陶侃于江中设置数百枚水雷，陆续引燃后，爆裂开来，给周边晋船造成了极大的损害，别说走舸等小船了，激浪即可倾覆，即便蒙冲斗舰甚至楼船，近距离挨一下，船舷也可能碎裂，产生短时间内难以封堵的破漏。
——这也算是彭晓之功了，经过他的反复试验，已然大大增强了黑火药的爆炸力，并在裴该的授意下，将燃烧药和爆炸药明确区分开来。
于是晋军舟船，便在一声继一声的惊雷震响中，陆续破损甚至于倾覆。更要命的是，雷区基本上固定，但晋军船队则是在前进中的，于是从阵首逐渐向阵列中心炸响，最终竟连王敦的坐舰都未能幸免。
王处仲及时下令放锭停船，重整队列，但舰队正在顺水航行之际，不是你想停就马上能停下来的。于是前军多败，中军急停，后军就势撞将上来，导致阵列更为混乱。一时间舟船翻覆的、倾斜的、相撞的，乱作一团，水兵陆续惊呼着跃入水中，以期泅渡上岸，脱离这一片莫名其妙的死地。
好在水雷数量终究有限，而晋船数量庞大，即便全数顺利爆炸，且一雷专炸一船，也不可能全都分配得到——当然啦，对于那些小船，往往一雷炸响，周边数丈之内，数舟倾覆——倘若给王敦以足够的时间，是应该能够重整军势，虽遭大损而不至于崩溃的。
只是陶侃会给他足够的时间吗？
陶士行早就做好了准备，并且计算好了时间，他使小部继续对战沈充，而亲将主力回转身来，扬帆摇橹，航向上游，恰好在“雷”声已息，而晋船混乱未收之时，汹涌杀至。照理说逆水行船，战斗力要远不如顺水之敌，但问题晋舟多覆，哪怕没有破损的也都忙成一团啊，以整击乱，岂有不胜之理？
更重要的是，直到这会儿，晋兵还搞不明白究竟发生了什么事儿呢。他们从来连听都没听说过火药武器——部分将领可能通过来自北方的情报，心里有些数——但闻雷响，船便大震而覆，都以为是什么鬼神之力，基本上全都吓破了胆，哪里还能执弓矢、戈矛御敌啊？
由此晋军大败，王敦几乎不能幸免——他乘坐的是大楼船，掉头为难，被迫与钱凤等换乘斗舰，才以自家破损的舰船为盾，狼狈逃出生天，一口气跑回武昌去了。王应的位置比老爹要靠前，所乘楼船本来就中雷破损了，复为华船上大拍杆直接击碎舰首，乃翻覆落水，为华兵所擒。
至于其副将，也是姑夫郑澹，则受创落入江中，没能活着捞起来……
陶侃既破敌军主力，随即回师，再战沈充。这会儿武昌、柴桑舟师大败的消息也传了过来，导致芜湖方面士气大落，兵无战心，沈士居无奈之下，只得弃守东下，去会合邓岳守备石头城了。
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这时候华朝中、西两路兵马，已然水陆并进，攻克了沙羡，迫近武昌。武昌城内，一日三惊，直到王敦归来，人心才稍稍安稳一些。
王敦使人往觇华军动静，回报说帆樯遮天，旌旗蔽日，不下五万之众。而王敦点检武昌内外兵马，只剩下了战船不足三百、步卒将将万余……
其掾何充劝说道：“事不可为矣。今明公以败残之军，欲遏华人东来尚且为难，况乎重整旗鼓，往救建康啊？若建康陷，则明公既失大义，士卒亦无战心，到时候晋王命一介使来释兵，明公何以自处？不如就此归降于华，或者华主顾念明公清华显贵，前朝武皇帝之婿，曾为国家镇定江南，而肯善待之……”
钱凤在旁呵斥道：“我等皆为晋臣，次道何出‘前朝’之语？！”
何充亦戟指钱凤，喝道：“晋早已禅华，如何不是前朝？天下大势，原本分明，都是汝等愚昧之人贪弄权柄，冀图侥幸，乃陷明公于此艰危之地！今千帆东向，止百橹败回，汝为参谋，不知羞耻，难道还觍颜欲苟活于世上么？！”
