十届人大一次会议通过的政府机构改革方案，决定设立国务院国有资产监督管理委员会（简称“国资委”），将国家发展计划委员会改组为国家发展和改革委员会，设立中国银行业监督管理委员会，组建商务部，组建国家食品药品监督管理局等等。分析家认为，本次机构改革方案最大的亮点是，加强了政府在市场经济制度中应有角色的建设，即加强了对市场的监督和监管力度，目的性十分明确。

    张卓元认为，成立国资委这样一个“特设机构”，其主要原因是为了终结原来的国有资产管理“五龙治水”的局面。

    所谓“五龙治水”，就是好几个部门对国有大型企业分割行使职能。中央企业工委负责这些企业负责人的任免，而财政部、国家经贸委等部门则掌控着“资产”和其他权力。如果按照出资人的三大权能——资产收益、重大决策、选择管理者来细分，则有多达9个部门在负责。

    张卓元在参与起草政府机构改革方案时，与起草小组的专家一起建议成立一个专门的机构——国资委来解决这个问题。

    1993年12月张卓元调到中国社会科学院工业经济研究所任所长时，就开始重点研究国有企业改革。他认为社会主义市场经济体制的建立和完善，关键在于重塑市场主体，特别是其中起主导作用的国有企业，使之真正成为市场主体。他当时提出，为加快国有企业改革步伐，需要对大中型企业进行公司制改组。主张国有经济主要掌握关系国民经济命脉的重要行业和关键领域，逐步从一般竞争性行业退出，对小型企业则采取多种形式的放开放活。他主张发展多元化投资主体，建立多元、竞争的国有资本运营结构。同时他还认为地方封锁、部门垄断和过度竞争，是中国发展市场体系的重大障碍。这种呼吁在当时对经济界形成很大的冲击波。

    1998年5月张卓元去辽宁考察了一个行将破产的企业，令他十分痛心的是国家资产的损失。这个只有两千人的企业破产后一下子吃掉了坏账准备金1.8亿元。当时他差点流出泪来，他发问道：用1.8亿元救活一个两千人的企业，每个职工合6万元，国家的代价是不是太大了？

    从那以后，他一直在探索国有企业的改革方案，特别是企业产权制度的创新。在张卓元看来，设立国资委的理由有三点：分割行使出资人的权力，使得国有资产运营效率非常低下；加入世贸组织与建立完善的社会主义市场经济体制，要求政府的社会管理职能和出资人的职能分开，要求企业产权主体明确；原来有些职能分工不太合理，如进出口贸易、农产品由国家计委管，工业品和原材料是国家经贸委管，其他技术等由外经贸部管，显然不适应。

    国资委的主要职能包括：依照《公司法》等法律和行政法规履行出资人职责，指导推进国有企业改革和重组；代表国家向部分大型企业派出监事会；通过法定程序对企业负责人进行任免、考核并根据其经营业绩进行奖惩；通过统计、稽核对所管国有资产的保值增值情况进行监管……用张卓元的话来说，国资委主要归并了原来三个部委的职能：一是中央企业工委的全部职能；二是国家经贸委指导国有企业改革、重组等几个职能；三是财政部的一部分职能。张卓元还建议将劳动部负责的工资总额的管理并入国资委。

    对此，中央企业工委的一位官员称：“国资体制改革的历程中，从来没有这样一个强势机构，把管资产和管人、管事全部结合起来。”它既不是行政部门，也不是事业单位，而是首次出现的所谓“国务院直属正部级特设机构”。它将依法对企业的国有资产进行监管，依法履行出资人职责，但不得直接干预企业的生产经营活动，这将使国家对这些国有资产的管理更加顺畅。

    但是有人提出，把五个部门管理国有资产的人员和工作合到一起，可能会变“五龙治水”为“政出独门”，这样会对国有企业管得更死，不符合十六大精神。这样的担心不在少数。

    张卓元也意识到这个问题。他说，成立国资委，目的是让国有企业出资人到位，防止内部人控制，但如果再走前一步，就会成为老板加婆婆。要成为老板，但不能成为婆婆，这实行起来未必容易。而最让他担心的是，企业贱卖国资致富。他在十届人大一次会议结束后就警示说，国资改制应该规范进行，绝不能允许投机行为存在，如果净资产1000万，结果200万卖掉了，这种行为是违法违纪的。国有资产改革应该规范、透明，比如国有资产出售应该公开竞标、拍卖，要经过职工代表大会，不赞成暗箱操作。

    为此，他希望国务院制定有关国有资产管理的暂行条例马上出台，这个条例将包括国有资产的转让、出售、国有企业的破产等很多问题。今后的国有资产管理改革、产权交易、资产重组、企业兼并、破产都必须依法有序进行。

    张卓元在十六大后曾说出一个警句：多强调“制度建设”，少谈点“大胆探索”。在他看来，市场经济发展到今天，大体框架已经基本建立，应该更多地强调法治，强调规范，强调制度建设。现在与十五大时不一样，当时提的是整个国有企业改革要大胆探索，现在讲规范，讲完善社会主义市场经济体制。国资管理体制改革也要规范。

    张卓元还注意到，到现在为止，中央一些部门还有一些国有资产并没有完全转归国资委监管。如铁道、邮政等系统还管着一万多亿资产，还没有交到国资委，仍然是政资不分、政企不分。他提出下一步就要加快推进这些垄断行业的改革，实行政体分开、政资分开。当然这个也要一步步来，第一步，最主要的，把原来中央企业工委管的196家先管起来，然后慢慢把其他的也管起来。

    2003年4月6日，人们看到，国务院国有资产监督管理委员会的牌子已悄然挂上北京市宣武门西大街26号原国家经济贸易委员会的北门，原外经贸委主任李荣融被任命为国资委主任。李荣融在上任后马上表示，力争用较短的时间，将国有产权交易全部纳入市场交易，并承诺从2004年起对中央企业的利润和成本进行考核。同年8月13日国资委宣布将选择6家中央企业作为试点单位，在全球范围内招聘企业的高级管理人员。这意味着国资委正式启动现代企业管理程序，从而为破解国有企业政企不分的难题迈出重要的一步。

    张卓元预测，今后几年国有经济布局将越来越向关系国家经济命脉的行业集中，国有资产越来越向大企业集中，中小企业越来越开放搞活。国有资产绝对量会增加，但是相对量也就是国有资产所占比重会缓慢下降。国有企业在有优势的地方发挥作用，这也会促进民营企业发展。

    但是他也提醒人们注意，国资委的成立只是国有企业改革的重要一步，并不意味着国有企业的改革就已大功告成。还有很多的问题需要研究，比如：如何防止行政复归？国资委与运营机构之间的关系如何界定？怎样建立约束和激励机制？如何考核评价国资委的工作？