1937年7月开始，根据日伪制订的“三年肃正计划”，日伪当局调集5万余兵力，对三江地区进行长达一年半的“大讨伐”。与此同时，日伪仍在伪通化省及间岛省大部、吉林省东部，继续进行“治安肃正”工作。仍有约两万余兵力，分布在伪通化、间岛、吉林等省各地，对抗日军民进行“讨伐”。
1939年春，敌又在日军和伪军中分别组成挺进队，在伪警察中组成特别工作队，专门对东北抗联第1路军的领导人及所带领的部队进行“讨伐”与捕杀，并通过组织“特别工作队”、特搜班、特务班等打入抗日武装内部进行政治诱降和思想瓦解。
三江地区的“大讨伐”结束后，日伪当局又把“治安肃正”的重点转到了东南部的伪通化、吉林、间岛三省，于当年10月至1941年3月，进行长达一年半的“三省联合大讨伐”，也称“东南部治安肃正”或“野副大讨伐”。
在这次大“讨伐”前，日伪进行了一些准备工作。1939年5月，在吉林市组成了以关东军第2独立守备队司令官野副昌德少将为首的“讨伐司令部”。“讨伐司令部”内设参谋部、宪兵部、警察部和伪满军、伪满铁路警护队、伪法院、伪协和会、伪行政联络部等。其中核心机构是参谋部与警察部。
在参谋部内还编有3个工作队，专门进行政治诱降等工作：第一工作队下设特设游击队和宪兵工作班；第二工作队下设潆江班、桦甸班与辉南班；第三工作队下设安图班、汪清班、延吉班和敦化班。警察部下设伪通化、吉林、间岛等警察大队，内部还设有特务搜查班、指纹班等机构。1939年5月，还在通化新成立了伪军第8军管区，管辖伪通化、安东两省军事，专门用来“讨伐”在东边道一带活动的抗联第1路军。同年9月，又制订了1939年10月至1941年3月的《东边道治安肃正计划》。随后调兵遣将，于1939年10月，开始了“三省联合大讨伐”。
这次大“讨伐”以东北抗联第1路军为主攻目标，“讨伐”地区有伪间岛省、通化省全部、伪吉林省东部的磐石、桦甸、敦化、蛟河、舒兰等县和伪牡丹江省的宁安县。
参加这次“讨伐”的日伪军警计有6万余人，其中日军有关东军独立守备队第5、9、21、7、8、4等6个大队，后又增加19、20两个大队，另有20个无线电分队。各大队还分别有由宪兵部配备的日本宪兵多名。总计日军兵力为6400余人。
参加“讨伐”的伪军有：第2军管区的步兵第2旅、骑兵第2旅、第2教导队，第8军管区的第1、第2、第3混成旅、第8教导队，第6军管区的1个旅，第7军管区的1个旅，第1军管区的步兵第5团，以及通信部队与汽车队等，总计有兵力2.5万余人。
参加“讨伐”的伪警察队有：通化省警察队（分10个“讨伐”队）、间岛省警察队（分5个讨伐队）、吉林省警察队（分14个讨伐队）、牡丹江省警察队、间岛特设队以及伪通化省全部9县、伪间岛省全部5县，伪吉林省的磐石、桦甸、敦化、蛟河、舒兰等县和伪牡丹江省宁安县的警察队。还有伪通化、间岛、吉林三省及下属各县由警察组织的特别搜查队。此外，还有东南部地区的各伪森林警察队、伪新京警察学校的学兵队、伪营口海上警察队的两架飞机，以及伪锦州、奉天、滨江等省的警察增援队，共计有警察队约3万余人。
这次“三省联合大讨伐”，日伪仍然采取“治标”与“治本”和“思想工作”相结合的办法进行。在“治标”方面，以日军为主，伪军则受日军部队长直接指挥，同时又利用各省的大批伪警察队参加军事“讨伐”。
在“讨伐”中，将被“讨伐”的区划分为东、南、西、北、东北5个地区。其中“南地区”包括伪通化省全部，“西地区”包括伪吉林省东部（即吉林地区），都是抗联第1军活动的区域。各“讨伐”区都以日本独立守备队某大队为首，指挥伪军、伪警察队等兵力，分别以东北抗联第1路军在该地区活动的部队为主要目标进行疯狂“讨伐”。在“讨伐”中采取分兵包围、轮番扫荡、来回拉网、尾追到底的战术，逼迫抗日武装与之频繁交战，不得休整，妄图把抗联第1路军等各部队分割吃掉。
