东京。日军参谋本部。
这天零点刚过一个小时的时候，情报部突然接到奉天发来的电报：
十八日晚十时半许，暴戾的中国军队在奉天北面的北大营以西，破坏满铁线，袭击我守备兵，与我前来之一部守备队发生冲突。据报告，奉天独立守备第二大队正向现场出动。
这是参谋本部接到的关于事变发生的第一份电报。发报时间是18日晚11时18分，发报人的署名竟是奉天特务机关长土肥原贤二上校。其实，土肥原为中村事件自9月10日便出差东京，此刻还没返回奉天。这份电报当是奉天特别机关的花谷正以土肥原的名义代拍的。
凌晨2时，又收到以土肥原的名义拍发的第二份电报：
北大营之中国军队炸毁满铁线。其兵力有三四个中队，随即逃入兵营。我虎石台中队，十一时过后正在与北大营之五六百敌军交战，并占领其一角。但敌军正在不断增加机枪和野炮。我中队正在进行苦战。野田中尉身负重任。
一个小时后，又收到以土肥原的名义拍发的第三份电报。电报就今后关东军的作战行动，作了如下表示：
根据上述情况，先遣参谋板垣［征四郎］分别作了如下部署：一、第二独立守备大队扫清北大营之敌。二、第二十九步兵连队攻奉天城。三、第五独立守备大队从北面攻北大营，并接受第二独立守备大队长的指挥。四、要求第二师团以主力增援。
这三封电报环环相扣，让参谋本部的人看到，事件的发生实属不可避免，事态的扩大乃属势在必行。一切都显得那么顺理成章。
电报接踵而至，作为统帅中枢的参谋本部也随着遥远大陆那片黑土地上的突如其来的进攻而行动起来。
陆军中央部，上自陆军大臣南次郎、参谋总长金谷范三、总务部长梅津美治郎、代理作战部长今村均，下至一般课员，都在听到消息后的第一时间赶到了参谋本部。
军人们——“日俄战争以来在长达27年的时间内远离真正战争的军人、在裁军的年代里地位处于无足轻重的军人、随着近来法西斯倾向的抬头逐渐重新认识到军刀的真正价值的军人、决心用自己的双手坚决实行‘昭和维新’的军人、为在中国发生的以中村大尉事件为开端的大大小小无数反日事件所激怒的军人、由于中国的反日或者说为了加强日本的国防而主张必须占领满洲进而占领中国之一部的军人”——很久没有嗅到火药味了。满洲传来的火药味让他们顿时兴奋起来。
早上7时，陆军省和参谋本部的首脑在参谋总长办公室前面的会议室里举行会议，协商时局对策。陆军省次官杉山元、军务局长小矶国昭、参谋次长二宫重治、总务部长梅津美治郎、代理作战部长今村均、情报部长桥本虎之助、军事课长永田铁山等出席会议。
会上，参谋次长二宫重治首先就已收到的情报作了说明，并指出：“此次会议的目的，就是为了使省、部之间对当前时局下决心，建立巩固的基础。”
军务局长小矶国昭发言：“关东军此次行动，完全是根据本身任务采取的适合时机的措施。”小矶国昭的发言为关东军的行动定下基调。对此，全体予以肯定。
不过他们知道，关东军不过1万多兵力，而中国东北军有20多万，战端既开，则增援恐怕势在必行。于是，大家又讨论了是否增援关东军问题，结果一致同意增兵。在讨论此问题的时候，颇值得吟味的是，率先肯定关东军的行动乃正当之举的小矶国昭却对增援兵力的事表达了一丝顾虑，担心这样做会引起世人的“误解”，认为这次事件是关东军的阴谋。仿佛这丝顾虑的表达已足以表明此次行动不是关东军的阴谋。
当即决定由作战课起草相关文件。作战课马上根据既定的对华作战方针，大致进行了研究，准备应急动员一部分驻朝鲜军和第十师团紧急派往满洲。陆军省军事课则准备向阁议提出增兵方案。
就在他们讨论应急动员驻朝鲜军增援关东军的时候，驻朝鲜军根据年度作战计划已经采取措施派兵和并打算继续增兵的电报已经发往参谋本部：
我军鉴于奉天方面之情况，命第6联飞行联队［驻平壤］派战斗机、侦察机各一个中队于今晨从平壤出发增援关东军。又，第20师团［驻朝鲜龙山］之混成旅团约一旅团兵力拟向奉天方面出动。并命第十九师团［驻罗南］在卫戍地整备，以便能出动更多兵力。
这是驻朝鲜军司令官林铣十郎于早上7时7分拍出的，也就是说，正是参谋本部开始开会讨论的时候。
针对这一新情报，参谋本部的判断是，认为空军的增援已经独断实行，但混成旅团要等到敕命下达后才会开始行动。
驻朝鲜军的应急派兵，本是应付满洲危急的既定计划的一部分，所以与陆军中央部的方针并无根本矛盾之处。中央部感到有问题的只是未等敕命下达，驻外军司令官就擅自将一部兵力派往国外并还打算继续派兵。
