清朝初年，初入中原的清王朝内部夺权斗争非常激烈，结果留下了三大历史疑案，分别为：孝庄皇太后有没有下嫁多尔衮？顺治皇帝有没有出家为僧？雍正有没有篡夺皇位？其真相究竟如何，外界一直众说纷纭。
清朝覆亡之后，后人依靠珍藏的清宫档案，方才部分揭开了三大疑案的真相。
史学界持孝庄皇太后曾下嫁多尔衮理由有两条：第一条，清初典籍在顺治初年时称多尔衮为“皇叔父摄政王”，而顺治五年，则尊称多尔衮为“皇父摄政王”。多尔衮死后，在顺治廷议多尔衮的罪状中有“自称皇父摄政王，亲到皇宫内院”一条。第二条，康熙二十六年十二月，孝庄皇太后病重时，对康熙说，因自己不忍远去，希望在孝陵附近选择墓地安葬，“则我心无憾矣”。按照清代的丧葬习俗，孝庄死后应该与顺治的父亲清太宗皇太极合葬于沈阳昭陵，孝庄要求单独葬在北京孝陵附近，有悖清朝礼仪。部分专家认为，这种违背清朝帝后丧葬制度的做法实际暗示，下嫁多尔衮的孝庄皇太后自觉无脸见清太宗皇太极。
从现存的档案材料上看，“太后下嫁”一说，没有任何相关记载，另从时间等逻辑顺序上分析，也存在证据不足的问题。《清宫秘档》采用了“太后没有嫁给多尔衮”的说法。
虽然满族曾有“妻后嫂”、“妻后母”（即兄长死后弟娶其嫂，甚至父亲死后，子娶其父配偶）的习俗，但入关后，满人的习俗也会随着满汉文化的融合而改变。至少从满族入关后的文献中看，没有继续沿袭这一习俗的记载。
“太后下嫁”说的主要依据是明朝遗臣张煌言所作的十首《建夷宫词》中的一首，词中曾如此描述：“上寿觞为合卺尊，慈宁宫里烂盈门，春宫昨进新仪注，大礼躬逢太后婚。”许多年来，后人因诗论事，这首诗成为后人议论太后下嫁的重要证据，但亦只不过是孤证而已。
明朝遗臣张煌言“作为一位力图反清复明的汉人，根据一些传闻做诗言志，嘲讽清廷，反映自己的一些愿望，是可以理解的。但依据《清实录》，孝庄是在顺治十年慈宁宫修葺一新之后才搬进去的，所以如果根据张煌言诗，孝庄要在慈宁宫办婚事，应在顺治十年以后，而多尔衮早已于顺治七年十二月病死。所以，从时间上推断并不合理。而另据《清实录》中记载，多尔衮在顺治七年正月有过一次大婚，他娶的是自己的政敌、顺治的大哥豪格的福晋——博尔济锦氏。因为豪格与多尔衮有矛盾，被多尔衮逼死后，多尔衮娶了豪格之妻（自己的侄媳妇儿），免不了兴师动众一番。又据考证，《建夷宫词》正是作于顺治七年，可见此事与多尔衮娶博尔济锦氏有密切的关系。”张煌言可能是移植了民间关于这次大婚的传闻。
虽然从史料上看，董妃辞世之后，顺治皇帝与佛家弟子联系密切，也确有出家为僧的念头，但大部分明清史专家认为，顺治皇帝是因出痘病死于宫中。
《清宫秘档》也采用了“顺治病死于宫中”的说法。从顺治的《起居注》看，顺治皇帝一直有长期的服药记录。
在《平圃杂记》中也有关于皇宫向文武大臣宣布皇帝患病的记录，记载顺治是因病而逝——顺治十七年底，顺治染上天花，礼部奉旨宣布免去元旦大朝庆贺礼。正月初二，顺治为祈求佛法庇佑，亲自把最宠爱的太监吴良辅送到悯忠寺剃度，作为自己的替身。正月初四，朝廷正式向文武大臣宣布皇帝患病。初五日，宫殿各门所悬的门神、对联全部撤去。接着传谕全国“毋炒豆，毋点灯，毋泼水”，并下令释放所有在牢囚犯，以祈祝皇帝康复。初七日夜，顺治死于养心殿。
关于顺治是否出家的一个疑问主要在于：清朝早期实行火葬，但火葬顺治遗体的记录未见于《清实录》中。不过，虽没有火葬的记录，但有关于安放顺治宝瓶（即盛骨灰的容器）的记录。由此看来，顺治出家的可能性较小。
雍正如何获得皇位是清初三大疑案中分歧最大的一个疑案。目前学术界有三种不同的说法：一种说法是雍正皇帝作为康熙指定的继承人正常继位的；一种则认为雍正篡夺了皇十四子的皇位；还有一种是说康熙皇帝并没有指定谁做继承人，只是雍正当时掌握了兵权，控制了局势，顺理成章地登了基。《雍正王朝》里采取的是合法继位说。
在篡位说中，最脍炙人口的莫过于“盗名改诏说”。说雍正将康熙遗诏中的“皇位传十四子”改为“皇位传于四子”，这是有些不正确的。清代制度中，皇子前一定要冠一“皇”字，如皇四子、皇十三子，故遗诏原文应为“皇位传皇十四子”。若雍正篡改成为“皇位传皇于四子”，语意不通，一下子就会露出马脚了。且传位给谁应使用“于”字，清朝时的“于”、“於”两字并不通用，雍正拿出这样一份破绽百出的遗诏，有谁会相信他呢？另外，按照清朝惯例，重大文书都必须“满汉合璧”，既用汉文，又用满文，雍正自然无法同时篡改满文与汉文。这一说法自然不可靠，但虽然是捕风捉影，却也暗示雍正篡位的可能性，只不过民间所猜测的具体过程难以自圆其说而已。
但若说雍正是合法即位，就连雍正自己也说得不清楚。康熙弥留之际，雍正人在哪里？几时来到康熙身边？当时情况如何？有谁在场？雍正的说辞也是反反复复，令人质疑。
还有一种说法，认为康熙会传位给雍正，乃是因为康熙喜爱雍正的儿子弘历。这种情形并非不可能，康熙的确可能因为弘历而增加了对雍正的偏爱，历史上也有过这种例子。明代成祖立仁宗为太子时，就在一定程度上考虑到仁宗的儿子即后来的宣宗。但反过来说，康熙爱屋及乌的说法也有可能是脱胎于此，乃是支持此说者多作想象，穿凿附会，不见得与事实相符。
《清宫秘档》依据档案馆保存的继位遗诏，采用了雍正是自然继位的说法。中国第一历史档案馆目前保存着这件诏书，诏书满汉合璧，在汉文书写的“皇四子胤，人品贵重，深肖朕躬，必能克承大统。着继联登极，继皇帝位”，旁边还有意义相同的满文。宫廷档案也不一定完全真实，但依靠档案终归比凭空猜想更可靠一些。疑案终归是疑案，即便有了宫廷档案，我们仍然无法断定事实究竟如何，这不能不说是一个遗憾。