红军于云南皎平渡跨过金沙江后，进入到江北岸的四川会理。这座川滇交界古城，是古南方丝绸之路必经的要塞，川滇商旅云集之地。其最早于西汉元鼎年间（前116—前110年）建有县制。从明代开始大规模修建城市，清雍正时期，在城中心建造了钟鼓楼，成为古城标志性的建筑，同时，整个城市的格局也构造完成。它有内外两城，内城大，外城小，筑有坚固厚实的城墙。
1935年5月，红军到达会理时，它已经相当的残破，只有一条直街，两条横街，全城人口仅3000多人。1935年7月的《云南日报》有篇文章中，这样描述过会理：“百姓流离失所，啼饥号寒，风餐露宿，目击伤心。”
当时，同样处在风雨飘摇中的，不只是会理古城，还有忽然到来的红军。中央红军从江西瑞金、于都出发，穿过四道封锁线，湘江一战损失四五万人后，打到了遵义，紧接着四渡赤水，远征云南，渡过金沙江来到这里。除了在遵义休整12天，此后差不多4个月的时间内，红军几乎没有停留过。不仅白天行军，有时候为了抢时间，还在晚上行军，特别是进入云南后，天气渐渐炎热起来，红军战士都衣衫褴褛，疲惫不堪。
红军将士们不断地询问今后的去向。他们中大部分是江西人和湖南人，原来以为会从贵州打到四川渡过长江，谁知却曲折迂回地来到了川滇边境。周围的环境为平时所不熟悉，而且离开家乡越来越远。很多普通战士不明白红军要干什么，要去哪里；牺牲的战友越来越多，他们不知道自己能否活着回去。中央红军无法与贺龙、肖克部会合，也不知道张国焘红四方面军具体的去向，只知道是在川陕一带活动。下一步究竟要怎么办呢？不仅战士中间议论很多，高级将领里也开始有人发牢骚。
毛泽东此时考虑的也是同样的问题，怎样才能把红军带离困境，打开一条广阔的生存与发展之路。而目前能做的，就是在敌人追兵赶到之前，让红军在会理城好好休息几天，就像上次在遵义时那样。然后最为迫切的，就是商量好下一步的行动计划。
5月9日，红军渡江后就出其不意地进攻会理城，但是没有成功。会理内外的城墙是两道天然屏障，易守难攻。红军曾突破过外城墙，川军将领刘元瑭率领1000多人（蒋介石把刘文辉的川军拨了一部分给刘元瑭守城），把红军挡在了内城墙外。
红军第二次攻城的时候，城防部队撤走了两道城墙之间的居民，放火烧了他们的房子。大火迫使红军退回到外城墙。国民党军又命令居民用大锅熬粥，把滚烫的稀粥往攻城竹梯上浇，许多战士被严重烫伤，掉下梯子牺牲了。
红军接着采取了以往从未用过的战术，他们在东西城楼下挖地道，进行爆破，想通过地道进入城内，敌人则派工兵挖沟灌水，红军攻城未能如愿。
攻打会理城的场景，很容易让人想起中国古代的攻城战。会理也是长征中，红军未能攻下的少数几个县城之一。为了减少伤亡，红军改变策略，采取“围而不打”的战术，紧紧把会理城围住。当刘元瑭守城到第六天的时候，蒋介石把他升为了中将旅长，并用飞机投送了1万元犒赏他率领的川军。
此时红军驻扎在城外休息，并且于5月12日在城郊的铁厂召开了一次会议。这次会议是由一场风波引起的，源起林彪。
林彪是个出色的军事将领，这一点在前面好些地方都提到过。1935年，他只有27岁，具有冷静聪慧的头脑，为人很严肃，几乎不开玩笑。尽管他在黔北赤水城的战斗中未能获胜，但那对任何指挥官来说，在当时的条件下，攻占赤水城都是不可能的事情。林彪善用疑兵，胆量过人，所以毛泽东喜欢派他去迷惑敌人，特别是在昆明的那次，他佯攻得十分巧妙。林彪个性孤傲，不易听取人家的意见。虽然他总是圆满执行了毛泽东派遣的任务，但是，却渐渐对毛泽东在行军途中的军事指挥才能表示怀疑与不满。
四渡赤水的时候，林彪把行军的路线比喻成了一张弓，说红军总是在走弓背路，不走弓弦路，不走捷径（有些战士也抱怨总在不停地行军），像毛泽东这样的指挥不行。
聂荣臻听到林彪的牢骚，表示了不同的意见，他当然是赞同毛泽东的做法。他劝解林彪说，这就好比我们落在敌人的口袋里，如果不声东击西，高度灵活而机动，如何能出得口袋呢？
林彪还给彭德怀打电话说：“现在的领导不成了，你出来指挥吧。再这样下去，就要失败。我们服从你领导。你下命令，我们跟你走。”彭德怀回绝了林彪的建议。
林彪坚持己见，还写了一封信给军事三人团（毛泽东、周恩来、王稼祥），反映部队中产生的对不停行军的厌烦情绪：部队在云贵川绕来绕去，走了不少冤枉路，会拖垮红军的。他在信里建议更换前敌总指挥毛泽东，让彭德怀出任。而此时，毛泽东和周、王等军事委员会的人正和其他人员一起，考虑当前红军的策略和规划，决定指挥军队北上，并与红四方面军会合。
林彪找到聂荣臻，希望聂荣臻在信上签字，再把信递上去。聂拒绝了林彪的请求。
林彪的信交给军事三人团的时候，正是行军最紧张的时候。到了会理，才有时间开会解决这个问题。杨尚昆临时被通知参加会议，当时他有腿伤，是被担架抬着去的。事前他并不知道开会的内容，看到会议印发的林彪信件内容后，才感觉到问题的严重性。
他和刘少奇曾经签字的一份电报，和林彪的某些看法不谋而合。这封电报是土城战役失利后拍发的。因为战役打得很苦，许多指战员不理解，满腹牢骚，认为仗不应该那样打。他们把调查到的情况拍电报给中央，没想到，这封反映战士想法的电报也受了批评。同时受批评的，还有黄克诚。黄克诚性格直爽，他直接写信给中央，说土城战役伤亡既大，又没达到目的，不划算。
这些意见，在会上都受到了批评。年轻的林彪则成了会上主要的受批评对象。会议批评了林彪等人反对毛泽东的领导、反对红军机动作战的严重错误，维护了党和红军的内部团结和统一。毛泽东对林彪的做法非常生气，他当时40出头，经验比林彪丰富许多，曾成功指挥过中央苏区反“围剿”。他直言不讳地讽刺林彪：“你是个娃娃，懂得个啥。”
受林彪牵连最大的就是彭德怀。聂荣臻、左权、罗瑞卿、朱瑞都证实彭德怀回绝了林彪让他做军事总指挥的建议（彭接到电话时，这些人都在场），但是彭还是被怀疑与林彪一起参与反对部队的机动作战，毛泽东在会上批评了彭德怀。
虽然与事实有出入，彭德怀还是在会上主动做了自我批评，对红三军团出现的所谓右倾现象，他承担了主要责任。可是彭德怀坚决否认了与林彪的信件有任何瓜葛。对此事，建国后他在《自述》中写道：“我采取了事久自然明的态度。”
我们不能纠缠历史的老账，当然，史实有待澄清。不管如何，会理会议统一了红军领导层内部的思想，缓和了遵义会议以来积累的不满情绪。会议最后确定了下一步的行动方案：继续北上，穿过彝族大凉山地区，渡过大渡河，与红四方面军会师。