2008年5月12日，四川的汶川地区发生大地震，造成重大人员伤亡，举国陷入空前的悲恸之中。
几乎与此同时，国内外的宏观经济局势也突然发生了逆转。美国华尔街因次贷风波引爆了席卷全球的金融危机，欧美消费市场突然疲软萧条，吴敬琏在2004~2006年所担心的景象终于出现了，以粗放式增长为特征的中国出口导向经济遭遇重挫。从2008年年初开始，数以十万计的中小企业纷纷倒闭，特别是新的《劳动合同法》的实施，使得东南沿海的众多劳动密集型外贸工厂无以为继，大量外迁或歇业。深沪两市自1月起就暴跌不止，从最高的5499点一路下探到5月底的3？433点。6月份，央行与银监会颁布《关于金融促进节约集约用地的通知》，时称“限贷令”，一把关掉了对房地产企业的信贷闸门，楼市价格应声下滑，阴跌不止，各城市的土地拍卖更是频频流产，那些靠土地出让金维系行政支出的地方政府叫苦不迭。在内外交困的大氛围中，一年前还受过热困扰的中国经济陡然间陷入可怕的大萧条，投资、消费、出口“三驾马车”几乎全数停歇。
面对突如其来的大变局，政府、学界及企业界显然都没有做好应对的准备。7月中下旬，吴敬琏和厉以宁分别在上海和北京发表了自己对当前经济形势的看法，他们给出了两个不同的“药方”。
7月22日，吴敬琏在上海参加《解放日报》的文化讲坛，同台企业家有联想的柳传志、阿里巴巴的马云和正泰集团的南存辉。吴敬琏在演讲中警告，中国经济正处在一个微妙的十字路口上，他建议一方面要坚持货币政策的总量紧缩，另一方面要从机制上改善和提高企业的效率，鉴于大量中小企业因信贷紧缩和市场的萎缩所面临的困难，他呼吁给企业减税。在他看来，中国的税收已经连续18年保持年均20%以上的增长，“现在到了该减税的时候”。同时，他建议放活民间的金融产业，让“地下钱庄”变身合法化。
他在讲坛上的警告似乎引起了企业家们的严重关注。就在7月23日晚间，马云给内部职工发出一份题为《冬天的使命》的紧急电子邮件，要求员工警惕宏观经济周期性起伏带来的巨大风险，“不要过多考虑股价波动问题，而是肩负比以往更大的责任，不能让自己倒下”。这是第一个提出要“做好过冬准备”的中国企业家。
几乎就在同一时间，厉以宁在北京的一次讨论会上对当前宏观形势进行了分析，他认为当前反通货膨胀的措施不当、时间过长，下半年的首要任务是防止通胀衍变为滞胀。因此，他建议松动银根，扩大信贷规模。
8月底，吴敬琏接受《南方人物周刊》的访问，再提主张用供给方面的政策刺激经济的意见。
这位对政策设计十分娴熟的经济学家深谙其中之道。在他看来，货币和财政政策都是短期政策，关键在于时机和力度的掌握，一旦错过最佳时机，就可能步步被动，招招皆错。他对记者说：“最大的隐患有些人不愿意听，人无远虑，近忧必至，这是三四年前就已经讲过了，靠要素投入、出口导向一定会产生很严重的问题……我看货币政策不能松，但金融应该搞活，小企业贷款、民间银行，都应当做。”吴敬琏始终不太赞同粗放式投资的拯救方案，而寄希望于重要体制的改革。对于信贷松动的呼声，他警告说：“从发票子到物价涨，有一个时间的滞后期，按西方的说法起码是8个月。发票子的时候，高兴得不得了，说是空前繁荣，等到物价涨的时候怎么办？”
就在这次专访后的半个来月，9月15日，华尔街突然传出全美四大投资银行之一的雷曼兄弟控股公司破产，一场金融风暴迅速传导至全球，引发二战以来世界经济最大的一次震荡。就在这一天下午，中国的中央银行宣布下调贷款基准利率和存款准备金率，在此后100天时间里，连续5次下调利率。同时，国务院宣布了一个轰动全球财经界的“四万亿拯救计划”，信贷的口子陡然大开。
