六月二十四日晚，胡瑞澜突然升起堂来，开审杨乃武案。
杨乃武早就听说北京派了钦差下来，要特审自己一案，知道一定是姊姊杨菊贞在京中找到族叔杨增生有了作用，递上了状子，所以派了钦差，这一回总算可以冤狱得反，便一日日盼着升堂辩冤。
当日大堂之上，钦差胡瑞澜在上首高坐，正中供着圣旨，宁波知府边葆诚，设了公案在钦差下面，下首却是知县罗子森。罗子森两边，坐着顾德恒和龚世潼两个候补知县。两旁差人，排得齐齐整整，高呼威武之声，威肃森严。
胡瑞澜先把杨昌睿、陈鲁传了上去，都叩见了圣旨，方立起回话。钦差把以前审理杨乃武的情形问了一遍，又传了余杭县刘锡彤，也跪请圣安，问过一遍，方把沈喻氏、王心培唤上，问了一回，依旧说是杨乃武谋毙小大。钱宝生已经死了，自然不能到堂作证，但他写的供证也被呈上看了。一应人证，都已问过，才把小白菜带上。边葆诚喝道：“葛毕氏，究竟奸夫是杨乃武不是？”
小白菜叩首道：“大老爷明鉴，小妇人冤枉啊。确无毒毙亲夫之事，望大人明查。”
边葆诚把堂木一拍道：“葛毕氏，此话可是真的？”
小白菜道：“小妇人不敢胡说。”
罗子森却在一旁冷笑道：“我瞧你并非实言，不打如何肯说实话？”
即命差人，上来打了小白菜二十巴掌，这二十个嘴巴下去，打的小白菜嘴角流血，小白菜一心要翻案，仍然坚称道：“大老爷是青天，便打死了小妇人，我也不敢说谎，的确是没有此事。以前的招供都是严刑逼出来的。”
胡瑞澜不再问话，命人先把小白菜带下，又将杨乃武带上。
这时杨乃武重刑之伤虽愈，但得不到调养，仍是有些不良于行，扶上堂来跪下。胡瑞澜先喝道：“杨乃武，本官奉了皇上旨意，特来查明此案，你究竟怎样命葛毕氏下毒，毒死葛品连的，一一供来。”
杨乃武叩头道：“钦差大人，小人实是冤枉，是被屈打成招的呀！”
胡瑞澜并未让人对杨乃武用刑。这些天来，他苦心研究案卷，别的不看，只看杨乃武亲笔写的状子，一连研究了十多日，早从中找到了不少的漏洞。再加上关键人证钱宝生已经除去，“无干谕帖”也已收回烧掉，所以对坐实此案胸有成竹，也根本就没有必要动刑审讯。
胡瑞澜语气平静的问道：“既然没有此事，为什么钱宝生与你无仇无恨，却会承认是你在他的药铺中买了砒霜呢？”
“晚生愿与钱宝生当面对质。”
“钱宝生已经死了，怎么对质？”
杨乃武一听吓了一跳。复审之时，钱宝生当堂翻供，当时如果按着这条线查下去，雪冤并不困难。但时隔多日，钱宝生却死了。最关键的证据没有了，此案的情势立时又变的于他十分不利。
胡瑞澜见杨乃武惊的说不出话来，心中得意。又翻了翻杨乃武的状子道：“早听说你有刀笔之称，果然是好文笔，这状子写得义正辞言、文字激昂，悲屈之情跃然纸上。若不是本大人我明察秋毫，细细研察，也要被你这状子所骗了。”
杨乃武听胡瑞澜语气不对，暗叫声不好。果然听胡瑞澜又道：“首次抱告之人，你在状子上说的是姚士法，但经查却是王廷南，为何同一抱告却有两个名字？”
杨乃武方要回答，胡瑞澜却不容他置辩又接着道：“你在状子上说，同治十二年七月时，你曾撞见刘子和与葛毕氏在家中调笑。本官已查明，刘子和与葛毕氏素不相识，街坊也从未见过此人，既是调笑，必是熟络之人，常来常往。岂有不为人知的道理？
“你又说，葛品连十月初十暴死之后，有余杭县差役到葛家借口吊唁，实为私议。本官业已查明，余杭县的差役并没有任何人在十月初十去过葛家。你又何解？
“你说你被葛毕氏诬陷，是原来她住在你家时，因小事成仇。但实际上你们关系不仅很好，你还教她读书认字，可有此事？
“你说葛毕氏与邻居王心培不清不白，也是一点凭据都没有。你又是据何污人家清白？”
胡瑞澜一连数问，句句都问在点子上，将杨乃武问的是手足发麻，面红耳赤，张口结舌。
