在整个20世纪80年代和90年代，中国的经济学家们尽管在经济理论上尚不成熟，对改革的曲折和意外缺乏充足的掌握，在具体的改革方法论上显得手忙脚乱，但是自始至终，他们却充满了必胜的信心。可是，进入新世纪之后，情况开始发生了微妙的转变，“改革”的定义及对象变得模糊起来，利益集团的分化让矛盾和发展的路径选择变得异常复杂，早年的某些“共识”日渐瓦解，甚至，连市场经济体制本身又一次受到了空前的质疑。
这样的景象在吴敬琏身上得到了最戏剧性的体现。进入2003年之后，他曾在多次论述中表示不希望发生的情况，竟然以当时并没有意识到的方式发生了。随着腐败的蔓延，弱势群体的愤懑之情日益变得激烈起来。这时，改革前旧体制和旧路线的拥护者纷纷行动起来，鼓动群众对市场化改革进行抗争。吴敬琏的老同事、在1988年反通胀和反腐败的战友马宾更是冲在前面。他在2003年9月向他亲近的朋友发出一篇名为《北戴河休养杂记》的文章，论证十一届三中全会“彻底”批判“文化大革命”，全面否定无产阶级专政下继续革命理论“是完全错误的”，“结果是继续搞修正主义”，“从而彻底背叛马克思学说、列宁无产阶级专政下继续革命理论和毛泽东‘文化大革命’理论”，“搞私化、腐化、西化、分化、城市工业资本主义股份化、农业包产到户私有化、全面资本主义化”。他并且提出希望，要他的同志们纠正认为毛泽东晚年有错误的思想，“把企图和一心砍倒毛泽东思想旗帜的‘邓小平’批倒”，把他搞的一套“修正主义货色”“再发动文化大革命除之”。
马宾的这番宣告还真有效果。从2004年年初开始，许多网站开始连载系统批判邓小平和所谓的“资本主义改革路线”的系列文章，后来被编成一本20多万言的电子书《邓小平晚年之路》，在许多网站上公开下载。
要批判十一届三中全会以来的改革路线，为市场化改革建言献策的经济学家自然首当其冲。在所谓的“左派网站”上出现了大量文章指斥“新自由主义主流经济学家误导中国经济改革”。有人在网站公开提出，他们的斗争策略是“集中优势兵力，采用大兵团作战的方法，围歼‘资改派’学者”，“这些人头戴着著名专家学者的光环，颇能迷惑一部分群众。对这些人，要集中优势兵力，进行强火力的攻击，深刻揭露和批判他们的荒谬和反动，直到弄臭打垮为止。”
2004年的2月，隶属新华社的《瞭望东方周刊》发表长篇报道《经济学家为企业代言的是是非非》，提出“经济学家为谁代言”的尖锐问题。文章开列了包括吴敬琏、张维迎、高尚全、董辅、钟朋荣、萧灼基等14位担任上市公司独立董事的经济学家的名单，列出了聘请他们当独立董事的41家企业以及支付的年薪。吴敬琏被披露担任了神州数码、中国联通、中石油和中水渔业的独立董事。报道称：“根据公开信息，截至2001年年底，共有274家上市公司设立了独立董事，共聘请或提名了500余名独立董事，其中经济学家131名。在2001年报披露抽样的130家上市公司中，独立董事津贴每年1万~2万元的有18家，2万~3万元的有26家，3万~4万元的49家，4万~5万元的21家，5万元以上的为16家。”
文章追问道：“无从得知，那些身兼数职，不断出现在大众媒体上，对各种经济问题发表意见，一场接一场地赶场出席各种论坛和研讨会的经济学家，在百忙之中是如何来履行这么多兼职的应尽职责的？”报道引用杨帆教授——时在社科院经济研究所任研究员——的评论说：“独立董事没有实际作用，只是为了加强企业家和经济学家联盟。”
