就在这时候，江宁发生了一件清朝开国以来，从未有过的怪事：两江总督马新贻被刺。
马新贻在江宁练了四营新兵，规定每天操演两次，专习洋枪、抬炮、长矛，每月二十五校阅，主要的是看新兵用洋枪打靶，地点就在新建总督衙门未完工前，暂时借用的江宁府署西面的箭道。他对新兵用洋枪的“准头”如何，看得很认真，好在出了署西一道偏门，就是箭道，走了来，走了去，不费什么事，所以每一次都是亲临校射。
七月二十五又逢校阅之期，因为下雨，延迟一日。第二天一早，依例行事，到了九点多钟看完，马新贻亦同往常一样，步行回署。后面跟着负责警卫的督标中军副将喻吉三和替总督传令的武巡捕叶化龙，还有两三名马弁。走近偏门，只见有个中年人，用马新贻家乡，山东荷泽的口音喊道：“大帅！”
接着便跪了下来，双手捧着一封信，高举过顶。
马新贻认识这个人，一见便问：“你还没有回去？”
“回大帅的话，盘缠用完了。今天特为来求大帅。”
“不是给过你两次了吗？”马新贻的神色显得颇不耐烦。
“是……。”
正当那人嗫嚅着不知何以为词时，右面又有人高声喊道：“大帅伸冤！”接着也跪了下来。等马新贻回头来看时，那人突然从衣襟下取出一把雪亮的短刀，左手拉住马新贻的手臂，右手往上一递，刀已插入右胸。
“扎着了！”马新贻大喊一声，接着便倒在地上。
于是喻吉三和叶化龙等人，一拥上前抓住了刺客和告帮的那个山东人，同时将马新贻抬回上房，找医生来急救。
这样一件大事，立刻传遍全城，无不惊诧万分。于是将军魁玉、署理藩司孙衣言、臬司梅启照，还有学政殷兆镛，一起赶到督署，只见马新贻奄奄一息，已无法说话，他的两个已入中年的姨太太嚎啕大哭，跪在魁玉面前，口口声声：“请将军替我家老爷伸冤！”
魁玉知道，话中是要请他缉拿指使的正凶。但是魁玉自己也在害怕，在他看裁撤的湘军，个个都象是指使的正凶。这话不能说，说了保不定连他都会挨一刀。
因此，魁玉除了好言安慰以外，不敢说什么担当的责任的话，只巴望能保得住马新贻一条命。无奈刺中要害，群医束手，延到第二天中午，终于咽气了。
这时，江宁知府孙云锦和上元、江宁两知县会审凶手的供词，亦已呈送到魁玉那里。凶手名叫张文祥，河南汝阳人，做过洪军李侍贤的裨将。供词离奇不经，魁玉看了，只是不断摇头，连称“荒唐”。
“出缺的原因，怎么说？”魁玉问臬司梅启照，“这么荒唐的供词，怎么能出奏？”
“是！”梅启照紧皱着眉说，“主使的人，其心凶毒，不但要马制台的命，还要毁他的清誉。好在凶手还在审讯之中，只好先含糊其词。”
于是以“行刺缘由，供词闪烁”的措词，飞章入奏，到京城那天是八月初二。
总督的权柄极重，威仪极盛，居然会在官兵校射的地方被刺，这件事不但令人惊骇，而且无不诧异。因此也没有一个人不怀疑张文祥后面有主使的人，只是主使的人是谁，目的何在？却只有极少数人能够看出一个大概，这少数人中便有恭王在内。
慈禧太后正有丧母之痛，身体也不很好，但仍力疾视朝。恭王怕吓着了两宫太后，不敢多说被裁湘军流落在两江的种种不法情事，只在严讯凶手优恤马新贻外，谈到两江总督悬缺，认为非曾国藩回任不可。
就不为镇抚两江的散兵游勇，曾国藩回任也是公私并顾的好安排。论公，曾国藩没有把天津教案办妥，只是他为此心力交瘁，大损清誉，朝廷既不忍责备，更不便把他调开，另外派人主持和议，现在有此顺理成章的机会，是再好不过。论私，曾国藩回两江，驾轻就熟，正好休养病体。所以两宫太后同声准奏。