原来，日本陆军在1900年参与八国联军出兵中国的时候开始形成一个惯例，即向国外出兵必须由内阁会议批准经费开支，由天皇行使统帅权下达敕命，方可进行。但是，军部的《阵中要务令》中又要求日本陆军上自司令官下至普通士兵都要受一种在非常情况下可以擅自决定和相机行动的修养训练，并教育他们因坐等命令而误失战机者不得再入天皇统率的军队，这等于是在鼓励在外将士在非常情况下可以实行“独断”而自行决定行动。如何处理这两个自相矛盾的规定，陆军内部却没有一个明确的办法。这是日本统帅制度的缺陷。
针对这一情况，作战课拟采取的做法是，驻朝鲜军正准备出兵的混成旅团，必须等内阁会议批准经费开支后，履行下达敕命的手续，方可行动；对已经行动的飞行联队，也有必要立即办理上奏手续，追认驻朝鲜军司令官的决心和措施，否则会搞乱指挥统帅权系统，而且将会招致外界批评。
他们没有料到的是，驻朝鲜军打算走得更远。作战课的指示电报还未拟定，驻朝鲜军司令官的电报又来了：
我军根据奉天附近日中交战之形势和关东军之要求，命一个混成旅团前往奉天附近增援关东军。该旅团自十九日上午十时许，将先后从各卫戍地出发，通过铁路运送，渡过鸭绿江后，接受关东军司令官指挥。飞行队今晨出动，亦受该司令官指挥。
电报显示该电报为上午9时28分拍发，而电报中称，混成旅团将于10时许出发，就是说，当参谋本部收到此电报时，驻朝鲜军的混成旅团也许已经采取了行动。看来，驻朝鲜军的计划，不仅是让飞行联队独断越境，而且打算让混成旅团也擅自越境。
参谋本部决定阻止驻朝鲜军的独断越权行动。于是，中午12点30分，以参谋总长的名义向驻朝鲜军司令官拍发了第一六号电：
朝参报第五号关于增援关东军一事，望暂待奉敕命令下达。
在向驻朝鲜军司令官林铣十郎拍发上述电报的同时，也向驻平壤的第三十九步兵旅团旅团长拍电报：
贵旅团之行动亦应暂缓，如有已出发之部队，望即采取措施，不得越境。
为保险起见，参谋本部还对新义州守备队长也发电指示：
万一未收到上述命令而有渡鸭绿江之部队，要通知此意旨，使其不得通过新义州。但飞行队之所属不在此限。
这就是战争已经打响后陆军参谋本部的第一天。他们其实面临两个挑战，一个来自关东军，另一个来自擅自驰援的驻朝鲜军。除了事变引起的不安和皇军军纪遭受挑战而引发的不快之外，还有一种莫名的兴奋——这种难以名状的心情，使参谋本部的日军将校们“痛并快乐着”。
可是，来自内阁的消息看来不妙——上午10时，内阁会议上做出了“努力不使时局较现状扩大”的方针。
但是，内阁决议并没有太多影响到帝国军人们。参谋次长二宫重治、军务局长小矶国昭、教育总监本部长荒木贞夫三人开会。密筹时局对策。三人在这一思想上达成共识：以此次事件为契机，求得满蒙问题的解决。这一共识遂成为参谋本部的骨干成员们在处理此次事件时的方针。
下午2时，参谋总长先是召集陆军三长官——参谋总长、陆军大臣和教育总监碰头。陆相南次郎传达了内阁会议确立的“努力不使时局较现状扩大”的决议，而教育总监则表达了参谋本部僚属们议定的“以此次事件为契机，求得满蒙问题的解决”的主张。参谋总长看来是要在这两者之间找到一个平衡点。
随后，参谋总长金谷范三召开部长会议。金谷总长力陈应迅速处理事件：“事到如今，已刻不容缓。必须马上处理这一事件，恢复原状。”
基本调子似乎是要贯彻上午阁议上确立的不扩大事态的方针，并对事件进行处理。在参谋本部的僚属们看来，这几乎是等同于皇姑屯事件后的覆辙。代理作战部长今村均马上反驳说：“箭已脱弦，若中途停止，恢复原状，恐怕对军队士气影响甚大，为国军计，事关重大。当此之际，要排除万难，保持国家和国军的威信，为达到伟大目的而努力。”
金谷总长又进一步阐明自己的信念：“若要做大事，作为长官，必须不为青年人所左右，力戒自己动摇。我现在的心境就像四十七义士之一的大石良雄那样。关于此次事件，我要负全部责任。”
在那些少壮派军人们看来，金谷总长的发言中，大石良雄那样敢作敢为的义士形象似乎比他在陈词中所传达的阁议方针更能表达他内心里的真实想法和意图。
今村均心领神会，当即起草了参谋总长致关东军司令官的电报。当他拿着电报稿请金谷总长签发时，总长愉快地签了字，笑着说：“让你们看透了我内心的决定。”
这天下午6时，事变发生后的第一天里参谋本部给关东军的一份最重要的指示电报拍发给了奉天的本庄繁司令官：
一、9月18日夜以后，关东军司令官之决心及处理深合时宜，深信此乃提高帝国军队威信之举。
二、根据事件发生后中国方面之态度等情况，阁议决定事件之处理不宜逾越必要之限度。为此，今后军之行动应本此主旨妥善处理。
所谓“不宜逾越必要之限度”，何为必要？看到参谋本部对内阁决议“奇妙”的阐释，关东军精神大振。一小时后，关东军司令部给参谋本部发回的电报中，词情激昂，充满斗志：“望现在以最大决心，为国家百年大计，全部陆军勇猛前进。”