这次“三省联合大讨伐”原来计划分为3个阶段。1939年10月至1940年4月为第一阶段，“讨伐”的重点为伪通化省各县和伪吉林省的桦甸县。主要目标是东北抗联第1路军司令部、警卫旅及第1方面军。1940年4月至9月为第二阶段，日伪军进行了“春夏季讨伐”，“讨伐”的重点分别为伪间岛省的安图、和龙、汪清，伪牡丹江省的宁安、东宁，伪吉林省的舒兰、伪滨江省的五常等地，主要目标分别为东北抗联第1路军第2方面军、总司令部、警卫旅和第3方面军。1940年9月至1941年3月为第三阶段，在第一、二阶段“讨伐”的基础上，积极追击抗联1路军3个方面军剩余部队，破坏其越冬准备工作，以分区“讨伐”消灭抗日部队，巩固地区治安。
除了疯狂的军事“讨伐”之外，日伪还在这次“三省联合大讨伐”期间，在“讨伐”地区加紧进行一系列所谓“治本”和“思想工作”，实施一系列反动政策和措施。主要内容有以下几个方面：
第一，加紧推行所谓“匪民分离”政策。一是进一步强化保甲连坐制度，如发现一人“通匪”，则全家斩首，邻里之人也均要被处以罚金。为了鼓励邻里之间互相监视，又规定如果事先告发与抗日联军有联系的人，则可以减免罚金。二是进一步强化“集团部落”政策，继续在伪通化、吉林、间岛等省增建“集团部落”，加强其防卫设施。此外，日伪还于1939年6月，由伪治安部派出50余名指纹管理技术人员到“讨伐”地区，协助办理发放按有指纹的居民证，以便在“讨伐”中随时检查民众，防止抗日武装人员藏匿在民众之中。
第二，对抗日联军加紧经济封锁，断绝粮道。日伪除在全伪满对粮食供应实行统制，不准交易外，在“讨伐”区内，还对粮食与生活必需品实行专卖配给制，每次配给居民的粮食等物，仅够居民用两三天的，以此来防止抗联人员从民众中得到粮食和生活用品。1939年和1940年两年间，每年从8月中旬至10月初，都强迫“讨伐”区的农民不等庄稼成熟就提前收割，然后把收割完的庄稼，集中运到指定地点由军警看守，以防止粮食流入到抗联人员手中。
第三，加紧整修警备道路、警备通信设施。在一年半大“讨伐”期间，日伪当局在伪通化、吉林、间岛三省新增修警备道路20余条，其中伪吉林省修筑了十余条，新修警备道路70公里，补修警备道路260公里，新架警备电话线100公里，修理电线500公里。伪通化省延长警备道路312公里。
第四，不准民众在铁路、公路两旁种植高粱等作物，不准农民在山坡谷地开荒种地。还砍伐掉铁路、公路两侧50米以内的树木。如在伪吉林省，砍伐道路两侧50米以内的树木即达200公里。同时铁路警护队加紧在铁路沿线和火车上对旅客及行人进行盘查。
第五，烧毁抗联部队栖身的山寨、房屋。据资料记载，自1939年10月至1940年末，日伪军警在“三省联合大讨伐”中，共捣毁山寨2085个。1939年10月至1940年4月，伪吉林省“讨伐”队在敦化、桦甸、蛟河、安图、漾江等5县共烧毁山间房屋230栋。
第六，利用宪兵工作班、警察特搜班等组织，在“讨伐”区域大肆搜集情报，进行诱降活动。其诱降方法除直接对抗联人员进行政治诱降、思想瓦解外，还威胁利诱抗联人员中的变节投降分子，或通过抗联人员的亲属进行劝降活动。对已降敌的人员，则被编成警察队、特设队、特别工作班，利用他们对抗联熟悉的特点，讨伐抗联部队，破坏抗联的密营、山寨，捕杀抗联领导骨干。
第七，进行所谓的“思想讨伐”和“文化讨伐”。从1940年3月开始，野副讨伐司令部每隔半个月，都要在吉林市召开一次会议，有讨伐司令部参谋、宪兵、警察等部部长参加，专门研究从文化思想方面如何镇压东北抗联的措施。还派出大批伪协和会人员和伪行政人员，在“讨伐”地区各地组成“宣抚班”，构成“宣抚网”，对抗日军民大肆进行“宣抚活动”。同时还向“讨伐”区域大量散发反共传单和色情照片、淫秽书刊，以期对抗联人员进行思想腐蚀和精神打击。为了策动抗联内部的分化，捕杀抗联高级将领，1939年4月伪治安部还制定了捕杀抗联及抗日军高中级干部的赏金规定，其中规定杀害抗联军长者赏金1万元，杀害师长赏金5000元，杀害团长、参谋长赏金2000元，其他人赏金1000元或酌情给以奖励。