于是直隶总督便落到李鸿章身上。这也是顺理成章的事，一则他有“精兵”可拱卫京畿，再则他也是办洋务的第一把好手，正好让他接替曾国藩未能办成的和局。
这一下便宜了李鸿章的长兄李瀚章。李鸿章奉旨带兵援左宗棠西征，朝廷特命浙江巡抚李瀚章署理湖广总督，替他“看守老家”，现在李鸿章调为直督，却不便叫李瀚章回任，因为署理浙江巡抚杨昌浚，虽是曾国藩的小同乡，却是左宗棠的“嫡系”。浙江是左宗棠克复的，一直被视作他的“禁脔”，前后巡抚蒋益澧、杨昌浚都是左宗棠所力保，这两个人的报答便是替他在浙江筹饷。陕甘军务正吃紧之际，一动杨昌浚就会影响西征的“协饷”，既然杨昌浚不能动，李瀚章就不能回任，由署理而真除，则淮军的“协饷”，亦仍可取给于湖广，是件一举两得的事。
李家双喜临门，马家则是祸不单行。张文祥除了信口侮蔑马新贻以外，对于行刺的原因，是否有人指使，坚不吐实。地方官会审时，态度桀骜不驯，将军魁玉亲自审问时，他只说了一句：“我为天下除了一个通回乱的叛逆，有何不好？”马新贻虽是回教家世，但从洪武初年由武昌迁居山东曹州府，到马新贻已传了十八代之久，是道道地地山东土著，与陕甘回民风马牛不相及，可知张文祥话，完全诬蔑。
但问来问去，到底有句要紧话漏了出来！把眨迷谝怀保盟潜宦虺隼吹男资郑以缬忻苣薄＞鸵蛭庖痪浠埃鹄矸荆苈硇玛葜龅乃镆卵裕岢忠笮萄叮囚久菲粽蘸徒⑸显亍⒔厝胤焦俣疾桓摇Ｋ切睦锒己芮宄腥税屯拍茉谡馐泵鹫盼南榭冢挥眯趟挡欢ň突嵩谟锒纸牛亚彰副ǜ觥靶躺斯兀跛烙小保飧鲈鹑嗡驳２黄稹?
张文祥本人只有离奇的片段供词，但在江宁城内，却有两种首尾俱全，枝叶纷披的传说：一种是说马新贻与陕甘回乱有关；另一种是说他负义渔色，陷害患难之交。当然，后一个传说更能耸动听闻。
传说中的马新贻，在安徽合肥署理知县时，曾经为捻军所擒，擒获他的就是张文祥。但张文祥久有反正之心，所以捉住了马新贻，不但不向捻军头脑张洛行等人去报功，反而加意结纳，为他引见了两个好朋友，一个叫曹二虎，一个叫时金彪，四个人拜了把子，然后悄悄放马新贻回去，跟抚台说妥当了，再来接他们投降。
事情非常顺利，张、曹、时三个人都拉了部队，投向官方。上头委任马新贻拣选降众，编设两营，因为马新贻号毂山，所以称为“山字营”，他的三个把兄弟都当了“哨官”。马新贻就凭这两营起家，一路扶摇直上，升到安徽藩司。
洪杨平定，大事裁军，山字营遣散，张、曹、时三人都随着马新贻到藩司衙门去当差。
据说，这时候的马新贻，已有些看不起贫贱患难之交的意思了。
因此，曹二虎准备去接家眷时，张文祥就劝他一动不如一静，但曹二虎不听，把他的妻子从家乡接了出来，住在藩司衙门里。既来了，不能不谒见马夫人，恰好马新贻也到上房，一见曹二虎的妻子，惊为绝色，就此起意，勾搭上手，只是碍着本夫，不能畅所欲为。于是，马新贻经常派曹二虎出差，而每一趟的差使，总有油水可捞，曹二虎乐此不疲，马新贻亦得其所哉。
这样不多日子，丑闻传播得很快，张文祥不能不告诉曹二虎，他起先还不肯相信，暗中去打听了一番，才知真有其事，便要杀他妻子。
张文祥劝他：“杀奸须双，光是杀妻，律例上要偿命，太犯不着。大丈夫何患无妻？你索性就把老婆送了他，也保全了交情。”
