说道，“长官部的撤离已经基本上完成了！请您立即转移指挥位置！”唐生智长叹一声，苦笑着摇了摇头，走出满地狼藉的铁道部地下室。外面的火光很是灿烂，几乎使得唐生智睁不开眼。
此时城东南隅，已发生激烈巷战。长官部的人已经在唐公馆内迅速搜集文件，卫士们正将汽油向这所屋子浇洒。根据唐生智的命令，这所屋子必须焚毁。参谋处第一科长谭道平和李仲辛还在唐公馆迅速搜集文件，等他们赶出来时，却发现卫士们正将汽油向这所屋子浇洒，原来唐生智在上车时，以500元和20瓶汽油交给卫士，要他们把这所屋子焚毁。他们立刻赶到铁道部办公室那里，除了几个散兵在无聊地来去走动以外，什么人也没有。地下室内许多一元的钞票零乱地散在地上，一具死尸倒卧在那里，在这样的混乱气氛之中，谭道平和李仲辛把遗留的文件烧掉后，也急急地离开铁道部。
此时挹江门两边布满着铁丝网，中间仅留有一条小径。第36师的士兵们举着步枪，作着瞄准的姿态，禁阻任何人的进出。第87师、第88师和其他部队退下来的官兵正向他们吵闹着，中间还夹杂一片老百姓哭叫的声音，四处断断续续的零乱的枪声。紫金山上火光照天，后面难民们扶老携幼络绎不绝。挹江门外的沿江码头上，秩序异常纷乱，枪声这边停了，那边又响了起来，人是成千成万，渡船却只有两三只。长江此时已成了生和死的分界线。
一只船刚靠近了岸，便有一群人跳跃上去，冒失地坠入江里，也没有人来理会，几百只手紧拖住渡船的船缘。船上的人们怒骂着站在岸上不让他们开驶的人群，有的向天空鸣枪。水手经过一番好言劝说，竭力把船撑动。更有许多人，还紧攀着船沿，随着渡船驶到江里，也有跌在水里随着江水流向东方。
当渡船驶到江心时，对岸浦口，又在开枪了，他们禁止南边撤退下来的船靠近江岸，渡船只好在江心里团团旋转。这是因为过去唐生智曾指示第1军军长胡宗南，不准南京的人员擅自过江。这次撤退，虽则已有无线电通知第1军，可是当时胡宗南第1军的司令部驻在滁州，命令还不及传到北岸的守军，所以才发生了如此惨剧。
目前的情况简直可以用“糟糕”来形容了。仅仅不到四天，日本人就横扫了南京外围的防御阵地，那些杂乱到可以用“乌合之众”来形容的南京守军在敌人的打击下简直是溃不成军。当然了，从一开始，谁也没指望着南京城内的这些杂七杂八的作战部队能守住南京，但谁也没有想到会是这样快就崩溃了。短短数日，悲壮的首都保卫战就这样画上一个句号。
在中山码头停下约一小时的时间里，眼见下关一带情形比战场更是凄惨，36师师长宋希濂几乎是说不出话来，从前线退下的散兵、伤员、后方勤杂部队、辎重、车辆以及眷属、老弱妇孺，把沿江马路挤得水泄不通。远处江面上的日军舰艇上不断地有机关枪扫射过来，照明弹在天空中升起，不断地有炮弹带着刺耳的尖啸声轰然而下，整个下关的撤离完全处于一片混乱之中。
沉闷的爆炸声此起彼伏，崩裂的火球接连炸起，浓黑色的硝烟袅绕着升腾在空中。一些地方燃起着大火，车辆完全被烧成一堆黑乎乎的残骸。浓浓的硝烟弥散在空中，远处的枪炮声不断传来，江边上满是血污，江水冲刷其间，卷起一片泛着猩红的血沫。炸成碎片的人体组织浸泡在血水中，泛着令人作呕的惨白色。南京的冬季让人感到阵阵刺骨的寒冷，但还有什么再比这里更令人寒颤。
“给我接掩护部队！”第36师师长宋希濂铁青着脸色走返自己的临时指挥部，外面的战况实在是太糟糕了，下关已经处于日军的炮火覆盖范围内。一切都变得那样缺乏秩序，当生命面临着终结，死亡残酷地摆在面前的时候，还有多少人能够镇定自若，去坦然面对。当死亡来临的时候，人们才发现，原来所谓的文明，所谓的人性，其实都是那样地虚无缥缈。
尽管在长官司令部的敕令下，宪兵竭力试图维持秩序，但那一切都变得徒劳无功。甚至有些司令部的中低级军官也加入到了这股疯狂逃生的浪潮中来，一切都失去了控制。南京市市长、宪兵司令萧山令甚至亲自带领宪兵队进行弹压。
然而这并不能够从根本上解决问题，整个下关除了日军漫天的炮火便是女人们大声的尖叫、男人们的愤怒……宪兵队并没有起到任何的作用，因为噩梦依然在继续。军纪的涣散使得人性进一步被扭曲，这里如同地狱一样，充满着黑暗与悲哀。
这种局面已经完全失去了控制，萧山令带领着宪兵到处弹压骚乱，控制场面，很难想象这位宪兵司令官是怎样来阻止这种骚乱继续的。在他的命令下，成群的抢船队士兵被枪毙，宪兵队执行处决的枪声就没有停止过。而那个时候负责维持秩序、也就是命令枪决这些士兵的萧山令却坐在宋希濂的面前，面无表情地商量着接下来该是怎么样，对这样的情景，他表现出极大的紧张不安的情绪。
远眺过去，江面上不断翻腾着火光，烟柱高高耸起在空中，惶惶不安的人们四散逃避着，江面上到处都是船只，这位南京市长的脸上变得煞白，没有一丝的血色。是啊，有谁不畏惧死亡呢？炮声吓得人群乱窜乱逃，哭声、呼救声、喊声、怨恨声，搅成一片。挹江门外，下关江边，各码头上的人都在涌动着，如同热锅上的蚂蚁到处乱窜；江里只有还在航渡的船只，无船的部队则是见船就抢，也有互相争船或木排而开枪的；有的利用一块门板或一根圆木而横渡长江的，有的看到过江无望而化装隐藏在老百姓家里去了。