《代言》这篇文章还引用杨帆的话，以直接点名的方式表达了自己的观点，他说：“中国企业界分三个集团。一是投机集团，经济学界的代表人物就是厉以宁、萧灼基、韩志国；二是民营企业集团，是干实务的；三是买办资本集团，正在兴起，理论界的代表就是吴敬琏、林毅夫、樊纲、张维迎、江小娟、张五常等。任何社会理论都代表一定的利益和社会集团。按马克思说的，利益集团必然要争取把自己的利益上升为政策，还要寻找理论和理论家，要掌握自己的宣传工具。”
《瞭望东方周刊》的这则报道被广泛转载，在舆论界和经济学界都引起了很大的轰动。据该杂志100期特辑的报道称：“《代言》一文也惊动了国务院高层领导。后来，一些部门请经济学家做研讨、咨询时，也变得谨慎了许多。”也就是从此之后，在许多公众眼中，经济学家成为财团的“代言人”成了一个公众话题。
如果说“独立董事风波”质疑了经济学家们的职业操守，那么，在2004年秋冬之际爆发的另外一场论战，则几乎将吴敬琏等“著名经济学家”全都推到了对国有资产的流失负有责任的被告席上。
启动于1998年的国有企业大规模产权改造，到2004年前后已格局初成，在这期间，数以十万计的国企“转换身份”进行了股份化改造，由于缺乏规范和对于掌握改制领导权的政府官员的监督，造成了一些混乱局面，某些有权力背景的人可以弄权谋私，甚至公然将公共财产窃为己有。我们已经看到，吴敬琏在过去的几年中曾多次呼吁制止这种不正常的现象。但是在这场论战中，吴敬琏却被说成是支持盗窃国有资产的“共犯”。这是他当年所始料未及的。
2004年夏天，出生于台湾桃园，毕业于美国沃顿商学院的香港金融学教授郎咸平连续发表论文和演讲，对一些著名企业的产权改革提出了猛烈的质疑。
6月17日，他公开质疑tCL，认定其股改方案实际是国有股权被稀释的过程，是“以股权激励为招牌，以证券市场为渠道，使国有资产逐步流向个人的过程”。8月2日，他发表《海尔变形记——一次曲折而巧妙的MBO》，矛头直指中国知名度最高的家电企业海尔，根据他的分析，“由张瑞敏等管理高层控制的海尔持股会曲线MBO取得成功”。8月下旬，郎咸平掷出第三颗“震撼弹”，他在上海复旦大学发表题为《格林柯尔：在“国退民进”盛宴中狂欢》的演讲，直指中国第二大家电企业广东科龙的董事长顾雏军使用多种伎俩，“利用一些地方政府急于加快国企退出的思路，将收购与改制打包在一起，玩了一把双方互惠互利的双赢游戏”。
郎咸平的三次讨伐在企业界、舆论界和经济理论界平地掀起了一场轩然大波。在整个秋天，它甚至转移了人们对宏观调控的关注。这位来自香港、敢于放言的金融学教授对过去几年的产权清晰化和公司化运动进行了一次“总清算”。他的结论是，“当前这种利用法制不健全的空档，合法地侵吞国有财产的景象，和当初俄罗斯私有化运动极为类似”。语锋机敏的郎教授还打了一个很生动的“保姆”比喻——“我的家又脏又乱又差，找来一个保姆，帮我把家收拾干净了，她算是有功劳，可是这个家突然就变成保姆的了。这是一件很荒谬的事情。”据此，郎咸平提出3个观点：必须暂停产权交易，必须禁止MBO，民营企业与国有企业争利问题不是当前经济改革的重点。
郎咸平极富鼓动性的言辞，得到了早就对企业改革中的不公正现象心怀不满却无处申诉的底层大众的热情支持。而受到攻击的科龙董事长顾维军则起而反击，以涉嫌诽谤起诉郎咸平几乎所有的财经和都市媒体都站在了郎咸平一边，有的报纸更以《顾雏军郎咸平公案反思：经济学界为何集体失语》为题，严厉批评国内学者对郎的果敢行动的“暖昧”态度。
正在寻求机会把“资改派”经济学家“弄臭打垮”的旧路线和旧体制的人们更是大喜过望，早在2004年8月28日，在郎咸平刚刚发起对tCL、海尔和科龙的质疑之际，就有一些以“新左派”自居的学者在北京召开“资产流失与国有企业资产发展研讨会”，为郎咸平大声叫好，10多人联名发表声明“声援郎咸平”。不久，南京、上海也召开了类似的集会。