钱凤大怒，便欲拔剑来砍何充，却被王敦给劝止了，说：“次道亦出爱我之心，方为此语，何必怪责啊？”终究何充是尚书、光禄大夫何桢之孙，论家世比钱凤显赫多了，那他又怎能眼睁睁瞧着钱凤杀害何充呢？我再怎么宠信钱士仪，也总得讲个士庶高下吧。
但他随即又对何充说：“我既决心拒华，又岂能半途而废啊？裴该于我为晚辈，我终不能向其屈膝。”于是打点精神，重整兵马，固守武昌，以拒华师。
华军水陆并进，主将乃是陆衍。按照原本的规划，西、中两路军汇合后，陆衍即从甄随指挥，待破武昌，航向上游，再受陶侃节制——没办法，甄随名位常在陆衍之上，若陆和在，或尚可与甄随相拮抗，陆衍是根本压不住那蛮子的。
只是甄随跑去江南打应詹了，陆衍就此获得了指挥权，一路势如破竹，直取武昌。舟师先至，王敦乘船来迎，逆水而击，大败华军，焚毁包括一艘连舫在内的六十多条战船——终究从巴中出来的船队，论数量尚不如败残之晋师，而论起水兵素质来亦远远不如，最关键的，没有能够指挥舰队作战的能将主持啊。
陆衍闻报大怒，当即斩杀两名校官以正军法，随即命舟船退守沙羡，他自将步军自江南挺进，而命姚弋仲将骑兵自江北绕路，复从蓟春西面涉渡，两路包夹武昌。
武昌西北有来山，西南有鄂县，与郡城呈犄角之势，王敦分兵守护。双方激战四日，陆衍首先攻取了来山，即从山上向武昌城内发射火箭，迫使王敦只能闭门固守；又三日，与姚弋仲部相策应，攻克了鄂县。
两处险要既失，则武昌城有如瓮中之鳖——倘若不是背靠长江，舟师尚能策应，估计不用打便自破了。但王敦亦非无能之将，便仗着舟师援护之力，坚守城池，陆衍竟然百计难克。
不久后，甄随击破应詹，遣归蛮兵，亦向武昌而来，得讯大怒，说：“陆衍好不济事，这般坐守之寇，竟然都拿不下吗？”即命士卒砍木做筏，堆满柴草，点燃了一大片一大片地往武昌附近江面上漂去，然而王敦严加戒备，亦使火筏不能建功。中游的战事，就此陷入胶着状态。
然而此时，陶侃已率船队逼近了建康，沈充拼死来拒，但船数既寡，又当下游，根本就抵挡不住。最终他被迫乘坐小船，东逃到丹徒上岸，随即领着数十家兵，逃回老家吴兴去了。
剩下邓岳独木难支，被陶侃水师封锁江面，先破白鹭洲，复压缩于石头城内。随即水师便一船一船地，把江北华军陆续送抵了南岸。
消息传来，庾亮还欲奉司马睿南逃吴兴，往依沈充，但司马睿却说：“大势已去，何必再让孤受此颠簸奔蹿之苦，江湖亡命之累呢？且沈士居岂是可信之人？！”正好华朝的劝降使节也到了，正是那位当年从建康狼狈逃蹿出去的刘隗刘大连，他拍着胸脯保证，绝不会伤害司马睿一家，司马睿乃道：“大连我故吏也，绝不肯欺我。”就此肉袒自缚，领着王导、周顗等人出降了。
庾亮本不愿相从，还打算孤身落跑，刘隗派人去安慰他，说：“元规昔日宽纵之德，令弟稚恭已明告于我，则我必有报元规，不使罹罪——然元规若走，吾无能为力矣。”庾亮这才跟随在司马睿、王导身后，同往华营而去。
陶侃弃舟登岸，旋即出迎，亲解司马睿之缚，说：“微大王，臣无今日；且大王虽然拒江抗命，实为宵小所挟，非本意也。”司马睿流涕道：“吾实感念陶公厚恩……”
他也明白，倘若华军主将不是陶侃，而是那票北人——尤其是出身低微，从前不识其名，跟着裴该才得荣显的北方将领——多半一登岸就会直接杀入建康城，而不会先派刘大连来劝降了。
陶侃言及“宵小”之时，王导、庾亮等皆不敢抬头，且面有愧色。随即陶侃左右望望，问：“吴兴王（司马充）既在，何不见太妃啊？”不等司马睿回答，他急忙又道：“也是，吾当亲往拜谒太妃。”
