南明隆武二年（公元1646年）二月，清军大举南征，兵锋直指郑芝龙的势力范围福建。清军南进途中，郑芝龙就已开始与之密使洽谈投降事宜。为了表达自己的诚意，郑芝龙密令自己的部下放弃天险，自动撤退，并且留下粮草，以备清军使用。
二十二岁的郑成功对父亲的行为深为不安。他与父亲展开了一次长谈。
《台湾外纪》中有这样一段记载：
成功劝曰：“……以儿细度，闽粤之地，不比北方得任意驰驱。若凭高恃险，设伏以御，虽有百万，恐一旦亦难飞过。收拾人心，以固其本；大开海道，兴贩各港，以足其饷。然后选将练兵，号召天下，进取不难矣。”
龙曰：“稚子妄谈，不知天时时势。夫以天堑之隔，四镇雄兵且不能拒，何况偏安一隅。倘画虎不成，岂不类狗乎？”
成功曰：“吾父所见者大概，未曾细料机宜，天时地利，有不同耳。清兵马虽盛，亦不能长驱而进。我朝委系无人，文臣弄权，一旦冰裂瓦解，酿成煤山之惨。故得其天时，排闼直入，剪除凶丑，以承大统。迨至南都，非长江失恃，细察其故，君实非戡乱之君，臣又多庸碌之臣，遂使天下英雄饮恨，天堑难凭也。吾父若借其崎岖，扼其险要，则地利尚存，人心可收也。”
龙曰：“识时务为俊杰。今招我重我，就之必礼我。苟与争锋，一旦失利，摇尾乞怜，那时追悔莫及。竖子渺视，慎毋多谈。”
成功见龙不从，牵其衣跪哭曰：“夫虎不可离山，鱼不可脱渊；离山则失其威，脱渊则登时困杀。吾父当三思而行。”
郑芝龙的选择，在唐宋之后日益软熟的绝大多数国人看来，都无可厚非。毕竟，此时清人已经占领了绝大部分中国领土，只有福建、两广、云南尚未归附。满洲人的战斗力已经一再得到清晰的展示，以一省抗全局，无异螳臂当车。既然早晚都得投降，那么，晚降不如早降，被迫不如主动，消极不如积极。既然天下大势已定，就应该按归降后的利益最大化来安排现在的对策。
在郑芝龙看来，现在正是像天才演员那样表演“诚恳”、“积极”的大好机会。他又把海盗那一套抛胆倾心结交新知的老伎俩使了出来，清人一信相邀，就欲欣然只身前往。郑成功的劝说，他根本没有往心里去。在他眼里，二十二岁的郑成功虽然聪明精干，然而毕竟不过还是个孩子，黄口小儿，根本没有和他探讨的必要。因此，“龙见成功语繁，厌听，拂袖而起”，干脆起身离去。
老谋深算的郑芝龙无论如何也没有想到，他这个个性强烈的长子，竟然敢违抗他的命令，不但不随着自己一道投降，而且后来成为清军最坚定的敌人，并且最终因此带累得老父搭上了性命。
中国思想家说，孝的最根本意义在于“无违”，就是无条件地服从父亲。按理说，郑芝龙的考虑无疑比郑成功更理智，更现实，也更深远。这个老海盗，凭着他在中国社会和政治风涛中的经验，已经清楚地判断出改朝换代的大戏，此时已经是快唱完了。历史大势不容更改。降清之后，即使不能如吴三桂、尚可喜、耿精忠那样封王据土，也一定可以留住自己在福建的广大财富；穿戴异族服装，并不妨碍他继续享尽人间荣华富贵。
所以，不论是从郑成功自己考虑，还是从整个郑氏家族的利益考虑，郑成功听从父命，安心归顺，都是一个正确的选择。况且，演变中的中国文化对“忠”的要求，已经不如春秋时代那么严格。
“顺天知命”已经不受社会舆论的苛责，甚至能言善辩的降臣们给自己准备的理由十分大义凛然：“谁非忠臣，谁非孝子，识天命之有归，知大事之已去，投诚归命，保全亿万生灵，此仁人志士之所为，为大丈夫可以自决矣！”
然而，郑成功却做出了一个让所有人吃惊的举动。在郑芝龙命他跟随自己一同去见清朝官员时，郑成功拒不从命，并且回信说：“从来父教子以忠，未闻教子以贰。今吾父不听儿言，后倘有不测，儿只有缟素而已。”
这是中国文化史上难得一见的父子决裂书。郑成功跳出数千年间笼罩在中国人头上的“孝”的禁锢，成就了自己的特异人格。这封决裂书，鲜明地昭显了郑成功激烈慷慨的少年性格。郑氏父子的差异，不仅仅在于“忠”与“叛”这样一个简单的道德标签，更在于对时势的看法。
少年人对前途对世界的看法总是更为乐观，更为理想化。正像郑成功对父亲所说的那样，天下尚大有可为，“地利尚存，人心可收”。处理得好，“选将练兵，号召天下，进取不难矣”。在郑成功的眼里，时势还大有可为，这个世界上还有许多奇迹等着他去创造。
郑氏父子的另一个差异是对人生的看法。在郑芝龙看来，什么“民族”、“帝国”这些宏大之事，对他来讲等同于无。人生在世，就在于要有势力、有财富、有女人，这就够了。这个老海盗的人生观是典型的中国人实用主义的“身体化”人生观。而少年郑成功的人生观无疑是一种英雄主义、理想主义的人生观。
在郑成功看来，荣誉重于生命，当然更重于物质利益。人活着，不仅仅要为“身”，更要为“心”。所以，不久之后，他写了中国史上独一无二的“教父篇”，要父亲“自爱”：
我家本起草莽，玩法聚众，朝廷不加诛，更赐爵命。至于今上，宠荣迭承，阖门封拜，以儿之不肖，赐国姓，掌玉碟，畀印剑，亲若肺腑，即糜躯粉骨，岂足上报哉？今既不能匡君于难，至宗社堕地，何忍背恩求生，反颜他事乎？大人不顾大义，不念宗嗣，投身虎口，事未可知。赵武、伍员之事，古人每图其大者。唯大人努力自爱，勿以成功为念！
西方文化是弑父文化，中国文化是弑子文化。在中国历史上，只见过父教子，哪里见过子教父？然而，郑成功却在精神上弑父，成了独一无二的逆子。后来，在与清廷谈判时，他屡屡说：“不知有父，久矣。”他给郑芝龙写了一封模棱两可的回信，摘要如下：
违侍膝下，八年于兹矣。但吾父既不以儿为子，儿亦不敢以子自居。坐是问候阔绝，即一字亦不相通。总由时势殊异，以致骨肉悬隔。
盖自古大义灭亲，从治命不从乱命。儿初识字，辄佩服《春秋》之义，自丙戌（南明隆武二年，公元1646年）冬父驾入京时，儿既筹之熟，而行之决矣。
父既误于前，儿岂复再误于后乎？儿在本朝，亦既赐姓矣，称藩矣，人臣之位已极，岂复有加者乎？况儿功名之念素淡，若复作冯妇，更非本心。此可为智者道耳。不然，悬乌有之空名，蒙已然之实祸，而人心思奋，江南亦难久安也。
郑成功的选择，不论在当时，还是在后世看来，都是一个不明智的选择。他这支大木，虽然高大，终于没有撑起明王朝的天空。历史证明了那些投降者的眼光和见识。然而，在当时和后来的漫长中国历史上，“识时务”的“俊杰”出现得太多了，这些人聪明得让人郁闷，理智得让人心灰。只有郑成功的出现，才让历史阅读者稍稍舒一口气。