联大在昆明西北三分寺附近购置了100多亩地，建盖了百多间教室和宿舍，均泥土为墙，茅草为顶，比较简陋。由是决定蒙自分校迁回昆明上课，朱自清一家乃于9月3日随校离开蒙自到达昆明。28日，天气晴好，日机九架突然空袭这座文化城，学校租借的教职员宿舍昆华师范学校被炸，死伤甚多，中有少数学生。下午，朱自清到昆师去，“见死者静卧，一厨子血肉模糊，状至惨”，①心中十分悲愤。联大已经集中昆明办学，可是还没有校歌，学校乃于10月初成立了编写校歌委员会，朱自清、闻一多、冯友兰等都是该会成员。歌词云：万里长征，辞却了五朝宫阙。暂驻足衡山湘水，又成离别。绝檄移栽桢干质，九州遍洒黎元血。尽笳吹弦诵在山城，情弥切。千秋耻，终当雪，中兴业，须人杰。
便一成三户，壮怀难折。多难殷忧新国运，动心忍性希前哲，待驱除仇寇，复神京，还燕碣。
这首词调沉重的校歌，简明地表述了西南联大诞生的历史背景，表达了她们应负的时代使命，显现了联大师生对抗战必胜的决心。
11月8日，新学期正式开学，朱自清连日忙于指导学生选课，这学期他开讲“文学批评”，这门课他花了很长时间准备，材料丰富，观点明确，深受同学欢迎。多年后，听过他的课的学生，还清晰地记得他讲过的内容：先生讲文学批评原为的“察往知来”，把中国文学批评分作四部分：一、言志与缘性，说及传统上讨论到诗文价值的问题，这是偏于内容方面的，先生特别指出古代诗与教化的关系；二、模拟，偏于形式方面，先生特别指出模拟中创新的精神，所谓“通变”；三、文笔，说及文章分体及其来源的问题，以及文学意念之变迁，发展等；四、品目，把历来用来表明文学价值之德性词分类加以说明。①
他是站在整个文化进化历史高度来看问题的，因此绝不就事论事，局囿于文学理论批评本身，而是关照到社会、政治、思想、习俗等各个方面，去阐述历史文化的现象及其产生的原因，达到一定的深度。
在教学上，朱自清还是本着一贯的认真的精神，绝不因生活动乱而有半点马虎。平日，他总是兢兢业业地工作，每天非要到夜里12点钟后才休息。他对学生要求严格，对自己也毫不放松。一天，他饮食不慎闹肚子，但他还是连夜批改作业。陈竹隐劝他休息，他不肯，说是：“我已答应明天发给学生作业”。陈竹隐没有办法，只好在他桌子边放个马桶，让他边拉边改，一夜之间竟拉了十多次，天亮后脸色蜡黄，眼窝也凹陷了，人都变了样，但他却脸都没洗，提起书包上课去了。他批改作业很仔细，从不吝啬心血，有错必改，看到精采论点，则用红笔画上圈圈，还针对上面缺点与错误，找出材料给同学参考，使他们对问题有较透彻的理解。小考大考时，他就趁机会为学生们校阅笔记，改正错误。他给学生改作业，都是字斟句酌的，一丝不苟，有一回他在一个学生的作业上改了一个字，过后他又把那学生找来说：“还是你原来那个字吧！我想还是原来那个字好。”
昆明素有春城之称，所谓“冬不极寒，夏不极暑，盛夏如五月，盛冬如九月”。①真是四季如春，繁花似锦。距昆明百里之遥的路南，有座尽人皆知的石林，千嶂叠翠，奇峰危石，蔚为壮观。昆明境内风景去年已玩过，石林风光却未曾领略，朱自清和浦江清等十余人，乃决定乘3月春假之机会去那儿游览。15日清晨，他们乘车由滇城路到达狗街，在一家饭店午餐后，有的乘滑竿，有的骑马，朱自清因山高路陡，决定步行；晚6时到达，宿于民众教育馆。翌晨，到城东南石林玩，途中景色单调，山皆裸立无树，也无流水，朱自清意兴有点索然，乃雇一马骑去，不料一进入石林胜地，精神即为之一爽。放眼望去，但见群峰壁立，碧黛相间，移步换景，气象万千，一支支苍黑色山峰石柱，拔地而起，直刺苍穹，犹如一片莽莽森林。群峰高顶一亭翼然，朱自清等在此野餐。石林中央有一个池，碧水泛波，蓊蓊郁郁，别有风情，可惜时间短促，未及细细领略。6时许回归城内。17日清早，乘滑竿往大叠水玩，先到小叠水，瀑布颇大，池水清深。继后到大叠水，瀑布比小叠水大三倍，一行白练从天而降，轻柔飘拂，下临深潭，声响宏大，山谷响应，宛如万马奔腾，浪花飞扬，烟波弥漫，令人神往。晚上，朱自清到云大附中演讲，内容为语言文字之训练问题。18日回到昆明，这三天算是苦中作乐，尽了游兴。