临行前商议如何处置江南诸人，裴该的意思很明确：“南人任卿所为，北人皆当送归洛阳，由朕处置。”他不打算多所屠戮，尤其王导等人勉强也算可以受任郡县的人才了，杀之可惜；则侨客只要全都押归中原，而又不许归籍，别择地方安置，就等于掘了他们的根啦，还能够再形成一大势力，从而影响到国计民生吗？
从此天下，唯有太原王，而再无琅琊王也。
至于南人，主要指的是江南豪族，那根儿就不怎么好掘了，只能先阻止他们夺占侨客北归之后空出来的土地，再设谋徐徐削弱之。倘若过于苛待南人，恐怕会引发江南地区的局面长期不得稳定，甚至于南北之间的仇恨——你光顾着老百姓没用啊，老百姓太容易被地方豪族所裹挟了。
然而陶士行本身就是南人，则他不管是出于公心也好，为报私仇也罢，想要挑一些豪族出来显戮以立威，裴该是乐见其事的。
此外，裴该特意关照陶侃，说：“绝不可伤及朕姑母，当奉其还洛，与朕相会。”
所以陶侃在受降之后，领兵进入建康城，就第一时间跑去吴兴王府别院，拜谒太妃裴氏。裴氏命裴仁出来挡驾，说：“晋已亡，则吾唯一老妇而已，岂能克当陶公之拜啊？”陶侃请裴仁转述其言，说：“夫人为天子姑母，天子无日不思念夫人，乃至垂泣，于其孝心，臣等亦感同身受。天子有命，请夫人过江，赴洛相会，夫人勿辞。”
裴氏回复道：“我司马家妇人，不应再归父族。”
陶侃则说：“今司马家人，皆当入槛而押赴洛阳，司马冲亦不能外。夫人若归父族，臣当备华车，恭送夫人祖孙，归与天子相见；若仍自居司马家妇人，则请交出司马冲来。”他不敢说你也应该以俘虏和罪人家眷的身份北归，只是一口咬定了司马冲。
裴氏至此，才终于不再矫情了，于是召陶侃入见，随便对答几句，并且希望陶侃于路善待司马睿等人。陶侃应诺后，便即备下车乘，派刘隗、刘遐押送建康诸人北上。
当然啦，他没把司马睿乃至王导、庾亮等人全都塞进槛车里去，只是各家子弟、眷属，乃至奴婢，好几千人一并启程上道，难免哭号洒泪，听着也挺让人鼻子发酸的。司马睿在车中哭道：“是吾不德，乃至僚属如此，吾岂能再安居车中啊？”执意要出来，跟旁人一起步行，却被刘遐质问他：“阁下不愿坐车中，乃欲寻机逃亡么？”司马睿这才不敢再多事了。
事先陶侃便请司马睿写下敕书，命邓岳、王敦等人放下武器。邓伯山得敕后，放声大哭，但也只得打开石头城，率部出降。再数日，敕书入于武昌，王处仲仰药自尽，钱凤、何充等降于甄随。
甄随接受了何充的投降，同样将其并家眷等一起押送洛阳，但根据陶侃的命令，当即将钱凤于军前处斩——因为据说，王敦之所以抗拒王师，就全都是这个钱凤挑唆的。当然啦，王敦自有主意，仅仅钱凤一人，是不可能摇其心志的，可谁叫钱凤最受其宠信，又曾经杀刁协而逐刘隗呢？刘大连在出征前就恳求过裴该，说：“臣从定江南，无他愿，唯请族钱凤、沈充。”
裴该当时的回复是：“妇孺无罪，而何言‘族’啊？唯彼二贼之头，朕必为卿取下，以告慰刁玄亮在天之灵。”
再说沈充逃归吴兴后，还打算召集家兵据守，却为吴兴太守张茂张伟康诱捕，押赴建康，陶侃即下令斩首示众。
陶侃在江南时，因为出身低微，好不容易爬将上来，平素最是与人为善，除了痛恨王敦外，在南方没有什么仇家，故而只从裴该之命，显戮钱凤、沈充，没再追究第三个人——实话说裴该听闻后，多少有点儿失望。
但“江东之豪，莫强周沈”，如今周氏已亡，唯余沈氏，此前即为晋痈，日后也恐为华朝之患，所以陶侃命陆和兵进吴兴，把沈家彻底给抄了，子弟家眷，第二批押解北去，庄客佃农，散为国家编户。