在这期间，吴敬琏又莫名地卷入了一个“间谍门”的风波之中。
就在8月下旬，吴敬琏刚参加了国务院信息化专家咨询委员会的办公会议，从外地回到北京，一条短信已经在国内各家媒体主编的手机上快速地流传：“吴敬琏涉嫌出卖国家情报，已经被有关部门以间谍罪带离调查。”这实在是一条太惊人的消息，几乎所有的人都将信将疑。到8月28日上午，美国新闻网站博讯网发布了一条消息，似乎一下子证实了传言的真实，该网站在一篇没有作者署名的新闻中称，中国著名经济学家吴敬琏因涉嫌为美国担任间谍工作，被国家安全部门调查。博讯网宣称消息来源是中国境内读者的“爆料”，因为没有吴敬琏本人的电话，所以“没有办法求证，只好先发消息”。到中午，海外一些网站纷纷转载这一消息，并添加了一则“秘闻”，称吴敬琏身中“美人计”，曾向一名美籍华裔女性泄露某些机密。8月29日中午，台湾“中央社”随即也进行了转发。
一时间，国内外舆论哗然。在当时的各种传言版本中，还有人将“间谍门”与不久前的另一则财经事件联系在一起。在8月19日，摩根大通中国区首席经济学家龚方雄忽然对外透露，中央政府正在开会研究，“将出资2000亿~4000亿元人民币刺激经济”，这一消息导致第二天的上证股指大涨将近180点。传言说，摩根大通在期间获利甚巨，而龚的消息就是吴敬琏泄露给他的，吴因此获罪。
8月29日下午，国务院发展研究中心在官方网站的首页刊出声明，称：“近日网上流传吴敬琏教授的一些不实传言，也有不少人来电询问并关心吴教授的近况。我们刚刚与吴敬琏教授通过电话，他目前工作及生活一切正常，并将于2008年8月30日如期出席相关学术会议。”
第二天，吴敬琏出现在北京郊区顺义的一个会场上，参加天则经济研究所与广东人文学会联合举办的“改革开放30年研讨会”。至此，平地生起的“间谍门”事件才得以平息。
在一年后的口述史中，吴敬琏也没有对此有更详尽的评论，不过他显然认为这是“有心人”的有意为之。倒是周南在事发当日接受记者电话采访时讲了一番颇有意味的话，她说：“吴敬琏的性格可能是造谣者的诱因。他说不能违背良心和规律，说一些奉承的话、迎合的话，所以可能得罪了一些人，这种可能性是有的。”
如此荒唐的传言居然能够堂皇流传，而且攻击的对象竟是形象一直非常正面的吴敬琏，由此确可读出利益角斗的复杂和暗潮汹涌。北京大学的传媒学副教授胡泳评论说：“这是一起典型的以颠倒黑白的动机制造和以非黑即白的二元思维传播的网络事件。”更有论者认为，“各方的利益诉求和利益驱动，最终促成了吴敬琏‘谍案’流言的出笼，这也是牛头不对马嘴的流言会愈演愈烈的根本原因”。
2008年9年20日，从“间谍门”事件中脱身出来的吴敬琏出现在中欧陆家嘴国际金融研究院举办的论坛上，在深思熟虑之后，他第一次比较详尽讲述了自己对本次金融危机的系统性看法。当时，阴霾密布，人心飘摇，连格林斯潘都认定这是1929年以来最大的金融灾难。人们迫切地想听到老练的吴敬琏的声音。
他在演讲一开始就说了三句话——“冰冻三尺，非一日之寒”，“人无远虑，必有近忧”，“健体强身，自求多福”。第一句话说的是美国，第二句是中国，第三句是应对之道。
他分析说，当今的世界金融系统出了大毛病，最基本的问题就是美国，美国最基本的问题就是储蓄率太低，储蓄率从来没超过10%，怎么维持经济的运转？它就利用了美元作为国际储备货币的特性大量发行美元，用这种方法借全世界的钱来投资和消费，维持一个很高的生活水平，这样就造成了全世界的流动性泛滥。
