这学期他开讲“中国文学史”，整天忙于准备功课。一天，有一个文学史上的问题想请教闻一多，便去他家访问，闻一多最近极忙，开会去了。朱自清一向钦佩闻一多的学问，也爱好他的手稿，因为闻一多的稿子都用工楷写成，一笔不苟，整整齐齐。不说别的，看了就悦目。别人总将自己的稿子视为珍宝，轻易不让人看，闻一多不然，他毫无私心，满不在乎，只要是认识的，他都愿将稿子借给他看。在司家营时，朱自清就向闻一多表示过要细读他全部手稿的愿望，闻一多也答应了，但因事拖延没有看成。今天，他看见稿子就堆在案头，于是便征得闻太太的同意，坐在书桌旁足足翻阅了两个多小时，得益匪浅。
9月2日，日本无条件投降签字。3日晚，为了庆祝胜利，昆明学联联合社会青年和社会人士在联大举行“从胜利到和平”的联欢晚会，有报告、有讲话、有文娱节目表演，全都是庆胜利和反内战的内容。会议响彻了反对内战、要求民主，要求和平，反对美国干涉我国内政的口号，充分显示了进步力量的威力。朱自清也和大家尽了一日之欢。
10月17日，中文系召开迎新大会，欢迎新同学和杨振声教授从美国回来。杨振声在会上大谈西方汉学研究的情形，及美国人民对中国绘画之欣赏。他刚讲完，闻一多便问他英美对苏联态度如何？学生主席也起立发言说杨振声所谈乃象牙塔中的艺术，而中国人所要知道的是否有人饿毙，及美国对待殖民地政策等问题。杨振声见不对头，乃托言另有约会，提前退席。闻一多立即起来发言，他慷慨陈词，竭力抨击英美文化，大事赞扬苏联，并表示自己将继续采取这种态度。主席四次邀请朱自清讲话，他最怕这种针锋相对的冲突场面，遂再三婉言谢绝。
闻一多的激昂态度并非偶然。
这时国内外政治形势已发生突然变化，抗战胜利后，国民党反动政府在美国支持下，集中力量抢夺胜利果实，命令日伪军队“负责维持地方治安”，阻止他们向人民军队投降，并以收缴日伪武器为名，向解放区大举进攻；与此同时，又伪装“和平”姿态，电邀中共代表来重庆进行谈判。毛泽东遂于8月26日与周恩来等乘专机抵达重庆，经历了43天的谈判。在此期间，即10月1日，闻一多、朱自清、张奚若、钱端升等十几位联大教授，联名致电蒋介石、毛泽东，要求停止内战，实现国内和平民主。在国内进步势力的威迫下，蒋介石不得不于10月10日与共产党签定了《双十协定》，不得不同意中共提出的“和平建国的基方针”，承认“长期合作，坚决避免内战，建设独立、自由和富强的新中国。”但是，国民党的态度是虚伪的，《双十协定》墨迹未干，“和平”假面立即脱落，毛泽东一回延安，他们就马上向各战区颁发《剿匪手本》，下达“剿匪”密令，各路军队纷纷向解放区进犯。对云南他们也早作部署，先把云南地方主力部队调往东北。接着，全副美式武装的大军涌进昆明，飞机吼叫，枪炮齐鸣，以接收为名，把云南地方势力干掉，派来党棍李宗黄代理云南省主席，总揽了云南的统治大权，为镇压民主势力推行内战政策，作好组织的准备。昆明的政治形势日益严峻了。
抗战硝烟刚刚消失，内战的灾难又将降临大地，这是千百万人民不能答应的。11月5日，毛泽东以中共发言人的名义发表谈话，指出“中国人民被欺骗得已经够了，现在再不能被欺骗。现在的中心问题，是全国人民动员起来，用一切方法制止内战”。11月9日，重庆各界民主进步人士，举行反内战大会，成立“反内战大同盟”，昆明各界也积极投入这一重大战斗。