曹二虎想想也不错，找了个机会，微露其意，谁知马新贻勃然大怒，痛斥曹二虎侮蔑大僚。曹二虎回来告诉张文祥，张文祥知道他快要有杀身之祸了。
这样过了些时候，曹二虎又奉命出差，这次是到安徽寿州去领军火。张文祥防他此去有变，约了时金彪一起护送。途中安然无事，曹二虎还笑张文祥多疑，张文祥自己也是爽然若失。
于是第二天曹二虎到寿春镇总兵辕门去投文办事，正在等候谒见时，中军官拿着令箭，带着马弁，来捉拿曹二虎，说他通匪。等一上了绑，总兵徐戌装出临，不容曹二虎辩白，就告诉他说：“马大人委你动身后，就有人告你通捻，预备领了军火，接济捻匪。已有公文下来，等你一到，立刻以军法从事。你不必多说了。”
曹二虎被杀，张文祥大哭了一常他跟时金彪表示，一定要为曹二虎报仇。时金彪面有难色，张文祥便指责他“不够朋友”，愿意独任其事。于是收了曹二虎的尸体埋葬以后，张、时二人，就此分手。在这一段传说中，唯一真实的是，时金彪确有其人，现在在山西当参将。
传说中的张文祥，被描画成史记《刺客列传》中的人物。据说，他用精钢打造了两把匕首，用毒药淬过，每天夜深人静后，勤练刺击的手劲，叠起四、五层牛皮，用匕首去刺，起先因为手腕太弱，贯穿无力，这样两年，练到五层牛皮，一刃洞穿。他这样做的用意，是假定严冬有下手的机会，那怕马新贻身着重裘，亦不难一刀就要了他的命。
自从练成这样一番功夫，张文祥暗中跟踪了马新贻几年。一次相遇于杭州的城隍山，因为巡抚的护从太多，无法下手，直到如今，始能如愿。又有人说，马新贻被刺时大喊一声“扎着了！”其实是“找着了”，意思是说冤家路狭，终于被找到了。还有人说，马新贻被刺，看清凶手是张文祥，说一声：“是你啊！”接着便吩咐左右：“不要难为他！”
这些传说，绘声绘影，言之凿凿，民间即令是脑筋很清楚的人，亦不能不相信。因为，不然就会发生这样一个疑问：张文祥刺马，到底是为了什么？同时官场中知道张文祥没有什么详细口供的人，却又讳莫如深，颇有谈虎色变之慨，因而越发助长了这些传言的流播，不久连京城里都知道了。
但替马家不平的，也大有人在，只是有的胆小，不敢多事，有的与湘军素有渊源，不便出头。只有安徽巡抚英翰，身为旗人，不涉任何派系，由于跟马新贻私交甚厚，因而上奏，在表扬贤劳以外，“请严诘主使之人，以遏诡谋。”京里又有个给事中王书瑞，奏请“添派亲信大臣，彻底根究”，折子中“疆臣且人人自危”以及“其中或有牵掣窒碍之处，难以缕晰推详”的话，意在言外，连慈禧太后都动了疑心。于是以五百里加紧的上谕，指派漕运总督张之万，“驰赴江宁，会同魁玉，督饬司道各员，将该犯设法熬审，务将其中情节，确切研讯，奏明办理”。此谕刚发，接着又发密旨，说“此事案情重大，断不准存化大为小之心，希图草率了事。”
张之万是个状元，也是个“磕头虫”，他的独得之秘的强身之道，是每天临睡以前，磕多少个头，说是起拜跪伏，可以强筋活血。为人深通以柔克刚的黄老之学，所以也是个“不倒翁”，这时接到朝命，大起恐慌，如果遵旨根究到底，一定会成为马新贻第二。果然，不久就接到了间接的警告，劝他不可多事，这一下，张之万越发胆战心惊，一直拖延着不肯到江宁。
无奈朝旨督催，魁玉又行文到清江浦，催“钦差”快去，张之万只好准备动身，把漕标的精锐都调了来保护，数十号官船，在运河中连番南下，他自己一直躲在舱里不露面。