春去复来，转眼间抗战已经两周年了。抗战初期，尽管国民党还实行压迫人民消极抗战的策略，但有些军队对抗战还比较努力，许多爱国官兵都表现出英勇献身的精神，台儿庄大捷、平型关战役，大大鼓舞了全国人民的抗日热情。朱自清对局势充满信心，积极参加有关抗战活动，去年3月27日，“中华全国文艺界抗敌协会”在武汉成立，他被推为理事，今年1月，云南分会在昆明召开，他和吴晗、杨振声等出席了会议，拥护长期抗战的国策，一致要求通缉汪精卫明正典刑。现在“七七”到了，昆明各界举行抗战两周年纪念会，联大师生参加了献金、画展及宣传活动。朱自清很兴奋，连夜写了《这一天》一文，热情讴歌这给中华民族带来新生的日子。他写道：
这一天是我们新中国诞生的日子。
接着，他又写道：
从前只知道我们是文化的古国，我们自己只能有意无意的夸耀我们的老，世界也只有意无意的夸奖我们的老。同时我们不能不自伤老人，自伤老弱，世界也无视我们这老大的老弱的中国。中国几乎成了一个历史上的或地理上的名词。
从两年前这一天起，我们惊奇我们也能和东亚的强敌抗战，我们也能迅速的现代化，迎头赶上去。世界也刮目相看，东亚病夫居然奋起了，睡狮果然醒了。从前只是一大块沃土，一大盘散沙的死中国，现在是有血有肉的活中国了。
最后他高呼：
我们不但有光荣的古代，而且有光荣的现代，不但有光荣的现代，而且有光荣的将来无穷的世代。新中国在血光中成长了。
双十是我们新中国孕育的日子，“七七”是我们新中国诞生的日子。
热爱祖国、拥护抗战的热情，如火如荼，汹涌澎湃，至为动人。他对国民党掩盖事实真相的所谓新闻报导十分不满，曾为《云南日报》写了一篇社论，题为《新闻用字之巧妙》，对当局把不战而退说成是“有计划地撤退转移”和“为了更好地有计划的进攻”的论调，进行了无情的讽刺。
由于昆明常遭空袭，朱自清和几位教师移居城外北郊梨园村。这学期他向学生开讲“宋诗”，所用课本是他从吕留良等《宋诗钞》中精选编成的，题名为《宋诗钞略》，铅印本，没有标点和注释。宋诗是他下过很深功夫的一门学问，所以讲解十分详细精辟，也十分生动。10月12日上第一节课，只见他一登上讲台，便在黑板上写下了两首七律，一首是刘长卿的《送李录事兄归襄阳》：十年多难与君同，几处移家逐转蓬。
白首相逢征战后，青春已过乱离中。
行人杳杳看西月，归马萧萧向北风。
汉水青云千万里，天涯此别恨无穷。
再一首是苏轼的《和子由渑池怀旧》：人生到处知何似？应似飞鸿踏雪泥。
泥上偶然留指爪，鸿飞那复计东西。
老僧已死成新塔，坏壁无由见旧题。
往日崎岖君记否？路长人困蹇驴嘶。
他问学生对哪首诗感到熟悉，然后就从这两首诗入手，讲解唐宋诗的区别。他告诉学生。这两首诗都是讲离别的，但韵味不同，前者就是抒发感情，后者则讲出了一些道理，因此可见唐诗主抒情，宋诗主说理，唐诗以《风诗》为正宗，宋诗则以文为诗，即所谓“散文化”。①他讲授时不仅逐句解析，根究用句用辞的来历，而且剖析不同流派风韵的差异。
论到宋代诗坛上“西昆体”、“江西派”等公然标榜派别的现象，先生说，这是受到政治上社会上称党分派的风气之影响。例如论到宋诗散文化的倾向，先生说：这是社会演进日益复杂所产生的必然结果。又如论到“雅俗”的问题，先生说：雅是属于高高在上者的，俗则是在下者的。因为以前人民处于为统治者听轻蔑的低级地位，故“俗”字就有“浅俗”、“凡俗”、“轻俗”、“卑俗”……等不好的描写，以与“深雅”、“雅致”、“典雅”、“高雅”……等相对。不太重功利，不斤斤计较利害，亦所谓“雅”；反之则为“俗”。其实这亦与社会地位有关。能够不斤斤较量，不太重实际功利的，总是较高级的人；而一般最下层的人，是恐怕只能“俗”的。②
他总是深入浅出地给学生指示一条研究中国文学的道路，极受同学欢迎。他还常常要学生当堂讲解，因此上课之前，学生不敢不先行预习，也常在课堂上做练习，特别注重默写和解悉，所以凡选修他的课的学生莫不感到吃力而受益不少。
自从入滇以来，朱自清一直很苦恼，这主要是行政事务缠身，烦不过。他除中文系主任外，还担负过文学院院务委员会召集人，贷金委员会召集人等职，经力辞，后面两职才得以陆续摆脱；由于应酬频繁琐事繁多，使他无法潜心致力于学术研究，内心无限烦恼。他常对人说：“你看我什么学问也没有，什么也拿不出来，我实在非用用功不可了。”早在今年一月间，他在《日记》里曾陈述自己的苦衷：自南迁以来，皆未能集中精力于研究工作，此乃极严重之现象。每日习于上午去学校办公，下午访友或买物，晚则参加宴会茶会；日日如此，如何是好！