关于中国当前困局，他不同意是“突降灾难”。他说：“现在有一个说法，没有人想到2008年中国会发生这样的情况，突然就爆发了，在政府里面有人这样说，经济学家中也有人这么说，在我看来不是这样的。这就讲到了从本世纪初提出的一个问题，就是这样一种增长方式一定会造成内外失衡，现在就是这两个内外失衡碰头了。这种增长方式有两个特点，一个特点就是靠要素投入来支撑增长，另外一个特点是靠出口需求弥补国内需求的不足。前者造成了很多恶果，使投资率不断提高，而消费率不断下降，而且投资的效率不断下降，金融系统内的潜在不良资产大量积累起来。后者，就是大量的商品出口，辅之以本国货币贬值。”
接着，他再次重复2006年做过的分析：“1994年外汇改革之后，人民币深度贬值，这就标志着全面转向出口导向政策。跟其他采用这种政策的国家和地区一样，在成功执行了10多年之后，就必定会出现外汇存底的大量积累，本币升值压力增大，贸易摩擦加大。要解决这个问题的办法，就是实现汇率形成的自由化（市场化）机制。我们在这方面的改革一直存在很大争议。到2007年6月，中国外汇储备就超过了1万亿美元。大量的货币发行和流动性泛滥的结果不外是三种情况一是资产价格上升泡沫形成，二是CPI（消费均价指数）上升诱发通货膨胀，第三种情况就是二者兼而有之。于是，房地产价格和股价猛烈上升，在一开始，我们把它看成是形势大好，后来发现控制不住了，就想用行政的方式把CPI用各种方式管住。现在，CPI管住了，可是股市、房地产市场摇摇欲坠，另外企业产品出场价格指数（PPI）倒挂了，实体经济整体萧条，终于成了一个疑难杂症。”
在剖析了国内外局势后，吴敬琏提出了“标本兼治”的应对之道：“标就是运用我们的财政政策、货币政策稳住市场，不要让它崩盘，而且尽量保持大部分中小企业能够继续运转，但是根本问题还是要实现增长方式的转变。”
在这里，吴敬琏又回到了他一贯的主张——“增长方式的转变就是要强身健体、自求多福。世界经济的格局不可能有大的改变，我们至少不要当冤大头。自求多福最重要的办法就是转变增长方式，转变增长方式的症结在于制度性障碍，所以要真正实现转变就是进行改革，消除制度性障碍。”
日后发生的事实表明，吴敬琏的建议并没有成为主流意见而被政策部门采纳。
10月28日，上证股指跌到1664点，市场信心全失。从11月份起，在中央政府的指示下，四大商业银行开始大举放贷，每月新增贷款成几何级增长，11月新增额为4769亿元，接着是7400亿元、9000亿元、1.07万亿元，到2008年3月放出空前的1.89万亿元天量。从2008年年底到2009年6月的8个月中，新增放贷总量近8万亿元，掀起了一个至热的投资狂潮。这些贷款中的八成以上被大型国有企业所获得，而投资方向则为铁路、公路和各项基础建设设施，民间戏称“铁公基”。在资金突然巨额放松的情况下，股票市场率先活跃起来，在2008年的上半年，中国股市放量振荡，一扫前期低迷，增幅为全球第一。房地产的表现更是惊人，它以出人预料的速度回暖，各大城市的土地拍卖相继创出令人瞠目结舌的“地王”价格。
在中国的投资热浪拉动下，全球的能源价格也立即上弹，铁矿石、石油和有色金属等价格扶摇直上。在很多人看来，在哀鸿遍野的金融危机笼罩下，中国经济再一次“奇迹”般地率先冲出了危机。
对于这样的景象，吴敬琏并无喜色。在他看来，有两个问题是值得引起注意的。一是，宏观手段对微观经济的干预边界到底在哪里；二是，如何从应急性的短期政策转向处理长期发展中的问题。