2005年6月，一本名为《“郎旋风”实录：关于国有资产流失的大讨论》的图书出版，该书宣称：“这是一部明辨是非曲直的书；这是一部分清真善美和假恶丑的书；这是一部反对在我国推行MBO，为大量侵吞国有资产的暴发户张目，撕开其画皮的书。这场关于国有资产的大讨论，是关系到祖国前途、命运的大问题，它明确指出我们共和国今后应该走什么路，朝哪个方向前进，也就是说，是继续沿着邓小平同志指出的走建设中国特色的社会主义道路呢？还是走信奉西方新自由主义学派的所谓‘主流’经济学家们所推崇、误导的资本主义私有化的道路？”尤为醒目的是，这本书的“总顾问”是一位中宣部前任部长。一位叫钟建国的作者在左派网站上撰文解释他“为什么要亲自出马当‘总顾问’”时写道：“《‘郎旋风’实录》这本书，触及今日中国最敏感、最重大的问题。理亏心虚的权势人物，可能要逼迫主管宣传、出版的部门出面压制。中宣部老部长亲自出马担任这本书的‘总顾问’，也许可以起到‘泰山石敢当’的作用。”
很显然，在一个更大的、关乎中国改革命运的大论战中，郎咸平也成了一颗被利用的“棋子”。连一些西方媒体也看出了“左派思潮”在中国的再度活跃，美国《洛杉矶时报》在一篇评论中认为：“郎咸平对中国经济改革的某些批评并不是孤单的声音，他代表着一个被称为‘新左派’的日益有影响力的团体，他们对国有企业民营化和中国经济的试验进行抨击。”
郎咸平提出的质疑，事涉中国企业改革的路径抉择与道德正当性，很快让一大批经济学者都卷入其中。几乎所有重量级的学者都主动或被动地发表了自己的观点，一时间观点锋矛相对，立场鲜明对立，构成近20年来经济理论界规模最大、火药味最浓的一次大论战。
不少学者认为郎论偏激，对中国企业制度变革有误读。复旦大学张军教授认为郎咸平的案例研究“攻其一点，不及其余，有失偏颇”。北京大学张维迎教授发表演讲，呼吁舆论环境要“善待企业家，不要把他们妖魔化”。北大教授周其仁在一篇《我为什么要回应郎咸平》的文章中说：“我是想破脑袋也想不出来，到底怎样郎咸平才觉得对……产权改革不是什么好事之徒策划出来的。就是把主张产权改革的经济学家全部枪毙，只要走市场经济之路，公有制企业还是要搞产权改革。”
一向被视为“主流经济学家”之翘楚的吴敬琏，是以一种很“无辜”的方式卷入论战的。而其起因，就是2004年8月28日的那场“资产流失与国有企业资产发展研讨会”。
在研讨会前的数日，郎咸平宣布将邀请“中国著名经济学家”前来与他面对面地辩论。开会当日，“被邀”学者无一到场。郎咸平在演讲一开始，就以调侃的方式逐一点名哪些经济学家没有应邀。他说：“主办单位在我要求之下，邀请了主要的经济学家来到会场，但是很遗憾，今天我所谈论的题目，该参加的人员因为某些原因没有参加。为了证明主办单位是诚恳邀请所有人，今天我把邀请的人做一个汇报，有吴敬琏、张维迎、林毅夫、茅于轼等，今天谈的学术性主题就是批判主导中国产权改革20年的新自由主义学派。”
就当郎咸平在北京“点名批判”的时候，吴敬琏在深圳参加“中欧国际工商学院华南论坛”。8月29日，在他结束演讲回答听众提问时，如何看待“郎顾之争”自然成了被追问的话题。他对此讲了三层意思：第一，利用国企改制之机蚕食和鲸吞公共财产不是个别现象，应当对这种现象作坚决的斗争；第二，对于郎教授指控一系列企业家盗窃国有财产，自己没有调查研究，无法作出判断；第三，不能同意郎教授关于“国企效率优于民企”、“国企不能退出”的主张。