原来，杨乃武为了将自己择的干净一些并引起官府重视，许多话说的过头了，又将一些道听途说的事情、自己也弄不清楚的事实也一古脑都写在状子上。
比如说，首次报告之人，状子上说的是姚士法，其实却是王廷南，这是杨詹氏怕拖累姚士法临时改变的主意，却没有通知杨乃武。
状子上还说，他撞见刘子和与葛毕氏在家中调笑。其实是在盂兰会上刘子和调戏小白菜。杨乃武因恨小白菜诬攀自己，所以捏告了二人调笑的事。
还有，杨乃武状子上称葛品连暴死之后，有本县差役到葛家借口吊唁，实为私议。其实是陈竹山和刘子和两个人。杨乃武没有搞清楚就写到了状子上。
这些画蛇添足的不实之处，反而将事情变的更加复杂，让胡瑞澜抓住了把柄。
胡瑞澜一共指出了状子中的十二处不实，这个状子也就被定性为诬状。其他辩护内容即使是真的也就不能采信了。胡瑞澜趁热打铁要杨乃武招供。杨乃武虽然不知所措，再不敢喊冤，但哪里甘心就此招认。
胡瑞澜知道杨乃武有一点儿背景，所以也不对他用刑。命人将他带下，第二日开始分成两班，对杨乃武与小白菜分别审问。
边葆城负责审问小白菜。他对小白菜可就不像对杨乃武那么客气了。各种非刑遍加于身。几天下来，小白菜的十根指头都被拶子拶的透出白骨，又用铜丝穿入乳头，其状惨不忍睹。严刑拷打之下，小白菜只好又承认了谋夫之举，并仍旧供认杨乃武是幕后指使的奸夫。
胡瑞澜亲自带着罗子森、顾德恒和龚世潼轮番熬审杨乃武。虽是不用重刑，但掌嘴、打屁股的刑罚也是免不了的，更厉害的是用熬审的办法，就是不让杨乃武睡觉，几个人轮着班的审问他。但有昏睡之意，就掌嘴打醒或用冷水激醒。几天下来，就是铁石人也吃受不住。最后在半昏半醒之间，也被在供状上按上了手印。
胡瑞澜到任之后，很利索的就把这个案子审结了，仍然维持原判。这样一来，原来参与此案审理的浙江大小官员的名声和职位都因此而得以保全。这些人如释重负，弹冠相庆，纷纷设席宴客，恨不得放鞭炮来庆祝。都认为从此铁案如山，不会再有反复了。
这时，京中都察院的广寿、杨增生等人也已经听说了此事。因为这个案子是钦案，如不及时设法，将成终审，到时候就没有回转的余地了。于是两个人急忙找来都察院的户科给事中边宝泉商量，一番计议之后，由边宝泉出面给皇帝上了个奏折。奏折中称：
浙江余杭县民妇葛毕氏毒毙本夫葛品连诬攀举人杨乃武因奸同谋一案。案详刑部后，案中主犯及要证纷纷翻供，其中必有屈抑。近来外间传言，奉旨严鞠此案之浙江提学胡瑞澜，与巡抚杨昌睿关系甚密，复查本案，外示严厉，中存偏袒。对案中关键人物钱宝生证言是否属实，不加详究，放令还家。此案是否屈抑，虽不敢贸然判断，但向来各省已定之案，虽经上京控告，发回重审而能平反者百不得一，相沿成习。其中原因，盖缘有案皆由督抚审定，复查官吏皆其下属，此辈之升降迁谪，无不操之上司，因此办事无不仰承上司鼻息。无人肯为办理一案而得罪上司，自贻伊戚。故名虽复查，实为形式，纵有冤滥，在势亦难纠正。此案如仅由刑部复核原卷，必然难以驳回。因上报案卷多半经过整理，所有漏洞都已粉饰，无从指摘。
该重案未惬众议，请提交刑部审办而成信谳。如此于吏治民生具有裨益。非徒为杨乃武一人昭雪也。
边宝泉提请朝廷将此案交由刑部亲审，其实是很中恳的，也揭露了当时官场一些积弊。但慈禧却认为边宝泉是在暗示她派胡瑞澜去浙江钦审此案是不明之举，所以这件案子才没审明白，才需要由刑部再审。慈禧一向是个好胜之人，哪里能够承认。当下便把这个奏折驳了，下诏曰：“此案仍着刑部详细研求，迅速核议具奏，俾成信谳。边宝泉奏请提交刑部审理，着毋庸议。”就是说，该案仍是只需将案卷交由刑部审核即可。基本上算是将此案终审了。