从2008年年底到2009年的政策取向，实际上，是对2004年那次宏观调控政策的又一次固化。它最终呈现为三个特点；第一，“宏观调控以行政调控为主”成为政策主轴，“看得见的手”变得越来越强大；第二，经济增长主要倚靠巨量投资，而不是着力于转变增长模式和产业升级；第三，国有企业、特别是大型中央企业得到偏执性的扶持，民营企业被边缘化。
在金融危机最动荡的时刻，欧美各国政府纷纷出手拯救经济，连最老牌的资本主义国家英国也将一些陷入危机的银行收归国有化，由此，国内经济界再次出现国家主义思潮强劲回归的迹象。2009年3月3日，吴敬琏在《经济观察报》上撰文《如何定位政府与市场的边界》，从经济史的角度对这一观点进行了反驳。他认为：“需要注意的是，经济学中两个学派（新凯恩斯主义和新自由主义）的争论，是在自由市场机制，即价格机制在资源配置中起基础性作用的范围内进行的，这并不意味着有哪一个学派主张回到政府包办一切的计划经济旧体制去。即使他们支持对某些企业实行国有化，那也只是一种短期的应变措施，而不是一种长期的制度安排。20世纪社会经济制度变迁的基本脉络提示我们：在市场制度范围内，明智合理地界定政府与市场之间的适宜边界，是经济稳定运行和长期增长的一个重大问题，必须根据具体情况加以确定。”
进而，他将笔触回到了对当前政策的反思上：“我们还必须注意的另一个问题是，在中国，人们常常把宏观经济管理（宏观调控）和政府对经济活动的微观干预混为一谈。假宏观调控之名，行微观干预之实，实际上等于复辟命令经济。这不但会造成资源的误配置和损害经济的活动，还会带来强化寻租环境、使腐败活动泛滥等恶果。这是必须坚决制止的。”
到了10月23日，在上海的“2009浦江创新论坛”上，吴敬琏在演讲中批评说，4万亿经济方案，实际上打压了民营企业，不仅没有起到拉动民间投资的作用，还产生了挤出效应，产生了“国进民退”。他引用调查数据说，70%以上新的技术创新都出自小企业。“如果我们热心于创新的话，一定要帮助小企业上来，给他们信心。”
除了对宏观调控的方式提出警告之外，吴敬琏的另外一个担忧是，如何解决中国经济的长期增长问题。正如他在2007年8月那次接受《南方人物周刊》访问时所预料的，大量的放票子一定会形成“空前繁荣”，然后接着就是资产（房地产、股票）泡沫和通货膨胀生成。如果体制性矛盾无一得到解决，新的、更大的危机将会如影随形，如期而至。
2009年6月30日，他在一份送交中共中央办公厅的问卷答案中写道：“目前对宏观经济政策走向看法的分歧，在很大程度上缘于对我国经济近年来困难成因的不同分析。主流的意见把困难成因归结为以美国金融泡沫的崩溃和由此导致的中国企业出口订单的减少，认为我们只要用政府的财政货币政策创造足够的需求，来维持8%以上的经济增长，待到西方国家经济走出困境，增加出口，中国经济就可以全面复苏。”
面对上述意见，吴敬琏认为“不符合实际”。他仍然坚持在2008年9月的那次上海论坛上所给出的结论，认为是美国的扩张性货币政策及中国经济粗放增长模式相互作用的结果。接着，他对两个非常流行的观点进行了纠正。
其一，有些论者对西方经济复苏寄予很大的希望，认为只要它们恢复进口，中国在出口导向政策的支持下，粗放的发展方式又可以继续运行下去。他觉得这种想望恐怕不太现实。因为，金融危机发生以后，美国的储蓄率已经提高了7%，这意味着至少最近不会需要过去那么多的净进口；其次，包括中国在内的许多国家都正在致力于改变美元作为唯一国际储备的状况，建立受到国际监管的国际货币体系。这两方面的演变说明，靠出口需求支撑的经济发展方式无法持续，应当自求改变。