记者再问：“你如何看待经济学家在‘郎顾之争’中的表现？”
吴敬琏回答说：报上有篇文章，标题叫做《顾雏军郎咸平公案反思：经济学界为何集体失语》。经济学家并不是一个组织或者机构，每个人都是按照自己的研究独立地作出结论，所以也没有什么“经济学家的集体意见”。多少人赞成、多少人反对，然后作出一个决议，这有什么意义呢？当然，经济学家有义务维护学术自由。如果郎咸平教授受到压制、受到打击、受到迫害，任何一个公民、任何一个经济学家，都应该发表意见支持他。至于牵涉到一些具体的问题，你没有研究，怎么能够发表意见？有的评论说这次拷问了经济学家的良知，没有研究，不发表意见就是良知缺失啦？我觉得如果自己没有研究乱发表意见，才更有问题。
记者进一步问：郎咸平教授在昨天的研讨会上公布了请而不到的经济学家名单，第一个就是你，你怎么看？吴敬琏温和地答道：“我没有收到过任何邀请，所以没有应邀不应邀的问题。我估计是报刊误报了，我想郎教授不会说这样的话，他到底是我的一个朋友嘛。”
让吴敬琏没有想到的是，在不久后的一个公开场合上，过去与他关系不错的郎咸平回避了到底有没有发出邀请的问题，而是断然声称：“我没有朋友，我也不需要朋友。”这样的公开表演，让吴敬琏非常不满，以致在风波过后一两年，当郎教授一再致电给吴敬琏，邀请他参加自己的课题研究时，吴敬琏再也不愿，也不敢和他有所交往了。
郎咸平发动的这场“讨伐”，让他如愿以偿成了一个明星级经济学家以“独立学者”自成一方；而那些在过去几十年里一直为改革出谋划策的学者则被划入了“误导中国改革的新自由主义主流经济学家”之列。在某些不明就里的民众看来，这些人真的都已成为既得利益集团的一部分。他们的“良知”被金钱收买了。
就这样，吴敬琏陷入了前所未有的尴尬境地，不久前他还被赞颂为“社会良心”，如今却遭到被利益集团收买的指控。而更错综复杂的是，对他的攻击来自两个不同的方向：一向视之为“眼中钉”的“左派”网站发表文章，认定这是“吴敬琏们黔驴技穷”的表现；而北京的一些媒体则指责说，吴敬琏既不肯定郎咸平的指控，又不“拿出事实和数据来驳倒郎咸平”，是在玩“太极推手”。日后来看，吴敬琏尽管不习惯这样的状况，不过却没有给他带来太多的困扰，他仍然率直发言，从心而论。根本的原因是，这个人并无私利可言，他没有与任何企业达成过利益上的勾连，他不炒股票也不做投资，他的子女或亲戚都不从事商业活动，甚至，年过古稀的他对名利本身也已失去了追逐的热情。
直面汹汹而来的攻击，吴敬琏忧心的，并不是他个人的声誉，而是中国改革和发展的前景。2004年12月，吴敬琏在《经济观察报》年会上发表主题演讲《现代化中国的临产阵痛》，他在一开始就说：“我们注意到，近来社会上散布着这样的疑问：改革以来，问题和矛盾不但没有减弱，而且有加剧的趋势，它是否表明改革开放的大方向出了问题，需要改变？这是最近几个月来各种场合讨论的一个中心问题。”继而他给出了自己的思考：“我认为，问题不是出在改革的大方向上，而是与一些跟这个改革大方向相背离的做法有关……所以，我们要减轻临产阵痛的正确途径不是‘堕胎’、‘开倒车’，而是坚定而稳妥地推进改革开放。”
然而，大论战的帷幕一直没有落下。自2004年夏秋之后，一些人利用产权改革中的不公平和腐败现象，一再攻击中国的市场化改革。成为“明星”的郎咸平也越来越走向极端。他甚至对政治改革发动攻击，说是“民主和民意监督根本解决不了中国各级政府的腐败以及低效率”，“在此我呼吁中央政府进一步加强执政能力，以严刑峻法贯彻以民为本的思维”。他还以中国电信等垄断性公司的业绩来证明“中国国有企业从来不比民企差”。