11月24日，联大冬青社、文艺社、社会科学研究会等15个团体，联合请求联大自治会通电全国反对内战。11月25日，联大学生自治会与云大、中法、英专三所大学自治会联合主办反内战的时事晚会，邀请主张和平、民主、团结的教授讲演，地点定在云大，当局得知消息后即下令禁止，并通知云大校长不得出借礼堂。为避免冲突，会议决定将会场移往联大大草坪举行，并以联大学生自治会名义主办。晚上七时许，各校学生陆续到达，除四个大学外，尚有许多中学生参加，还有一部份工人和社会青年，共约6000人。夜幕沉沉，星光闪闪。
与会群众情绪昂奋，大家不顾天寒风冷，席地而坐，安静地听着教授们发言。谁知反动军警已偷偷包围了会场，当费孝通讲演到中途，枪声大作，子弹横飞，群众伏地听讲，晚会照样进行。特务又将电线切断，电灯熄灭，同学们立刻把早已准备的汽灯点着。突然，一个自称姓王的“老百姓”不顾晚会秩序，硬闯上台，叫嚷什么“要代表老百姓讲话”，随即大放阙词，说什么“内乱”不是“内战”。他其实不是什么“老百姓”，而是特务头目查宗藩。他的面目当场被群众拆穿，只听台下一片怒吼：
“他是特务，把他拉下去！”
“狗特务！滚下去！”。
查宗藩只好耷位着脑袋，夹着尾巴在一片嘘声中溜走了。
大会在掌声和口号声中通过了《昆明各大学全体同学致国共两党制止内乱的通电》和《呼吁美国青年反对美国政府参加中国内战的通电》。会场突然扬起《你这个坏东西》的歌声：
……坏东西，拉夫抽丁，征粮征米，拆散父子，拆散夫妻都是你，你的心肠和魔鬼一样的，别国在和平里复兴建设，只有你成天的在内战上玩把戏。你这个坏东西，真是该枪毙！……这是揭发！也是控诉！愤怒的歌声响彻夜空，震动了整个昆明城。
第二天，国民党中央报纸发表“西郊匪警，黑夜枪声”的消息，谎称：“本市西门外的泥坡附近，昨晚七时许，发生匪警。……匪徒竟一面鸣枪，一面向黑暗中逃窜而散”。反动派的造谣污蔑，使联大同学愤怒非常，纷纷要求罢课抗议。26日，昆明学生联合会宣布总罢课，并成立罢课委员会，发表了《昆明市大中学生为反对内战及抗议武装干涉集会告全国同胞书》，呼吁“立即停止内战，要求和平”，“组织民主联合政府”，“追究射击联大的责任”，“不准任意逮捕”等要求。至29日参加罢课的学校达34所。
声势浩大的罢课斗争使反动派惊慌失措，他们立即布署力量进行镇压。11月27日，云南省长李宗黄、警备司令关麟征召开“紧急会议”，限学校于28日无条件上课，叫嚣“学生有开会自由，我有开枪自由”。并发表社论制造“不是学潮是政潮”，“五四之风不可复见”、“共产党制造内战”等谬论。特务三五成群到处横行，遍街殴打学生，闯入学校捣乱，仅29日这一天学生被打25起，被捕15起。30日，联大、云大、中法等罢课委员会办公室均被捣毁。
黑云压城，电闪雷鸣。
但是，学生的反抗意志坚不可摧，他们扩大《罢委会通讯》，驳斥谎言，公布真相，使各界人士得以及时了解真实情况。罢课得到了各方面的支持，11月29日，联大教授会发表“抗议书”，指出云南省当局11月25日的暴行为“侵犯学府之尊严”，“表示最严重之抗议”。民盟云南支部于20日声明“罢课是正当的唯一的抗议手段”，所提条件“合乎人情，合乎国法”。