其二，他对人们经常所谓的“三驾马车”（消费、投入和出口）之说提出了异议。他认为，“三驾马车”的分析乃是凯恩斯主义的短期分析框架的变形，着重研究短期经济政策的凯恩斯主义也从来没有说过可以用它来分析长期经济问题，这可以说是一种短视，说得严重一点，是一种误导。如果用“三驾马车”的态势来预测中国经济的未来走势，这意味着不管用什么样的办法，只要能够使总需求增长，就能维持GDP增长稳定上升的趋势。分析问题的理论框架的误用，极易造成宏观经济决策的偏差。
吴敬琏最终指出，我国经济存在的两大问题是——效率低下、污染严重的生产方式和腐败蔓延、贫富悬殊的分配格局，其根源都在于马克思曾经进行尖锐批判、西方国家在上一个世纪之交已经抛弃的粗放增长模式……而解决之道则是，在采取短期的财政货币政策维持市场稳定的同时，坚决执行“十一五”规划和“十七大”关于转变经济增长模式的决策，激发企业，特别是中小企业的活力，延伸产业链，提高附加值，实现产业升级和增长转型，以便消除经济危机最深刻的根源。
惊心动魄的2009年在“保八”成功的欣喜中走进历史，而面向未来，中国经济仍然存在多种可能性。2010年1月，吴敬琏在为《财经年刊》所写的文章《集中力量解决长期增长中的问题》中，再次完整地表述了自己对过往一年多中国经济表现的观点。在他看来，“中国经济的当务之急，也是最大的困难，在于如何从应急性的短期政策转向处理长期发展中的问题”。
他写道，现在人们普遍承认，中国经济在2009年实现了GDP增长的“V”形回升，现在的问题是：从更长的时间跨度看，能否保证今后的经济走势不会出现另一个“V”字，二次探底，出现人们所说的“”行走势。在我看来，问题的关键，是我们能否解决中国经济长期存在的问题。
所谓“长期问题”就是，中国经济采取了一种靠资源投入和净出口（出超）拉动的粗放的经济发展方式，从而导致了货币超发、流动性泛滥和资产泡沫形成等难题。在吴敬琏看来，单纯依靠向国民经济注入流动性的短期政策来保证中国经济的长期稳定增长，采取增加海量投资和贷款的办法来增加需求，是不可能长期持续使用的。2009年所实行的巨额投资和适度宽松的货币政策已经引发了居民的通货膨胀预期的形成，货币流通正在加速，国民经济面临着资产价格膨胀和通货膨胀的双重危险。
因此，吴敬琏警告说，如果只专注于短期经济政策，用注入流动性救市而忽视长期问题的解决，将会影响中国经济的长期稳定增长。弄得不好，别人在“去杠杆化”和消除泡沫，我们却在“再杠杆化”和掀起泡沫，那就会埋下再一次资产负债危机和高通货膨胀的定时炸弹。
那么，着眼长期的关键又是什么？吴敬琏的答案是，必须要促进居民的消费，而其基本的办法有二，一是增加就业，二是促进技术进步，提高产品的附加价值。换而言之，就是必须努力实现经济发展方式转型，优化经济结构，保证持续稳定的增长。
吴敬琏不无担忧地写道，这里需要提出一个问题：实现经济发展方式转型并不是一个现在才提出的口号。早在1995年到2000年的第九个五年规划中，就已经规定了实现增长方式从粗放型到集约型转变的任务。2006年到2010年的“十一五”规划不但重提这一话题，还列举了转变的具体途径。但是迄今为止，除了少数地方，成效并不显著。
为什么会发生这种情况？吴敬琏以为原因不外有二：其一，这一转变遇到了许多体制性的障碍；其二，有利于创新和创业的经济环境和法治环境还有待建立。他一言以蔽之曰，“万事俱备，只欠东风”。
何谓东风？市场化、法治化的改革是也。