2006年3月，在全国政协经济界的小组讨论会上，几乎从未在公开场合点名批评同行的吴敬琏罕见而直截了当地对郎咸平2005年11月发表在香港《亚洲周刊》上的长文《人吃人的中国亟待和谐化》提出指名的批评。他说：“郎咸平教授对中国情况的总体判断是‘国企改革天怒人怨’，‘教育改革成本由穷人负担，医疗改革基本失败，三农问题触目惊心’，‘所有这一切，都源于市场化改革’，以致使中国‘变成了一个人吃人的社会’，以致‘社会之坏5000年仅见’！郎咸平说民营企业盗窃国家财产，中国的著名企业几乎无一漏网。郎咸平还说民营企业效率比国有企业效率低，所以国有企业不应该改革。有学者用数据反驳他，他说‘我讨论大是大非问题，我不讨论小是小非’。”接着，吴敬琏评论说：“既然是大是大非问题，就应该讨论清楚。我不赞成用行政压制讨论，但不能用造谣、煽动弱势群体的这种办法来讨论，如果用这种办法，就是‘捣糨糊’，把事情搅成一团糟。”“改革开放是关系到我们国家前途的战略措施，现在改革碰到了很大的阻力和反对，有人要否定改革，否定改革的大方向，去年10月反改革的声音达到高潮，我认为这是令人气愤的。”
吴敬琏的这些声音很快被娱乐化地描述成“吴敬琏对撼郎咸平”之类的新闻，媒体和民众没有耐心去聆听到底什么是“大是大非”，学界对于理性的辩论似乎也日渐丧失热情。在漫天喧哗之中，身处漩涡中心的吴敬琏显得越来越孤独。让他忧心的正是，那些最终会损害中华民族根本利益的煽动，在支持旧路线和体制的人们的鼓噪和某些舆论工具的配合下，很有可能蒙蔽大众，把他们带上反对自己根本利益的歧路上去。进入2006年之后，他在多个场合介绍R·拉詹和L·津加莱斯合著的《从资本家手中拯救资本主义》一书，并一再引用其中的论述来分析中国市场化改革的艰难性——
市场经济制度在政治环境方面面临双重的威胁。第一重威胁来自市场早起发展的既得利益者。这些人已经在市场中占据了强势地位，还企图继续维持其地位。由于市场的自由竞争体制要求对所有的人一视同仁，这些拥有特权的人生怕自由市场体制以及与之配套的制度的确立会危及自己的既得权力，于是就极力鼓动运用政府的力量限制来自国内外的竞争，阻碍市场竞争体制以及与之相配套的制度的进一步健全。第二重威胁来自在市场前期发展中受损的弱势群体，当这些弱势群体受到蒙蔽，他们对种种不公正现象的正当不满被别人所利用，就常常会把矛头指向市场经济体制。而这种做法恰好迎合了既得利益势力的需要。在这种情势下，既得利益势力就能够躲在大众的身后，要求扩大政府干预，摒弃对外开放，压制市场竞争。弄得不好，就会出现下面这种“历史上曾经发生过的糟糕场景”：“在保护贫困人群安全的幌子之下，既得利益集团压制了市场机制，保证了自己的安全，而受害者则是自由市场经济和所有可以从中获得机会的人。”
吴敬琏既而指出，“弱势集团不但不会抗议，反而还会喝彩，全然没有意识到自己的未来会受到损害”。
然而吴敬琏这一番本应发人深思的话，被网站以最能吸引眼球的《吴敬琏说穷人反对改革》为标题，发表在醒目位置上，又引来了网上的一片狂轰滥炸。
在这一片非理性的攻击中，这位老者只有徒唤奈何！他就像站在一个牌局边上的“老管家”，尽管对正在进行中的游戏十分不满，以为必须要改变现行的规则，但是谁想要伸手把桌子掀翻了，却是他万万不能同意的。也正因此，他成了一个左右都不“讨好”的人，正在玩牌的人嫌他多“啰唆”，而看不惯现状的人则认定他是不公平游戏的同谋者。