双方针锋相对，矛盾愈发尖锐，斗争更加激烈了。12月1日上午十时，腥风血雨终于来临，一场大屠杀开始了。
自称“老百姓”的特务头子查宗藩赤膊上阵，率领一帮特务打手，分兵几路奔袭联大、云大各校，撕毁壁报，捣毁教具，殴打师生，并用手榴弹、手枪对付手无寸铁的学生群众。联大师院的潘琰、李鲁连、昆华工校的张华昌被打死，南菁中学的青年教师于再被手榴弹炸死，被打伤者有数十余人。真是天昏地暗，日月无光。
这就是惨绝人寰的“一二·一”惨案。
昆明人民的鲜血震惊了云南，震动了全国。
当天，联大教授召开了紧急会议，一致通过向国民党当局提出抗议，要求严惩凶手，并宣布罢教支持学生。5日，重庆《新华日报》社论指出：“流血的惨剧是绝对掩饰不了的。当局首先应严惩杀伤学生的凶手及负责人，立刻接受学生的要求，并付予实施，以谢学生，以平众怒”。6日，罢委会通过《昆明大中学生为“一二·一”惨案告全国同胞书》，要求严惩李宗黄、关麟征。
7日，延安《解放日报》社论指出：“这是1926年‘三·一八’惨案以来，将近20年间所没有发生过的大惨案”，表示“极其真诚的同情”。
9日，周恩来发表讲话，指出“昆明惨案就是新的‘一二·九’。”赞扬“青年是争取和平民主的先锋队”。全国掀起了抗议谴责反动派暴行的浪潮。
12月2日下午3时，罢联在联大图书馆前大草坪举行“一二·一”死难烈士入殓仪式，灵堂边一对挽联：“一党专政，百姓遭殃”。两副长联是：国民党还政于民，秋风来去，丢下数枚炸弹。中央军奉命来省，春风乍到，杀了几个学生。
以学生作仇，以人民作匪，屠杀不遗余力。
与敌寇为友，以汉奸为朋，宽容惟恐不周。
各大、中学师生及各界人士6000多人参加。4日，罢联在联大图书馆设“四烈士”灵堂，举行公祭，活动历时一个多月，群众到灵堂祭奠四烈士的达15万人次，送挽联及挽幛数千件，捐款近3000万元。联大教授会决议，自4日起停课7天，以示抗议。
年轻人的血，深深地震动了朱自清的灵魂。
血，使他认识到民主进步的力量；血，使他认识到当权者的凶残；血，使他认识到自身的弱点。血，引起了他深刻的反思。
自抗战胜利以来，朱自清一直关心着时局的变化，注视着这场斗争的发展，在11月15日、28日、30日的《日记》中，他都记叙了学生运动的情况。12月1日，当他看到反动军队向师生施暴时，十分愤怒，特地在《日记》中录下他们的暴行：
军人与便衣打入学校各部份，在师范学院扔手榴弹四枚，死三人，伤者甚多。
惯，悲愤不已”。①历2小时余。
9日，他前往灵堂向四烈士哀悼致敬。
是的，朱自清没有如闻一多那样破门而出，和学生们并肩战斗在第一线，但在他闭门思过里，可以看到“一二·一”风暴已经强烈地震撼着他的心灵。爱国群众奋不顾身的斗争精神促使他反省，令他自感惭愧，他深切地感到：余性格中之懦弱，必须彻底革除，此亟需决心。②这一思想火花，预示了他精神世界将开始发生决定性的变化。
12月27日，罢联宣布“停灵复课”，朱自清又准备上讲堂了，但他近来心绪不宁，思想纷乱，经常失眠。1946年1月9日星期二，是他排定的考试时间，但由于夜里通宵未睡，至天亮时才打个盹，早上醒来，正在穿衣，两个学生已上楼来找他，这时才发觉时间已延误了，遂将考试改至星期五举行。这是他过去从未发生过的事，十分懊恼。