一天，他看学生壁报上有一篇文章是批评他对导师制的看法的，原来他曾说学生决不愿受师长之领导，因为他们习惯于群众运动，善于利用集体力量改善自身的福利。学生的文章则申言他们并不反对师长，而且他们也不能以自身力量谋取福利，并以贷金事为例子，说明学生要求贷金良久，而校方并未付诸实施，言下分明是对他负责过贷金委员会工作有意见。朱自清看了壁报文章，越发感到一些事务工作实在是浪费自己精力，影响了研究工作，加上近来身体日见不好，常常胃疼，乃决心辞职。
学期结束时，他以健康为由，辞去了联大中国文学系主任职务，准备集中精力从事国学研究；但校方还要他担任清华国文系主任，一时又不能完全摆脱事务的纠缠，仍很懊恼。朱自清辞职后，联大中文系主任由罗常培继任。这时他和罗常培发生了一场有关中文系应走道路的争执。
开学后不久，中文系师生开了一个座谈会，主持者是系主任罗常培，他是个著名的语言学家，那天他身穿大褂，戴一副黑边眼镜，端坐在凳子上，用宏亮的声音介绍系里情况后，接着讲起一件事：“有一个同学，学号是1188。他填的表里，说他爱读新文学，讨厌旧文学、老古董。这思想要纠正。中国文学系，就是研究中国语言文字、中国古代文学的系。爱读新文学，就不该读中文系！”说着，说着，有点激动了。这个学生叫刘北汜，那张表是他填的，当时联大中文系规定，中文系一、二年级学生上基础课，选一门社会学科、一门自然科学、一门第二外语。三、四年级以后分组，一为语言组，攻读训诂学、古文字学、中国音韵学、中国语法等；一为文学组，攻读中国古代文学，如诗经、唐诗、宋词、宋诗、战国策研究等。那时只有杨振声开“中国现代文学”，沈从文开“语体文习作”。刘北汜感到新文学课程太少了，因此在“课外爱读书籍”这一栏目里，写上那些意见。想不到这么一件小事，竟惹得系主任大光其火，不免有些狼狈。想不到罗常培话音刚落，朱自清便霍地站起身来，朗朗说道：这同学的意见，我认为值得重视。我们不能认为学生爱好新文学是要不得的事。我们应该指导学生向学习白话文的路上走。这应是中文系的主要道路。研读古文只不过便利学生发掘古代文化遗产，不能当作中文系唯一的目标。①
杨振声也同意这个意见，并建议中文系的课程应增加新文学的比重。座谈会差一点变成了辩论会。
朱自清又逢到休假机会了，由是乃乘机辞去清华国文系主任一职，彻底摆脱事务，专心学问；获得批准后，他舒了一口气。一天，他给这在外地的吴组缃写信，诉说自己年来的内心苦情：
我这些年担任系务，越来越腻味。去年因胃病摆脱了联大一部分系务，但还有清华的缠着。行政不论范围大小，都有些麻烦琐碎，耽误自己的工作很大。我又是个不敢马虎的人，因此就更苦了自己。况且清华国文系从去年下半年起，就只剩了一个学生。虽不一定是我的责任，但我总觉得乏味。今年请求休假，一半为的摆脱系务，一半为的补读基本书籍。一向事忙，许多早该读的书都还没有细心读过，我是40多了，再迟怕真来不及了。
他还谈了准备研究著述的计划：我的兴趣本在诗，现在是偏向宋诗；我是个做散文的人，所以也偏爱散文化的诗。另一方面，我的兴趣又在散文的发展。今年预定的工作，便是散文发展的第一个时期，从金甲文到群经诸子。这个范围也够大的，但我只想作两个题目。我还有一方面的倾向，就是中国文学批评史中问题的研究，还有语文意见的研究。这些其实都是关联着的。
写作方面，我想写一部关于语文意义的书，已定下名字，叫《语文影》。已经发表过一些。第一篇得罪了人，挨了许多骂。但我用阿Q的方法对付他们，一概来个不理，事情也就过去了。还想写一部，想叫作《世情书》。
但担心自己经验太狭，还不敢下手。有人说中国现代散文里缺少所谓Formalessay，这部书就想试试这一种体裁。但还得多读书，广经验，才敢起手尝试。
昆明物价飞涨，在抗战中，联大教师的薪水多打七折支付，朱自清家里人口众多，陈竹隐这时又已怀孕，老家扬州还须赡养，生活十分困难。陈竹隐是成都人，那里的东西比昆明便宜些，夫妻商量后，决定举家赴成都，打算在那儿完成自己的研究计划。可估算了一下，盘缠不够，尚差好多，告贷又无门路，一点办法也没有。当年他从英国游历回来时曾买了一架留声机和两本音乐唱片送给陈竹隐，平时他把它当宝贝，细心保护，轻易不让小孩碰它。这是他日常生活中的唯一奢侈品，工作累了，坐在藤椅里听上一曲。现在只好忍痛割爱，以300元代价，把它卖给旧货铺，这样全家才得以成行。