1946年1月10日，政治协商会议在重庆国民政府礼堂开幕。12日星期六，朱自清正在批阅学生的试卷，钱端升来找他，递上一份宣言书，征求意见。朱自清一看原来是《昆明教育界致政治协商会议代电》，提出两项主张：甲，政治协商会议结束前应切实办到下列各项事项，一、立即停止军事冲突；二、开放言论、出版、通讯、集会、结社及其他基本自由；三、取消一切特务组织，立即释放政治犯；四、组织联合政府。乙，下列各事项由联合政府办理：一、缩编全国军队；二、改组并刷新各地方政府之行政机构；三、在联合政府成立后6个月内召开制宪会议。朱自清完全同意上述意见，欣然提笔在上面签上自己的名字。“代电”于20日见报，签名者有194人。“一二·一”惨案善后事情尚在进行，为了平息民愤，行政院免去李宗黄云南省长本兼各职，而国民党最高国防委员会又任命其为党政工作考核委员会秘书长，实际上仍是进行包庇。革命群众自是不肯答应，一天，一位教师到朱自清寝室，告诉他为对李宗黄处分与死难者丧葬事，学联决定罢课一日以示抗议，朱自清立即表示赞同。但他对当时复杂形势，依然认识不足，那时有部份教授发动对东北问题的宣言，实际上是针对中共和苏联的，有人以此征求他的意见，由于不明真相，他也同意签名，但声明“须不涉内政，只为单纯之爱国表示”。过了两天，他经过图书馆门前，看到有人演讲东北问题，会后还有示威游行，当他事后了解到联大学生极少参加时，开始觉悟到东北宣言显然为国民党党团所操纵，十分后悔在上面签名。第二天下午，他参加教授会，讨论建立“一二·一”死难烈士纪念碑事。在会上看到学生写的《呜呼！大学教授》一文，内容系攻击东北问题宣言的，读后心中很不是味道，对自己的签名更是后悔不已。4月4日，朱自清重新就任清华中文系主任职务。就在这天下午，他的女儿采芷和未婚夫王永良举行订婚礼，他出席并讲了话，祝他们“相爱似蜜而相敬如宾”，自感内容陈旧，“殊不似现代型之家长”。
就任后连日参加会议，讨论关于复员和联大结束工作，以及各校迁回北平之事，十分繁忙，以致胃病复发，身体衰弱。5月3日晚，竟夜呕吐，早晨又吐了许多酸水，疲惫不堪，但他还坚持工作，上午参加国文学会，下午参加大一国文会与清华系主任会议，晚上又出席昆明文协与昆明文联在云大至公堂举行的五四文艺晚会，内容与形式均很生动，有歌咏队登台高唱解放区歌曲，有具有民族风格的歌舞“插秧苗”，还有云南地方歌曲“茶歌小调”。操场外营火熊熊，一男一女踩船欢快鼓点，扭着秧歌，正在上演风靡一时的新秧歌剧“兄妹开荒”。朱自清在大会上做了题为《关于夏丐尊先生》的讲演。夏丐尊于4月23日在上海去世。他很悲哀，因此特地在大会上介绍夏丐尊的生平事迹，表彰他对文化事业所做的卓著贡献，说他是一位“以宗教的精神来献身于教育”，“诲人不倦的教育家”。在晚会上讲演的，还有闻一多、李广田、闻家驷等人。
6月，联大正式结束，奉命解散。北大、清华、南开三校分别恢复。朱自清准备回北平了，突然接到成都来信，陈竹隐生病住进了医院，遂于14日匆匆赶到机场，等了3个钟头才坐上飞机到重庆，再乘汽车到成都，沿途又逢大雨，距内江10公里处轮胎又破裂，车停驶，只好宿于旅馆，胃病复发，竟夜呕吐不止，困顿非常。
18日到家，得知陈竹隐住在刘云波医院养病，立刻赶往探视，询问医生，始知系心脏病，经治疗已有好转，乃放心。